【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊发情期卵巢组织转录组差异表达水平,一方面为山羊繁殖性状形成的分子机制提供理论依据,另一方面为利用努比亚黑山羊杂交改良福清山羊提供可加快遗传进展的分子标记。【方法】利用转录组测序方法对福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织进行研究,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和若干基因荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证;同时通过与参考基因组比对,分析和筛选测序样品中存在的SNP/InDel。【结果】6个样品共得到46.68Gb Clean Data,DESeq分析发现了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的DEGs149个(包含25个新转录本),其中表达上调53个,表达下调96个;初步认为输卵管素基因(oviductin,OVN)、类固醇合成快速调节蛋白基因(steroidogenic acute regulatory protein,STAR)、早期生长应答1基因(early growth response 1,EGR1)可作为福清山羊繁殖性能的候选基因。149个DEGs中的108个基因能被GO(gene ontology)数据库注释,30个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,91个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopediaof genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到21条信号通路中,6条通路显著富集。经过进一步的与参考基因组序列比对分析,共发掘1 506个新转录本。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊发情期卵巢组织的149个DEGs,发掘了1 506个新转录本,初步揭示了OVN、STAR和EGR1在山羊繁殖过程中可能发挥重要作用,为进一步探索山羊繁殖性状相关机理提供参考依据。

【目的】研究福清山羊与努比亚黑山羊背最长肌组织转录组差异表达水平,为地方山羊品种肉质、生长性状的遗传机制和遗传改良提供理论基础。【方法】分别测定周岁内羯羊育肥的福清山羊与努比亚黑山羊日增重(ADG)以及2个品种周岁背最长肌样品的肌内脂肪含量(inter-muscular fat,IMF);同时利用转录组测序方法对2个品种周岁背最长肌组织进行高通量测序,筛选品种间的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs功能进行注释和测序结果的荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)验证。【结果】在羯羊育肥条件下,福清山羊周岁内ADG为65.6g·d~(-1),极显著低于努比亚黑山羊的127.4g·d~(-1)(Sig.=0.000);而福清山羊周岁背最长肌IMF含量为3.69%,极显著高于努比亚黑山羊的1.83%(Sig.=0.003)。2个品种6个样品的背最长肌转录组测序共得到44.76Gb Clean Data,各样品的Clean reads与参考基因组(山羊)的比对效率在84.65%-86.17%之间。DESeq分析发现了努比亚黑山羊和福清山羊背最长肌的DEGs 608个,其中上调基因61个,下调基因547个。608个DEGs中的518个基因能够被GO(gene ontology)数据库注释,148个DEGs能够被COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)数据库注释,418个DEGs能够被KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库注释。KEGG通路分析表明DEGs共富集到222条信号通路中,44条通路显著富集。经过文献检索和对筛选通路相关基因功能的分析,初步判断可能与羊肉质和生长性状相关的通路包括肌动蛋白细胞骨架调节(Regulation of actin cytoskeleton)、Jak-STAT信号转导通路{Janus kinase/signal transducer and activator of transcription(Jak-STAT)signaling pathway}、MAPK信号转导信号通路{mitogen-activated protein kinase(MAPK)signaling pathway}和Ⅰ型糖尿病通路(TypeⅠdiabetes mellitus);IGF1(Insulin-like growth factor 1,类胰岛素一号增长因子)、ACSL5(Long-chain fatty acyl-CoA synthetases 5,长链酯酰辅酶A合成酶5)、PCK2(phosphoenolpyruvate carboxykinase 2,磷酸烯醇丙酮酸羧激酶2)、PPARGC1A(Hepatic peroxisome proliferator-activated receptor gamma,coactivator 1 alpha,过氧化物酶体增殖激活受体γ共激活因子1α)、JAK2(Janus Kinase 2,Janus激酶2基因)、STAT4(signal transducer and activator of transcription 4,信号转导子和转录激活子4)、IRF8(interferon regulatory factor 8,干扰素调节因子8)、MAP4K1(mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 1,有丝分裂原激活蛋白激激激激酶1)等DEGs可作为控制福清山羊肉质、生长性能的候选基因。进一步与参考基因组序列比对分析,共发掘707个新基因(转录本),其中15个基因(转录本)为2个品种的DEGs。经qRT-PCR验证,所选基因(转录本)表达变化模式与转录组测序结果一致,表明测序结果可靠。【结论】在转录组水平上筛选出了福清山羊和努比亚黑山羊周岁羯羊背最长肌组织的608个DEGs,发掘了707个新基因(转录本),初步认为肌动蛋白细胞骨架调节等4个信号通路在山羊肉质形成和生长发育过程中发挥了重要作用,为进一步探索山羊骨骼肌生长发育和IMF沉积的相关机理提供参考依据。

【目的】本研究旨在搞清楚金堂黑山羊FSH信号调节机制的作用模式。【方法】将10只生殖周期相同的健康空怀的金堂黑山羊成年母羊随机分成2组,一组为对照组,一组为试验组。在发情后的第2天对试验组金堂黑山羊进行FSH肌肉注射100IU,并在注射24 h后,摘取金堂黑山羊的卵巢;对照组发情后的第3天摘取卵巢。分别提取它们的总RNA,进行表达谱测序。【结果】经测序分析:对照组和试验组分别得到有效序列30 906 038和27 763 272条;经统计分析后,得到归一化序列30 216 946和27 124882条,与

[目的]对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。[方法]以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。[结果]将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达mRNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P<0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P<0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。[结论]获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。

【目的】旨在克隆大足黑山羊卵泡抑素(follistatin)的基因序列,并研究其在不同组织中的表达差异。【方法】采用RT-PCR方法从大足黑山羊卵巢组织总RNA中克隆出follistatin的cDNA序列,用相关软件进行序列分析,并利用real-time PCR技术检测follistatin基因在不同组织中的表达。【结果】序列分析表明,大足黑山羊follistatin的cDNA序列全长为1 217 bp,包括该基因完整的开放阅读框(open reading frame,ORF)1 035 bp,编码344个氨基酸。与牛的核苷酸序列比对同源性高达98%。real-time PCR结果表明,fol...

【目的】探明miR-7与CTSK基因相互作用关系及其对贵州黑山羊卵巢颗粒细胞增殖和凋亡的影响，为贵州黑山羊优良品种保藏、选育与开发利用提供依据。【方法】采用在线数据库筛选miR-7与CTSK基因3＇UTR的结合靶点，通过将CTSK基因3＇UTR插入双荧光素酶报告系统中进行互作位点检测；采用CCK-8和划痕试验检测miR-7是否靶向调控CTSK基因影响贵州黑山羊卵巢颗粒细胞的增殖和迁移；过表达miR-7后采用RT-qPCR检测其对促增殖蛋白PCNA、抗凋亡蛋白BCL2和促凋亡相关蛋白BAX、caspase-3、caspase-9表达水平的影响。【结果】成功构建CTSK基因3＇-UTR 2个预测靶点的野生型和突变型双荧光素酶报告载体；双荧光素酶试验结果表明CTSK基因3＇UTR区的2个预测靶位点均受miR-7调控；CCK-8和细胞划痕结果表明：转染miR-7试验组的卵巢颗粒细胞增殖和迁移能力均显著高于对照(NC)组；RT-qPCR结果表明：上调miR-7能极显著上调PCNA和BCL2的表达，抑制BAX、caspase-3和caspase-9的表达。【结论】miR-7可以靶向结合CTSK的3＇UTR区2个靶位点并极显著抑制CTSK基因的表达；过表达miR-7可以显著促进贵州黑山羊卵巢颗粒细胞增殖和迁移能力，并促进增殖标志基因、抗凋亡基因的表达和抑制促凋亡相关基因的表达。研究结果可为进一步研究miR-7靶向调控CTSK表达影响贵州黑山羊繁殖性能的分子机制提供理论依据。

【目的】旨在构建、分析山羊卵巢组织miRNA表达谱,为进一步研究特定miRNA与山羊卵泡发育及性激素分泌等相关生殖活动的关系奠定理论基础。【方法】首先从山羊卵巢组织总RNA中分离小片段RNA,然后进行Solexa测序和生物信息学分析,最后利用q-PCR技术验证miRNA在山羊卵巢组织中的表达。【结果】共鉴定出508个山羊卵巢组织表达的miRNA和19个对应的miRNA*,这些miRNA在哺乳动物(绵羊、牛、猪、马、狗)进化过程中高度保守;q-PCR验证了8个miRNA在山羊卵巢组织中的表情况,定量结果与测序结果一致。【结论】成功构建了山羊卵巢组织miRNA表达文库,山羊卵巢组织miRNA表达丰...

以贵州黑山羊和黔北麻羊为材料,根据山羊MSTN基因序列(GenBank登录号:EF588035)设计1对引物,用PCR-RFLP法对该序列进行多态性分析。结果表明:PCR扩增片段207 bp处存在TTTTA的插入,导致出现1个DraI酶切多态性位点,黑山羊纯合野生型(AA)为优势基因型,杂合型(AB)和纯合突变型(BB)为非优势基因型,A等位基因为优势基因;黔北麻羊纯合野生型(CC)为优势基因型,杂合型(CD)和纯合突变型(DD)为非优势基因型,C等位基因为优势基因。

为黑山羊品种的选育及临床珍断提供参考依据,测定了5月龄、8月龄、1岁、2岁和3岁贵州黑山羊母羊的15项血液生理指标。结果表明:5个年龄段的白细胞中单核细胞数量(MON)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)、平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC)、平均血小板体积(MPV)、血小板体积分布宽度(PDW)等6项指标无显著性差异,其他9个血液生理指标在不同年龄间存在一定的差异。但各年龄段的血液生理指标与平均值相比,除8月龄的白细胞中淋巴细胞数量(LYM)、3岁的血红蛋白浓度(HGB)和1岁的白细胞中中性粒细胞比率(GRA%)外,其他指标间无显著性差异。所测定的15项血液生理指标的平...

【目的】克隆大足黑山羊PHLDA2(pleckstrin homology-like domain,family A,member 2)基因序列,分析其组织表达特征、印记状况以及与胎盘性状的关系,为深入研究该基因在山羊胎盘中的功能积累数据。【方法】根据人、牛和猪PHLDA2的保守区域设计引物以RT-PCR方法扩增大足黑山羊该基因部分c DNA序列,进一步利用5′-和3′-RACE技术获得全长c DNA序列;利用ORF Finder和Prot Param等在线工具分析PHLDA2基因序列特征;采用Real-time PCR方法分析PHLDA2在大足黑山羊心、肝、脾、肺、肾、大脑、肌肉、脂肪、舌和...

采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰

应用免疫组织化学SP法检测γ-干扰素(Interferon-γ,IFN-γ)在不同生殖周期奶山羊卵巢中的表达情况,探讨IFN-γ的变化规律及其与生殖的关系。结果显示,在间情期三级卵泡颗粒细胞胞膜、发情期三级卵泡和成熟卵泡颗粒细胞、妊娠期卵泡颗粒细胞、妊娠7周粒黄体细胞、妊娠12,16和20周膜黄体细胞胞核中均有IFN-γ的表达;在三级卵泡和成熟卵泡的卵泡液中也有IFN-γ的表达;妊娠12,16和20周粒黄体细胞上IFN-γ表达量很低。IFN-γ可能在不同类型的细胞上发挥着不同的作用。

【目的】探讨卵巢摘除对母山羊产肉性能,血清中生长激素(growth hormone,GH)水平以及背最长肌、股二头肌、肝脏、脂肪组织中生长激素受体基因(growth hormone receptor,GHR)表达的影响,揭示摘除母山羊卵巢提高其育肥效果的原因。【方法】将体重相近的5月龄布尔山羊杂种(布尔山羊♂×关中奶山羊♀)母羊40只作为研究对象。试验开始前一个月,对所有羊只进行驱虫和防疫工作。试验开始时将母羊随机分为处理组和对照组,每组20只,摘除处理组母羊的卵巢,对照组不摘除。在试验的第0,10,20,30,40和50天早晨8:00对所有试验羊进行空腹采血,立即分离血清,采用羊生长激素酶联...

【目的】分离鉴定绵羊视黄酸受体-γ(Retinoic acid receptor gamma,RARG)基因,分析该基因的分子特征,研究其在发情周期不同阶段卵巢中的表达差异。【方法】选取年龄和体况相近、健康的甘肃高山细毛羊周岁母羊8只,通过同期发情处理,根据卵巢生理状态,将其分为两组:黄体期组和卵泡期组,各4只,屠宰后,采集卵巢组织,以周岁母羊卵巢组织RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增绵羊RARG基因并克隆到pMD18-T载体中进行测序验证。利用ORF Finder和DNAStar等生物信息学软件分析绵羊RARG基因的理化性质、同源性和预测结构域和功能。利用Q-PCR技术,检测绵羊RARG...

旨在初探BMF基因在小尾寒羊卵泡发育过程中的生物学功能，为将来深入探索其调控机理提供理论依据。对小尾寒羊实施同期发情，采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)、蛋白免疫印迹(Western Blot, WB)及免疫荧光染色(IF)方法检测BMF基因及其编码蛋白在不同生理阶段卵巢中的表达量；随后分离不同直径的卵泡，分析目的基因在大、中、小卵泡中的表达差异。结果显示，BMF mRNA在撤栓后42 h卵巢中的表达量显著高于撤栓后18 h(P<0.05),其编码蛋白表达结果与mRNA基本一致；BMF蛋白主要表达于卵泡颗粒细胞和卵泡膜细胞中；进一步分离卵泡，发现BMF基因及其编码蛋白表达量均在中卵泡中显著高于大卵泡和小卵泡(P<0.05)。以上结果表明，BMF基因可能参与卵巢周期性活动，在卵泡发育过程中发挥重要作用。