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[期刊] 西南农业学报
[作者]
李程鹏 孙一丁 刘辉 曾千春 王炎炎 马继琼 杨奕 许明辉
ＯｓＨＭＡ２是水稻根和地上部一个主要的Ｚｎ和Ｃｄ的转运蛋白，在水稻基因组ＯｓＨＭＡ２位点存在ＯｓＨＭＡ２类似基因ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ，编码蛋白包含水稻Ｐ１Ｂ型ＡＴＰ酶重金属转运蛋白的功能域。对来自世界不同稻区的２７份亚洲栽培稻和８份野生稻基因ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ编码区序列进行了测序分析，以了解水稻ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ序列的多样性，为发掘基因资源提供信息。ＯｓＨＭＡ２－ｌｉｋｅ核苷酸序列和氨基酸序列分析表明，在４７１ＢＰ的编码序列内发现了６个变异位点；ＴＡｊｉＭＡ＇ｓｄ检验表明均不显著，说明这些位点属中性进化状态；６个变异位点中，第１５、７８、１３２、２１４、４１７位点碱基不引起氨基酸的变．．．
[期刊] 草业科学
[作者]
张亚楠 蔺银鼎 孟林 毛培春 田小霞 郭强
重金属ATP酶基因HMA2介导的Cd长距离运输对植物体内Cd的分配及解毒起重要作用。然而,有关马蔺(Iris lactea)体内Cd长距离运输的分子机制仍不清楚。本研究以马蔺根中总RNA为模板,采用RT-PCR方法获得了重金属ATP酶基因片段,以中间载体pHANNIBAL和植物表达载体pART27为基础,采用酶切和连接的方法,构建了CaMV35S启动子驱动的含有IlHMA2基因片段反向重复序列的RNAi植物表达载体pARTG1G2,用冻融法将此重组质粒导入农杆菌GV3101,并转入到马蔺幼苗体内获得了Il
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧荣 赵会宏 刘丽 陈彦珍 林权卓 黄宏辉
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李军星 王一成 袁秀芳 徐丽华 曹会敏 申世川 张鲁滨
CDT毒素是多种革兰氏阴性致病菌的毒力因子。为了阐明CDT毒素在副猪嗜血杆菌不同菌株中的分布及其遗传变异情况,本试验对从浙江省不同地区猪场临床发病猪中分离到的41个副猪嗜血杆菌分离株进行了CDT基因PCR扩增,并对其中21个分离株CDT 3个亚基进行了基因测序及氨基酸序列分析。结果表明:所有41个临床分离株中都可以检测到CDT 3个亚基的基因,其中cdtA蛋白的氨基酸序列在不同副猪嗜血杆菌菌株中最为保守,同源性≥97.8%;cdtB及cdtC蛋白氨基酸序列变化较大,同源性均≥92.1%。其中cdtB亚基与牛DNase I活性关键位点的氨基酸残基具有一致性,且这些位点的氨基酸残基在不同菌株中高度...
关键词：
副猪嗜血杆菌 CDT 同源性
[期刊] 水产学报
[作者]
孙鹏 尹飞 彭士明 施兆鸿
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.00...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
颉晓勇 李思发 蔡完其
对吉富品系尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)不同世代选育群体D-loop序列进行测定和分析,47个样本经重排比较后获得902 bp的同源序列。共检测到225个变异位点,占分析位点数的24.94%。同源序列中多态位点比例随着选育世代数的累进,呈现出降低的趋势。核苷酸多样性指数也呈现出同样的降低趋势,F0、F6、F7、F8、F9分别为0.074 02、0.068 72、0.064 15、0.049 52、0.044 55。多态位点比例、核苷酸多样性指数在不同世代间的变化趋势一致表明,随选育的进展,选育群体逐步纯化。选育基础群体F0与F6、F7、F8、F9之间的遗传距离呈增大趋...
关键词：
罗非鱼 选育 D-loop序列 遗传变异
[期刊] 水产学报
[作者]
傅建军 徐如卫 薛婷 杨福生 姜虎成 李家乐
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析。结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带。在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型。实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙鹏 李杰 尹飞 彭士明 柳敏海 施兆鸿
利用线粒体控制区序列研究了条石鲷养殖群体的遗传多样性水平和遗传结构。通过PCR扩增与序列测定获得了长度为469 bp的线粒体控制区基因片段,在30个个体中共发现27处碱基变异,A、T、G、C碱基的平均含量分别为36.5%、30.2%、12.5%和20.8%,A+T含量明显高于G+C含量。30条线粒体控制区序列共定义了11个单倍型,存在27个多态性位点,产生27个突变。其中,包含简约信息位点13个,发生转换7次,颠换1次,没有发现插入或缺失现象。单倍型多样性(Hd)为0.892,核苷酸多样性(Pi)为0.013 8,平均碱基差异(K)为6.473。采用邻接法(Neighbor-joining,N...
关键词：
条石鲷 线粒体控制区 遗传多样性
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
赵丽丽 赵金良
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度(Dxy)在0.360%~8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析(AMOVA)得出群体间的遗传分化指数(Fst)为1.000(P<0.001),差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为...
关键词：
中国少鳞鳜 群体 控制区 遗传变异
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
阮燕如 周文漪 李贵生 章群
测定了连云港、舟山、防城群体34 ind军曹鱼(Rachycentron canadum)线粒体细胞色素b基因883 bp序列,共检测到5个变异位点,发现6个单倍型,平均单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.324和0.000 4,总体表现出较低的遗传多样性;其中连云港群体遗传多样性最高,单倍型多样性和核苷酸遗传多样性分别为0.473±0.162和0.000 57±0.005 93;而舟山群体没有任何变异。连云港与舟山、防城群体间的FST值分别为0.029(P=0.00)与0.042(P=0.00),舟山与防城群体间的FST为-0.048 03(P=0.00),表明连云港与其它两个群...
关键词：
军曹鱼 细胞色素b 遗传多样性
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
姜志华
采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）及ＰＣＲ产物的直接序列分析方法，对猪生长激素基因第二外显子区遗传变异的序列基础进行了研究。ＰＣＲ扩增片段长度为２３０ｂｐ，包含全部的生长激素基因的第二外显子区序列（１６１ｂｐ）。共分析了６头二花脸和６头长白猪，结果表明：在猪的生长激素基因第二外显子区，共有７处碱基替换，依次为５０７处的Ｃ／Ｔ替换、５２０处的Ｃ／Ｔ替换、５４６处的Ｇ／Ａ替换、５５５处的Ｇ／Ａ替换、５５６处的Ｃ／Ａ替换、５９５处的Ｃ／Ｔ替换及６３４处的Ｃ／Ｔ替换。只有５０７、５４６、５５５和５５６处的突变可引起氨基酸序列的变异，其余均为无意义突变。采用ＧＣＧ软件包对限制酶酶切图谱进行分析，结果表明引起氨基...
关键词：
猪 生长激素基因 第二外显子 序列 突变
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王伟伟 赵金良 李思发
采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜(Siniperca scherzeriSteindachner)mtDNA控制区的基因序列。在长度818 bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点,具有20种单倍型,不同地理群体的单倍型表型不同,鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA 3.0构建了NJ分子树,鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群,而闽江群体未能单独成群,个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。
关键词：
斑鳜 群体 控制区 序列
[期刊] 淡水渔业
[作者]
田辉伍 段辛斌 汪登强 刘绍平 陈大庆
采用线粒体DNA序列对长江上游长薄鳅(Leptobotia elongata Bleeker)长江干流、岷江、赤水河和嘉陵江的8个群体176尾样本的遗传结构进行了分析,长薄鳅cyt b基因序列分别检出了25个变异位点和25个单倍型,单倍型多样性(H d)和核苷酸多样性(π)分别为0.608 52和0.000 89。单倍型网络结构图和N J树均未显示与地理种群相关的信息。分子变异方差分析结果表明长薄鳅种群内的变异大于种群间的变异,变异主要来自种群内部,群体遗传分化不显著(F st1)。中性检验值(Tajima's D=-2.279 09,P<0.01;...
[期刊] 林业科学
[作者]
于少帅 李永 任争光 宋传生 林彩丽 朴春根 田国忠
【目的】16SrI组植原体对我国作物和生态植物危害严重。目前植原体尚不能分离培养,对于我国植原体不同株系间遗传变异和种群结构尚不清晰,通过多位点序列分析(MLSA)揭示我国不同地区16SrI组不同植原体株系的遗传多样性及其地理分布特征,比较不同植原体株系间不同持家基因的变异程度,为我国不同植原体株系的检测、分类鉴定和系统发育研究提供一定的参考方法和依据。【方法】应用rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB共10个持家基因序列,结合16S rDNA序列,以全
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