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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 乔涵 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 陈红英
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈晓月 梁华 刘明春 王建民 于立辉 范宏发 赵玉军
根据GenBank登陆的鹅细小病毒B株全基因组的核苷酸序列,设计合成一对引物,用PCR方法对GPV LN-1/06株的主要结构蛋白基因进行克隆,并对克隆的片段进行序列测定,用生物信息学软件进行序列分析。结果表明:所扩增的GPV LN-1/06株的基因长度为1605bp,包括VP3完整的开放阅读框,共编码534个氨基酸。与登录的20株国内和国外的GPV的VP3基因序列进行同源性分析表明,GPV LN-1/06株与其他20株VP3基因的核苷酸同源性较高,从93%至99%,说明GPV的VP3基因较为保守。系统进化树分析表明GPV-LN01/06病毒株与HG5/82为一组,具有较近的亲缘关系。本试验首...
关键词：
鹅细小病毒 结构蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵晴晴 李群辉 朱杰 钟蕾 刘晶晶 顾敏 王晓泉 刘文博 刘秀梵
【目的】禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)根据其表面糖蛋白血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸(neuraminidase,NA)的不同,可分为16种HA和9种NA亚型。根据其致病力的差异可分为高致病性禽流感病毒(highly pathogenic avian influenza virus,HPAIV)和低致病性禽流感病毒(low pathogenic avian influenza virus,LPAIV)。虽然H4亚型禽流感病毒为低致病性AIV,感染家禽表现为无症状感染,但其对禽类甚至是哺乳动物是一个潜在的威胁,因此必须要加强对H4亚型禽流感...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽晓 马玉峰 汪开毓 王印 赵希仑 姚学萍 任冉阳 陈平 胡凌
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒２型（ＰＣＶ２）的分子流行病学特征和遗传变异情况，探讨ＰＣＶ２感染的控制对策。【方法】根据ＧｅｎＢａｎｋ中发表的ＰＣＶ２基因组序列设计２对特异性引物，对２０１２－２０１４年临床送检的ＰＣＶ２感染病例材料中的５株ＰＣＶ２全基因组序列进行扩增测序，并利用ＤｎａＳｔａｒ等生物信息分析软件对获得的ＰＣＶ２基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】５株ＰＣＶ２四川株全基因组序列长度都为１ ７６７ＢＰ，均具有滚环复制起点（ＯｒＣ）典型结构。序列比对和进化分析显示，５株ＰＣＶ２四川株的基因序列同源性很高，基因组核苷酸序列及ＯｒＦ１、ＯｒＦ２和ＯｒＦ３基因序列同源性分别为９．．．
关键词：
PCV2 基因克隆 遗传进化分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭小参 崔保安 陈红英 杨明凡 管倩 吕晓丽 王东方
参照GenBank发表的猪IL-2cDNA基因序列,设计1对引物,将河南地方品种淮南猪脾淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下体外培养27 h后,提取激活淋巴细胞总RNA,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,克隆到pGEM-T Easy载体上并测序。测序结果显示,克隆的HuainanPIL-2 cDNA全长为516 bp,开放阅读框(ORF)包含465bp,编码154个氨基酸,分子量为17.4 kDa,等电点为5.27,疏水氨基酸38.3%,亲水氨基酸42.0%,碱性氨基酸11%,酸性氨基酸23%。此cDNA与已报道的猪IL-2同源性为100%,与猫、牛、鸡、狗、鸭、山羊、马...
[期刊] 华北农学报
[作者]
禹乐乐 滕蔓 罗俊 迟佳琦 余祖华 柴书军 梁晓晓 张改平 王爱萍
为了解猪源乙型脑炎病毒(JEV)的全基因组结构及其分子进化规律,测定了3个JEV猪源分离株(BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D)的全基因组序列,并对它们的氨基酸序列进行了分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10 976 nt,而BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10 977 nt,在后2个毒株基因组的10 701 nt位点处均有1个插入碱基"G"。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与SA14株核苷酸和氨基酸同源性较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW(HW1)、HWe(HW2)和SH0601的核苷酸与氨...
关键词：
猪 乙脑病毒 全基因组 系统进化分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
高晓云 顾阳 潘鑫龙 郭小参 崔保安 陈红英
为了确定河南部分地区按照正常免疫程序接种猪伪狂犬病病毒(PRV)基因缺失苗的猪场是否发生了PRV野毒感染,了解新流行株的主要毒力基因g E是否发生变异,利用PCR方法,对南阳、周口、巩义、济源、漯河、原阳等地采集的疑似PRV感染的病料进行检测。对PCR检测为阳性的病料接种猪睾丸细胞,传至6代,分离出9株PRV,克隆其g E全基因并进行序列分析。结果表明,9株PRV均能扩增出1 862 bp的g E基因,且彼此之间同源性为99.9%~100%,与其他PRV毒株同源性为97.5%~99.6%。9株分离株处于一大分支上,且均含有2个氨基酸插入,在448位和510位均发生氨基酸置换。结果表明,分离株均...
关键词：
猪伪狂犬病毒 g E基因 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
王彪雄 苏惠娟 石丽娟 肖榕 周红波 索朗斯珠
为了解湖北鸡源禽流感病毒的遗传进化和氨基酸变异情况,将分离到的2株禽流感病毒进行全基因组测序及遗传进化分析。利用RT-PCR扩增流感病毒基因组片段,PCR扩增流感病毒片段、克隆至pMD18-T载体,并对序列特征进行生物信息学分析。结果表明:分离到的2株病毒高度同源,其HA和NA基因属于Y280谱系,PB1、PA、NP和NS基因属于SHF98-like谱系,PB2和M基因属于G1-like谱系;HA裂解位点均为-RSSR↓GLF-,具有低致病性流感病毒的分子特征;在HA蛋白上比当前流行株Y280多了一个潜在糖基化位点313(NCS);在234位点(对应H3编号中的226)产生了从Q到L的突变;在M2蛋白的31位点均产生了从S到N的突变。该2株H9N2亚型流感病毒为Y280谱系的病毒,这提示湖北地区可能也流行Y280-like分支禽流感病毒,虽然属于低致病性禽流感病毒(Low pathogenic AIV,LPAIV),但具有感染哺乳动物的潜在风险。
关键词：
禽流感 H9N2 遗传进化 氨基酸位点
[期刊] 华北农学报
[作者]
宿靖伟 罗俊 王新卫 迟佳琦 禹乐乐 党露 赵朴 滕蔓 张改平
为了解鸡马立克氏病病毒流行毒株的分子特征,对2012-2014年河南省发病鸡群的临床病料进行了采集,并对MDV 132 bp重复序列进行了PCR扩增,同时对meq、g E、g I基因进行了克隆和序列测定。结果表明,9份病料中均可扩增出与132 bp双拷贝大小相符的PCR主产物;meq、g E、g I基因的核苷酸序列同源性与国内外参考毒株相比,分别为98.5%~100%,98.8%~100%和98.0%~100%;基于这些基因构建的系统发生树的分析结果表明,与美国、澳大利亚、日本以及印度的MDV分离株相比,目前,河南省鸡群中流行的MDV与此前分离的河南流行株进化关系较近,并且与其他国内分离株共同...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨少华 胡北侠 黄艳艳 许传田 颜世敢 张秀美
选取山东2007～2008年的5株NDV流行株,克隆融合蛋白(F)和血凝素-神经氨酸酶(HN)基因全长并测序。结果表明,5个分离株F基因长度为1662 bp,编码553个氨基酸。F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117,符合强毒株F基因裂解位点的氨基酸序列特征。对F基因47～420 nt序列进行比对,发现4株鸡源毒株基因型为Ⅶd,另一鸽源毒株基因型为Ⅵ。5个分离株间F基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88.8%～99.7%和94%～99.3%,与LaSota、Clone30、F48E9的氨基酸同源性分别为88.4%～89.5%、87.7%～88.8%、90.8%～92....
关键词：
新城疫病毒 基因型 强毒株
[期刊] 华北农学报
[作者]
王岩 曹素芳 崔保安
鸭瘟是鸭的一种急性传染和高致死的病毒性疾病。根据GenBank收录中鸭瘟病毒gG基因序列设计并合成1对引物,以鸭瘟病毒河南分离株DNA为模板,PCR扩增出1条约1 600 bp的含gG基因特异性片段,并将其克隆至PMD19-T载体上。经酶切鉴定,得到含gG基因重组质粒,并对重组阳性质粒进行序列测定。结果表明,gG基因长1 380 bp,该基因编码459个氨基酸,预测分子量为50.5 kDa。gG基因的克隆为进一步研究其生物学功能奠定了基础。
关键词：
鸭瘟病毒 gG基因 克隆 测序
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
余祖华 滕蔓 丁轲 闵亚杰 禹乐乐 宿靖伟 程相朝 罗俊
【目的】了解马立克氏病病毒(Marek’s disease virus,MDV)河南分离株Meq基因的分子特性,为中原地区MDV流行情况提供较详细的信息,为更好地防控MD奠定基础。【方法】应用PCR方法分别扩增了17株MDV河南省野毒分离株的Meq基因片段,克隆测序后,将各毒株Meq基因序列与vv+MDV 648A株、vvMDV RBIB株、vMDV GA株、mMDV疫苗株CVI988株和814株的Meq基因序列进行比对分析。【结果】17株分离株中除HNGS201和HNLC503的Meq基因扩增产物较预期稍大外,其余15个的片段长度为1 020bp,与预期长度相符;MDV河南分离株之间及其与参...
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈红英 崔保安 李新生 杨明凡 赵丽 方剑玉
根据GenBank中收录的鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)GX基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,应用PCR技术扩增ILTV河南株(ILTV-CG)GX基因。将ILTV-CG接种10日龄鸡胚,提取ILTV基因组DNA进行PCR扩增。将回收的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化JM109感受态细胞,经蓝白斑筛选,对菌液PCR和酶切鉴定为阳性的菌株进行测序。测序结果表明,所克隆的GX基因全长为950 bp,含有一个开放阅读框,编码299个氨基酸的多肽。推导的氨基酸有4个潜在的N-糖基化位点,有11个与二硫键形成有关的半胱氨酸。序列分析表明,克隆的ILTV-CGGX基因与GenBa...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨海波 孟庆玲 乔军 才学鹏 贺志昊 刘昱成 彭叶龙 王国超 陈创夫 都曼·努尔坎杰
【目的】研究羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)新疆流行株的遗传变异情况。【方法】采集新疆石河子地区疑似感染ORFV的羔羊唇部结痂病料,通过PCR扩增、Vero传代细胞分离培养、电镜观察、动物回归试验等方法,检测、分离和鉴定ORFV毒株,对分离鉴定的3株ORFV毒株保护性抗原基因B2L和F1L及毒力基因VIR、GIF和VEGF分别进行克隆、测序及遗传进化分析。【结果】从病料中分离鉴定出3株ORFV新疆流行株(ORFV-SHZ1、ORFV-SHZ2和ORFV-SHZ3)。分析结果显示,ORFV分离株保护性抗原基因B2L、F1L相对保守,B2L和F1L基因编码氨基酸序列与其他参考株的同源性分...
关键词：
羊口疮病毒 分离鉴定 遗传进化分析 新疆
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 邓小敏 张彦明 罗艳 李鹏 郭抗抗
用RT-PCR方法对分离于陕西省不同地区的8个鸡肾型IBV毒株的Ⅳ基因分别进行了扩增,将各扩增产物与T载体连接后,转化感受态细胞筛选阳性克隆质粒并进行基因测序,用DNAstar软件将这8个毒株与GenBank收录的7个IBV代表毒株的Ⅳ基因进行了比较分析,研究了其变异情况。结果表明,B01,YL,WH和 YX株与7株代表毒株的同源性较高,而G,BJ,WG,FF株与7个代表毒株的同源性相对较低。氨基酸推导序列比对结果表明,N蛋白突变以散在的点突变形式为主,其中46,48,50,75,78,189,232,236,237,299,301,350,366等位点容易发生突变,突变位点无明显规律性。
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