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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴建勇 杨光圣
等位基因的结构变异及差异表达在多种生物中普遍存在。等位基因差异表达对基因的表达起了很重要的调控作用,并最终可能与生物的表型多态性联系起来。但是,由于问题的复杂性和缺乏有效的技术,等位差异表达与基因表达变化乃至表型变化之间的关系至今没有解决,因此对等位差异表达在各种生物中所起的作用仍然是低估的。本文从等位基因差异表达产生的原因、其生物学意义以及检测方法等方面对目前等位基因结构变异及差异表达的研究进展做一简单介绍。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨明丽 黄仙婍 喻阳华 王继玥 缪明志
【目的】探明不同海拔梯度对花椒基因表达的影响,为研究花椒遗传多样性、代谢调控及适应不同海拔生境胁迫的分子机制提供依据。【方法】以贵州省贞丰县板贵乡不同海拔(1 054 m、821 m和645 m)下的花椒叶为试验材料,采用转录组测序的生物信息学方法对其差异表达基因的可变剪接(AS)和SNP/InDel变异位点进行解析,挖掘花椒适应环境的新转录本。【结果】在3个不同海拔的花椒叶片中,有2 619个基因发生了可变剪切事件,主要为外显子跳跃(Skipped Exon,SE)和互斥外显子(Mutually Exclusive Exons,MXE)2种类型,其中SE最多,且在高海拔的对比组中发生可变剪接的数量显著增多;鉴定出748 331个SNP和87 402个InDel位点,SNP类型中转换种类高于颠换种类,在外显子区分布最多,达40%。InDel位点在内含子区分布最多,达28.6%;发掘出9 363个新转录本,其中有5 648个在7大数据库中被注释。KEGG代谢途径分析发现,花椒叶片发生可变剪接的功能基因主要参与代谢途径、次生代谢物的生物合成和辅助因子的生物合成途径;而新转录本的KEGG代谢途径主要富集于光合作用、苯丙素生物合成、异黄酮生物合成、类黄酮生物合成和萜类生物合成等通路。【结论】本研究为丰富人们对不同海拔条件下花椒基因结构变异的认识,后续研究花椒遗传多样性、代谢调控及响应环境胁迫的分子机制奠定了基础。
[期刊] 地理科学进展
[作者]
韩志刚 孔云峰 秦耀辰
地理表达是地理学的一个基本问题,也是地理信息科学研究面临的一个重大挑战。从地理表达机理、内容和形式的角度,对近期地理表达研究进行了总结。本质上,地理表达是一个空间认知、信息转换与信息传输的交互过程。地理表达内容涉及地理实体及其空间关系、不确定性、地理动态及地理本体等方面。地理表达形式经历了从自然语言、地图到GIS的演变过程;近年出现了多种新型表达形式,如虚拟地理环境、地理增强现实、地理超媒体等;并分析了当前地理表达的局限性。最后,从发展新的时空过程表达方法、地理表达形式的选择与协同问题等方面对地理表达的研究拓展进行了讨论,并根据UCGIS的研究计划,从表达理论、表达方法以及计算支持的角度,对地理表达研究目标进行了展望。
关键词:
地理表达 数据模型 GIS
[期刊] 华北农学报
[作者]
杜晨阳 李玲莉 刘素君 高宏欢 冯健超 孙婉 王晨阳 卢红芳 马冬云
为了明确小麦查尔酮合成酶(CHS)基因TaCHS的表达规律以及挖掘TaCHS的等位变异,克隆了小麦TaCHS基因,并对其序列特征、表达特性及其在不同品种之间的多态性进行了分析。生物信息学分析表明,TaCHS基因属于多基因家族,编码的蛋白质分子质量为43.15 ku,理论等电点为6.43,属于疏水稳定蛋白,定位于细胞质中。进化分析表明,小麦TaCHS蛋白与二穗短柄草亲缘关系最为密切。TaCHS基因在根、茎、叶、籽粒中均有表达,其中在茎中表达量最高;在灌浆期,籽粒中TaCHS的表达量呈现出先升高后下降再升高的变化趋势,且在花后14 d的表达量达到第一个峰值。通过对119份小麦品种的TaCHS序列分析,发现其在不同小麦品种间的保守性较强,共发现4种变异类型,TaCHS-A1a、TaCHS-A1b、TaCHS-A1c、TaCHS-A1d分别占85.72%,7.56%,3.36%,3.36%。综上,TaCHS-A1a类型为主要的变异类型,而不同小麦品种TaCHS基因在籽粒中的表达可能与类黄酮类物质积累有关。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
赵茹茜
鸡生长激素基因表达及分泌调控的研究进展根据中德农业科技合作的协议,笔者于1994年3月赴德国联邦农业科学院Cede/J’动物研究所Dr.R.Grossmann的实验室从事合作科研。研究课题为:鸡生长激素基因表达及分泌的调控。实验采用两种不同品种的鸡—...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李飒 赵毅强
在组学和大数据时代,整合分析材料相同但时间、平台、方法、技术和实验室等不同批次的表达数据集将成为常态。但是,不同批次数据集由于非生物因素影响会产生批次效应,这种批次效应可能会对试验结果产生严重影响,甚至导致错误结论。本文介绍了几种去除基因表达数据批次效应的方法,包括ComBat方法、替代变量分析法、距离加权判别法和基于比值的方法等。通过前人研究和实例分析表明,ComBat方法是最好的去除基因表达谱数据集批次效应的方法。这些结果将为多批次表达数据集的整合分析提供参考依据。
关键词:
批次效应 基因表达谱 数据合并 评估方法
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
铁双贵 郑用琏 陈现臣 刘丁良 刘勋甲
采用平板淀粉凝胶分析技术,对5种不同遗传背景、7种不同取样处理的玉米材料进行酯酶(EST)、谷草转氨酶(GOT)、过氧化氢酶(CAT)9个位点的等位基因表达特异性的研究。结果表明,在不同遗传材料之间EST差异明显;同一单株不同组织样品之间EST差异不大;3个GOT,2个CAT位点的基因在不同的组织样品之间存在明显的表达时序性,基因表达受到发育阶段的控制;CAT2基因的表达受光照诱导,GOT1基因的表达受低温刺激诱导,以上5个位点的等位基因在各种遗传材料之间差异不大;正常胞质与不育胞质对等位酶基因的表达在苗期没有影响。
关键词:
等位酶,时序基因,特异表达,玉米
[期刊] 华北农学报
[作者]
高瑞钰 张华 宣宁 柳絮 张浩 张梦琦 姚方印
为了研究水稻单片段代换系(Single segment substitution line, SSSL)与受体亲本HJX74(Huajingxian 74)抽穗期差异的原因,以HJX74和5个具有抽穗期差异显著性的SSSLs WY18(W06-15-18-3-11)、WY24(W08-16-3-2)、WY26(W11-15-7-1-1)、WY60(W15-3-1-38)、WY61(W17-10-5-5-35-9-2)为试验材料,对其代换片段上已知的抽穗期等位基因进行克隆,获取其CDS序列,用多种生物信息学方法进行序列比对,包括CDS序列、氨基酸序列,比较其氨基酸理化性质的异同及表达的差异。田间抽穗期表型性状调查结果表明,WY18、WY60、WY61相对于HJX74表现为晚抽穗,WY24、WY26表现为早抽穗。与HJX74相比,WY18代换片段上抽穗期等位基因DTH8存在4个SNP的差异、WY26中OsDof12存在7个SNP的差异、WY60 DTH8存在6个SNP的差异,但以上SNP的突变均未改变其氨基酸序列的亲水性及理化性质,表明这些抽穗期等位基因的突变可能并不是引起其抽穗期变化的原因。进一步通过qRT-PCR技术分析发现,WY18中DTH8、WY26中OsDof12的表达水平整体高于HJX74中的相应基因,表明该等位基因上游调节区域对其基因的表达进行了调控,可能是导致其抽穗期变异的原因。WY24中se14、WY61中Hd1存在明显的序列片段缺失,造成se14和Hd1等位基因功能缺失,可能是WY24、WY61抽穗期变异的主要原因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨克强 王跃进 张今今 王西平 张剑侠 万怡震
表达序列标签 (expressed sequence tag,EST)是在生物体特定时空表达基因的一段 c DNA序列。随着生物信息学的发展 ,EST已成为基因定位、基因克隆、基因表达分析的有力工具。文章对应用 EST克隆基因和分析基因表达的研究进展进行了综述 ,并讨论了利用 EST进行基因克隆和表达分析时应注意的问题和发展趋势
关键词:
表达序列标签 基因克隆 基因表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
康定明 贺舒雅 郭二艳 叶凌凤 关建军
核质结合区(Matrix attachment region,MAR)是真核细胞染色质中与核基质结合的一段DNA序列。当大多数染色质蛋白和其他DNA被切割降解后,MAR仍能和核基质结合,或者能在竞争性DNA片段存在的条件下,在体外与纯化的核基质结合。将MAR构建于外源基因两侧时,能够增强外源基因的高效稳定表达,减少基因沉默。笔者评述了近年来应用MAR序列提高外源转基因在受体植物中表达的最新进展,分析了存在的问题。同时,对如何进一步应用MAR于转基因作物,提高外源转基因的功能表达进行了展望。
关键词:
核质结合区 转基因 基因表达
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈咨余 马容 康波 姜冬梅 何珲 范樱川
多胺对细胞生长、存活以及增殖具有重要的调控作用,体内多胺水平变化与疾病和衰老的关系密切。鸟氨酸脱羧酶(Ornithine decarboxylase,ODC)是多胺生物合成途径中的第一个限速酶,能催化细胞内鸟氨酸脱羧转化成腐胺。因此,ODC可通过对细胞内多胺水平的调节来参与调控细胞增殖过程。近年来,对ODC功能的研究取得了一定的进展,特别是在ODC调控多胺水平、细胞增殖、癌症以及ODC表达调控等方面研究较多。文章对ODC结构、功能及其表达调控的研究进行了评述,并对今后ODC的深入研究进行了展望。
[期刊] 华北农学报
[作者]
岳艳玲 冯辉 朱海山 杨国会 马芳芳
根据"复等位基因遗传假说",以甲型两用系AB12为不育源(直筒生态型),采用杂交、自交、兄妹交的方法,将核不育基因向娃娃菜可育品系06006中转育,获得了不育株率100%的新核基因雄性不育系,扩大了原有不育系的遗传基础,拓宽了该优良雄性不育基因的应用范围。
关键词:
娃娃菜 复等位核雄性不育 转育
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杜俊莉 郭满才 张宏礼 王丽波 刘璐 袁志发
用推广的ITO方法推出复等位基因平衡群体中母子间及全同胞对子间基因型联合概率分布列的矩阵表达;给出了母子间及全同胞对子间的联合信息熵、互信息,并定义了各自的信息关联系数;与统计学研究相比表明,信息学的方法可使复等位基因平衡群体中亲属关系的研究成为可能。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
秦国夫 郝玉山 贺伟 龙军海
从大兴安岭长白山采集17号芥黄蜜环菌,用分离的单孢菌株进行交配型测定,证实中国该种为双因子异宗配合机制,选取各号标本的4种交配型菌株进行循环配对实验,结果发现该种的交配型基因座的多样性很高,共有13对复等位基因,证明该种在世界分布区域内具有较强的生态适应能力。是目前国际首次用实验测定的蜜环菌交配基因数目
关键词:
蜜环菌 复等位基因 多样性
[期刊] 中国特殊教育
[作者]
谌小猛 赵颖曦 刘泽慧
情绪加工能力对于个体适应社会具有重要的意义,以往的研究显示盲童存在社交问题,其中情绪理解和表达是重要的影响因素。本研究对盲童情绪加工领域的情绪理解和面部表情表达进行了研究综述,探讨了盲童情绪理解和表达的特点,分析了视觉经验、早期亲子互动和年龄对情绪加工的影响,阐述了目前盲童情绪加工的研究方法,最后围绕盲童情绪加工能力干预提出了具体的建议。
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