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[期刊] 林业科学
[作者]
胡昳恒 党萌 张甜 罗桂春 夏海龙 周惠娟 呼东峰 贺亮 马振华 赵鹏
基于19个自然群体和10个栽培群体共359个个体的核糖体内转录间隔区(nr DNA ITS)序列分析,研究秦岭地区核桃的群体遗传多样性、群体遗传结构及单倍型地理分布。359条ITS序列上共有18个单倍型,表现出较低的遗传多样性(Hd=0.274,π=0.005 5),群体间单倍型遗传多样性差异较大(Hd=0~0.679,π=0~0.017)。Network单倍型网络分析表明,单倍型14和单倍型7比较原始,且栽培群体与自然群体之间对古老单倍型H14与H7有着明显的共享现象,基因流较强(Nm=48.62)。综合中性检验及失配分析的结果,可推断在近期历史上秦岭地区核桃没有发生过群体扩张事件。AMOV...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马艳芝 客绍英
【目的】利用ISSR标记和ITS序列分析方法,对11份柴胡种质进行鉴定和亲缘关系分析,为柴胡种质资源利用和进化分析提供理论依据。【方法】以取自不同省份的11份柴胡干品为材料,提取其基因组DNA,进行ISSR分析,利用DPS(V7.5)软件计算遗传距离,利用UPGMA方法进行聚类分析,构建11份柴胡样品的系统进化树。同时,利用ITS引物对柴胡样品进行PCR扩增和测序,利用DNAMAN软件分析11份柴胡种质的ITS序列,对其遗传相似性进行鉴定。【结果】从100条ISSR引物中筛选出21条扩增谱带清晰、多态性高的引物,利用这21条引物从11份柴胡样品中共获得185条扩增条带,其中156条条带呈现多态...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马艳芝
【目的】利用AFLP标记和ITS序列分析方法,对11份荆芥(Schizonepeta tenuifolia Briq.)种质进行分析鉴定,为荆芥种质资源鉴定和利用提供理论依据。【方法】以11份荆芥幼苗为材料,提取基因组DNA,利用6种引物组合对其进行AFLP标记分析。利用ITS引物对荆芥样品进行PCR扩增、测序,利用DNAMAN软件分析11份种质的ITS序列,对其进行鉴定。【结果】荆芥AFLP标记多态性不高,选用的6个引物组合扩增出条带241条,多态性条带154条,多态性比率为63.90%;对供试材料AF
关键词：
荆芥 AFLP ITS 种质资源
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吕芳 郭文 丁刚 刘玮 詹冬梅 吴海一
实验分别对2016和2017年我国近海10个铜藻漂浮地理种群以及3个定生种群的51个采集样本进行了ITS和cox I序列分析及相似性比对。结果表明,51个样本的cox I序列完全一致,ITS序列存在两个变异位点,按基因型的异同可分为四个类型,其中大连龙王塘、烟台大钦岛和南隍城岛的漂浮铜藻基因型相同,青岛金沙滩漂浮型、烟台大钦岛和大连獐子岛的定生铜藻基因型相同,威海俚岛和温州洞头的漂浮铜藻基因型相同,青岛雕塑园、王哥庄、大珠山、威海乳山的漂浮型和枸杞岛定生铜藻基因型相同,而同一种群内部即便是不同年份的个体间
[期刊] 华北农学报
[作者]
窦新杰 常玉梅 唐然 孙效文 陶然 王楠 梁利群 张丽霞
利用mt DNA COⅠ基因片段(有效长度635 bp)对来自达里湖(DL)、岗更湖(GG)、呼伦湖(HL)、黑龙江(HLJ)、松花江(SHJ)和乌苏里江(WSL)6个地理群体共72个样品进行了遗传多样性和遗传结构分析。从碱基组成来看,6个地理群体在COⅠ区段上的A+T含量(52.37%)明显高于G+C含量(47.67%),符合脊椎动物的碱基组成特点;从各项遗传参数来看,达里湖流域2个群体(DL和GG)的遗传多样性低于黑龙江流域4个群体(HL、HLJ、SHJ、WSL);6个群体共检测到20个单倍型,并共享1个单倍型,达里湖流域群体共享1个单倍型,黑龙江流域群体共享1个单倍型。虽然达里湖流域和黑...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
贾姝 赵奎华 刘长远 梁春浩 关天舒 王辉 张里 谢小平
为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
周丽青 杨爱国 王清印 吴彪 于涛
为充分了解我国魁蚶种质资源状况,准确定位魁蚶的养殖育种模式,本研究采用聚合酶链式反应(PCR)对采自山东蓬莱(PL)、山东黄岛(HD)、江苏前三岛(QSD)及韩国统营(KTY)4个地理群体魁蚶样本的核糖体RNA两个内转录间隔区域(ITS-1和ITS-2)进行扩增,经测序比对后分别获得长度为468bp和541bp(包含引物、插入/缺失位点)的序列。序列比对结果表明,ITS区序列变异相对较高,但4个群体的碱基组成基本一致;4个群体的ITS区序列均表现出丰富的遗传多样性,HD群体最为丰富,该群体在ITS区序列上的变异位点数也最多,HD和QSD群体共同变异位点多且集中。对不同个体间的遗传距离和分子系统...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘芳 林英任 王士娟 高小明 陈莉 贾国军
通过组织分离法对采自安徽各地的悬钩子皮下盘菌(Hypoderma rubi)鲜材料进行分离培养,共获得12个纯菌株,对各菌株进行DNA提取、rDNA-ITS区PCR扩增和序列测定.序列比较分析表明,悬钩子皮下盘菌ITS序列长度为443-456bp,G+C含量为48.7%-51.5%;不同菌株间的ITS区序列变异较大,该菌种内遗传多样性丰富.同时利用MEGA 4.1软件中的邻接法(neighbour-joining method,NJ)构建系统发育树表明,寄主种类对悬钩子皮下盘菌种内遗传多样性会产生较大影响,木本植物和草本植物上的悬钩子皮下盘菌菌株可能是亲缘关系较远的2个类群;该菌种内遗传差异与...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
赵凯歌 陈龙清
该文旨在探讨适合于扩增蜡梅科植物ITS序列的PCR反应条件。试验中设计了2个新引物来扩增整个核糖体RNA基因(nrDNA)的ITS序列,进行了4种引物组合、2种扩增程序、7种Mg~(2+)浓度、4种dNTP浓度和3种二甲基亚砜浓度的比较。结果表明:当反应体系中Mg~(2+)浓度为1.8 mmol/L,dNTP为2 mmol/L,含5%二甲基亚砜,扩增时先进行两步预扩增,反应效果最好。文中还对引物的设计进行了探讨,认为当所选用的植物可能有寄生真菌时,最好不用与真菌同源的引物。最后提出了几点引物设计的注意事项。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘振 赵洋 杨培迪 成杨 刘本英 李游勇 杨阳
【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(44
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王洪秀 魏云辉 靳亮 胡中娥 李菁 陈庆隆 李胜杰 钟国祥
采用ＩＴＳ序列分析方法，对供试１８株（４株野生菌株、７株工厂化栽培菌株、５株经钴６０辐照诱变菌株和２株搭载神十的航天诱变菌株）茶树菇菌株进行研究。结果表明，供试菌种的ＩＴＳ序列长度为７０３～７２１ ｂｐ，与Ｇｅｎ ｂａｎｋ数据库中茶树菇菌种的ＩＴＳ序列相似度为９９％以上，在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为６个类群，其中Ｃｈａ３与Ｃｈａ３Ｓｈｅｎ，ａＳ－２与ａＳ－２－６００，ａＳ－１与ａＳ－１Ｓｈｅｎ、ａＳ－１－７００，分别聚在了不同的类群，说明这７株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ＩＴＳ序列存在着种内的变异。ＩＴＳ序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 吴晓微 李兴文 裴鲁青
用核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)和叶绿体rbcL基因对小球藻属(Chlorella)6株小球藻的种间和种内关系进行了分析。克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列(ITS和rbcL序列各为15条)一起进行比较分析。结果显示:ITS序列长度在小球藻种内高度保守,在种间变异较大;而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守。15株小球藻ITS序列间遗传距离在0.000~0.663之间;而15株小球藻rbcL序列间距离在0.000~0.216之间。6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系;蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近;椭圆小球藻C...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
侯丽冰 贺伟 刘小勇 杨佐忠
首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区 (ITS)序列进行了测定 ,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较 .运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果 :我国Cron artiumflaccidum和C .quercuum的菌株各自分别形成一个分支 ,而C .ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支 ,红松上和华山松上的C .ribicola相互间遗传距离很大 ,分别和其它的种平行 ,该结果显示了原来被鉴定为C .ribicola的我国特有的华山松疱锈菌 ,可能是一个不同于C .ribicola的独立的种 .
关键词：
松干锈菌 柱锈菌属 ITS
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