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[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵秀平 李国瑞 王双 闫星伊 段强 张帅 风兰 韩雯毓 孙佳欣 陈永胜
【目的】稻瘟病菌MSP1是由MGG-05344基因编码的一种与稻瘟病菌的植物毒性相关的蛋白,本研究进一步探索MSP1的晶体结构、功能以及与该蛋白相关的研究。【方法】对NCBI数据库提供的MSP1氨基酸序列进行生物信息学分析,构建原核表达载体pETSUMO_1b-MSP1,并对该重组蛋白进行诱导表达和纯化处理。【结果】MSP1分子量约为14.2 KD,等电点为4.6,为不稳定性疏水蛋白;含有信号肽,无跨膜结构域,为非典型分泌蛋白;含有11个磷酸活性位点,含有Cerato-platanin保守结构域,属于Cerato-platanin家族成员。该蛋白可被0.3 mmol/L IPTG诱导表达,镍离子亲和层析的最适洗脱条件为20 mmol/L Tris-HCl, 500 mmol/L NaCl, 80 mmol/L、100 mmol/L咪唑;阴离子交换层析表明该蛋白具有耐低盐性;分子筛层析具有单峰且对称性良好,最大峰在17.1 mL出峰,分子量约20 KD,表明MSP1以单体形式存在。【结论】本研究最终纯化得到大量高纯蛋白,以期为进一步探索该蛋白的晶体结构、功能、互作蛋白以及与稻瘟病菌毒性相关的后续研究奠定理论与实践基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
周洁 王思毅 林成增 鲁国东 王宗华
对稻瘟病菌一个假定的α-1,2-甘露糖苷酶MgManⅠ生物信息学进行分析的结果表明,该蛋白与海枣曲霉、桔青霉等丝状真菌的已知α-1,2-甘露糖苷酶(EC 3.2.1.113)氨基酸序列具有高度同源性,并具有其相同的活性中心位点.基序分析表明,该蛋白可能含有4个N-糖基化位点、3类19个磷酸化位点和12个N-肉豆蔻酰位点.该蛋白的相对分子质量预测为58.2 ku,理论等电点pI为5.17,并且为细胞外分泌蛋白,信号肽剪切位点为21A和22S之间.系统发育分析表明:MgManⅠ与丝状真菌中的海枣曲霉、桔青霉α-1,2-甘露糖苷酶之间亲缘关系最近,形成一大类;动物的α-1,2-甘露糖苷酶与植物的α-...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈四妙 陈晓峰 杨成东 王宗华 周洁
利用稻瘟病菌分泌途径相关的调控因子分泌复合物进行生物信息学分析及相关基因定位初探.经同源比对获得稻瘟病菌中分泌复合物8个亚基的同源蛋白,通过在线工具分析蛋白结构域、构建系统进化树、预测亚细胞定位;利用公共数据库获得其在稻瘟病菌不同组织和发育阶段的表达情况;此外,亚细胞定位分析表明,稻瘟病菌分泌复合物亚基MoSec15可能定位于菌丝体的内膜结构中.
[期刊] 华北农学报
[作者]
张云欢 郑文博 赵美 王陈骄子 周而勋 舒灿伟
通过生物信息学方法及表达分析对水稻纹枯病菌谷胱甘肽S转移酶基因(Rsgst)的功能进行探索。通过水稻纹枯病菌RSIADB基因组数据库查找Rsgst序列,确定该基因在水稻纹枯病菌基因组中的精确位置。利用生物信息学软件预测Rsgst编码蛋白氨基酸序列的基本信息,并使用MEGA 5.0软件构建同源蛋白的系统发育树,最后用qRT-PCR检测Rsgst在菌核发育过程中的基因表达量,同时测定GST的酶活性。结果表明,Rsgst全长1 207 bp,该基因共编码277个氨基酸残基,其编码蛋白分子量为30.90 ku,理
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘云云 李智敏 程毅 余永廷 陈佳 严准
运用生物信息学手段分析pep1基因结构,并根据GenBank中玉米瘤黑粉菌pep1 DNA序列设计引物,从玉米瘤黑粉菌SG200的基因组中扩增得到了pep1基因全长,构建了pET–28a–pep1重组表达质粒,选用大肠埃希菌BL21(DE3)作为宿主菌,以1 mmol/L IPTG诱导表达。SDS–PAGE检测结果表明,诱导表达产物大小与理论值(20 800)一致,说明pET–28a–pep1能够在大肠埃希菌BL21(DE3)中高效表达。
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡廷章 吴应梅 陈再刚 黄小云
半定量RT-PCR分析表明,水稻胚胎发育后期丰富蛋白基因OsLEA19a在水稻幼苗中的表达受干旱和高盐的诱导,说明OsLEA19a可能在水稻抗旱和抗盐中发挥作用。利用RT-PCR方法成功从水稻中克隆了OsLEA19a的cDNA。生物信息学分析表明,OsLEA19a基因编码一个由200个氨基酸残基组成的蛋白,蛋白分子量为20.48 kDa,等电点为5.89。OsLEA19a蛋白的5～48位氨基酸残基形成LEA_4结构域。OsLEA19a蛋白的二级结构有3个α-螺旋构象区域,没有伸展的β-片层构象,为亲水蛋白。进化树分析表明,OsLEA19a与单子叶植物第3组LEA蛋白的亲缘关系较近,而与双子叶植...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姜兆远 任金平 刘晓梅 邹晓威 郭晓莉 王继春 温嘉伟 刘文平 夏海丰 洪德志
【目的】分析水稻接种稻瘟病菌(Magnaporthe grisea)48 h后亲和互作与非亲和互作反应的基因表达谱,探索水稻对不同稻瘟病菌抗性差异的分子机理。【方法】运用Affymetrix表达谱芯片分析差异表达mRNA;通过分子注释系统平台(MAS 3.0)对差异表达基因进行了基因注释及GO分析;应用实时定量PCR对部分差异表达基因进行验证。【结果】在49 824个转录本中共检测到大约24 000个转录本,Fold change大于2.5的基因共1 028个,其中非亲和互作上调基因460个,下调基因568个。所验证的4个基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。经GO分析差异基因对应蛋白的...
关键词：
稻瘟病 基因表达谱 基因芯片
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳晓凤 阙亚伟 王政逸
【目的】稻瘟病菌（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ ｏｒｙｚａｅ）引起的水稻稻瘟病是威胁全球水稻生产的重要病害之一，而该菌附着胞介导的侵染又是病害循环的重要环节。在前期的研究中发现一个编码Ｃ＿２ｈ＿２锌指结构的转录因子基因ｚｎＦ１，参与稻瘟病菌附着胞形成、穿透和致病过程，论文旨在从转录水平上了解受ｚｎＦ１调控的基因及其调控机理，为深入研究稻瘟病菌致病分子机理提供基础数据。【方法】利用ｒｎａ－Ｓｅｑ技术对稻瘟病菌野生型菌株ｇｕｙ１１和突变体ΔｚｎＦ１的营养菌丝体进行表达谱测序，采用ＦｐＫＭ法计算基因表达量，以ＦＤｒ≤０．００１且ｌｏｇ２ ｒａｔｉｏ（ΔｚｎＦ１／ｇｕｙ１１）≥１为筛选标准，获得ΔｚｎＦ１中．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马建荣 余永红 宋卉 刘戈飞 沈晓萌
【目的】拟运用生物信息学的方法对目标基因进行预测分析，为后续展开水稻白叶枯病菌FabG及脂肪酸代谢途径的实验室研究提供参考。【方法】利用大肠杆菌(Escherichia coli)FabG(EcFabG)序列，在Xoo PXO99~(A)菌株基因组中经同源性比对发现，PXO＿03085、PXO＿00989、PXO＿03629、PXO＿02411、PXO＿02878、PXO＿02709所编码蛋白与大肠杆菌FabG具有同源性，将该6个基因分别命名为XoofabG1～XoofabG6并将其编码蛋白命名为XooFabG1～XooFabG6。进一步运用生物信息学在线分析软件对这6个蛋白与EcFabG进行了理化性质、蛋白结构、亲水性、跨膜结构、信号肽、磷酸化位点及蛋白相互作用网络方面进行预测分析。【结果】6个蛋白（XooFabG1～XooFabG6）在理化性质、亲水性和信号肽方面区别较大，其中XooFabG1是一个不稳定蛋白，属于短链脱氢酶家族，具有酮脂酰ACP还原酶活性，但蛋白稳定性差，很可能与细菌应激状态下的反应有关。XooFabG3被标注为3-酮脂酰ACP还原酶，与EcFabG相比，功能相差较大，推测与辅因子和维生素的代谢相关。XooFabG5具有酮脂酰ACP还原酶结构域(KR domain)，但该结构域在蛋白质序列中所处位置与EcFabG相比差异较大，推测其催化底物可能与EcFabG不同。XooFabG6在各方面的性质与EcFabG最接近，推测XooFabG6为3-酮脂酰ACP还原酶并参与脂肪酸合成代谢。但XooFabG2和XooFabG4的功能还不明确。【结论】本文通过预测分析黄单胞菌水稻致病变种中6个同源蛋白的特性，推测了其中4个蛋白可能具有的功能，对研究Xoo的脂肪酸合成途径具有一定意义。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵佳福 周明帅 徐畅 杨秀远 陈祥
【目的】研究组织蛋白酶K（Cathepsin K，CTSK）和纤维连接蛋白1（Fibronectin 1，FN1）基因与黔北麻羊繁殖率之间的相互关系，为研究CTSK、FN1基因调控山羊卵泡发育的分子机制提供参考。【方法】通过生物信息学方法分析黔北麻羊CTSK、FN1蛋白理化性质、亚细胞定位、信号肽位点和蛋白高级结构，并进行氨基酸同源性分析，构建系统发育进化树；采用荧光定量PCR法检测CTSK、FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊性腺轴（下丘脑、垂体、子宫、输卵管、卵巢）中的表达量。【结果】CTSK、FN1基因分别编码330和2478个氨基酸，理论PI值分别为8.82和5.37，CTSK是一种具有信号肽的稳定亲水性蛋白，而FN1是一种具有信号肽的不稳定亲水性蛋白；亚细胞定位结果说明：CTSK蛋白可能主要在细胞外和内质网中发挥生物学作用，而FN1蛋白可能主要在细胞核中发挥生物学作用；高级结构预测结果显示，CTSK和FN1蛋白均主要由无规则卷曲构成；与其他动物相比，黔北麻羊CTSK、FN1基因均与反刍动物绵羊及牛的亲缘关系最近。qPCR分析表明：CTSK和FN1基因在单羔、多羔黔北麻羊下丘脑、垂体、子宫、输卵管和卵巢组织中均有表达，与单羔组相比，多羔组CTSK基因在卵巢、下丘脑、子宫中的表达量均极显著下调（P＜0.01），而FN1基因在下丘脑和子宫中的表达均极显著上调（P＜0.01），在卵巢中显著上调（P＜0.05）。【结论】CTSK基因表达量与黔北麻羊的繁殖性状呈负相关，FN1基因则呈正相关，CTSK和FN1基因均是影响黔北麻羊繁殖性能的重要候选基因。
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙斌 唐琳 张军芳 孙建富 崔岩 王英 王恩泽 李强 李香子
旨在克隆延边牛UCP1(Uncoupling protein-1)CDS区序列,利用RT-PCR技术和基因克隆获得延边牛UCP1基因,与其他物种进行同源性比对及构建系统进化树,利用生物信息学方法预测UCP1编码蛋白质的理化性质、潜在的磷酸化位点等性质,利用实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qPCR)方法检测UCP1基因在延边牛不同组织的表达丰度。结果显示,延边牛UCP1基因的CDS区全长749 bp,编码249个氨基酸。同源性比对发现延边牛UCP1基因与印度牛同源性为99.47%,系统进化树表明,延边牛与印度牛的亲缘关系最近和南美羊驼亲缘关系最远。UCP1蛋白缺乏稳定性,脂溶系数是91.53,网状红细胞于体外的半衰期是30 h,总平均亲水性等于0.212,预测其具一定亲水性。二级结构由α-螺旋(54.03%)、延伸链(12.90%)、无规卷曲(27.42%)和β-转角(5.65%)所构成的混合型蛋白。磷酸化位点和糖基化位点分析结果表明,UCP1共有21个磷酸位点,4个潜在的O-糖基化位点,3个N-糖基化潜在位点。UCP1基因的编码产物无跨膜螺旋(TMHs)结构,跨膜螺旋氨基酸残基数量的预测值19.008 57,蛋白质前60个氨基酸的跨膜螺旋数预测值为10.980 09,位于膜细胞质侧的总概率22.995%且属于非分泌蛋白。经实时荧光定量PCR(RT-PCR)可知,延边牛脂肪与小肠内UCP1基因表达水平相对较高,而在肌肉、心脏中的表达水平较低。该试验结果可为进一步研究该基因的功能提供借鉴。
[期刊] 水产学报
[作者]
王兴丽 汪开毓 陈德芳 朱劼垚 杨倩 贺扬 王二龙
为探究斑点叉尾鲖BPI1抗菌肽基因编码蛋白的结构特征,实验提取斑点叉尾鲖肾脏RNA,根据BPI1基因序列设计引物,利用PCR方法克隆BPI1基因并构建至原核表达载体p TWIN1中。构建成功的重组质粒p TWIN1-BPI1经原核表达,SDS-PAGE检测显示得到约为50 ku的融合蛋白,与预期结果相一致。通过生物信息学软件对BPI1基因编码的蛋白序列进行分析,结果显示,克隆所得斑点叉尾鲖BPI1基因编码一条由223个氨基酸残基组成的多肽,等电点为9.07,属于BPI超家族,是稳定的亲水蛋白。亚细胞定位B
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈岳文 康信聪 熊兴耀 刘东波
为验证Lacc1基因的功能,揭示灵芝漆酶基因及其启动子结构与其转录表达的内在关系,预测了Lacc1的氨基酸序列结构及灵芝漆酶注释基因Lacc1的上游启动子区域,研究已测序的菌株——灵芝P9在Cu2+诱导条件下漆酶基因Lacc1的表达情况。Protein Blast分析结果表明,Lacc1含有3个铜氧化酶(Cu-oxidase)保守结构域,与Polyporus ciliatus漆酶lcc3-3的相似性最高,为71%,并具有高度保守的漆酶特征序列L1-L4;亚细胞位置和信号肽预测结果表明,Lacc1含有信号肽,且为胞外分泌酶;Lacc1基因上游启动子区域包含1个TATAbox、3个金属响应元件(M...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王青云 王润青 方聪燕 侯佩 苏亮 李建平 宋梅芳 杨建平 李雪梅 吴大付
为克隆水稻蛋白磷酸酶6(PP6)催化亚基基因OsPP6C,并构建该基因的过表达载体以及进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术从水稻中花11叶片cDNA中扩增OsPP6C基因全长,并构建与GUS融合的pBI121-OsPP6CGUS表达载体。通过生物信息学方法分析了OsPP6C蛋白的理化性质、与拟南芥AtPP6C(即AtFyPP)之间的同源性以及不同物种间的系统发育关系,此外,对OsPP6C基因的启动子进行了顺式作用元件分析。结果表明,该基因转录序列包含一个912 bp的开放阅读框,编码303个氨基酸残基,蛋白的分子量约为3.47 kDa,等电点为5.13;具有疏水性,但不存在信号肽,属于非分...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘祥
对溶藻弧菌外膜蛋白ＯｍｐＵ进行分子克隆构建，抗原性生物信息学分析，为疫苗的开发奠定了基础。通过分子克隆获得ＯｍｐＵ蛋白的原核表达菌株，重组表达后利用切胶纯化获得ＯｍｐＵ蛋白，免疫小鼠制备抗血清，Ｗｅｓｔｅｒｎ ＢｌＯｔｔｉｎｇ检测发现ＯｍｐＵ蛋白具有很好的抗原性。采用在线软件预测ＯｍｐＵ为亲水的分泌型蛋白；存在多个酶切位点。采用ｔｍＨｍｍ ｓｅｒｖｅｒ ｖ．２．０程序预测ＯｍｐＵ无跨膜结构并定位于细胞膜外。通过ｓｉｇｎａｌ ｐ ４．１软件分析发现ＯｍｐＵ的１～２１位氨基酸为信号肽序列。ｓＯｐｍａ服务器预测ＯｍｐＵ的二级结构含无规则卷曲２７．９４％，α－螺旋为３３．２４％，β－转角为１０．２９％．．．
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