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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
薄淑文 韩长志
糖苷水解酶（GH）作为植物病原菌侵染、破坏植物细胞壁的重要酶类，在其致病过程中发挥着重要作用。为了解禾谷炭疽菌GH蛋白之间的互作机制，本研究基于前期所获的禾谷炭疽菌GH蛋白，通过STRING网络在线分析不同GH蛋白之间的互作关系，利用ProtComp v 9.0在线分析GH蛋白的亚细胞定位，通过ClustalX和MEGA 11软件对GH蛋白进行多重比对和构建系统进化树，，并选取互作关系多的蛋白通过GRAMM在线软件进行分子对接。结果显示，禾谷炭疽菌中89个GH蛋白之间的互作表现为三大类的聚集关系，其中，I类聚集了34个GH蛋白，II类聚集了33个GH蛋白，III类聚集了22个GH蛋白。这些GH蛋白之间有3种互作情况，即不同亚类GH蛋白之间的互作、同一亚类中不同GH蛋白之间的互作以及不存在互作关系；85个GH蛋白定位于细胞外（分泌），仅4个GH蛋白定位于细胞核、内质网、细胞质膜。系统发育树分为四大类，有一些GH亚家族蛋白只存在于一类中，也有一些GH亚家族蛋白同时存在于两类及两类以上中；分子对接发现，互作蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸残基位点，蛋白之间可通过氢键相互作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯强 韩长志
【目的】植物病原真菌中的糖苷水解酶(GH)是参与破坏植物细胞壁的重要酶类，在真菌致病过程中发挥着重要作用。了解核桃炭疽病菌中GH蛋白的互作蛋白及其遗传关系，可为深入研究该病菌中GH家族蛋白的协同作用机制提供参考。【方法】基于前期所获得的胶孢炭疽菌Cg1中20个GH蛋白，通过STRING网络在线分析与其相似性较高的两个炭疽菌种——胶孢炭疽菌Cg-14和果生炭疽菌Nara gc5相关蛋白的互作关系；同时，利用生物信息学分析工具对这些蛋白进行了分子对接、亚细胞定位及遗传关系分析。【结果】两个炭疽菌菌株GH蛋白的互作情况极为相似。其中：GH5的互作蛋白数量最多，且GH5、GH6、GH7、GH11之间均存在明显互作关系；GH28亚家族中两个蛋白之间互作但不与其他GH亚家族蛋白互作；与单独GH蛋白存在互作关系的其他类蛋白多参与多糖催化、碳水化合物代谢等过程。不同蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸位点；仅GH72亚家族中的3个蛋白定位于质膜，其余蛋白均定位于细胞外；胶孢炭疽菌Cg1、Cg-14以及果生炭疽菌Nara gc5中GH蛋白明显分为四大类。其中：GH43亚家族中的3个蛋白分属于不同分支，亲缘关系较远；GH5中的3个蛋白有两个属于同一分支，另一个单独在一个分支；而GH7、GH11、GH28亚家族内部的蛋白均属于同一分支。【结论】核桃炭疽病菌中GH蛋白的互作关系主要有3种，即不同GH蛋白之间的互作、同一GH亚家族中不同蛋白之间的互作以及单独的GH蛋白。其中，大部分GH蛋白定位于细胞外，且大多数GH亚家族中不同蛋白之间的亲缘关系较近，仅有小部分亲缘关系较远。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张凯强 韩长志
植物病原真菌中的糖苷水解酶（GH）是参与破坏植物细胞壁的重要酶类，在其致病过程中发挥着重要作用。基于前期所获得的胶孢炭疽菌Cg1中20个GH蛋白，通过STRING网络在线分析与其相似性较高的两个炭疽菌种——胶孢炭疽菌Cg-14和果生炭疽菌Nara gc5相关蛋白的互作关系。结果发现，两个炭疽菌菌株GH蛋白的互作情况极为相似。其中：GH5的互作蛋白数量最多，且GH5、GH6、GH7、GH11之间均存在明显互作关系；GH28亚家族中两个蛋白之间互作但不与其他GH亚家族蛋白互作；与单独GH蛋白存在互作关系的其他类蛋白多参与多糖催化、碳水化合物代谢等过程。此外，利用生物信息学分析工具对上述蛋白进行了分子对接、亚细胞定位及遗传关系分析。结果发现：不同蛋白之间均存在多个相互作用的氨基酸位点；仅归属于GH72亚家族的3个蛋白定位于质膜，其余蛋白均定位于细胞外；胶孢炭疽菌Cg1、Cg-14以及果生炭疽菌Nara gc5中GH蛋白明显分为四大类。其中：GH43亚家族中的3个蛋白分属于不同分支，亲缘关系较远；GH5中的3个蛋白有两个属于同一分支，另一个单独在一个分支；而GH7、GH11、GH28亚家族内部的蛋白均属于同一分支。本研究结果可为深入研究核桃炭疽病菌中GH家族蛋白的协同作用机制提供参考。
[期刊] 林业科学
[作者]
刘晓晗 王峰 董爱荣 陈俏丽 刘立宏 零雅茗 王博文 丁晓霞 王世新
【目的】克隆得到粗毛纤孔菌糖苷水解酶5基因,并对该基因进行生物信息学分析、蛋白质原核表达和酶活研究,为糖苷水解酶的利用提供依据。【方法】分离纯化粗毛纤孔菌,并于PDA斜面长期保存。应用TRIzol提取粗毛纤孔菌总RNA,通过AMV反转录系统将RNA反转录成c DNA,构建c DNA文库;应用NCBI BLAST分析并检测糖苷水解酶基因家族5阳性序列,RACE法克隆基因全长命名为Ih GH5-1并提交NCBI注册;ORF-Finder分析Ih GH5-1基因开放阅读框,推导出氨基酸序列;筛选NCBI登录的糖苷水解酶家族5同源序列,Clustal W进行保守结构域区段多序列比对;应用Mega 5....
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 祝友朋
为深入了解希金斯炭疽菌中化合物酶类蛋白(CAZymes)的功能,以前期获得的238个CAZymes为研究对象,对其进行理化性质预测分析,结果表明,近2/3的蛋白理论等电点小于6,属于酸性蛋白,同时,通过随机数软件对上述蛋白进行10%抽样分析,明确了不同理论等电点类别的分泌蛋白所具有的分子质量、分子式、半衰期、不稳定性系数、脂肪族氨基酸指数、总平均亲水性等理化性质。
关键词：
希金斯炭疽菌 碳水化合物活性酶 理化性质
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨虹 孟克 王烨辉 芒来
采用垂直平板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分别对蒙古马、三河马及纯血马的8种血液蛋白进行多态性检测。计算了各位点的基因型频率、基因频率、遗传杂合度,并通过聚类分析探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明:种血液蛋白(酶)位点在不同程度上呈现出多态。平均杂合度分别为:蒙古马0.378 2,三河马0.395 6和纯血马0.257 1。聚类分析表明,蒙古马与三河马间的亲缘关系最近,与纯血马的亲缘关系相对较远。通过分析不同马品种的遗传关系,为中国马遗传资源的保护与育种提供依据。
关键词：
马 血液蛋白 遗传多态性 聚类分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 许僖
利用CAT(CAZymes analysis toolkit)在线分析程序对Trichoderma virens Gv29-8中碳水化合物活性酶类蛋白(carbohydrate-active enzymes,CAZymes)不同亚家族的分布情况进行分析,结果表明:粘绿木霉Gv29-8中含有185个CAZymes蛋白,分为主要类别和复合类别两种类型;其中,主要类别含有71个GH蛋白、54个CBM蛋白及12个AA蛋白、25个CE蛋白、3个PL蛋白、3个GT蛋白;复合类型含有17个蛋白。遗传关系分析表明,CAZ
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蒲占湑 鹿连明 黄振东 胡秀荣 杜丹超 陈国庆
为了解柑橘炭疽病菌的种内遗传多样性,从32条ISSR引物中筛选出多态性好、条带清晰的5条引物,对28株炭疽病菌株进行ISSR-PCR扩增.结果显示:5条引物共扩增出43个条带,多态性条带41个,多态性比例为95.34%,说明柑橘炭疽病菌种内遗传多样性丰富.利用NTSYS软件分析并构建UPGMA聚类图,当相似系数为0.73时,28株菌可以分为5个类群,不同菌株间遗传变异较大,遗传变异与地域来源无显著的相关性.
关键词：
胶孢炭疽菌 遗传多样性 简单重复序列区间
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
于伊楠 范楷 胡政 郑思民 孟佳佳 张志岐 黄晴雯 聂冬霞 韩铮
[目的]异质核糖核蛋白（heterogeneous nuclear ribonucleoproteins， hnRNP）是一类RNA结合蛋白，在RNA代谢的各个方面发挥着重要作用。与目前已注释的镰刀菌hnRNP G进行比对，在禾谷镰刀菌中鉴定得到其同源蛋白FGSG＿07478，本研究旨在考察该蛋白在禾谷镰刀菌生长发育、抵抗逆境、产毒和致病等方面的作用。[方法]本研究基于同源重组原理和PEG介导的原生质体转化方法，获得FGSG＿07478基因敲除突变体ΔFGSG＿07478。观察测定基因敲除突变体ΔFGSG＿07478在营养生长、无性繁殖、有性生殖、抵抗逆境中的变化，同时进行小麦胚芽鞘接种试验明确其致病力情况。通过超高效液相色谱-串联质谱（UPLC-MS/MS）检测ΔFGSG＿07478的产毒能力，利用qRT-PCR检测野生型菌株PH-1和突变体菌株ΔFGSG＿07478中参与脱氧雪腐镰刀菌烯醇生物合成的7个TRI基因的相对表达量。[结果]突变体菌株ΔFGSG＿07478的生长速率较野生型菌株PH-1减慢了约16.2%，分生孢子产量降低了约43.4%；有性生殖诱导结果显示ΔFGSG＿07478的有性生殖能力减弱，较野生型产生了更少的子囊壳。胁迫因子敏感性测定结果显示ΔFGSG＿07478对H_(2)O_(2)和SDS等胁迫因子的敏感性显著增加，对刚果红的抗性显著增加。此外，与野生型相比，虽然致病力无明显差异，ΔFGSG＿07478的脱氧雪腐镰刀菌烯醇生物合成量显著减少，TRI4、TRI5、TRI6、TRI8、TRI10、TRI12和TRI101等基因转录水平显著降低。[结论]FGSG＿07478在禾谷镰刀菌的生长发育、有性生殖、逆境胁迫以及产毒过程中发挥着重要作用。
[期刊] 林业科学
[作者]
李思蒙 王永林 黄冬辉 田呈明
以杨树炭疽病菌菌株C1-5-2作为受体,通过PEG介导的原生质体转化法,将含有潮霉素B(hph)和GFP表达基因的质粒gGFP转入杨树炭疽病菌菌丝的原生质体中。幼嫩菌丝在0.7mol·L-1NaCl溶解的1% Lysing enzyme酶解液的作用下酶解210min可以得到108·mL-1的原生质体;在PEG介导下,通过含有潮霉素浓度为300μg·mL-1的PDA选择培养基筛选转化子,每微克DNA获得41个转化子的平均转化效率。对转化子进行PCR鉴定表明:hph基因和GFP基因已经整合到杨树炭疽病菌转化子基因组中,通过荧光显微镜观察到转化子可以发出清晰的绿色荧光,且转化子的潮霉素抗性和GFP表...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈长军 李俊 于俊杰 王建新 周明国
根据禾谷镰孢菌(Fusarium graminearum)测序菌株NRRL31084(PH-1)的微管相关蛋白基因(map)核苷酸序列设计4对引物,采用PCR方法测定了禾谷镰孢菌对多菌灵(MBC)不同敏感性表型的6个中国菌株的map全序列。DNA序列比对表明,中国的3个敏感菌株和3个抗药菌株的map核苷酸序列相似性没有差异,表明多菌灵抗药性与微管相关蛋白无关。该基因全长1 793 bp,含有6个内含子,编码199个氨基酸;与NRRL31084的map核苷酸序列相似性为99.39%,存在10个差异核苷酸,与其所编码的氨基酸序列相似性为100%。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
林峰 葛敏 周玲 赵涵
【目的】全基因组水平鉴定玉米Ｇｌｙｃｏ－ｈｙｄｒｏ－１６家族，分析该家族基因在不同组织中的表达模式以及在不同玉米杂种优势群中的遗传分化。【方法】根据Ｇｌｙｃｏ－ｈｙｄｒｏ－１６家族相对保守的序列及结构域，构建Ｇｌｙｃｏ－ｈｙｄｒｏ－１６家族的隐马尔科夫模型文件（Ｇｌｙｃｏ－ｈｙｄｒｏ－１６．ｈｍｍ），利用ｈｍｍｅｒｓｅａｒｃｈ程序在玉米全基因组中进行比对，获得玉米中含有该家族保守结构域的所有序列。通过Ｂｌａｓｔ２Ｇｏ进行功能注释，利用蛋白质序列构建该家族的系统发育进化树。使用玉米自交系Ｂ７３不同组织及不同发育时期的ｒＮａ－ｓｅｑ数据库分析该家族基因的表达模式。根据该家族基因在染色体上的位置筛选．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
林丽 王志刚 刘榜 李拥军 赵小丽 杨述林 樊斌 李奎 肖炜
利用 5个多态蛋白 (酶 )位点碱性磷酸酶 (Akp)、蛋白酶抑制物 1(PI 1)、后白蛋白 1(Po 1)、后白蛋白2 (Po 2 )和铜蓝蛋白 (Cp)分析了清平猪、阳新猪、南阳黑猪、南城黑猪、东乡花猪、杭猪 6个地方猪品种的遗传结构和遗传变异。 6个品种的平均杂合度大小依次为 :南阳黑猪 (0 .4 14 2 )、南城黑猪 (0 .30 5 7)、阳新猪 (0 .30 32 )、东乡花猪 (0 .2 6 0 6 )、杭猪 (0 .2 4 78)、清平猪 (0 .2 4 16 ) ,通过计算Nei(1978)标准遗传距离 ,用UPGMA进行聚类分析 ,6个品种聚成 2大类 :清平猪、南城...
关键词：
猪 蛋白多态性 遗传结构
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨煜 郭晓 郭宝太 杨晓慧 单伟伟 金黎平 马伟清 李广存
以高抗青枯病二倍体马铃薯基因型ED13为材料,克隆了蛋白激酶基因StPki。以StPki基因特异区段为靶标,成功构建了该基因的RNA干扰植物表达载体pCHF1-StPki。利用重组农杆菌株LBA4404(pCHF1-StPki)感染转化ED13茎段外植体,获得了抗庆大霉素的再生植株。利用CaMV35S启动子特异引物对再生植株进行PCR检测,结果表明获得了转基因植株。利用StPki基因的特异引物对转基因植株进行半定量RT-PCR分析,结果显示该基因的转录受到了抑制。马铃薯抗病基因型ED13已被成功转化,且表现出了对StPki基因的RNA干扰活性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李琪 杨昌恒 王永 林亚秋 向华 朱江江
旨在获得CIDEB、CIDEC基因的CDS,检测该家族基因在山羊不同组织中的表达量，预测其互作蛋白，为进一步揭示CIDE家族基因在脂代谢中的调控网络提供参考。主要利用RT-PCR克隆获得山羊CIDEB、CIDEC基因序列并利用在线工具分析CIDE家族蛋白的生物学特性，并预测其互作蛋白。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测了CIDE家族基因在山羊不同组织中的表达水平，并检测各互作蛋白在其表达水平最高的组织中的表达量，利用SPSS分析其表达量之间的相关性。克隆获得了CIDEB基因CDS区660 bp,共编码219个氨基酸，CIDEC基因CDS区714 bp,编码237个氨基酸。进化树分析显示，山羊CIDEA、CIDEB、CIDEC均与绵羊亲缘关系最近。RT-qPCR检测发现CIDEA、CIDEB、CIDEC基因分别在山羊瘤胃、肝脏、小肠中表达量最高。CIDEA与DFFB和ELOVL3在瘤胃中的表达量具有极显著相关性(P<0.01),与DIO2、TMEM26、PRDM16、PLIN1具有显著相关性(P<0.05)。CIDEB与DFFA和SDR39U1在肝脏中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。CIDEC与PLIN2、GPLD1、ADIPOQ在小肠中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。通过分析发现了与CIDE家族表达量具有相关性的基因，可为进一步揭示CIDE基因在脂质代谢中的作用及其调控网络提供理论基础，且CIDE家族蛋白均为脂滴相关蛋白，也可为进一步研究精确的脂滴形成机制提供参考。
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