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[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李景艳 旷婷 李晨虹
在鱼类分子系统学的研究中，常常会碰到样本难以采集而博物馆中保存的大量标本又因经过福尔马林处理而无法利用的难题，比如：鲟形目鱼类。为了研究鲟鱼的系统分类，获取福尔马林固定标本的线粒体基因组，我们将匙吻鲟（Ｐｏｌｙｏｄｏｎ ｓＰａｔｈｕｌａ）样本用福尔马林进行不同时间的固定（１ ｈ、１ ｄ、３ ｄ、１０ ｄ、３０ ｄ和１５０ｄ），采用提取古ｄｎａ的方法获得样本的ｄｎａ，以新鲜匙吻鲟线粒体基因组设计诱饵（Ｂａｉｔｓ），通过靶基因富集＂钓取＂固定样本中的线粒体基因组序列，进行ｉｌｌｕｍｉｎａ测序，获得线粒体基因组序列。结果表明处理１ ｈ、１ ｄ、１０ ｄ、３０ ｄ、１５０ ｄ的匙吻鲟样本测得的线粒体基．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孔啸兰 陈作志 林琳 李纯厚 梁沛文
气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理,利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质量差的难题,以福尔马林固定近50年的金线鱼(Nemipterus virgatus)标本为例,研究DNA提取过程中多个因素对DNA提取产量的影响。以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素,以DNA提取浓度为评价指标,通过SPSS软件设计L8(4×24)正交实验。结果,得到的最优处理组为:肌肉组织样品经GTE缓冲液浸泡与酒精梯度处理后,90℃水浴30 min,真空干...
关键词：
福尔马林 金线鱼 DNA提取 正交设计
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
赵莹莹 郑先虎 匡友谊 马立鸣 何川 朱晓琛 董婧 魏华 孙效文
为比较不同金鱼品种线粒体基因组的差异,通过PCR对虎头、红头白蛋、红白文、高头红文、墨龙睛、黑水泡眼和红朝天龙共7种金鱼线粒体基因组进行扩增,利用Clustal Omega和Contig Express等软件进行序列的比对和拼接,并利用MEGA 7.0和DNA SP 5.0等软件分析不同品种金鱼的线粒体基因组的基本特征、基因排列以及基因组序列的差异情况。结果表明:7种金鱼线粒体基因组全序列长度均为16580bp,基因排列顺序完全相同,排列紧凑,均含13个蛋白质编码基因、22个tRNA、2个rRNA、1个非编码控制区(D-loop区)和1个轻链复制起始区(OL区);ND6和8个tRNA基因在L链上编码,其他基因均在H链上编码。金鱼线粒体基因组和13个编码蛋白的基因的碱基组成具有AT偏好性,A+T含量分为57.7%和58.1%;预测了金鱼22个tRNA的二级结构,大部分tRNA基因都形成典型的三叶草结构,仅tRNA~(Ser)(AGN)缺少DHU臂。在D-loop区中的识别出1个终止序列区(TAS)、3个中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和3个保守序列区(CSB-1、CSB-2和CSB-3)。对线粒体基因组的全序列比对结果显示,仅存在4个变异位点,且均为非简约信息位点,其中D-loop区变异位点1个,ND2基因2个,ND5基因1个。7种金鱼的线粒体基因组缺乏简约性信息位点,因此线粒体基因组或基因在金鱼系统发育提供的遗传信息将十分有限。
关键词：
金鱼 线粒体基因组 变异位点
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙名安 吴志刚 申欣 任建峰 刘锡兴 刘斌 刘会莲
本研究测定了颈链血苔虫的线粒体基因组。它是一个双链闭合环状分子,全长14144bp,与其他后生动物相比相对较小;颈链血苔虫线粒体基因组所有的基因都编码在同一条链上。相比其他后生动物它具有独特的基因排列顺序,而且与已发表的两个苔藓动物线粒体基因组相比,基因排列顺序也显著不同,这说明苔藓动物线粒体基因组经历了大规模的基因重排过程。基因排列顺序比较分析的结果支持苔藓动物为原口动物的观点,提示我们基因排列顺序的比较分析可能会成为苔藓动物门进化地位确定的良好途径。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
蒋宗良 张明 林勇 朱佳杰 黎明星 罗永巨 甘西
采用LA-PCR(long amplification polymerase chain reaction)扩增方法获得奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)线粒体基因组全序列。分析表明,序列全长16 632 bp,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个长度为931 bp的主非编码区。A、T、G、C碱基的组成分别为27.89%、25.50%、15.62%、30.99%。基因排列与罗非鱼属的其他物种一致。13个蛋白质基因除COX1用TGT做起始密码子外,其他均以ATG为起始,终止密码子除COX2、Cyt b、ND4为不完整的T,其余基因均以典型的TAA...
[期刊] 林业科学
[作者]
杜会聪 王瑶 方加兴 张珍荫 张苏芳 刘福 张真 孔祥波
【目的】测定和分析马尾松毛虫线粒体基因组的特征,从线粒体基因组水平探究蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。【方法】采用Hi Seq X Ten测序仪测定马尾松毛虫线粒体的全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2. 0软件预测tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的核苷酸序列构建鳞翅目蛾类13个科50种昆虫的系统发育关系。【结果】马尾松毛虫线粒体基因组全长15 417 bp,A+T含量为79. 6%,包括13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段长度为320 bp的A+T富含区,无基因重排。13个蛋白质编码基因中,氨基酸使用较频繁的依次包括Phe、Leu、Ile、Tyr和Asn(Count>290),而Ala和Arg的使用相对较少(Count
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
李妍 舒金平 华克达 张亚波 应玥 张威
【目的】对薄壳山核桃Carya illinoensis害虫暗影饰皮夜蛾Garella ruficirra线粒体基因组进行测序和分析，并在基因组水平上探讨其在夜蛾科Noctuidae中的分类地位，为探索夜蛾科昆虫的系统发育关系以及演化进程提供参考。【方法】利用二代测序技术从头组装获取暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组，并对线粒体基因组结构特点和碱基组成进行分析；同时，采用最大似然法和贝叶斯法联合构建了夜蛾科5个属、12个种的线粒体基因组系统发育树，分析暗影饰皮夜蛾在夜蛾科中的系统发育地位。【结果】暗影饰皮夜蛾线粒体基因组全长共为15 294 bp，其中包括13个蛋白质编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因以及鳞翅目Lepidoptera昆虫典型的腺嘌呤(A)+胸腺嘧啶(T)，即A+T富含区，该区域的A+T含量为80.53%，具有明显的AT偏向性。暗影饰皮夜蛾的基因排列顺序为trnM-trnI-trnQ，与包括夜蛾科昆虫在内的大多数鳞翅目昆虫基因排列次序相符。13个蛋白质编码基因的起始密码子全部为ATN。22个t RNA基因中除trnS1的DHU臂缺失，其余均为典型的三叶草结构。对线粒体基因组研究发现：夜蛾科5个属之间，Garella与皮夜蛾属Nycteola亲缘关系最近，与饰夜蛾属Pseudoips亲缘关系最远。【结论】暗影饰皮夜蛾的线粒体基因组中出现了基因重排的现象，系统发育关系支持暗影饰皮夜蛾和Garella musculana聚为1个分支。图4表4参47
[期刊] 林业科学
[作者]
李心钰 钱铖 陶静 宗世祥
【目的】首次解析入侵害虫长林小蠹Hylurgus ligniperda线粒体基因组的序列和特征，在线粒体基因组学水平探讨长林小蠹与近缘物种的亲缘关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000平台进行高通量测序，参考已发表的鞘翅目昆虫线粒体基因组数据，对组装好的长林小蠹线粒体基因组进行注释和特征分析；运用tRNA Scan-SE 2.0网络平台预测tRNA的二级结构；联合鞘翅目中的23个物种，基于最大似然法重建长林小蠹及象甲科其他近缘物种的进化关系。【结果】1）长林小蠹线粒体基因组全长为15912 bp，共编码37个基因：13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因，以及1个控制区。线粒体基因组全部37个基因的排序与昆虫祖先的线粒体基因排序一致。2）碱基构成表现为明显的AT碱基偏向性，其中A + T碱基的含量为74.50%，G + C碱基的含量23.80%；AT偏斜值为0.06，GC偏斜值为-0.24。3）除nad5基因外，所有蛋白质编码基因均具有标准的起始密码子ATN；全部蛋白质编码基因终止密码子为TAA或T。除trnS1外，长林小蠹线粒体基因组中tRNA的二级结构均为典型的三叶草形。4）基于线粒体基因组和最大似然法以及贝叶斯混合异质性模型构建的系统发育关系支持了本研究中象甲科四个亚科的单系性，其亲缘关系为 [粗喙象亚科Entiminae + （（隐喙象亚科Cryptorhynchinae + 魔喙象亚科Molytinae）+ 小蠹亚科Scolytinae）]。【结论】长林小蠹线粒体基因组结构保守，具有明显的AT碱基偏向性，蛋白质编码基因的起始子和终止子组成稳定。基于线粒体基因组重建的长林小蠹及象甲科其他近缘物种间的系统发育关系与形态学研究结果相互支持。本研究丰富了象甲科昆虫线粒体基因组学数据的多样性，为推进我国重大林业检疫性害虫长林小蠹的分子鉴定、种群监测及管理提供了数据支持。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 王海青 王敏晓 刘斌
利用长PCR扩增获得太平洋磷虾的线粒体DNA,结合鸟枪法和引物步移法测定太平洋磷虾的线粒体基因组。结果表明,太平洋磷虾线粒体基因组全长为16898bp,在最大非编码区中存在一个串联重复区域(4.7×154bp)。在15个主编码基因中,变异位点数最多的是nad5基因(319～321个),其次为nad4基因(284～285个)和cox1基因(232～233个)。因此,nad5基因和nad4基因可以作为候选的分子标记,用于分析磷虾类不同的物种和群体之间的生物多样性。对比泛甲壳动物的原始排列,太平洋磷虾和南极磷虾线粒体基因组共享3个转运RNA基因(tRNALeu(CUN)、tRNALeu(UUR)和t...
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏蕊 杨钟 丽春 李晓凯 马宇浩 李金泉
为了研究内蒙古绒山羊线粒体基因组序列组成及不同品种系统发育关系,明确绒山羊的起源、进化、不同类群的分化以及特定遗传特性形成机制,以内蒙古绒山羊(阿拉善型)为试验研究对象,对其线粒体基因组进行了序列测定和分析。结果表明,测序共得到2 551 175 100 bp碱基数,Q20为95. 40%,文库构建质量好,测序结果准确性高,得到长度为16 642 bp完整的闭合环状线粒体基因组,其GC含量为39. 17%,K-mer为53 bp。从NCBI下载其他绒山羊品种的线粒体基因组序列信息,进行系统发育分析,结果表明,内蒙古绒山羊的3个类群距离比较近,其中,阿拉善型和二狼山型的关系最近,阿尔巴斯次之;内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊可以分为单独的2个类群,与国外品种San Clemente的距离最远。
关键词：
绒山羊 线粒体 基因组
[期刊] 水产学报
[作者]
石彩霞 王瑾璞 张丽 刘彦君 魏念文 岳城 郝翠兰
为确定奇异双身虫线粒体基因组基本结构特征并探究奇异双身虫分类地位，同时了解双身虫科物种的密码子偏好性，实验采用二代高通量测序技术获得奇异双身虫线粒体基因组序列，通过线粒体在线注释网站MITOS对线粒体基因组序列进行注释并通过PhyloSuite (version1.2.2)软件对其结构进行分析，同时对奇异双身虫及其他8种双身虫科物种的线粒体蛋白质编码基因的密码子组成情况及密码子偏好性进行分析。结果显示，奇异双身虫的线粒体基因组序列长度为15 713 bp (大非编码区未测全)，A+T含量为68.7%，表现出明显的AT偏向。系统发育树结果显示，基于现有数据双身虫科物种聚为一支，支持双身虫科物种的单系性。对双身虫科物种的密码子使用偏好进行分析，结果显示双身虫科有效密码子数(ENC)为30.632～37.495，相对同义密码子使用度(RSCU)>1的密码子共有18个，偏好以碱基U(T)结尾。PR2-plot分析结果显示，T的使用频率高于A,G的使用频率高于C，突变和选择等因素均可对密码子的使用偏好产生一定的影响。中性绘图分析显示，奇异双身虫和马口鱼拟双身虫受突变压力的影响分别为61.89%和51.31%，其余7种双身虫受突变压力的影响均小于50%。双身虫科密码子偏好性存在略微差异，但都受突变压力、自然选择和碱基组成的共同影响。本研究可以为后续的系统进化研究提供重要依据。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王瑶 孔祥波 张苏芳 刘福 张真 严善春
[目的]测定和分析了云南松毛虫线粒体基因组特征,从线粒体基因组水平探究鳞翅目蛾类昆虫高级阶元的系统发育关系。[方法]采用Illumina HiSeq测序方法测定了云南松毛虫线粒体全基因组序列,参考鳞翅目昆虫已知线粒体基因组的全序列对其各基因进行定位和注释。采用tRNA Scan-SE 2.0在线预测云南松毛虫线粒体基因组tRNA基因的二级结构。基于线粒体全基因组的蛋白编码序列构建了鳞翅目13个科32种蛾类昆虫的系统发育树和松毛虫属近缘种间的系统发育树。[结果]结果显示云南松毛虫线粒体基因组全长15 443 bp,包括13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段长度为321 bp的A+T富含区,无基因重排,存在较高的A+T含量(80.0%)。13个蛋白编码基因中除了ND2和COX1,其余均以ATN做为起始密码子。9个蛋白编码基因共享相同的终止密码子TAA(ND2、ATP8、ATP6、COX3、ND5、ND4L、ND6、CYTB和ND1),其他4个基因的终止密码子都是残缺的,COX1、COX2、ND4以T为终止密码子,ND3以TA为终止密码子。22个tRNA基因中,除了tRNA~(Ser(AGN))由于缺少DHU臂无法构成三叶草结构,其余T均为典型的三叶草结构。整个线粒体结构与鳞翅目中目前已得到的其他昆虫线粒体基因组结构一致。[结论]系统发育分析结果显示,云南松毛虫与思茅松毛虫是完全不同的近缘种,与其他松毛虫亲缘关系也较远,云南松毛虫与6种近缘种的系统发育关系为:(((((油松毛虫+文山松毛虫)+赤松毛虫)+落叶松毛虫)+(思茅松毛虫+云南松毛虫))+家蚕)。鳞翅目蛾类各科之间的系统发育关系为:((((((((毒蛾科+灯蛾科)+夜蛾科)+舟蛾科)+(尺蛾科+(蚕蛾科+(天蛾科+大蚕蛾科))))+枯叶蛾科)+(螟蛾科+草螟科))+卷蛾科)+蝙蝠蛾科)。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
闫永斌 程起群
为了明确鲳属鱼类的线粒体全基因组序列结构、寻找有效的种间鉴别分子标记，并剖析其系统发育信息，以期为鲳属鱼类的分类学、进化遗传学和种质鉴定提供参考依据，测定了鲳属5种鱼类（中国鲳Pampus chinensis、灰鲳P. cinereus、银鲳P. argenteus、珍鲳P. minor、翎鲳P. punctatissimus）的线粒体全基因组序列，并结合NCBI数据库中已有的鲳属鱼类线粒体全基因组序列进行分析。结果显示：1）鲳属线粒体基因组全序列长度在16551bp到18062bp之间，其基因组结构与大多数硬骨鱼类一致；比较特别的是，银鲳和镰鲳具有两个tRNA~(Met)结构，珍鲳出现ND1基因重排以及两个重复的D-loop结构。2）银鲳与镰鲳的D-loop区出现重复CSB3结构，灰鲳与翎鲳D-loop区出现重复TAS结构。3）ND2基因条形码及其微型条形码均可将鲳属鱼类区分开，可作为有效的鲳属鉴别分子标记。4）东海区的银鲳与镰鲳应为同一物种，灰鲳可能为翎鲳的同物异名。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
申欣 田美 孟学平 程汉良
综合分析了软骨鱼10个物种的线粒体基因组全序列,全面揭示软骨鱼线粒体基因组的基本特征、蛋白质编码基因和差异位点等。软骨鱼10个物种线粒体基因组均编码后生动物标准的37个基因,而且其基因排列完全相同。真鲨目和鳐形目线粒体基因组的13个蛋白质编码基因的Ka/Ks比值都远远低于1(0.019 1~0.156 4),显示出较强的纯化(负)选择。基于线粒体基因组构建的系统发育树结果显示,软骨鱼纲分为两支:全头亚纲和板鳃亚纲。在板鳃亚纲内部,鳐形目和鲼形目聚为一支;真鲨目、鼠鲨目、须鲨目、虎鲨目和角鲨目聚为一支,其亲缘关系为:{[(真鲨目+鼠鲨目)+须鲨目)]+虎鲨目}+角鲨目。软骨鱼线粒体基因组差异位点...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
徐纯柱 张洪海 马建章
利用PCR方法和直接测序技术获得的紫貂线粒体基因组全长为16523bp,包含13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码基因控制区(D-Loop区),碱基组成为A32.0%、C27.6%、G14.7%、T25.8%;在编码蛋白质基因的密码子第3位点处具有AC高偏向性(72.6%),并且频繁利用不完全终止密码子T或TA(7个)。将紫貂线粒体基因组序列提交到GenBank,并获得检索号为FJ429093。结合GenBank中已公布的鼬科其他6种动物的线粒体基因组全序列及貂属6种D-Loop区部分序列,分别以虎和狗獾为外类群,应用最大简约法构建鼬科和貂属物种的系统进化树。结...
关键词：
紫貂 线粒体基因组 进化
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