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[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏跃 颜志明 吴志明 江彪 张蜀宁
采用植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,经PCR扩增从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)中扩增出260 bp左右的目标条带,扩增产物经测序及序列分析,总共获得了24条逆转录酶序列。结果表明,24条逆转录酶序列长度变化范围为260~272 bp,同源性范围为49.8%~97%,经核苷酸聚类分析分为7个家族。Ty1-copia类逆转录酶在序列长度、碱基组成上具有高度异质性,翻译成氨基酸后,有18条序列是完整的,另外6条序列出现终止密码子突变或移框突变,终止密码子突变和移框突变是矮牵牛Ty1-copia类逆转座子高度异质性的重要表现。与已登陆的不同植物物种...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 仇宗浩 翟锐 梁东 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红色芽变基因组中克隆Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列,分析其特点和差异。【方法】根据Ty1-copia反转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,建立并优化PCR扩增体系,回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】成功从早酥梨基因组和红色芽变材料中分别获得29,30条逆转录酶序列,序列大小均为260bp左右。生物信息学分析表明,与早酥梨相比,红色芽变的逆转录酶序列多发生终止子突变、缺失突变、替换突变。聚类分析可将所得序列分为7个家族,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第7家族序列与苹果和李具有很高的同源性,可能是反转录转座子横向传递的结果。【结论】早酥...
关键词：
梨 红色芽变 逆转录酶 进化分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
孙俊 房经贵 王飞 孙其宝 章镇 王昆
应用改良的Pearce方法分离苹果Ty1-copia类逆转座子RNaseH-LTRs,分离到的RNaseH-LTR_(10)序列已在GenBank注册(登录号DQ534515),该序列长度为299 bp。分析结果表明其5′端为含有终止密码子的RNaseH基因,PPT(polypurinetract)之后是3′-LTR,PPT起始于终止密码子内10 bp处,3′-LTR的起始标志末端倒转重复序列(inverted repeat,IR)TG紧随其后。LTR_(10)的正链和反链均含有多个启动子的特征结构TATA box和CAAT box,α-淀粉酶启动子的保守序列及受不同胁迫条件作用的调控元件,如...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 张士伟 翟锐 王志刚 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（ＬＴＲ）建立ｉＲａｐ分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端ＬＴＲ序列设计引物，建立ｉＲａｐ分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得２条Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分别命名为ｐｂＴｙＺＳ１和ｐｂＴｙＺＳ２，长度分别是９ ３６３和９ ６３２ｂｐ。从红色芽变基因组中获得１条序列，命名为ｐｂＴｙＲＭ１，长度为．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
石凤敏 云锦凤 赵彦 张瑞霞
以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...
关键词：
蒙古冰草 反转录转座子 克隆
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
郭红媛 贾举庆 张莉 靳艳婷 侯莎莎 杨武德
为研究转座元件(Transposable elements,TES)在燕麦中的表达模式,以14个Ty1-copia型反转录转座子和3个Ty3-gypsy型反转录转座子序列为种子序列对燕麦属(Avena)表达序列标签(EST)数据库中的Ty1-copia和Ty3-gypsy型反转录转座子进行检索和分析。结果表明:燕麦根中反转录转座子的频率显著高于叶(P<0.05);强降雨模式的胁迫环境下叶组织中反转录转座子的EST频率显著高于大气降雨下的(P<0.05),约为正常条件下的(E
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
蔡红 李小林 孔宝华 陈海如
应用植原体 16SrRNA基因通用引物,分别对表现矮化和扁茎症状的矮牵牛植株进行巢式PCR检测,均得到约 1. 2kb的特异片段。将此特异片段与pGEM -TEasy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定,序列测定及同源性比较分析,结果表明:这 2个植原体株系 16SrDNA片段G+C含量分别为47. 1%和 47. 0%,具有其他柔膜菌纲原核生物 16SrRNA基因碱基组成特征;与 16Sr组中的代表株系 (西方翠菊黄化,SAY)同源率达到最高,分别为 99. 1和 98. 6%,故认为这 2个株系为该组成员之一。
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列（ＭＩＴＥ）是ＤＮＡ转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻Ｍ ＰＩＮｇ同源的ＭＩＴＥ——Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１为例，研究Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的结构特点和转座特性，并分析Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的转座对其附近基因表达的影响，进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用ＭＥｇＡ５．１，ＤＮＡｓＴＡｒ，ＷＥｂ Ｌｏｇｏ ３－ＣｒＥＡＴＥ等软件对Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１的末端反向重复序列（ＴＩｒ）、靶位点重复序列（ＴｓＤ）、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析，并计算Ｐｈ ＴｏｕｒＩｓＴ１在毛竹基因组中的插入时间．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
胡慧 周明兵 杨萍 汤定钦
【目的】微型颠倒重复序列(MITE)是DNA转座子中一类依赖自主转座子提供的转座酶进行转座的非自主转座子。以毛竹中与水稻m Ping同源的MITE——Ph Tourist1为例,研究Ph Tourist1的结构特点和转座特性,并分析Ph Tourist1的转座对其附近基因表达的影响,进而了解转座子对毛竹基因组多态性形成和基因表达调控的作用。【方法】利用MEGA5.1,DNAStar,Web Logo 3-Create等软件对Ph Tourist1的末端反向重复序列(TIR)、靶位点重复序列(TSD)、插入位点序列偏好性等进行系统的研究和分析,并计算Ph Tourist1在毛竹基因组中的插入时间...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
项子龙 刘长琳 张金勇 胡鹏 何暮春 柳淑芳 庄志猛 薛同明
本研究从金乌贼(Sepia esculenta)转录组中筛选出疑似TERT (Telomerase reverse transcriptase)基因序列,通过系统进化和同源序列分析,鉴定出该基因为金乌贼TERT基因,序列长度为2415 bp。采用实时荧光定量PCR技术,检测和分析金乌贼TERT基因在不同组织、不同发育时期和不同性别的相对表达量差异。结果显示,与产卵期相比,濒死期的心、肝、胰、鳃、性腺、食道上神经团(除去视腺和视叶后的脑组织)等6个组织的TERT基因表达量呈显著下调趋势,推测与濒死期的器官组织分裂和增殖能力下降有关。TERT基因在金乌贼不同组织中具有明显的组织特异性,说明金乌贼各组织器官的衰老状态并不一致。本研究结果可为深入研究头足类生殖与衰老等生命过程的端粒酶调控机制提供基础数据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周琴 史杰玮 包满珠 刘国锋
为研究SPL(SQUAMOSA-promoter binding protein-like)转录因子在矮牵牛成花转换中的作用，克隆矮牵牛PhSPL9b基因，并将该基因对应的miR156/157靶位点进行点突变获得rPhSPL9b，将PhSPL9b和rPhSPL9b分别构建超量表达载体，转化矮牵牛和拟南芥，最终获得拟南芥35S∶∶PhSPL9b与35S∶∶rPhSPL9b转基因植株以及矮牵牛35S∶∶PhSPL9b转基因植株。研究结果显示，过表达PhSPL9b和rPhSPL9b导致拟南芥莲座叶显著减少，花期明显提前，其中35S∶∶rPhSPL9b转基因表型更为明显；过表达PhSPL9b促进矮牵牛提前开花。RT-PCR和qRT-PCR分析结果显示，表型明显的转基因株系中，PhSPL9b基因表达量均显著高于对照。转录激活实验结果表明，PhSPL9b是一个具有转录激活活性的转录因子。以上结果表明，矮牵牛PhSPL9b基因对开花时间具有重要调控作用，其功能具有保守性，同时，它可能是通过转录激活下游基因的表达而影响植物开花。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐玲 杨静 刘林 李成云
LTR类逆转座子是水稻基因组中数量最多、分布最广的转座元件,其中Ty3–gypsy类所占比例较大。根据Ty3–gypsy类逆转座子逆转录酶的保守区域,采用简并引物,通过RT–PCR,对5种胁迫处理(稻瘟菌、水杨酸、2,4–D、高盐及组织培养)后的云南地方水稻品种月亮谷的cDNA进行扩增,并测序获得了一批转录片段,分析不同胁迫条件诱导激活的Ty3–gypsy类逆转座子的特点。结果表明:5种胁迫处理都能诱导月亮谷中Ty3 gypsy类逆转座子的表达;对不同胁迫响应的逆转座子序列大部分同源性较高,且呈交叉分布,仅有少部分具有胁迫响应的特异性,说明很多Ty3–gypsy类逆转座子能对不同胁迫进行响应。
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾甜甜 郭大龙 侯小改 刘改秀 王丽娜 张修铭 李双双
以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
关键词：
牡丹 反转录转座子 RT基因 克隆
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
任充华 张婷婷 杨涵江 王昕 陈知龙 张智英
【目的】构建能够表达人端粒酶逆转录酶(hTERT)基因的腺病毒。【方法】通过对PCI-neo-hTERT质粒的改造,依次构建出JMB293-hTERT、pAdTrack-hTERT载体,将pAdTrack-hTERT经PmeⅠ线性化后与pAdEasy-1载体共转化到BJ5183细菌中进行重组,经卡那霉素抗性筛选获得重组腺病毒载体pAdEasy-hTERT。将pAdEasy-hTERT PacⅠ酶切线性化并回收后,转染HEK293人胚肾细胞,培养7d后,收集细胞并反复冻融,收集细胞裂解液;反复扩增3次后,测定重组hTERT腺病毒的滴度。【结果】①利用酶切连接的方法得到了穿梭载体pAdTrack-...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭玉双 陈静 刘筱嘉 余世洲 余婧 林世锋 邹颉 付强 张孝廉 赵杰宏 任学良
［目的］分析烟草中ＬＴＲ类反转录转座子对植物生长发育的影响。［方法］利用同源克隆及ＲＡＣＥ的方法，从烟草栽培品种‘贵烟１号’Ｃ ＤＮＡ中克隆得到了１个烟草反转录转座子的全长Ｃ ＤＮＡ序列，命名为ＮＴＲＴ１（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号：ｋＣ８９９０７７）。利用实时定量ＲＴ－ＰＣＲ研究了该基因在烟草不同组织中的表达水平；构建了基于双生病毒卫星诱导的ＮＴＲＴ１的基因沉默载体，以中国番茄黄化曲叶病毒（ＴｏｍＡＴｏ ｙＥＬＬｏｗ ＬＥＡｆ ＣｕＲＬ ＣｈｉＮＡ ｖｉＲｕｓ，ＴｙＬＣＣＮｖ）为辅助病毒在烟草中沉默了该基因，并调查了基因沉默后的表型。［结果］序列分析表明：该基因全长５ ０４６ ＢＰ，编码３个ｏＲ．．．
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