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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
朱坚 刘新锐 谢宝贵 刘福阳 邓优锦 熊芳
对36个命名为秀珍菇的菌株进行ITS特异性扩增,结果显示菌株间没有多态性.根据ITS-RFLP及ITS序列,将36个菌株分为两类,第1类菌株包括Pl.g 0003、Pl.g 0006、Pl.g 0009、Pl.g 0016和Pl.g 0026,是糙皮侧耳,不是秀珍菇;余下31个菌株归入第2类,是凤尾菇,也不是秀珍菇.ITS-RFLP可应用于商业秀珍菇种性的鉴定.
关键词：
秀珍菇 同名异物 ITS-RFLP
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王波 刘勇 赵小青 王一 王泽生
对采自四川和西藏的双孢蘑菇(Agaricus bisporus)和蘑菇(A.campestris)9个野生菌株,以及双孢蘑菇5个栽培菌株为材料,进行了ITS-RFLP分析。结果表明,ITS-PCR条带约为750 bp,5种限制性内切酶(MspⅠ、HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)的ITS-RFLP分析结果为,只有4种限制性内切酶(HinfⅠ、HaeⅡ、AulⅠ、TaqⅠ)产生多态性条带,但完全能将双孢蘑菇和蘑菇区分的限制性内切酶为TaqⅠ;对5种限制性内切酶的ITS-RFLP分析数据进行聚类结果为,在相似系数为0.615水平以下分为2个类群,并将双孢蘑菇和蘑菇区分开;在相似系数为0.9...
关键词：
野生 双孢蘑菇 蘑菇 ITS RFLP
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王伟科 宋吉玲 闫静 袁卫东 陆娜
[目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量c DNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测。[结果]共获得81 693个非重复序列基因(universal gene,Uni Gene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的Uni Gene数量为61 306个。NR数据分析显示,秀珍菇已比对的Uni Gene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的 86.1%。同时,对秀珍菇转录组的Uni Gene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14 315个Uni Gene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1 683、1 241、1 243和1 372个,表明富集在上述通路中的Uni Gene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用。通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10 967和10 683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2 102个位点发生A/C颠换。通过查找分析SSR位点发现,共获得7 574个SSR位点,占Uni Gene总数的比例为9.27%。其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14%,其次为三核苷酸重复类型,为31.94%。[结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
朱坚 高巍 林伯德 孙淑静 郑昭 杨洁 谢宝贵
应用SRAP对金针菇种质资源进行评价.选用多态性好的7对SRAP引物对30个来源不同、各具代表性的供试菌株进行PCR,共获得92条重复性良好的DNA条带,其中多态性条带79条,占85.9%;用SPSS软件计算相似系数和进行平均法聚类分析,白色菌株之间遗传差距较小,黄色菌株之间遗传差距大,30个供试菌株可分为14类.本研究还表明,SRAP具有高效、稳定、重复性好的特点,可应用于遗传连锁群构建、品种鉴别及分子标记辅助育种等研究.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马艳芝 客绍英
【目的】利用ISSR标记和ITS序列分析方法,对11份柴胡种质进行鉴定和亲缘关系分析,为柴胡种质资源利用和进化分析提供理论依据。【方法】以取自不同省份的11份柴胡干品为材料,提取其基因组DNA,进行ISSR分析,利用DPS(V7.5)软件计算遗传距离,利用UPGMA方法进行聚类分析,构建11份柴胡样品的系统进化树。同时,利用ITS引物对柴胡样品进行PCR扩增和测序,利用DNAMAN软件分析11份柴胡种质的ITS序列,对其遗传相似性进行鉴定。【结果】从100条ISSR引物中筛选出21条扩增谱带清晰、多态性高的引物,利用这21条引物从11份柴胡样品中共获得185条扩增条带,其中156条条带呈现多态...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈仁芳 余茂德 刘秀群 陈龙清
目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5...
关键词：
桑 ITS 指纹鉴别 进化关系
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马艳芝
【目的】利用AFLP标记和ITS序列分析方法,对11份荆芥(Schizonepeta tenuifolia Briq.)种质进行分析鉴定,为荆芥种质资源鉴定和利用提供理论依据。【方法】以11份荆芥幼苗为材料,提取基因组DNA,利用6种引物组合对其进行AFLP标记分析。利用ITS引物对荆芥样品进行PCR扩增、测序,利用DNAMAN软件分析11份种质的ITS序列,对其进行鉴定。【结果】荆芥AFLP标记多态性不高,选用的6个引物组合扩增出条带241条,多态性条带154条,多态性比率为63.90%;对供试材料AF
关键词：
荆芥 AFLP ITS 种质资源
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贾定洪 郑林用 郭勇 王波 甘炳成 黄忠乾 彭卫红
采用ITS PCR-RFLP方法对5个野生木耳属菌株进行分析,并以7个黑木耳栽培菌株和1个毛木耳菌株为参照。通过6个限制性内切酶消化共获得20条清晰易辨的多态性DNA条带,使用NTSYSpc2.1生物软件对DNA条带信息进行分析,结果显示:13个木耳属菌株的遗传相似系数变异范围为0.500~1.000,遗传相似系数变化较大;13个供试菌株在相似系数为0.547时聚在一起,在0.721时聚为3个类群;实验结果支持Auhm、Au5931和Au59641为黑木耳属菌株;Audx菌株鉴定为毛木耳属菌株。研究结果表明ITS PCR-RFLP技术可为区别黑木耳和毛木耳菌株提供重要信息。
关键词：
黑木耳 毛木耳 遗传鉴定
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈雪凤 郎宁 韦仕岩 吴圣进 王灿琴 吴小建 苏启臣 蓝桃菊
[目的]筛选出不同种源关系的优良反季节秀珍菇栽培菌株,为广西反季节秀珍菇优良栽培种源的选择及今后优良菌株的选育提供理论依据。[方法]通过8个菌株的栽培品比试验,观测菌丝后期生长、出菇、黄斑病发病、子实体性状等特性,对8个菌株进行农艺性状评价;对8个菌株的DNA进行ISSR-PCR产物扩增电泳检测,以ISSR聚类分析图谱判定菌株的亲缘关系。[结果]菌丝生长后期不吐黄水、黄斑病发病率低、出菇整齐、产量高的菌株是台秀57(农)、广温秀珍和台秀(天达)菌株;子实体灰黑色且性状较好的菌株是台秀57(农)和秀珍P-6菌株;8个菌株遗传相似性水平为0.59～0.77,在0.59水平上8个菌株分为2个群,在0.68水平上分为4个群。[结论]综合分子遗传及栽培性状而言:台秀57(农)菌株各项栽培性状均表现较好,可以进行栽培推广;秀珍P-6、广温秀珍和台秀(天达)菌株可做育种材料。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周思琦 龚文兵 夏志兰 吴秋云 王亚东
利用GenBank数据库中秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)的全基因组序列进行简单重复序列(SSR)位点挖掘。在秀珍菇PM＿ss5基因组中共检测出2348个SSR位点，相对丰度为平均1 Mb中含有59个SSR位点；所有SSR位点中，以二核苷酸SSR为主(51.8%)，三核苷酸SSR次之(27.7%)；经鉴定的秀珍菇SSR位点包含141种碱基基序，优势碱基基序为GA/TC、CT/AG;SSR长度变化范围为10～156 bp，其中，10～15 bp的SSR位点占比为77.2%；在秀珍菇和其他4种侧耳属真菌基因组中，都是以短核苷酸SSR为主，秀珍菇二核苷酸SSR占比高于其他侧耳属菌株；利用筛选的53对多态性引物对18个秀珍菇菌株进行遗传多样性分析，结果发现参试菌株表现出中度遗传多样性，平均Shannon信息指数为0.38，平均Nei’s基因多样性为0.23，平均有效等位基因数为1.35。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨燕 田鸿 张小平 毋校辉 罗金洲
【目的】目前羊肚菌栽培菌种品性退化,羊肚菌种质资源的筛选评价对于选育优质新品质具有重要意义。【方法】本研究采用核糖体DNA转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)序列分析技术,对收集到的18个羊肚菌菌株进行菌株鉴定和系统发育分析,同时应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记手段,进行遗传多样性以及亲缘关系分析。【结果】10个菌株为梯棱羊肚菌(Morchella importuna),2个为六妹羊肚菌(Morchella sextelata),4个为高羊肚菌(Morchella elata),2个野生羊肚菌为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)。ISSR聚类分析显示出供试菌株的总体相似性为0.52,相似系数为0.54时聚为两大类群。【结论】18株菌株间具有明显的遗传多样性。
关键词：
羊肚菌 ITS ISSR 系统发育
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘勇 王波 甘炳成 张小平
对四川德昌不同地区的39个野生香菇菌株进行了菌丝生长速度、酯酶同工酶和CMC酶相对活性分析。结果表明,基于酯酶同工酶的遗传相似性聚类图,在相似系数0.5的水平上,可划分为5大类群,具有丰富遗传多样性,且同一地理来源的菌株之间并无明显的遗传相关性。39个菌株菌丝生长速度差异显著,平均长速介于0.119~0.450 cm/d;CMC酶相对活性存在显著差异,平均相对活性介于0~0.283 cm/d。菌丝生长速度与CMC酶相对活性无必然联系。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
贾定洪 彭卫红 王波 黄忠乾 谭伟 甘炳成 郑林用
以香菇栽培袋分离菌株为研究材料,以香菇931-9为对照菌株,采用ITS及β-tubulin序列分析方法对研究材料进行鉴定。结果表明,香菇栽培袋是2种香菇菌株菌丝的混杂,与对照菌株931-9不是同一个菌株,证实青川县香菇栽培袋分离菌株与对照菌株931-9不是同一菌株。
关键词：
香菇 ITS β-tubulin 鉴定
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王洪秀 魏云辉 靳亮 胡中娥 李菁 陈庆隆 李胜杰 钟国祥
采用ＩＴＳ序列分析方法，对供试１８株（４株野生菌株、７株工厂化栽培菌株、５株经钴６０辐照诱变菌株和２株搭载神十的航天诱变菌株）茶树菇菌株进行研究。结果表明，供试菌种的ＩＴＳ序列长度为７０３～７２１ ｂｐ，与Ｇｅｎ ｂａｎｋ数据库中茶树菇菌种的ＩＴＳ序列相似度为９９％以上，在种的水平上证明供试菌种为茶树菇。运用构建的系统发育树将供试菌种聚为６个类群，其中Ｃｈａ３与Ｃｈａ３Ｓｈｅｎ，ａＳ－２与ａＳ－２－６００，ａＳ－１与ａＳ－１Ｓｈｅｎ、ａＳ－１－７００，分别聚在了不同的类群，说明这７株茶树菇菌株可能由于辐照或航天诱变后使得ＩＴＳ序列存在着种内的变异。ＩＴＳ序列分析结果从系统发育角度反映出了研究菌．．．
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