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[期刊] 图书情报知识
[作者]
韩涛
科学数据的高速增长和科研工作者对信息获取日益提升的需求,要求科学数据库与科学文献库能实现集成信息服务,达到跨异构库知识发现的目的。本文以生物信息学为例,重点研究了生物信息学科学数据库与文献库的两种相关关系:外部关联和内部关联。前者主要是基于两者的外部相似性建立的交叉引用关系,后者则在内容层面直至知识层面实现两者的聚合和知识关联。
[期刊] 国家图书馆学刊
[作者]
卫军朝
数据密集型科研环境下,将科学数据与科学文献相关联,形成科学内容的完整体,使文献和数据共同服务于科学研究,成为期刊界、数据库出版商、科研组织等关心的热点问题。文章以Elsevier出版集团的科学文献与科学数据关联实践为研究对象,调研其具体关联行为,深入分析四种关联方式,以期为我国图书馆界开展科学文献与科学数据关联提供有益参考。
[期刊] 图书馆论坛
[作者]
戚筠 何琳
深化对国内外领域数据库FAIR原则实践研究，奠定进一步开展科学数据的管理工作布局与实践基础，为不同学科领域的数据开放路径提供支持。采用文本分析法对国内外11个生物信息学领域数据库的介绍文献内容进行编码，探索其FAIR原则实践进展。通过分析生物信息学领域数据库的可发现、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则实践，发现FAIR原则在生物信息学领域的数据实践研究中存在管理与应用两方面的不足。建议在后续FAIR原则实践中，生物信息学领域数据库在设计和管理上规范标准并不断创新，丰富领域数据相关描述，遵循通用且符合FAIR原则的数据库规定，实现领域中各数据库平台的互联互通，提高数据开放共享。
[期刊] 草业科学
[作者]
宋辉
生物学家亟需应用生物信息学方法解决生命科学的问题。目前,草业科学专业尚未普及生物信息学课程。但是,部分草类植物已完成全基因组测序,需精通生物信息学知识的人才解决相关科学问题。基于以上考虑,青岛农业大学草业科学专业开设了生物信息学课程。通过对教学过程遇到问题的思考,对授课内容进行了优化,已收到良好教学反馈。通过对草业科学专业生物信息学课程的教学探索发现,在授课过程同时兼顾理论知识的讲授和软件工具的操作,具有良好的教学反馈;尤为重要的是,学生通过掌握生物信息学软件的操作,能够深刻理解理论知识。本文通过对青岛农业大学草业科学专业生物信息学授课的探索,为其他院校草业科学专业开设该门课程提供参考。
[期刊] 情报学报
[作者]
黄科 曹家树 吴秋云 温庆放
生物信息学是生物技术的核心 ,是一门由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科。本文介绍了生物信息学的概念 ,分析了发展生物信息学对现今科学发展的重大意义。根据生物信息学的发展特点 ,具体分析了生物信息学研究的内容 :基因组序列的分析 ;基因进化 ;药物设计 ;基因区域预测 ;基因功能预测 ;蛋白质结构预测。评述了生物信息学发展的现状 ,指出我国生物信息学发展中存在的问题 ,并对我国发展生物信息学提出了一些建议。最后分析了生物信息学发展的方向 ,展望了生物信息学的发展前景
关键词：
生物信息学 生命科学 新兴学科
[期刊] 中国图书馆学报
[作者]
黄水清 马俊岭
将非相关文献知识发现方法应用于汉语社会科学文献,并具体以1989-2008年间国内核心期刊上发表的农业经济学论文为文献源,实施非相关文献知识发现运算,筛选得到"世界贸易组织"与"原教旨主义"、"马尔萨斯"与"生态学"、"区域农业保险费率"与"地理信息系统"等三对有意义的关联概念。验证结果表明,这些概念间的关联是正确的,可作为农业经济领域的新知识。由此证明,在社会科学领域非相关文献知识发现方法可以为寻找研究方向与研究课题提供新思路。参考文献36。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘金定 王权 黄水清 沈其荣
[目的]本研究旨在全基因组范围内识别木霉(Trichoderma guizhouense) NJAU 4742(NJAU 4742)的长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),探究lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[方法]用链特异性RNA-seq技术,对重寄生过程中与病原菌互作接触前、后以及独立培养的木霉菌进行转录组测序;构建生物信息学流程,识别lncRNA并用RSEM和DESeq2软件分析lncRNA在重寄生过程中的表达情况;对lncRNA的靶标预测和表达情况进行分析,探索lncRNA在重寄生过程中可能参与的调控作用。[结果]在木霉NJAU 4742中识别了1 676个lncRNA,其中包含1 049个基因间型lncRNA,590个反义型lncRNA,32个正义型lncRNA以及5个内含子型lncRNA。与编码基因相比,lncRNA的外显子数量偏少,序列长度偏短,表达量偏低,在基因组上的跨度偏短。靶标预测结果显示:1 496个lncRNA能够靶向2 269个蛋白编码基因,其中1 492个lncRNA以顺式作用形式靶向2 262个编码基因,4个lncRNA以反式作用形式靶向7个编码基因。GO功能分类结果显示:代谢过程(metabolic process)、催化活性(catalytic activity)和细胞过程(cellular process)是lncRNA靶标分布数量较多的3个类别。KEGG通路分析结果显示:信号转导(signal transduction)、转运与分解代谢(transport and catabolism)和碳水化合物代谢(carbohydrate metabolism)是lncRNA靶标分布数量较多的3类通路。进一步分析发现:147个lncRNA靶向编码碳水化合物活性酶和蛋白酶的基因以及次生代谢物合成相关的基因,其中30个lncRNA在重寄生过程中表达水平发生显著变化,有10个lncRNA的表达和靶标基因显著相关。[结论]木霉在NJAU 4742中存在长链非编码RNA,部分成员参与对病原菌重寄生过程的调控。
[期刊] 情报学报
[作者]
万跃华 何立民
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进...
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
杨文 韩涛 孙志茹
在分析生物信息学领域已有数据库、整合平台的基础上,归结了目前生物学数据库融合的两种模式:交叉引用模式和集成模式,并总结了目前系统的不足及数据库融合面临的困难,为进一步研究序列库与文献库的整合打下基础。
关键词：
生物信息学 数据库 整合
[期刊] 图书馆论坛
[作者]
丁培
文章系统梳理、总结科学文献和科学数据在引用、元数据、细粒度语义等多维度上的关联研究；重点分析建立以语义标注为核心技术的文献和数据间细粒度内容语义关联模型的关键步骤，包括文献和科学数据语义标注流程、技术、难点，语义关联发现方式等；通过Ｕｎｉ Ｐｒｏｔ案例验证了基于本体、利用语义标注技术实现科学数据与文献间关联方法的可行性。该方法既需要高质量的人工标注集，也需要借助计算机机器学习方法。
[期刊] 图书馆论坛
[作者]
姜晓虹
通过对“华南环境科学文献信息开放式数据平台”建设目的意义的论述及可行性分析 ,提出了构建华南环境科学文献信息开放式数据平台的初步设想 ,并就其系统平台构架、文献数据库内容、主要研发路线以及实现的目标作了详细探讨。
关键词：
环境科学 文献 信息 数据库
[期刊] 数字图书馆论坛
[作者]
高飞 石蕾 王健 张贵兰 刘建平
通过对科学数据用户相关性判断行为的研究,探索科学数据相关性判断过程中所使用的指标及模式,加深对科学数据相关性判定机制的理解,为设计开发智能化数据搜索引擎提供算法和理论支撑。使用出声思考和事后访谈两种方法对用户相关性判断行为进行研究。数据在真实的环境中收集,使用摄像机记录实验过程,采用扎根理论对访谈数据进行编码分析。在定性研究的基础上设计问卷,开展大样本问卷调查。科学数据用户相关性判断过程使用的标准可以分为数据本体性和数据可用性两类,共9个指标。与其他信息类型相比,科学数据检索有更强的目的性,相关性判断过程
关键词：
信息检索 科学数据 用户相关性 标准
[期刊] 图书情报工作
[作者]
张贵兰 王健 周国民 刘建平 韦草原
[目的/意义]以透镜理论为依据,从认知加工的角度出发,研究科学数据用户如何在数据共享平台中选取合适的数据。[方法/过程]研究分两个阶段进行,第一阶段选取14位被试通过半结构化访谈初步获取科学数据相关性标准集合及其使用情况;第二阶段通过发放671份问卷获取相关性标准的重要性,并对第一阶段获取的相关性标准内涵进行验证。[结果/结论]最终得到9个科学数据相关性标准,分别为主题性、可获得性、全面性、时效性、权威性、质量、便利性、规范性和可用性,并对其内涵进行了界定和验证。研究结果发现,全面性和规范性是科学数据的新增标准;可获得性、可用性和便利性存在很强的关联性;质量和规范性存在很强的关联性;质量与权威性虽然不相关,却保持一致的判断趋势。在未来的研究中为真正提升检索效率,改进检索系统,除考虑用户经常使用的标准之外,还要发掘那些使用频率不高但是很重要的标准。
关键词：
科学数据 信息载体 相关性 相关性标准
[期刊] 图书情报工作
[作者]
张贵兰 王健 周国民 刘建平 韦草原
[目的/意义]以透镜理论为依据,从认知加工的角度出发,研究科学数据用户如何在数据共享平台中选取合适的数据。[方法/过程]研究分两个阶段进行,第一阶段选取14位被试通过半结构化访谈初步获取科学数据相关性标准集合及其使用情况;第二阶段通过发放671份问卷获取相关性标准的重要性,并对第一阶段获取的相关性标准内涵进行验证。[结果/结论]最终得到9个科学数据相关性标准,分别为主题性、可获得性、全面性、时效性、权威性、质量、便利性、规范性和可用性,并对其内涵进行了界定和验证。研究结果发现,全面性和规范性是科学数据的新增标准;可获得性、可用性和便利性存在很强的关联性;质量和规范性存在很强的关联性;质量与权威性虽然不相关,却保持一致的判断趋势。在未来的研究中为真正提升检索效率,改进检索系统,除考虑用户经常使用的标准之外,还要发掘那些使用频率不高但是很重要的标准。
关键词：
科学数据 信息载体 相关性 相关性标准
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭佳红 张铭
数据挖掘是一个崭新的计算机应用领域,而生物信息学是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科.综述了数据挖掘技术的内容、过程、方法和模式,介绍了生物信息学的内涵和新的应用技术,同时探索了数据挖掘技术对生物信息挖掘应用的途径.
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