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[期刊] 中国水产科学
[作者]
胡方正 孙大川 郭衍硕 姚妙兰 刘文畅 谭洪新
为了解硝化型和光合自养型生物絮团对于泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)的养殖效果,设置清水组(CW组)、硝化组(BFT组)和光合自养组(ABFT组)生物絮团养殖泥鳅45 d,比较泥鳅的生长和消化酶活性、两类絮团的营养组成情况,以及养殖水体和泥鳅肠道微生物的群落结构。结果显示,BFT组和ABFT组的饲料转化率、特定生长率和末均重没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,两实验组的饲料转化率显著降低;BFT组的终末密度与CW组相比没有显著性差异(P>0.05)。与CW组相比,BFT组和ABFT组生物絮团可以提供(36.69±1.17)%和(40.20±1.05)%的粗蛋白;与BFT组相比,ABFT组的生物絮团粗脂肪含量显著提高(P<0.05),并且促进脂肪酸由饱和向不饱和转化。ABFT的泥鳅胰蛋白酶和脂肪酶的活性显著高于另外两组(P<0.05)。微生物群落分析表明,添加藻类对成熟生物絮团Alpha多样性指数、群落门水平和属水平没有显著影响。泥鳅摄食生物絮团会导致肠道菌群sobs指数显著降低。BFT组肠道的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和绿弯菌门(Chloroflexi);ABFT组为变形菌门和蓝藻门(Cyanobacteria)。属水平上,ABFT组检测到高水平的气单胞菌属(Aeromonas)。本研究表明,硝化型和光合自养型生物絮团养殖均适合作为泥鳅绿色健康养殖的新模式。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杜欣泽 刘文畅 谭洪新 罗国芝 万玉美
为了了解硝化型和异养型生物絮团养殖系统的养鱼效果，在硝化组和异养组中试养吉富罗非（GIFT Oreochromis niloticus）幼鱼51 d，比较研究罗非鱼的生长性能、非特异性免疫酶活以及消化酶活性、水体及肠道微生物的群落结构。结果显示，两组罗非鱼的成活率和增重率无显著性差异；异养组罗非鱼的非特异性免疫酶活性显著高于硝化组。硝化组罗非鱼肠道的淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于异养组，异养组的蛋白酶显著高于硝化组。罗非鱼肠道占比前5的优势门均为变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和衣原体门(Chlamydiae)，其中变形菌门是各组中最主要的菌群。硝化型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门(Bacteroidetes)，浮霉菌门(Planctomycetes)；异养型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门，放线菌门。分枝杆菌属(Mycobacterium)是是水体和肠道中最主要的潜在致病菌而Diplorickettsiaceae和邻单胞菌属(Plesiomonas)均保持在较低水平。水体和肠道中除梭菌属(Clostridium)外其余潜在致病菌如气单胞菌属(Aeromonas)，黄杆菌属(Flavobacterium)等含量水平硝化型组均高于异养型组。通过养殖效果，鱼类生化指标以及肠道和水体微生物群落结构的对比结果发现异养型生物絮团更有利于罗非鱼幼鱼的养殖。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李志斐 王广军 余德光 卢炳国 谢骏 郁二蒙 夏耘 种香玉
为探讨生物絮团对养殖水体水质和微生物代谢功能的影响,采用水质分析和Biolog-ECO技术,分析了葡萄糖强化养殖水体培育生物絮团的过程中水质指标和微生物碳代谢变化特征。结果显示:(1)成熟的生物絮团有效降低了养殖水体氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮水平,并显著提高了养殖水体的总固体悬浮物(TSS)含量。(2)对照组和生物絮团组水体微生物样品平均颜色变化率(average well color development,AWCD)在培养108 h后趋于稳定,生物絮团组AWCD高出对照组18%;同时生物絮团系统水体微生物提高了对聚合物类和碳水化合物类的代谢强度;对比2组水体微生物代谢多样性指数发现,生物絮...
[期刊] 水产学报
[作者]
江昊飞 李慷 石文智 车轩 刘兴国 鲁强 巴旭冰 刘利平
生物质炭膜架作为一种新型填料，具有较高的单位比表面积，利于硝化微生物群落的附着，污水净化能力较强，在未来人工湿地的应用中具有广阔前景。水产养殖过程中的环境变化和渔药的使用，是否会妨碍人工湿地中填料作用的充分发挥尚未明确。为研究外界因素对生物质炭膜架除污能力的影响，实验设置了不同pH (E1:6.5、E2:7.5和E3:8.5)和常用渔药(F1：氟苯尼考，6 mg/L;F2：土霉素，20 mg/L)处理组，研究生物质炭填料系统降氨氮效率及其附着生物膜微生物群落结构的变化。结果显示：(1)实验组与对照组中，硝化螺旋菌门相对丰度均为最高。(2) E1、E2、E3组降氨氮速率分别为0.247、0.249、0.305mg/(L·h)，均低于对照组(pH=8.2)[0.323 mg/(L·h)]；低pH条件下硝化螺旋菌的相对含量略有降低，而脱硫杆菌相对含量无显著差异。(3) F1、F2组降氨氮速率一致，均为0.172mg/(L·h)，低于对照组[0.323 mg/(L·h)]；与对照组相比，实验组硝化螺旋菌与脱硫杆菌相对含量无显著变化，推测氟苯尼考和土霉素抑制了菌的活性，致使氨氮降解速率下降。研究表明，弱碱性水体有助于提高生物质炭填料净化水质的能力，而氟苯尼考或土霉素的使用会影响生物膜上脱氮微生物的群落丰度和活力，并抑制降氨氮能力。因此，使用抗生素类渔药治疗时，应配合其他水质调节措施来控制养殖水体的氨氮含量，保证养殖对象安全，最大化发挥生物质填料的养殖尾水净化效果。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜敏 张希昭 杨彦平 尹登花 代培 应聪萍 刘凯
于2017年洄游汛期内采集刀鲚(Coilianasus)样本,解剖后选取6尾感染陈氏刺棘虫(Acanthosentischeni)的刀鲚样本作为感染组,同时选取6尾未感染刀鲚作为对照组,采用16S rDNA高通量测序技术研究陈氏刺棘虫感染对刀鲚肠道微生物群落结构的影响。结果共鉴定出23个细菌门,其中对照组包含22个门,感染组鉴定出18个门,其中疣微菌门(Verrucomicrobia)只在感染组刀鲚中检测到;两组刀鲚肠道中主要的微生物类群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和软壁菌门(Tenericutes),且相对丰度总量均高于85%;感染组中厚壁菌门、梭杆菌门(Fusobacteria)和纤维杆菌门(Fibrobacteres)平均含量高于对照组,其余菌门相对丰度含量与对照组相比均呈下降趋势,但两组间微生物组成比例没有显著差异(P>0.05)。此外,在已明确的130个科中,厚壁菌门中的梭菌科(Clostridiaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和变形菌门中的肠杆菌科(Enterobacteriaceae)含量高于对照组(P<0.05),紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)和毛螺菌科(Lachnospiraceae)中的Eisenbergiella丰富度在感染组刀鲚肠道中显著更高(P0.05)。虽然陈氏刺棘虫感染对肠道微生物的群落结构和物种多样性影响不显著,但是在特定微生物物种的组成上存在显著差异。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
马清扬 王元 李传步 范培莉 周俊芳 房文红
通过运用16S rDNA高通量测序技术,研究了蓝藻水华的发生对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)体内及其养殖环境中微生物群落结构的影响。结果显示,蓝藻水华以蓝藻门的浮丝藻(Planktothrix sp.)和拉氏拟柱胞藻(Cylindrospermopsis raciborskii)为优势种。总体来看,蓝藻池中的群落丰富度高于对照池,微生物多样性低于对照池。蓝藻池和对照池中伊乐藻中的细菌种类很少,而底泥中的细菌种类很丰富。基于门水平下的菌群分类,在蓝藻池水中优势菌群为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和疣微菌门(Verrucomicrobia),对照池水中则为变形菌门、放线菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes)。中华绒螯蟹鳃中均以放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌,但在物种相对丰度上存在差异;中华绒螯蟹肠道均以拟杆菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、变形菌门、厚壁菌门(Firmicutes)为优势菌。基于属水平下的菌群分类,蓝藻池池水的优势菌群为浮丝藻属(Planktothrix)、CL500-29_marine_group属和hgcI_clade属,对照池池水中以不动杆菌属(Acinetobacter)、Candidatus_Aquiluna属和hgcI_clade属为优势菌属。中华绒螯蟹鳃中优势属为Ilumatobacter属,且蓝藻池中Ilumatobacter属生物相对丰度更高;中华绒螯蟹肠道样品中Candidatus_Bacilloplasma属和Prolixiibacter属生物相对丰度较高。基于NMDS分析,中华绒螯蟹肠道的菌群结构较为稳定,样本层级聚类分析的结果也映证了这一点。研究结果表明,蓝藻水华的发生会影响养殖环境和中华绒螯蟹肠道及鳃的菌群结构。
[期刊] 水产学报
[作者]
江昊飞 李慷 石文智 车轩 刘兴国 鲁强 巴旭冰 刘利平
生物质炭膜架作为一种新型填料，具有较高的单位比表面积，有利于微生物膜的形成，在水产养殖尾水处理中具有广阔前景。然而，养殖过程中的环境变化和渔药的使用，对生物质炭膜架处理污水能力的影响尚不明确。实验设置了不同pH（E1：6.5、E2：7.5和E3：8.5）和常用渔药（F1：氟苯尼考，6 mg/L；F2：土霉素，20 mg/L）处理组，研究生物质炭填料系统去除氨氮效率及其附着生物膜微生物群落结构的变化。结果显示，（1）实验组与对照组中，硝化螺旋菌门（Nitrospirae）相对丰度均为最高；（2）E1、E2、E3组降氨氮速率分别为0.247、0.249、0.305 mg/(L·h)，均低于对照组（pH=8.2）：0.323 mg/(L·h)；低pH条件下硝化螺旋菌的相对含量略有降低，而脱氮硫杆菌相对含量没有显著差异。（3）F1、F2组降氨氮速率一致，均为0.172 mg/(L·h)，低于对照组0.323 mg/(L·h)；与对照组相比，实验组硝化螺旋杆菌与脱氮硫杆菌相对含量无显著变化，推测氟苯尼考和土霉素抑制了菌的活性，致使氨氮降解速率下降。研究表明，弱碱性水体有助于提高生物质炭填料净化水质能力，而氟苯尼考或土霉素的使用会影响生物膜上脱氮微生物的群落丰度和活力并抑制降氨氮能力。因此，使用抗生素类渔药治疗时，应结合其它水质调节措施来控制养殖水体的氨氮含量，最大化发挥生物质填料的净化养殖尾水效果。
[期刊] 水产学报
[作者]
江昊飞 李慷 石文智 车轩 刘兴国 鲁强 巴旭冰 刘利平
生物质炭膜架作为一种新型填料，具有较高的单位比表面积，有利于微生物膜的形成，在水产养殖尾水处理中具有广阔前景。然而，养殖过程中的环境变化和渔药的使用，对生物质炭膜架处理污水能力的影响尚不明确。实验设置了不同pH（E1：6.5、E2：7.5和E3：8.5）和常用渔药（F1：氟苯尼考，6 mg/L；F2：土霉素，20 mg/L）处理组，研究生物质炭填料系统去除氨氮效率及其附着生物膜微生物群落结构的变化。结果显示，（1）实验组与对照组中，硝化螺旋菌门（Nitrospirae）相对丰度均为最高；（2）E1、E2、E3组降氨氮速率分别为0.247、0.249、0.305 mg/(L·h)，均低于对照组（pH=8.2）：0.323 mg/(L·h)；低pH条件下硝化螺旋菌的相对含量略有降低，而脱氮硫杆菌相对含量没有显著差异。（3）F1、F2组降氨氮速率一致，均为0.172 mg/(L·h)，低于对照组0.323 mg/(L·h)；与对照组相比，实验组硝化螺旋杆菌与脱氮硫杆菌相对含量无显著变化，推测氟苯尼考和土霉素抑制了菌的活性，致使氨氮降解速率下降。研究表明，弱碱性水体有助于提高生物质炭填料净化水质能力，而氟苯尼考或土霉素的使用会影响生物膜上脱氮微生物的群落丰度和活力并抑制降氨氮能力。因此，使用抗生素类渔药治疗时，应结合其它水质调节措施来控制养殖水体的氨氮含量，最大化发挥生物质填料的净化养殖尾水效果。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
代金君 张池 周波 孙迎韬 黄钰婷 任宗玲 戴军
为研究重金属污染土壤经不同生态类型蚯蚓消化后蚓粪和消化前土壤的微生物群落结构差异,选取2种不同污染特征的重金属污染水稻土,分别接种表栖型赤子爱胜蚓Eisenia fetida和内栖型壮伟环毛蚓Amynthas robustus进行10d室内盆钵培养后采集新鲜蚓粪,通过变性梯度凝胶电泳技术和序列分析研究蚓粪和对照土壤的微生物种群特征。蚓粪微生物丰富度和Shannon指数均明显高于对照土壤(P
[期刊] 淡水渔业
[作者]
赵翔刚 罗衡 刘其根 赵良杰 蔡林荣 戴亮亮 张真
为了研究养殖沙塘鳢(Odontobutis obscurus)对稻田水体及底泥的微生物群落结构及多样性的影响,2015年于浙江海盐江南四阡现代农业公司进行了沙塘鳢的稻田养殖实验,利用DGGE(Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)技术对养殖过程中的稻田水体及底泥中细菌的16S r DNA片段进行指纹图谱分析。DGGE条带测序分析结果显示:稻田水体及底泥共检测到包括α-变形菌亚门(Alphaproteobacteria)、β-变形菌亚门(Betaproteobact
[期刊] 淡水渔业
[作者]
潘贤辉 覃俊奇 庞海峰 梁正 林勇 李文红 黄姻 陈忠 杜雪松 周康奇
为构建稻螺生态综合种养模式，本研究分析同一生境下不同发育阶段中国圆田螺（Cipangopaludina chinensis）肠道微生物差异，并将其与底泥微生物进行比较研究。实验利用Ion S5TMXL平台对16S rRNA扩增子进行测序，比较研究成年和幼年螺肠道菌群及其功能。结果显示：底泥中微生物多样性显著高于螺肠道菌群，同时幼螺肠道菌群多样性也显著高于成螺。在所有样品中共鉴定出51门243属，其中拟杆菌门（Bacteroidetes, 48.95%）、变形杆菌门（Proteobacteria, 20.37%）和厚壁菌门（Firmicutes, 7.94%）占据主导地位。指示物种分析发现幼螺肠道中苔藓杆菌属（Bryobacter）、互养菌属（Syntrophus）、酸杆菌属（Acidibacter）、硝化螺旋菌属（Nitrospira）、玫瑰单胞菌属（Roseomonas） 5种菌群丰度显著高于成螺，而这些菌群均与蛋白质、氨基酸等能源物质代谢相关，暗示着幼螺时期所需的能源物质更多，消化代谢能力更强。功能预测结果显示螺肠道中的糖代谢、氨基酸代谢、能量代谢、辅助因子和维生素代谢等功能菌群丰度极显著高于底泥，但是成年和幼年中国圆田螺肠道菌群功能未出现差异，表明在肠道与底泥不同生境下菌群所发挥功能具有一定的偏好性，而同一环境中田螺肠道菌群功能较为一致。综上，螺肠道和底泥的微生物丰度不同，但二者微生物群落组成相似，说明田螺肠道微生物组成的变化与同一生态系统中的底泥密切相关；同时田螺在生长发育过程中肠道菌群组成及其功能较为一致，但处于生长快速阶段的幼螺对能源物质的代谢能力强，为此在养殖过程中应给予幼螺充足营养，适当提高饲料中脂肪、蛋白等能源物质的比例，满足田螺快速生长的能量需求。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
郑菲菲 单宇峰 祝东梅 杨禧文 陈菲 叶可 马帅 王玉军
为探究不同养殖模式下黄鳝(Monopterus albus)胃肠道微生物的群落结构，本实验采用16S rRNA高通量测序技术研究虾塘散养、蟹塘散养、网箱投喂鱼浆和网箱投喂水蚯蚓4种养殖模式下黄鳝胃肠道微生物的组成和群落结构。Alpha多样性分析和Venn图结果显示，网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，而蟹塘散养组最低。除蟹塘散养组黄鳝肠道的优势菌为变形菌门，其余3种养殖模式黄鳝胃肠道优势菌群均为厚壁菌门，推测黄鳝胃肠道微生物的核心菌群为厚壁菌门。在属水平上，网箱投喂水蚯蚓养殖模式中黄鳝胃的优势菌群为粪杆菌属(Faecalibacterium)与嗜黏蛋白阿克曼菌属(Akkermansia),其余3种养殖模式中黄鳝胃的优势菌群都为韦荣球菌属(Veillonella);而虾塘散养组黄鳝肠道的优势菌群为瘤胃球菌属(Ruminococcus),其余3种养殖模式的优势菌群中都有双歧杆菌属(Bifidobacterium)。结果表明：网箱投喂水蚯蚓组黄鳝胃肠道微生物多样性和丰度均较高，且益生菌群占比高，潜在致病菌较少，是比较健康的养殖模式。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词：
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 水产学报
[作者]
王春忠 林国荣 严涛 郑志鹏 欧清峰 陈斌 孙富林
为了研究长毛对虾养殖环境以及对虾肠道微生物种群结构的特征,实验分别采集养殖区进水口水体、养殖池底泥、养殖池水体以及长毛对虾肠道样品,采用构建16S rRNA基因克隆文库的方法对不同样品间的微生物群落组成进行了研究。结果表明,4组样品中共获得621条序列,操作分类单元(OTU)总数达212个,表明养殖环境微生物群落结构具有高度的多样性。从遗传进化树分析发现,进水口水体中细菌优势种群为蓝细菌(53.97%)、α-变形杆菌(13.76%)和γ-变形杆菌(10.58%);养殖池水体细菌优势种群为蓝细菌(33.55%)、γ-变形杆菌(14.84%)、厚壁菌(14.19%)、拟杆菌(12.26%)和α-变...
[期刊] 华北农学报
[作者]
田亚东 张大为 李敬 孙桂荣 韩瑞丽 蒋瑞瑞 康相涛
选取1日龄AA肉仔鸡母雏360只,随机分为3个处理组,分别饲喂以玉米、小麦、大米为单一淀粉源配制等能等氮饲粮,饲养28 d,利用末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)技术测定不同饲粮类型对肉仔鸡肠道微生物群落多样性的影响。结果显示,限制性片段T-RF 160、T-RF 253和T-RF 292所代表的菌群是十二指肠、空肠和回肠中的优势菌群,大米饲粮组T-RF 253和T-RF 292片段所代表菌群优势度较玉米饲粮组和小麦饲粮组稍低,盲肠中优势菌群结构和含量与小肠存在较大差异。不同饲粮组间肉仔鸡肠道微生物群落的香侬-威纳指数、辛普森指数和均匀度指数均无显著差异(P>0.05),但大米饲粮组较玉...
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