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[期刊] 林业科学
[作者]
刘晓晗 王峰 董爱荣 陈俏丽 刘立宏 零雅茗 王博文 丁晓霞 王世新
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5....
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
薄淑文 韩长志
糖苷水解酶（GH）作为植物病原菌侵染、破坏植物细胞壁的重要酶类，在其致病过程中发挥着重要作用。为了解禾谷炭疽菌GH蛋白之间的互作机制，本研究基于前期所获的禾谷炭疽菌GH蛋白，通过STRING网络在线分析不同GH蛋白之间的互作关系，利用ProtComp v 9.0在线分析GH蛋白的亚细胞定位，通过ClustalX和MEGA 11软件对GH蛋白进行多重比对和构建系统进化树，，并选取互作关系多的蛋白通过GRAMM在线软件进行分子对接。结果显示，禾谷炭疽菌中89个GH蛋白之间的互作表现为三大类的聚集关系，其中，I类聚集了34个GH蛋白，II类聚集了33个GH蛋白，III类聚集了22个GH蛋白。这些GH蛋白之间有3种互作情况，即不同亚类GH蛋白之间的互作、同一亚类中不同GH蛋白之间的互作以及不存在互作关系；85个GH蛋白定位于细胞外（分泌），仅4个GH蛋白定位于细胞核、内质网、细胞质膜。系统发育树分为四大类，有一些GH亚家族蛋白只存在于一类中，也有一些GH亚家族蛋白同时存在于两类及两类以上中；分子对接发现，互作蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸残基位点，蛋白之间可通过氢键相互作用。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘爽爽 王昀睿 李德海
为了提高粗毛纤孔菌三萜类化合物(Triterpenoids from Inonotus hispidus,IHT)的提取率和胆酸盐的结合量,本实验在单因素的基础上,以粗毛纤孔菌子实体中IHT提取率和体外胆酸盐的结合量为指标,研究超声波偶联双水相提取技术中提取溶剂、丙酮体积分数、盐的种类、硫酸铵质量浓度、料液比、超声温度、超声时间和超声功率对IHT提取率和体外胆酸盐的结合量的影响。并且在最佳的提取条件下与其它提取方法作对比。实验结果表明:丙酮体积分数80.0%、(NH4)2SO4质量浓度0.21 g/mL、料液比1︰5(mg︰mL),超声功率240 W、超声温度35℃、超声时间40 min的条件下IHT提取率为5.08%,胆酸钠结合量为1.52μmol/100 mg,牛磺胆酸钠结合量为0.81μmol/100 mg。该技术与其他提取技术相比IHT提取率和胆酸盐的结合量均最大。通过优化超声波耦合双水技术不仅可以提高IHT提取率还可以有效保护IHT的结构使其具有较高的胆酸盐的结合量。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘爽爽 刘东超 孙凡越 李德海 王占斌
为提高粗毛纤孔菌菌丝体和子实体总三萜的纯度及体外胆酸盐结合能力,研究有机溶剂、高径比(硅胶高∶硅胶柱直径)、上样量和硅胶量质量比、洗脱体系和洗脱剂比例对总三萜纯度的影响。并且在最佳的纯化条件下与其它纯化方法作对比。通过红外光谱对总三萜的结构进行初步分析。并通过体外模拟体内环境试验对比了粗提物和纯化物总三萜的体外胆酸盐结合能力。结果表明:在高径比55∶22、上样量和硅胶量质量比4∶80、洗脱体系为丙酮∶石油醚、洗脱剂体积比3∶1时,粗毛纤孔菌菌丝体和子实体乙酸乙酯萃取后的总三萜纯度最高分别为65.35%、42.32%,是粗提物总三萜的4.26和4.60倍,该技术与大孔树脂和单纯硅胶纯化技术相比菌丝体与子实体总三萜纯度均最大。红外光谱分析显示,菌丝体和子实体总三萜存在—CH_2、—CH_3、—S-O等官能团的差异,但都符合三萜类物质的特征结构。粗毛纤孔菌菌丝体和子实体总三萜纯化后体外胆酸盐结合能力明显提高,其中菌丝体总三萜的胆酸钠、甘氨胆酸钠和牛磺胆酸钠结合能力最强,分别为1.14、1.78和2.06μmol/100mg,是菌丝体粗提物总三萜胆酸盐结合能力的1.56、1.73和1.72倍。
关键词：
粗毛纤孔菌 总三萜 纯化 萃取 胆酸盐
[期刊] 林业科学
[作者]
巩琛锐 王璐 杜庆章 张德强
组合运用分子生物学及生物信息学方法,首次从毛白杨成熟木质部中分离出编码S-腺苷高半胱氨酸水解酶基因PtSAHHA的cDNA克隆。序列分析表明,毛白杨PtSAHHA cDNA片段全长为1 935 bp,其内部含有大小为1 458 bp的完整开放阅读框架,可编码含有485个氨基酸残基的蛋白质。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSAHHA在木质部中表达丰度最高,在形成层和老叶中表达丰度中等,在嫩叶中表达丰度最低。在此基础上,组合利用MAGE5.0和DnaSP5软件对毛白杨自然群体中45株基因型个体的PtSAHHA序列进行对比和分析,共检测到166个单核苷酸多态性(SNP)位点,SNP频...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡一龙 庄育彬 周五朵 王全溪 邱晓东 吴宝成
参考Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中番鸭呼肠孤病毒（Ｍｕｓｃｏｖｙ ｄｕｃｋ ｒｅｏｖｉｒｕｓ，Ｍｄｒｖ）ｓ４基因序列，设计合成一对非结构蛋白Ｐ１０基因的特异性引物，以Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒ｒｎａ为模板进行ｒＴ－Ｐｃｒ扩增，并将目的基因克隆到ＰＧｅＭ－Ｔ载体，提取质粒测序．对测序结果进行遗传进化树分析和生物信息学软件预测、分析蛋白质结构和功能．结果表明，Ｍｄｒｖ－ｙＢ株病毒的Ｐ１０蛋白基因开放阅读框（ｏｒＦ）全长为２８８ ＢＰ，编码９５个氨基酸．核苷酸比对结果表明，与标准株法国Ｍｄｒｖ－８９０２６株同源性为９５％，而与ａｒｖ－ｓ１１３３株氨基酸同源性仅为２１．９％．运用ＰｒｏＴ ＰａｒａＭ Ｔｏｏｌ软件对番鸭．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
刘东超 扈博 周姣 李德海 王占斌
【目的】研究茉莉酸甲酯（Methyl jasmonate, MeJA）与油酸协同诱导作用下粗毛纤孔菌菌丝体中防御酶变化与三萜类化合物合成量的相关性，为揭示诱导子促进生物体内次生代谢物合成奠定一定的理论基础。【方法】将50μmol/L MeJA、3%油酸及复配的2%油酸与100μmol/L MeJA分别添加到粗毛纤孔菌菌丝体培养液中，采用pH计、电导率仪、紫外分光光度计等仪器分析粗毛纤孔菌菌丝体的pH值、电导率、过氧化氢、丙二醛、抗氧化酶活性和三萜含量的变化。【结果】与对照组相比，各试验组培养液的pH值、电导率值均显著增高（P <0.05），其中复配组在第8天菌丝体三萜含量增幅最大，比同期对照组增加了129.41%。【结论】在MeJA与油酸的诱导下粗毛纤孔菌菌丝出现了氧化应激反应，导致抗氧化酶活性升高，进而引起菌丝体发生防御性反应，最终提高了细胞内三萜类物质的合成量。基于对防御酶干预的MeJA与油酸诱导粗毛纤孔菌三萜类化合物合成的研究，为提高菌丝体培养次级代谢产物产量提供了理论依据。
关键词：
粗毛纤孔菌 总三萜 诱导剂 防御体系
[期刊] 华北农学报
[作者]
李婷 练森 李保华 梁文星 王彩霞
为探究苹果树腐烂病菌β-葡萄糖苷酶基因VmGluI的序列特征及其在病菌侵染致病过程中的表达,以强致病力菌株LXS080601为材料,利用RT-PCR技术克隆基因c DNA序列,通过生物信息学软件对VmGluI编码蛋白的系统进化关系、理化性质和二级结构进行分析,采用实时荧光定量PCR技术测定VmGluI的表达量。结果显示,苹果树腐烂病菌VmGluI的开放阅读框为1 689 bp(GenBank登录号KY646110),编码562个氨基酸,蛋白分子量62.7 k Da。VmGluI编码的蛋白具有糖基水解酶1家
[期刊] 中国水产科学
[作者]
廖梅杰 张之文 杨官品 孙修勤 邹桂伟 危起伟 汪登强
采用RT-PCR方法分离牙鲆(Paralichthys olivaceus)蛋白质感染因子蛋白编码基因序列。推测的牙鲆蛋白质感染因子蛋白由472个氨基酸组成,分子量约49.6 kD,具有信号肽、短肽顺接重复、疏水区、糖基化位点、二硫键、糖基缩醛磷肌醇锚定位点等蛋白质感染因子蛋白特征结构域,与红鳍东方(Fugu rubripes)和大西洋鲑(Atlantic salmon)蛋白质感染因子蛋白的相似性分别为71.9%和66.4%。牙鲆蛋白质感染因子蛋白编码基因序列的获得为蛋白质感染因子进化与功能研究以及可能存在的鱼类传染性海绵样脑病研究奠定了基础。
关键词：
牙鲆 蛋白质感染因子蛋白 基因序列
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘冬梅 金刚 孔祥军 周步进 周瑞阳
利用电子克隆的方法设计特异引物,克隆陆地棉的1个二硫键异构酶(Protein disulphide isomerase like)基因的全长序列。序列分析表明:该基因没有内含子,开放阅读框的长度为1 293bp,编码的多肽序列含有430个氨基酸。该基因与红麻HcPDIL5-2a基因具有97%的相似性,将该基因命名为棉花GhPDIL5-2a。取单核期花药进行半定量RT-PCR分析发现:GhPDIL5-2a在陆地棉洞A不育株和可育株花药中表达无差异,在供试的其他不同品种中的表达也无差异。
关键词：
陆地棉 PDIL 克隆 表达
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
魏麟 陈斌 张善文 宋伸 刘鹏
从猪血液总RNA中克隆出BPI基因,对该基因的cDNA进行序列分析。结果表明:克隆到的序列全长1 874 bp(基因登录号为FJ810853),其中1 452 bp的开放阅读框编码483个氨基酸残基,含13.25%的亮氨酸,有一段27个氨基酸的信号肽序列。同源性分析结果显示:猪BPI与人、牛、兔、狗、大鼠、小鼠、鲤鱼、非洲爪蟾、大西洋鲑和大黄鱼BPI分子氨基酸序列的同源性分别为64%、74%、59%、67%、53%、51%、35%、44%、28%和27%。该蛋白氨基端部分和羧基端部分为2个明显不同的功能区,各存在1个超活性结构域,中间为胰蛋白酶水解位点,表现出类似人BPI结构的特征。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王海燕 刘大群 杨文香 李在峰 张立荣 李星
根据已发表的植物β(1,3;1,4)葡聚糖苷酶基因设计引物,利用RT-PCR和RACE技术,从被小麦叶锈菌诱导的小麦抗叶锈病基因近等基因系材料TcLr35中获得一个β(1,3;1,4)葡聚糖苷酶基因cDNA全长,命名为PR34,该基因全长序列为1416bp,具有一个编码335个氨基酸的开放阅读框(ORF),其起始密码子ATG位于13bp处,终止密码子TAG位于1015bp处,3'末端有20bp的poly(A)尾,379bp的3'非翻译区。与GenBank中小麦、大麦等多个葡聚糖苷酶基因具有较高同源性;对其推断的氨基酸序列进行分析,含有Glyco_hydro_17保守结构域,为葡聚糖苷酶基因蛋白...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冯睿杰 侯丽霞 郭扬 马倩 刘新
为了研究葡萄肌醇半乳糖苷合成酶基因家族的特性,以抗低温品种左优红组培苗为材料,通过同源克隆技术,获得VvGolS2、VvGolS3和VvGolS4全长CDS,对其序列进行了生物信息学分析,同时利用实时定量PCR技术探究了3个基因的组织表达特性和响应逆境因子及相关信号分子的特性。结果显示:3个基因c DNA大小分别为954,978,1 011 bp,分别编码317,325,336个氨基酸序列;3个蛋白分子量分别为36.65,36.97,38.12 k Da;等电点分别为5.12,5.33和5.16,且均在C
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金晓霞 秦智伟 周秀艳 武涛
【目的】克隆黄瓜S-腺苷-L-高半胱氨酸水解酶基因的cDNA,并进行生物信息学和表达分析,为研究该基因的功能奠定基础。【方法】通过对乙烯利诱导黄瓜茎尖SSH文库的筛选,采用RT-PCR和电子克隆技术,获得黄瓜CsSAHH基因的cDNA全长序列(NCBI编号:HQ444960,CsSAHH)。运用半定量RT-PCR,分析CsSAHH基因在乙烯利诱导后的茎尖和雌雄花不同部位的表达。通过生物信息学方法预测CsSAHH基因的蛋白结构。【结果】黄瓜CsSAHH基因的cDNA全长1 545 bp,编码485个氨基酸,其理论上的等电点pI=5.66,分子量MW=53.1 kD。CsSAHH基因在黄瓜茎尖受乙...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
王金慧 丁燏 简纪常 吴灶和
S-腺苷同型半胱氨酸水解酶(S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase,SAHH)是一种细胞内广泛存在的酶,在调节生物体转甲基化反应中占据重要地位。本研究通过RT-PCR及RACE-PCR技术克隆了南极冰藻(Chlamydomonas sp.ICE-L)S-腺苷同型半胱氨酸水解酶全序列,命名为ICE-LSAHH。ICE-LSAHH全长1 844 bp,包括5′非编码区36 bp,3′非编码区344 bp,含有一个较长的poly(A)尾。开放阅读框1 461 bp,编码487个氨基酸。根据推导的氨基酸序列预测其分子量为53.0 kD,理论等电点为5.16。Signal...
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