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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
阮小凤 Gabi Krczal 杨勇
【目的】分离柿属植物的微卫星标记,为柿种质资源的分类、进化等遗传研究奠定基础。【方法】提取磨盘柿(Diospyros kaki)基因组DNA后,用EcoRⅠ和MesⅠ2种内切酶酶切并连接接头,再用接头特异引物进行PCR扩增。扩增产物与生物素标记的(GA)15和(AC)15探针杂交,杂交复合物用链亲和素包裹磁珠进行结合,得到单链DNA目标片段,经PCR扩增,连接pGEM-T载体,转化入感受态大肠杆菌,得到微卫星富集小插入片段DNA文库。用Colony-PCR法筛选阳性克隆,进行测序分析。【结果】测序96个克隆,54个含微卫星序列,24个为有效微卫星序列,其中完美型(perfect)9个,占37....
关键词：
柿 微卫星 磁珠富集
[期刊] 水产学报
[作者]
孙效文 鲁翠云 梁利群
磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组DNA经Sau3AI酶切,回收纯化400～900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究又通过同位素标记的探针(CA)15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所...
关键词：
磁珠富集 草鱼 微卫星分子标记
[期刊] 水产学报
[作者]
全迎春 孙效文 刘伟 梁利群 鲁翠云
通过磁珠富集的方法分离大口鲶(Silurus meriaionalis)的微卫星分子标记。将基因组DNA酶切,梯度离心收集400~900bp片段并纯化,连接Brown接头,用生物素标记的寡核苷酸(CA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,然后将这些片段洗脱,PCR扩增,进行克隆构建“基因组文库”,再通过同位素标记的探针(CA)15进行2次杂交筛选,所得到的阳性克隆测序。从所获得593个阳性克隆中选取178个经测序,97.19%(173个)含有微卫星序列,90.60%重复数在10以上,75.98%为完美型。除探针中使用的CA重复单元外,还观察到CT、GA、ATG的重复序...
关键词：
大口鲶 微卫星 磁珠富集
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡磊 高丽 杨波
将花榈木(Ormosia henryiPrain)基因组DNA用MseⅠ酶切后,连接相应的接头,PCR扩增后回收500~1000bp片段,与用生物素标记的微卫星探针(GA)12,(AAG)8杂交后,运用磁珠富集含有微卫星序列的DNA片段。获得的序列经PCR扩增,连接载体pMD19-T,构建富含微卫星序列的小片段插入文库;用PCR法筛选文库,获得78个阳性克隆,经测序分析得到24个微卫星序列,成功设计出9对引物。
关键词：
花榈木 微卫星标记 磁珠富集 多态性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵莹莹 朱晓琛 孙效文 梁利群
采用生物素—磁珠吸附微卫星富集法,筛选虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分子标记,并用同位素法进行二次筛选。结果在筛选的192个菌落中获得136个阳性克隆,经测序分析,获得微卫星序列179个,其中完美型占50.8%,非完美型43.0%,混合型占6.1%。除探针中使用的CA重复外,还得到TC、AG、ACA、CTAT的重复序列。用引物设计软件Primer Premier5.0设计引物85对,挑选其中的40对合成并进行筛选
关键词：
磁珠富集 虾夷扇贝 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙效文 贾智英 魏东旺 鲁翠云 梁利群
用2种方法克隆黑龙江鲤(Cyprinus(Cyprinus)carpiohaematopterus)的微卫星序列。这2种方法分别是:①经典的小片段DNA克隆库,用末端标记的[γ-32]ATP的CA重复序列为探针筛选;②将酶切获得的小片段DNA用结合有磁珠的并连接有15个CA重复序列的生物素进行富集,获得的含有CA重复的DNA片段并经过两次PCR扩增再克隆的方法获得富集微卫星片段的克隆库。从前一个方法的克隆库中筛选2000个菌落,获得阳性克隆45个,有22个含有微卫星,完美型的占63 6%,非完美型的占22 7%,混合型的占13 7%,重复次数超过10的有9个,占40 9%;从方法②的克隆库中筛...
关键词：
磁珠富集 小片段克隆 鲤 微卫星
[期刊] 淡水渔业
[作者]
曹柱 鲁翠云 郑先虎 储志远 张天奇 赵元凤 孙效文
通过生物素磁珠富集法开发方正银鲫(Carassius auratus gibelio(Bloch))三、四核苷酸重复的微卫星,并与传统的放射性同位素杂交法相结合,进行二次筛选微卫星分子标记。结果显示:对652个阳性克隆进行测序分析,获得微卫星序列800个,其中完美型542个(67.75%),非完美型140个(17.50%),混合型118个(14.75%)。用引物设计软件primer3plus在线设计引物163对,选择合成76对,引物多态性通过二倍体野生鲫群体进行检测。检测结果显示,30对引物表现出不同程度多态性,等位基因数在3～8之间,多态信息含量(PIC)在0.4066～0.8023之间,其...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
郝君 孙效文 梁利群 鲁翠云
根据生物素与链霉亲和素的亲和原理,采用生物素-磁珠富集微卫星,与传统放射性同位素杂交法相结合,构建筛选大黄鱼的微卫星文库。用生物素-微卫星捕捉单链限制性酶切片段(含有接头和大黄鱼微卫星序列),经PCR扩增单链目的片段形成双链,然后连接至T载体上,转化感受态细胞。将移至硝酸纤维素膜的重组菌用32P标记的放射性同位素探针5′-[γ-32PATP(CA)15筛选出阳性克隆菌。测序结果发现,阳性克隆率为71.9%,105个微卫星位点。其中选取设计合成30对并筛选出22对可用引物。说明所建大黄鱼微卫星文库是一个高质量的文库,可为大黄鱼基因组结构分析、大黄鱼精密微卫星连锁图谱构建、分子进化和系统发育研究、...
关键词：
大黄鱼 微卫星 磁珠 生物素
[期刊] 水产学报
[作者]
战爱斌 胡景杰 胡晓丽 王明玲 彭薇 李艳 李纪勤 包振民
应用微卫星富集文库—菌落原位杂交法,筛选得到了40个栉孔扇贝的微卫星标记。用固定了(AG)15和(AC)15探针的尼龙膜(Hybond N+)捕捉含有微卫星DNA的片段,经洗脱、PCR扩增和TA克隆,构建栉孔扇贝的微卫星富集文库。利用ECL试剂盒(Amersham公司)标记的(AG)15和(AC)15探针进行菌落原位杂交筛选微卫星富集文库,阳性克隆经测序获得微卫星DNA。富集文库中1200个重组克隆经过菌落原位杂交后,532个(44.3%)为阳性克隆。任意挑选100个克隆测序,结果显示所有的克隆都至少含有一个微卫星位点。利用软件设计了65对特异性PCR引物,40对能扩增出清晰的带谱;利用48个...
[期刊] 水产学报
[作者]
宋春妮 李健 刘萍 陈萍 高保全
采用磁珠富集法筛选日本蟳微卫星分子标记。日本蟳基因组DNA经Sau3 AⅠ酶切后,收集400～1 200 bp大小的片段并纯化,利用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)15从中筛选出含有微卫星序列的DNA片段,连接到pMD18-T载体中,构建富集微卫星序列的基因组文库,经PCR检测筛选出阳性克隆进行测序。从随机挑选的970个菌落中筛选出369个阳性克隆进行测序,结果86.99%(321个)含有微卫星序列,其中完美型占80.54%,非完美型占15.95%,混合型占4.28%。除使用的探针AC重复外,还得到GA、CT等重复序列。共设计出102对微卫星引物,其中65对能扩增出清晰条带,27对具有多态性。...
关键词：
日本蟳 微卫星 磁珠富集法
[期刊] 水产学报
[作者]
贾舒雯 刘萍 韩智科 李健 潘鲁青
采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1 200 bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建脊尾白虾微卫星富集文库。随机挑取947个克隆,经菌落PCR检验,其中667个为阳性克隆。从阳性克隆中随机选取184个克隆进行测序,有150个克隆含有微卫星序列,共获得199个微卫星序列,其中完美型158个(79.4%),非完美型27个(13.6%),复合型14个(7.0%)。根据微卫星序列,设计了119对微卫星引物,64对扩...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨成 朱新平 郝君 孙效文
利用磁珠富集法构建了鲮鱼的(CA)n微卫星富集文库,所建文库共包含252个阳性克隆,从中随机选取60个进行测序,得到56个(93.3%)含有微卫星序列的克隆。其中,完美型微卫星49个(87.5%),非完美型微卫星2个(3.6%),复合完美型微卫星5个(8.9%)。从所得序列中分离和鉴定了18对微卫星标记。采用20个鲮鱼养殖个体分析其多态性,发现其中12对为多态性标记,等位基因数变动范围为2~20,期望杂合度变动范围为0.261 5~0.950 0。本研究对以后鲮鱼基因组资源的开发利用起到一定的促进作用,并为鲮鱼养殖品系的优化、遗传多样性的检测及遗传图谱的构建等打下基础。
关键词：
鲮鱼 微卫星 富集法 多态性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 中国水产科学
[作者]
佟广香 鲁翠云 匡友谊 梁利群 尹家胜 孙效文
采用磁珠富集法构建哲罗鱼(Hucho taimenPallas)基因组微卫星文库。哲罗鱼基因组DNA经MboI限制性内切酶消化后,选取400~900 bp的片段,用生物素标记的简单重复序列(ACA)15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,获得目的片段,连接T载体克隆,构建基因组微卫星富集文库。再用同位素标记的(ACA)15探针进行二次筛选,筛选出686个阳性克隆,阳性克隆率为35.94%。对其中140个阳性克隆进行测序,共获得149个微卫星序列,4个小卫星序列,其GenBank Accession Number为DQ110955~DQ121108。其中perfect(完美...
关键词：
哲罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 林业科学研究
[作者]
彭镇华 刘贯水 李潞滨
用磁珠富集法筛选毛竹基因组DNA的SSR分子标记,利用磁珠法对毛竹基因组DNA的AFLP片段进行了富集,分别构建了富含GT、AG、CCA重复基元的富集文库,利用克隆PCR法对文库进行筛选,检测菌落数分别为1080、620、630个,阳性菌落中含目的重复的序列分别为137、73、41个,富集效率分别为12.7%、11.8%、6.5%。双碱基重复的富集效率高于三碱基富集效率。根据获得的序列结果,设计了53对SSR引物,其中31对引物在毛竹中成功扩增出目的大小的条带,扩增成功率为58.9%。
关键词：
毛竹 磁珠富集法 文库筛选 SSR引物
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