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[期刊] 中国水产科学
[作者]
吴越 马建忠 郑伊诺 许凯伦 李敏 陈星星 胡园 曾国权 黄振华
通过16S rRNA基因片段高通量测序研究了褐点石斑鱼(Epinephelus fuscoguttatus)和东星斑(Plectropomus leopardus)循环水养殖系统水体细菌种群结构。结果显示石斑鱼循环水养殖系统中优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝藻门(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和硝化螺旋菌门(Nitrospira)。其中养殖塘、固液分离池、沉淀池和蛋白分离
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姚延丹 李谷 陶玲 李晓莉 张世羊 赵巧玲 林玉良
于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征。通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16SrDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序。研究结果表现为,随水流方向(P1→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4+-N、TP和CODMn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,CODMn和营养盐水平降低。DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗金飞 廖永岩 李书迪 冯国禄
为探究温度对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)循环养殖水体中微生物群落的影响,深入理解环境因子与养殖水体微生物群落之间的相关性。在水温分别为18℃、22℃、26℃、30℃和32℃的循环养殖系统中进行拟穴青蟹养殖,采用16S rRNA高通量测序技术对不同温度下的养殖水体微生物群落组成进行分析。结果表明:(1) Alpha多样性指数显示5组水样中细菌群落多样性指数大小为t26>t22>t30>t32>t18,物种丰度大小为t22>t26>t32>t30>t18。温度可以导致养殖水体中微生物群落多样性发生变化,但并未发现二者之间直接的相关性。(2) 5种温度下的养殖系统中细菌群落共有31门、43纲、94目、185科和351属,变形菌门(Proteobacteria)为循环养殖水体中绝对优势菌门。在养殖系统水温为26℃时,养殖水体中氮磷污染物含量相对较高,其水中脱氮除磷菌属的相对丰度也显著高于其他4组。(3)由花瓣图和UPGMA聚类分析图进行相似性分析可知,水体微生物群落对温度的变化有着良好的响应, 5组水样的细菌群落结构总体相似性较低,其中最高温度32℃和最低温度18℃的水体中细菌群落结构最为相似。(4)水体中微生物群落结构和与环境因子的相关性分析显示,氮磷营养盐中的总磷(TP)和硝酸盐(NO3–-N)对水中微生物群落特征具有显著性影响,而温度是导致养殖水体中氮磷营养盐差异化的主要原因。上述研究结果初步解释了温度对拟穴青蟹循环养殖水微生物群落的作用机制,为下一步深入研究拟穴青蟹循环水养殖系统中环境变化与微生物的相互关系提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杜欣泽 刘文畅 谭洪新 罗国芝 万玉美
为了了解硝化型和异养型生物絮团养殖系统的养鱼效果，在硝化组和异养组中试养吉富罗非（GIFT Oreochromis niloticus）幼鱼51 d，比较研究罗非鱼的生长性能、非特异性免疫酶活以及消化酶活性、水体及肠道微生物的群落结构。结果显示，两组罗非鱼的成活率和增重率无显著性差异；异养组罗非鱼的非特异性免疫酶活性显著高于硝化组。硝化组罗非鱼肠道的淀粉酶和脂肪酶活性均显著高于异养组，异养组的蛋白酶显著高于硝化组。罗非鱼肠道占比前5的优势门均为变形菌门 (Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)和衣原体门(Chlamydiae)，其中变形菌门是各组中最主要的菌群。硝化型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门(Bacteroidetes)，浮霉菌门(Planctomycetes)；异养型水中占比前4的优势门为变形菌门，绿弯菌门，拟杆菌门，放线菌门。分枝杆菌属(Mycobacterium)是是水体和肠道中最主要的潜在致病菌而Diplorickettsiaceae和邻单胞菌属(Plesiomonas)均保持在较低水平。水体和肠道中除梭菌属(Clostridium)外其余潜在致病菌如气单胞菌属(Aeromonas)，黄杆菌属(Flavobacterium)等含量水平硝化型组均高于异养型组。通过养殖效果，鱼类生化指标以及肠道和水体微生物群落结构的对比结果发现异养型生物絮团更有利于罗非鱼幼鱼的养殖。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
钟立强 李冰 王明华 张世勇 姜虎成 陈校辉 朱健 边文冀
微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用，深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰(Ictalurus punctatus)养殖池塘底泥中细菌群落机构特征，并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示，斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化，冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和酸杆菌门(Acidobacteria)，与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示，冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富，冬季和春季分布较为集中，分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门，秋季特异性优势菌群分布特别分散，而夏季优势细菌类群最少，只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中，透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关(P<0.05)，对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
吴欢欢 王伟继 吕丁 胡玉龙 孔杰
采用基于Illumina测序平台的高通量测序技术,对大菱鲆(Scophthalmus maximus)幼鱼肠道及其养殖水体、生物饵料中细菌种类及丰度进行研究。测序结果显示,养殖水体、生物饵料和大菱鲆幼鱼肠道等19个样品共获得有效序列547621条,可聚类于3771个可分类操作单元(OTUs),归属于养殖水体、生物饵料、健康幼鱼和发病幼鱼的操作分类单元(OTU)个数分别为3038、1090、87和777,其中,健康幼鱼与生物饵料、健康幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为57和0,发病幼鱼与生物饵料、发病幼鱼与养殖水体特有的OTU个数分别为481和31。表明幼鱼肠道微生物多样性与生物饵料密切相关。根据细菌注释结果,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)在大菱鲆幼鱼肠道中占优势地位,其中,健康幼鱼肠道微生物共聚类为8个门,发病幼鱼的肠道微生物可聚类为19个门。与健康幼鱼相比,发病幼鱼肠道门水平上的3种主要优势菌群落结构出现失衡。此外,对各样品中丰度最高的100位OTU分析显示,幼鱼肠道优势菌种类与生物饵料中的优势菌种类密切相关,而每个发病幼鱼肠道优势菌种类具有一定的独立性。本研究旨在为大菱鲆健康养殖和微生态调控提供实验依据。
关键词：
生物多样性 高通量测序 大菱鲆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
毛玉泽 颜婷茹 朱玲 蒋增杰 王巍 方建光
采用PCR-DGGE分子指纹图谱技术研究了2007年夏季桑沟湾不同养殖区水体微生物群落结构特征。DGGE指纹图谱分析表明,不同站位之间既存在共同图谱,又具有各自的特征谱带,总体上可分为4个区,湾外区、湾口区,湾中区和湾底区,分别与非养殖区、海带养殖区、综合养殖区、贝类单养与网箱养殖区行相对应;扇贝养殖区和牡蛎养殖区微生物相似性最高为94%,贝类单养与网箱养殖区和非养殖区相似性最低为41%,仅在网箱区发现对含氮污染物有去除作用的玫瑰杆菌属(Roseobacter)。17个站位表层水样共获得30个优势菌群,选择比较明显的12条带进行回收、扩增和测序,与GenBank中已经登录的细菌种群的同源性进行...
关键词：
微生物群落结构 DGGE 桑沟湾 养殖区
[期刊] 水产学报
[作者]
刘颖 李丽 孙大川 朱云昊 谭洪新 徐奔
为了研究鳗鱼循环水养殖系统不同水处理单元微生物群落的碳代谢特征,实验采用Biolog Eco技术,分析了流化床2个槽和滴流式微珠生物过滤器上、中、下3层的生物膜微生物群落功能多样性。结果显示,流化床2个槽和滴流式微珠生物过滤器中、下层微生物多样性指数(Shannon-Wiener指数、Simpson指数和Pielou指数)无显著差异(P>0.05),但均显著高于滴流式微珠生物过滤器上层(P<0.05)。平均色度变化(AWCD)与主成分分析(PCA)均证明滴流式微珠生物过滤器上层与其他采样点微生物代谢差异较大。各采样点微生物未对ECO板某一大类碳源表现出偏好,但对衣康酸、D-半乳糖醛酸、L-精氨...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
徐慧敏 陈曦 孟顺龙 周剑 范丁月 范立民 宋超 裘丽萍 李丹丹 方龙香 张露
鱼菜共生技术模式是一种高效绿色健康的循环农业模式，对于解决水产养殖污染、淡水资源紧张和水产品质量安全等问题具有重要意义。在鱼菜共生系统中，微生物在营养元素转化和动植物生长健康调节等方面发挥着关键作用，深刻影响着鱼菜共生系统中的生态平衡。近年来，随着分子生物学技术和生物信息技术等快速发展，鱼菜共生系统中的微生物群落多样性、组成及部分功能特征已经得到了关注。本文首先对鱼菜共生技术模式的发展情况进行了简介，其次对近年来与鱼菜共生系统相关的微生物群落多样性、组成、功能及其环境驱动因素等研究进展进行了总结论述，同时，对目前相关研究中存在的限制性进行了讨论，最后对未来研究需要加强的发展方向进行了展望，以期为鱼菜共生技术模式的未来发展提供微生物角度的见解。
[期刊] 水产学报
[作者]
倪加加 余育和
为了评估草鱼消化道微生物群落结构在草鱼食性转化后的变动情况,实验对食性转换完成后的草鱼消化道微生物群落结构进行了PCR-DGGE分析。结果显示,不同月份采集草鱼消化道微生物群落结构存在明显差异(Monte Carlo检验,A:F=3.41,P=0.002;B:F=3.58,P=0.002),而被广泛认为影响宿主消化道微生物群落结构的宿主大小、丰满度等因素则在短期内并没有发现会对草鱼消化道微生物群落结构产生影响。实验表明,短期内环境因素可能是造成草鱼消化道微生物群落结构变动的主要因素。本实验结果将为深入阐述草鱼消化道微生物群落结构的变化规律、消化道益生菌的作用机理、消化道微生物群落结构变动与草鱼...
[期刊] 水产学报
[作者]
李志斐 王广军 谢骏 郁二蒙 余德光 夏耘 魏南
为了探索池塘生态系统中生物膜形成过程固着微生物对碳源的需求特征,以生态基为生物膜载体材料,以草鱼养殖池塘为生物膜培养环境,利用Biolog技术,分析了生物膜形成过程中(第0、15、30、45和60天)微生物群落碳代谢特征。结果表明,不同采样时间生物膜固着微生物样品平均颜色变化率(average well color development,AWCD)均在培养168 h后达到稳定,并且5个采样时间点的AWCD值即对单一碳源的利用能力存在显著差异,生物膜固着微生物的碳代谢能力在15、30、45 d时最强,显著高于0和60 d(P<0.05);多样性指数也呈现出与AWCD值相同的规律,15、30和4...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王亚军 刘春花 林文辉 王芳 石存斌 吴淑勤
为研究淀粉及其与乙酸钠的复合物(淀粉乙酸钠质量比为19∶1)两种碳源对草鱼养殖水体水质、藻类和微生物群落调控作用的差异,在为期60 d的试验中,每周向养殖水体添加一次碳源,添加量为当日水体氨氮含量的20倍,监测分析水体理化指标、藻类和微生物群落参数。结果显示:(1)试验期内,淀粉组(GS)和淀粉乙酸钠组(GSA)养殖水体氨氮保持在0.25 mg/L左右,总氮、总磷和叶绿素a均逐步升高,而透明度和碳氮比逐步下降,同次样品两试验组间水体理化指标差异不显著。(2)试验期内,GS组和GSA组藻类数量逐步上升,中后期显著高于前期,同次样品两试验组间藻类数量差异不显著,但GSA组藻类种类数和多样性稍高于G...
关键词：
淀粉 乙酸钠 水质 藻类 微生物群落功能
[期刊] 中国水产科学
[作者]
施兆鸿 王建建 高权新
采用16S r DNA-PCR菌群分离鉴定的方法,对循环水养殖条件下云纹石斑鱼(Epinehelus moara)幼鱼的胃、幽门盲囊、前肠、中肠和后肠的菌群结构进行了鉴定,用产酶菌筛选培养法对产消化酶的菌株进行了分离鉴定,并测试了各菌株消化酶的活力。研究发现,云纹石斑鱼幼鱼消化道内可培养的主要菌群为假单胞菌属(Pseudomonas)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和葡萄球菌属(Staphylococcus),其中产消化酶的菌株占可培养菌的55.6%。在产酶菌中,同一株菌产3种酶的有5株;...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李志斐 王广军 余德光 卢炳国 谢骏 郁二蒙 夏耘 种香玉
为探讨生物絮团对养殖水体水质和微生物代谢功能的影响,采用水质分析和Biolog-ECO技术,分析了葡萄糖强化养殖水体培育生物絮团的过程中水质指标和微生物碳代谢变化特征。结果显示:(1)成熟的生物絮团有效降低了养殖水体氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮水平,并显著提高了养殖水体的总固体悬浮物(TSS)含量。(2)对照组和生物絮团组水体微生物样品平均颜色变化率(average well color development,AWCD)在培养108 h后趋于稳定,生物絮团组AWCD高出对照组18%;同时生物絮团系统水体微生物提高了对聚合物类和碳水化合物类的代谢强度;对比2组水体微生物代谢多样性指数发现,生物絮...
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