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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
季舒涵 昝林森 王洪宝 刘艳妍
【目的】克隆秦川牛脂肪型脂肪酸结合蛋白(A-FABP)基因,并对其进行生物信息学分析,为深入研究A-FABP基因与秦川牛肉质性状的关系奠定基础。【方法】以秦川牛脂肪组织为材料,采用RT-PCR方法对牛A-FABP基因进行克隆。使用DNAMAN、NCBI等一系列在线软件及工具,对所得到的序列及其编码蛋白质的结构和特性等进行生物信息学分析。【结果】秦川牛A-FABP基因含有15个酶切位点,编码的蛋白分子质量为14.7 ku,二级结构主要以α-螺旋、不规则盘绕和延伸链为结构元件,含132个氨基酸,其中强碱性氨基酸18个,强酸性氨基酸19个,疏水氨基酸45个,不带电荷的极性氨基酸32个;含有6个蛋白激...
关键词：
A-FABP基因 生物信息学 秦川牛
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴晓云 阎萍 梁春年 郭宪 包鹏甲 裴杰 褚敏 丁学智 刘文博 焦斐 刘建
利用分子克隆技术获得了牦牛VEGF-A基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,牦牛VEGF-A基因包含一个573 bp的开放阅读框,编码190个氨基酸;其编码蛋白属于亲水性蛋白,具有明显的信号肽。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。VEGF-A基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,牦牛VEGF-A与黄牛、绵羊和成都麻羊等物种的VEGF-A氨基酸遗传距离较近,具有高度同源性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨永强 龚俞 焦仁刚 惠嫣婷 刘若余
为遗传效应分析及CRP2基因对牛生长调控的功能研究奠定基础,选取生长发育性状差异明显的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种CRP2基因第6外显子序列和部分3’-UTR(总长724 bp),切胶回收后对PCR产物进行双向测序,进行不同牛种CRP2基因SNPs筛查。结果表明:在CRP2基因有7个SNPs:T20G,C22G,T151C,T285A,T-157C,G-145A,G-85A,包括3个新的SNP位点(C22G,T-157C,G-85A)。CRP2基因第6外显子编码区有2个SNPs,包含1个错义突变(C22G,Gly→Ala)和1个同义突变(T20G);CRP...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李芬 周佩 杨婷 陈宁博 马云
以牛的血管生成素样蛋白2(Angiopoietin-like protein2,ANGPTL2)基因为研究对象,运用生物信息学方法对其编码的蛋白质结构、理化性质及功能结构域进行分析。结果表明:牛ANGPTL2基因cDNA全长21 141 bp,最长开放阅读框为1 482 bp,编码493个氨基酸;序列比对结果显示,牛的ANGPTL2基因与人、家犬、鸭嘴兽、原鸡、斑马鱼、家马、小家鼠、野猪的核苷酸序列同源性分别为25.3%,24.7%,24.2%,24.3%,24.8%,24.9%,25.3%,25.5%;牛AN-GPTL2基因编码的氨基酸序列与上述其他动物的同源性分别为98.0%,96.8%,...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐绮嫔 王寒 李计尚 周金伟 张于 沈留红 余树民 彭广能 曹随忠
【目的】克隆牦牛（Ｂｏｓ ｇｒｕｎｎｉｅｎｓ）精子相关抗原１１（ｓｐｅｒｍ－ＡｓｓｏｃｉＡｔｅｄ Ａｎｔｉｇｅｎ １１，ｓｐＡｇ１１）基因，并了解其分子结构特征，为进一步研究牦牛ｓｐＡｇ１１生物学功能奠定基础。【方法】从牦牛睾丸中提取总ｒｎＡ，ｒｔｐｃｒ扩增并克隆ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ基因，测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出牦牛ｓｐＡｇ１１基因３个亚型：ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ，序列大小分别是３５１，４０８和２６１Ｂｐ，分别编码１１７，１２９和８０个氨基酸，其中ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ序列包含１个完整开放阅读框（ｏｒＦ），ｓｐＡｇ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙雪婧 杜晓华 杨孝朴 罗玉柱 刘霞
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
关键词：
牦牛 胞红蛋白 基因克隆 生物信息学
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈亚冰 兰道亮 黄偲 林宝山 黄勇 李键
【目的】克隆并分析高原牦牛Toll样受体1基因(TLR1)的特点。【方法】提取麦洼牦牛脾脏RNA,反转录合成cDNA,以其为模板分段扩增后拼接获得麦洼牦牛TLR1基因编码区序列,采用相关分析软件对基因进行序列分析,并对其编码的蛋白质进行基本理化性质分析及预测。【结果】分段扩增获得了TLR1基因1 484bp的上游序列和823bp的下游序列,拼接后获得2 287bp的cDNA序列。TLR1基因系统进化树及同源性比对结果表明,TLR1基因极其保守,牦牛TLR1基因与黄牛、绵羊等哺乳动物遗传距离很近。预测TLR1基因含有1个2 184bp的开放阅读框,编码727个氨基酸,其编码蛋白的分子质量为83....
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
娄延岳 杜晓华 罗玉柱 刘霞 张磊
【目的】探讨甘南牦牛CYGB基因的分子结构特征及生理功能。【方法】提取甘南牦牛血样基因组DNA,以其为模板PCR分段扩增后拼接得到CYGB基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出甘南牦牛CYGB基因,其长度为8 484bp,含有4个外显子和3个内含子,外显子长度分别为143,232,164和34bp,内含子长度分别为5 175,280和2 379bp,可编码190个氨基酸残基,氨基酸编码存在明显的密码子偏倚现象。与普通牛相比较,甘南牦牛CYGB基因存在73处核苷酸变异位点,其中2处发生在外显子2区域,氨基酸序列未发生改变;71处发生在内含子区域。甘南牦牛CYGB拥有"three-over...
关键词：
甘南牦牛 胞红蛋白 基因 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
李亚兰 张全伟 王雪莹 马友记 张勇 赵兴绪
克隆天祝白牦牛脱嘌呤嘧啶核酸内切酶基因(APEX-1)全长cDNA序列,为研究天祝牦牛高原抗逆性机制提供理论基础。根据已知哺乳动物APEX-1基因cDNA序列同源性,设计引物以及5'和3'特异性引物,运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列。扩增获得天祝白牦牛APEX-1基因全长cDNA序列为1 391 bp(GenBank登录号:KF611690),ORF长957 bp,编码318个氨基酸。氨基酸序列分析显示天祝白牦牛APEX-1基因编码氨基酸序列与大多数哺乳动物相似,但有7个氨基酸突变。同源建模预测,显示天祝白牦牛APEX-1蛋白由8个α-螺旋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
[期刊] 华北农学报
[作者]
曾国敏 杜晓华 杨阳 梁春花 孙雪婧 刘霞
为了丰富牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因研究的基础数据，进一步探讨ＦＡＭ１３４Ｂ基因的生理功能，通过ＰＣＲ扩增和测序技术并结合生物信息学分析软件，对牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因进行克隆、测序以及相关生物信息学分析。克隆获得１ ０７９ ＢＰ的牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因，其中ＣＤＳ区全长１ ０７１ ＢＰ（Ｇｅｎ ＢＡｎｋ登录号：ｋＭ５８７６９３），编码３５６个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对，牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因在ＣＤＳ区存在３个碱基突变，其中第７２７位上碱基Ｃ→Ｔ的突变导致密码子ＣＣＣ→ＴＣＣ，使编码的氨基酸由脯氨酸变成丝氨酸。牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因编码蛋白的分子式为Ｃ１７０５Ｈ２６８６ｎ４４８Ｏ５７５Ｓ１３．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
范新阳 张永云 邱立华 陈涛 周芳廷 哈福 苗永旺
胃型LYZ c的主要功能是裂解反刍动物胃中的微生物,释放营养物质,为机体提供养分。为了揭示水牛胃型LYZ c基因的遗传特征,采用PCR产物直接测序技术,对66头河流型和158头沼泽型水牛样品胃型LYZ c基因完整编码区序列进行了变异检测,并结合已发表的牛科物种同源序列进行了比较基因组学和生物信息学分析。在水牛群体内共发现9个SNP位点,分别为c.87G>T、c.196G>A、c.228G>A、c.336G>C、c.351T>C、c.396C>T、c.423C>T、c.424G>A和c.438C>G,其中S
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡廷章 吴应梅 陈再刚 黄小云
半定量RT-PCR分析表明,水稻胚胎发育后期丰富蛋白基因OsLEA19a在水稻幼苗中的表达受干旱和高盐的诱导,说明OsLEA19a可能在水稻抗旱和抗盐中发挥作用。利用RT-PCR方法成功从水稻中克隆了OsLEA19a的cDNA。生物信息学分析表明,OsLEA19a基因编码一个由200个氨基酸残基组成的蛋白,蛋白分子量为20.48 kDa,等电点为5.89。OsLEA19a蛋白的5～48位氨基酸残基形成LEA_4结构域。OsLEA19a蛋白的二级结构有3个α-螺旋构象区域,没有伸展的β-片层构象,为亲水蛋白。进化树分析表明,OsLEA19a与单子叶植物第3组LEA蛋白的亲缘关系较近,而与双子叶植...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王朝风 岳耀敬 张勇 刘建斌 韩吉龙 赵兴绪 杨博辉
为研究藏羊VEGF-A基因编码区多态性与藏羊耐高寒、缺氧环境的相关性,以藏羊的血样为材料,运用DNA池测序和直接测序法检测VEGF-A基因的序列变异,比较其基因型频率和等位基因频率的差异,并对不同的多态位点间进行连锁不平衡和单倍型分析。然后预测蛋白质序列的改变,并用生物信息学软件对蛋白质序列的结构及性质进行分析。结果表明,在藏羊VEGF-A的编码区中有3个多态性位点,SNP2(g.15020T/A)碱基的突变导致了半胱氨酸变为丝氨酸。此氨基酸的变化并没有引起基因所编码蛋白的二级结构的变化。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。SNP1(g.15005T/A)的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体...
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴慧英 刘铀 贾汝敏 张丽
为了探明鹅就巢性产生的分子机理及不同鹅种之间的遗传分化,采用RT-PCR方法从四川白鹅垂体组织克隆到了PRL基因,并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列等进行了分析。四川白鹅PRL基因编码区含有690个核苷酸(Gen-Bank NO.GQ202542),编码229个氨基酸,与其他禽类PRL具有高度保守性;其中与东北白鹅和籽鹅的PRL基因核苷酸序列同源性最高,达到100%;与莱茵鹅、马岗鹅、皖西白鹅、浙东白鹅同源性达到99.4%～99.9%;与北京鸭和番鸭相比分别为98.6%和98.4%;与鹌鹑、家鸡、火鸡的同源性介于92.3%～93%。四川白鹅PRL蛋白二级结构由多个α螺旋和β转角及无规卷曲构成,...
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