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[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨慧赞 吕敏 杨彦豪 卢天和 童潼 梁俊杰 杨秋月 张琴 黄峥 王瑞
为了解稻田养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与肠道菌群的相关性,实验采用16S rDNA高通量测序和生物信息学技术对稻田养殖红螯螯虾大个体(RB)组和小个体(RS)组肠道菌群的组成、多样性、指示物种、功能等进行比较分析。结果显示:RB组共产生615个OTUs(Operational taxonomic units),RS组共产生602个OTUs,共有OTUs为345个,特有OTUs分别为270个和257个。RB组和RS组的优势菌群相似,门水平主要为变形菌门(Proteobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、厚壁菌门(Firmicutes)等,属水平主要为Candidatus Bacilloplasma、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、梭菌属(Clostridium)等,但菌群组成存在差异。另外,RB组和RS组的指示物种和菌群代谢功能也存在差异。结果表明稻田养殖红螯螯虾个体大小与肠道菌群组成及其代谢功能有关,在相同的养殖环境和饲养方法条件下,肠道微生物可作为内在因素影响红螯螯虾的生长性能。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
袁若男 杨慧赞 黄黎明 黄峥 杜雪松 马元 吕敏 王瑞
【目的】探讨池塘养殖红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)个体大小与其肠道细菌间的关系,为筛选虾类肠道有益菌提供参考依据。【方法】提取池塘养殖红螯螯虾后肠样品的总DNA,采用16S rDNA高通量测序技术对其大个体组(PB组)和小个体组(PS组)肠道微生物进行测序,并进行生物信息学分析。【结果】在红螯螯虾后肠样品中,PB组共检出1211个分类操作单元(OTU),PS组共检出587个OTUs,其中365个OTUs为PB组和PS组肠道微生物共有。Alpha多样性分析结果显示,PB组红螯螯虾肠道微生物多样性的Chao1指数、Ace指数和Shannon指数均极显著高于PS组红螯螯虾(P<0.01)。PB和PS组红螯螯虾肠道微生物排名前十位的优势菌群在门、目和属水平上均相似,但菌群组成和指示物种存在差异,其中,在门水平上,PB组的优势菌门为厚壁菌门,占比42.87%,而PS组的优势菌门为变形菌门,占比59.77%;在目水平上,PB组的优势菌目为梭菌目,占比41.25%,而PS组的优势菌目为肠杆菌目,占比57.01%;在属水平上,PB组的优势菌属为梭菌属,占比30.83%,而PS组的优势菌属为柠檬酸杆菌属,占比36.07%;PB组的指示物种是厚壁菌门和浮霉菌门,而PS组的指示物种是变形菌门。此外,PB组和PS组的菌群代谢功能也存在差异,PB组除影响因子和聚糖生物合成与代谢的丰度显著低于于PS组外(P<0.05,下同),其他代谢(氨基酸代谢、外源生物降解与代谢及萜类化合物和聚酮类化合物代谢等)的丰度均显著高于PS组。【结论】与小个体红螯螯虾相比,大个体红螯螯虾肠道微生物的组成和丰度及其代谢功能明显占优。因此,在相同的养殖环境和饲养方法下,红螯螯虾肠道微生物组成和丰度及其代谢功能是影响红螯螯虾生长性能的内在因素之一。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
赵柳兰 龙亚男 张乐纪 张纯 徐来 刘巧 罗杰 杜宗君 杨淞
为了探究稻田和池塘养殖模式对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)肠道菌群、免疫力和肌肉风味影响，选取同一批次稻田和池塘的中华绒螯蟹在5月和10月对其肠道菌群、免疫酶活和肌肉游离氨基酸进行测定。结果表明：中华绒螯蟹肠道优势菌群为软壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门。在季节和养殖模式均对蟹的肠道菌群造成影响的情况下，季节变化对菌群变化的影响更大。从5月到10月，稻田养殖模式下中华绒螯蟹肠道菌群的丰富度和多样性均出现上升趋势，而池塘养殖模式下肠道菌群的丰富度和多样性则无显著变化。两种养殖模式下中华绒螯蟹肠道中的SOD(超氧化物歧化酶)在5月的活性均高于10月(P<0.05)；在10月，池塘模式下的免疫酶活性LZM（溶菌酶）和ACP（酸性磷酸酶）显著高于稻田模式(P< 0.05)。各组肌肉中均检测出17种游离氨基酸，呈味氨基酸中甜味氨基酸含量(TSAA)>总苦味氨基酸(TBAA)>总鲜味氨基酸(TUAA)，且池塘养殖模式下中华绒螯蟹肌肉中TSAA和总游离氨基酸TFAA高于稻田养殖模式下含量(P<0.05)。因此，池塘养殖模式较稻田养殖模式下的中华绒螯蟹肠道菌群时间上更稳定，免疫酶活更强，肌肉风味更优。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
韦永春 程顺 贾永义 迟美丽 刘士力 郑建波 李飞 刘一诺 顾志敏
以越冬红螯螯虾为对象,探讨其在不同亚硝酸盐浓度下的生理指标及肠道菌群变化情况。采用常规生物急性毒性试验法,得到亚硝酸盐胁迫下红螯螯虾的96 h半致死浓度为22.0 mg/L,安全浓度为2.2 mg/L。设置4个实验组,分别为A组(0 mg/L)、B组(0.5 mg/L)、C组(2.3 mg/L)和D组(5.0 mg/L),胁迫6周后取样检测。结果表明:各组成活率、肥满度、肝体指数无显著性差异(P>0.05),但D组成活率、体质量增加率、体长增加率最低。随亚硝酸盐浓度的增加,肝小管排列趋于混乱且大小出现差异,肝小管间结缔组织随之减少,产生空泡化,在D组中变化尤为明显。SOD活性随亚硝酸盐浓度升高而降低,在肝胰腺中,A组显著高于其他3组(P<0.05),D组显著低于其他3组(P<0.05);在肌肉中,A组显著高于C、D组(P<0.05),D组显著低于A、B组(P0.05);在肌肉中,A组显著低于C、D组(P<0.05)。免疫相关指标均随亚硝酸盐浓度升高而降低,在肝胰腺中,4组ACP、AKP活性均存在显著性差异(P<0.05),A组最高,D组最低;在肌肉中,A组ACP活性显著高于其他3组(P<0.05);4组AKP活性均存在显著性差异(P0.05)。能量代谢指标TG活性随亚硝酸盐浓度升高而降低,A组显著高于D组(P<0.05)。亚硝酸盐胁迫在一定程度上提高了肠杆菌科(Enterobacteriaceae)的比例,且菌群多样性D组最低,A组最高,亚硝酸盐导致了肠道菌群多样性的下降。
关键词：
红螯螯虾 亚硝酸盐 生理指标 肠道菌群
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘艳霞 张靖婧 周叶青 王荦 林志萍 丁君 常亚青
为探究北方吊笼养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道及其养殖环境菌群结构的关系，本研究基于高通量测序技术全面解析刺参肠道和养殖环境菌群结构和功能特征，并初步探讨刺参肠道及其养殖环境菌群相关性。结果显示，刺参肠道菌群丰度和多样性均显著高于养殖水体(P<0.05)。刺参肠道及养殖水体主要优势菌门均隶属于变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)，二者存在13个相对丰度大于0.1%的共有核心菌属。此外，肠道菌群具有一定的独立性，其特异性菌群主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes)和绿弯菌门(Chloroflexi)，以芽孢杆菌属(Bacillus)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)、海泥海球菌属(Halioglobus)、Lutimonas和Woeseia为代表。基于KEGG代谢通路数据库，共注释到300条三级代谢通路，其中146条存在极显著差异(P<0.001)。刺参肠道菌群差异代谢通路主要表现在代谢方面，具体表现为碳水化合物消化吸收、蛋白质消化吸收和鞘脂类代谢。研究表明，刺参肠道菌群种类与其养殖水体呈高度相似性，但相对丰度存在显著性差异。本研究结果旨为北方刺参吊笼健康养殖提供一定的理论依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘志刚 卢迈新 可小丽 王淼 张德锋
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
成永旭 刘洪天 常东 曾奇韬 孙中勇 李嘉尧
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王超男 黄凯 郭睿婕 于凯 曹鑫盛 李辉廷 莫翠琴
为研究饲料中不同脂肪源对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)生长、营养代谢及其肠道菌群组成的影响，本实验通过在人工配合饲料中分别添加5%的豆油(SO)、鱼油(FO)、猪油(LO)和混合油(豆油∶鱼油=1∶1,MO)作为主要脂肪源，对克氏原螯虾进行60 d饲喂实验后检测其生理生化指标与肠道菌群组成。结果显示：不同脂肪源对克氏原螯虾存活率与特定生长率影响显著，MO组存活率与特定生长率均为最高，LO组均显著低于其他组；营养代谢指标检测结果显示，LO组肝胰脏的脂肪酶、谷丙转氨酶、谷草转氨酶和血清的总胆固醇均显著高于其他实验组；运用16S rDNA高通量测序技术对肠道微生物组成进行测定，结果显示四个组共有优势菌属只有拟杆菌属(Bacteroides),可见脂肪源是克氏原螯虾肠道菌群的较大影响因素；未知的RsaHf231菌属和Anaerorhabdus＿furcosa＿group属是除了SO组外其他三组的共有优势菌群；柠檬酸杆菌属(Citrobacter)是SO组和FO组的优势菌群；Candidatus＿Bacilloplasma是MO组特有优势菌群。综上所述，混合油更能满足克氏原螯虾生长所需，其肠道菌群组成也更为稳定；猪油不适宜作为饲料单一脂肪源，易引起虾体肝胰脏损伤进而影响生长。
[期刊] 华北农学报
[作者]
徐增洪 赵朝阳 周鑫
比较研究克氏原螯虾两种稻田不同育苗、养殖模式,即在稻虾轮作中一种是稻田投放亲本虾自行繁殖育苗,自然越冬养殖即A模式;另一种是稻田搭建育苗大棚保温越冬养殖即B模式。从当年10月份至翌年3月份,测定包括产卵孵化的时间和比例、幼虾生长速度、成虾规格比例以及成本效益等指标,评估两种模式的养殖效果。结果表明:模式B较模式A亲虾产卵孵化时间明显提前,比例明显提高,幼虾生长速度加快,差异显著。6月份成虾起捕抽样统计,A模式30 g以上占30.8%,20～30 g占45.5%,20 g以下占23.7%,B模式30 g以上占52.6%,20～30 g占30.9%,20 g以下占16.5%,表明B模式的养殖效果明...
关键词：
克氏原螯虾 稻田养殖 模式
[期刊] 淡水渔业
[作者]
金玲 陈奕彬 李色东 刘萍 李健 吕建建
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周金敏 吴志新 曾令兵 王树云 毕鹏 陈孝煊
对黄颡鱼肠道及所处水体菌群的数量和组成进行了分析。结果显示,黄颡鱼各肠段中好氧和兼性厌氧菌数量的对数值分别为5.27±0.74、6.26±0.36、7.56±0.61。厌氧菌数量远大于好氧和兼性厌氧菌,相差约2～3个数量级,双歧杆菌为厌氧菌的优势菌。养殖水体中细菌数量的对数值为4.80±0.73,表明水体中营养盐浓度不高。黄颡鱼肠道与养殖水体中的优势菌基本相同,均为气单胞菌属、肠杆菌科和不动杆菌属。此外,对患细菌性出血病的黄颡鱼肠道菌群的研究结果显示,患病鱼肠道细菌数量显著增加,气单胞菌相比健康黄颡鱼增加18.3%～33.6%,细菌种类明显减少。表明气单胞菌等重要条件致病菌需要在一定条件下、达...
关键词：
黄颡鱼 肠道 水体 菌群
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈一铭 顾泽茂 李莉娟 陈天圣 袁军法
为揭示白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)感染克氏原螯虾(Procambarus clarkii)后对其肠道菌群的影响,运用16SrDNA基因的高通量测序技术分析健康与人工感染WSSV的克氏原螯虾的肠道菌群的组成及多样性。结果显示,感染组与对照组在肠道丰度及多样性无显著差异,但其优势菌群组成发生变化。对照组优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和软壁菌门(Tenericute),分别占75.42%和19.17%;感染组肠道优势菌门为变形菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),分别占78.14%和17.38%。利用LEfSe分析差异菌属发现,感染组与对照组相比,Candidatus bacilloplasma丰度显著减少(P<0.05),拟杆菌科(Bacteroidaceae)和黄杆菌科(Flavobacteria)的丰度显著上升(P<0.05)。此外,部分潜在病原菌如黄杆菌属(Flavobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)的丰度在感染后显著升高(P<0.05)。以上结果说明WSSV感染导致克氏原螯虾肠道菌群发生变化,提示WSSV或可通过干扰肠道稳态致病。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙振丽 宣引明 张皓 蒋明 潘云生 张益明 龚叶平 陆小平 余德山 薛仁宇 胡小龙 曹广力 贡成良
为了探讨南美白对虾（Ｐｅｎａｅｕｓ ｖａｎｎａｍｅｉ Ｂｏｏｎｅ）肠道及其养殖环境中细菌种群组成和分布，采用ｉｌｌｕｍｉｎａ ｍｉｓｅｑ测序平台，基于１６ｓ ｒ ｒｎａ基因的序列测定结果，对南美白对虾肠道及其养殖池塘底泥、水体中细菌的种群结构进行分析。结果显示，在南美白对虾肠道、养殖池塘底泥、水体分别检测到２０６、２６５和２７０个细菌属，其中，有９０个属在３个样品中均可检测到，底泥和水、底泥和虾肠道、水和虾肠道中检测到的共有细菌属分别为１４６、１２８和１１９个，表明养殖池塘底泥、水和肠道中细菌存在密切的相互作用。在底泥、水和虾肠道样品中丰度大于１％的优势菌属分别有２０、１７和１０个；底泥、水体．．．
[期刊] 淡水渔业
[作者]
程慧涛 戴远棠 阮炘贺 李育森 李丽华 段旭琢 单金红 贾弦泽 徐斌 王庆 赵会宏
为了解国内广东省湛江市、广东省佛山市、广东省惠州市、广西自治区南宁市、浙江省湖州市5个地区红螯螯虾养殖群体的遗传结构，我们鉴定了红螯螯虾8个微卫星位点。利用8个微卫星标记对5个地区的红螯螯虾养殖群体进行了遗传分析，8对引物在150个样本个体中共检测出237个等位基因。所有8个微卫星的等位基因数范围为2～10,平均为6.05。H_o和H_e平均值分别为0.490和0.614。每组的等位基因数在6.000(广西南宁GXNN)到6.625(广东佛山GDFS)之间。所有群体中平均H_e在0.593(广东惠州GDHZ)到0.646(广东湛江GDZJ)之间。由此可以看出种群的遗传多样性并未显著降低。F_(is)、F_(st)值、分子方差分析(AMOVA)结果显示，这些红螯螯虾群体大部分的遗传变异来源于种群内部，并且各个群体都保持着较高水平的遗传距离，其中GDZJ和ZJHZ群体之间遗传距离最大(0.107 7)。推测导致这些差异的产生可能是随机遗传漂变和人工选择。
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