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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杜杰 雷平 张亮 龙青山 毕世宇 郭照辉 王运生 陈武 刘清术
采用生物信息学方法从生防菌短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)X23全基因组水平鉴定出13个TetR家族基因，将其命名为BbTetR1、…、BbTetR13，对其基本性质、基因结构和高级结构进行分析。结果表明：短短芽孢杆菌TetR家族成员在进化上具有保守性，基因序列长度为477～681 bp，编码的蛋白由168～226 个氨基酸组成，相对分子质量为1.9×10~(4)～2.57×10~(4)，等电点为4.84～7.77；其基因家族成员可划分为3个亚族，亚族Ⅰ包含5个成员，亚族Ⅱ、亚族Ⅲ各包含4个成员；所有BbTetR蛋白均含有大量α–螺旋，且这些蛋白的空间结构呈现多样化；转录组分析结果表明，不同的BbTetR在短短芽孢杆菌不同生长时期的表达模式和表达量差异显著，BbTetR1、BbTetR5、BbTetR8和BbTetR10在短短芽孢杆菌不同生长阶段均有较高表达，推测其可能发挥更重要的调控作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
杜杰 雷平 张亮 龙青山 毕世宇 郭照辉 王运生 陈武 刘清术
采用生物信息学方法从生防菌短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)X23全基因组水平鉴定出13个TetR家族基因，将其命名为BbTetR1、…、BbTetR13，对其基本性质、基因结构和高级结构进行分析。结果表明：短短芽孢杆菌TetR家族成员在进化上具有保守性，基因序列长度为477～681 bp，编码的蛋白由168～226 个氨基酸组成，相对分子质量为1.9×10~(4)～2.57×10~(4)，等电点为4.84～7.77；其基因家族成员可划分为3个亚族，亚族Ⅰ包含5个成员，亚族Ⅱ、亚族Ⅲ各包含4个成员；所有BbTetR蛋白均含有大量α–螺旋，且这些蛋白的空间结构呈现多样化；转录组分析结果表明，不同的BbTetR在短短芽孢杆菌不同生长时期的表达模式和表达量差异显著，BbTetR1、BbTetR5、BbTetR8和BbTetR10在短短芽孢杆菌不同生长阶段均有较高表达，推测其可能发挥更重要的调控作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郭菁 田宝玉 蔡婉玲 黄薇 江贤章 黄建忠
侧孢短芽孢杆菌G4菌株在侵染线虫的过程中可以分泌蛋白酶,降解线虫体壁,从而帮助细菌侵入宿主体内.在本文中,侧孢短芽孢杆菌的胞外蛋白酶BLG4基因经克隆后插入到改造后的枯草芽孢杆菌表达载体pWT22中,构建重组表达质粒pWT22-BLG4.构建成功的重组质粒通过化学转化法转入枯草芽孢杆菌蛋白酶缺失菌株WB600中,转化子pWT22-BLG4/WB600在IPTG(1.0 mmol.L-1)的诱导下,发酵液上清中的蛋白酶活可达到620 U.mL-1,高于出发菌株G4的BLG4酶活(240 U.mL-1).经SDS-PAGE分析,重组子pWT22-BLG4/WB600产生了一条分子质量约为30 ku...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨敏 周陈平 杨护 邝瑞彬 黄炳雄 魏岳荣
[目的]在全基因组水平鉴定番木瓜(Carica papaya L.) WRKY(CpWRKY)转录因子家族基因,并对其在短孢炭疽菌侵染下的表达量进行分析,为CpWRKYs家族的功能研究和利用奠定基础。[方法]采用生物信息学方法,鉴定和筛选CpWRKYs转录因子家族基因成员,并对其进行系统进化分析、基因结构分析、蛋白保守基序预测和启动子顺式作用元件分析;同时以番木瓜炭疽病耐性品种和敏感性品种为材料,利用短孢炭疽菌侵染采后果实,于0,24,48 h取样,对其转录组学数据进行分析,筛选2个品种中差异表达的CpWRKY基因,并利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)试验对筛选结果进行验证。[结果]经系统分析从番木瓜中共鉴定出48个CpWRKYs成员,分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3类;其中第Ⅱ类成员最多,可分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe5个亚类。CpWRKYs家族成员的氨基酸残基数目为97～747个,等电点为4.83～9.71,为亲水性蛋白,大部分CpWRKYs的结构域高度保守,但有个别蛋白保守域缺失。在CpWRKYs家族中共预测到10个保守基序,其中包括含有WRKY七肽结构域的基序1、含锌指结构的基序2和同时含有七肽序列和锌指结构的基序3,其中基序3为大多数I类CpWRKY转录因子N端WRKY结构域所特有。Cp WRKYs含有1～6个外显子,同一家族或亚家族成员在基因结构上表现出一定的相似性,同时在Cp WRKYs启动子中检测到大量与生物胁迫和非生物胁迫相关的元件。对短孢炭疽菌侵染番木瓜的转录组数据进行分析,在番木瓜耐性品种中筛选出了特异表达的CpWRKY22、CpWRKY11、Cp WRKY2、CpWRKY33和CpWRKY25,RT-qPCR检测结果显示,这些基因在耐性品种中特异上调表达,在敏感性品种中的表达量无明显变化。[结论]番木瓜WRKY家族共包括48个成员,该家族基因结构和蛋白基序具有组间差异性和组内保守性。CpWRKYs家族成员强烈响应炭疽菌侵染,其中CpWRKY22、CpWRKY11、CpWRKY2、CpWRKY33和CpWRKY25是有潜力的抗炭疽病候选基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
潘以楼 朱桂梅 郭建 肖婷
采用平皿计数法和抑菌圈法研究了24种农药助剂对稻瘟病生防菌短短小芽孢杆菌TW-2菌株菌体和芽孢存活的影响。结果表明,供试的24种农药助剂中有11种农药助剂(D425、D450、D500、EFW、500、505、507、AEO-5、AEO-9、NP-10、OP-10)在供试浓度范围内(12.5～100 g.L-1)可以完全杀灭短短小芽孢杆菌TW-2菌株的菌体和芽孢,其它助剂随着浓度的提高,对菌体和芽孢存活的抑制作用也越大。在24种农药助剂中,U-3A和By-110对菌体和芽孢的存活影响最小,可用于短短小芽孢杆菌TW-2菌株固体制剂和液体制剂加工中的湿润展布剂。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
杨海昕 刘晓莹 詹亚光 范桂枝
[目的 ]鉴定白桦AMT基因家族成员，分析AMT基因的表达模式。[方法 ]本研究利用生物信息学方法鉴定了该家族成员并通过实时荧光定量技术分析其基因表达模式。[结果 ]从白桦基因组中鉴定了9个AMT家族成员，并将其分为AMT1和AMT2两个亚家族，分别命名为BpAMT1.1～1.4和BpAMT2.1～2.5;BpAMTs氨基酸残基数为384～522个，等电点为4.61～8.16，均定位于质膜与细胞器膜上；BpAMT基因不均匀的分布在5条染色体上，且成员间存在串联重复现象。BpAMT基因的表达具有组织部位特异性，呈现叶>根>茎趋势；同时发现，硝酸钾、氯化铵、茉莉酸甲酯、赤霉素、脱落酸、氯化镉、干旱、4℃和日变化等均可以影响BpAMT基因表达，且不同处理下家族成员的响应程度存在差异。[结论 ]从白桦中鉴定9个BpAMT基因，聚类为两个亚家族，在调节氮素吸收转运、响应激素信号及非生物胁迫中发挥不同的作用，该研究结果为深入解析BpAMT基因在白桦生长发育和抵抗逆境中的功能奠定基础。
关键词：
白桦 AMT 基因家族 基因表达模式
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨兆辉 汪子洋 杨文涛 蔡瑜婷 谭伟龙 黄恩炯 张灵玲
乙酰化是蛋白质翻译后修饰的一种重要方式,可参与多种细胞进程,但迄今未见有关乙酰化修饰在Bt中发挥作用的报道.本课题组前期通过对高效杀虫Bt菌株LLP29的基因组进行测序分析,发现该菌株也存在编码乙酰转移酶的基因(如ykkB).为探讨乙酰化修饰在Bt菌株中的作用,以ykkB为靶标,利用无缝克隆技术成功克隆与测序了ykkB基因.通过生物信息学分析,发现该基因编码的蛋白可能是一类N-乙酰转移酶,赖氨酸和亮氨酸含量最高,半胱氨酸含量最低,是一种亲水性蛋白质,且无跨膜区;同时,成功表达、纯化了YkkB蛋白,通过体外自乙酰化分析,证实该蛋白可发挥乙酰基转移的作用.
[期刊] 华北农学报
[作者]
程妍 曲玮茵 郑文博 杨媚 廖美德 周而勋 舒灿伟
克里本类芽孢杆菌PS04是一个水稻纹枯病的高效生防菌,为研究该菌诱导水稻抗性相关基因的表达谱,用PS04菌株发酵液处理水稻24 h后于3,6,9,12,24 h取样,利用荧光定量PCR检测样品中抗性相关基因的相对表达量。结果如下:PS04菌株发酵液能够诱导8个防卫反应基因(OsPR1、OsPR2、OsPR3、OsPR4、OsPR5、OsPR10、OsPR16和NPR1)、2个水杨酸途径基因(PAL和OsNAC4)和3个茉莉酸/乙烯途径基因(AOS2、LOX和EIN2)的表达。其中NPR1和LOX基因在第3小时表达量达最高随后下降;OsPR3、OsPR4、OsPR5、OsPR16和PAL基因在第6小时表达量达最高随后下降;OsPR1和OsNAC4基因在第9小时表达量达最高随后下降;OsPR10基因在第12小时表达量达最高随后下降;OsPR2和EIN2基因在第24小时表达量达到最大值;AOS2基因的表达受抑制,在第6小时表达量达最高随后下降。结果表明,PS04菌株可以同时诱导水稻系统性获得抗性和诱导性系统抗性。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张小倩 张炜 卢亚萍 高胜玲 汪瑾
[目的]微囊藻水华给湖泊生态系统及人类健康带来很大危害,本研究旨在探寻高效环保的微生物抑藻材料。[方法]通过流式细胞仪测定短短芽孢杆菌B15不同发酵时间及添加量下无菌发酵上清液的抑藻率,通过激光共聚焦显微镜和电子显微镜观察处理后的藻细胞形态,并通过叶绿素荧光仪测定处理前、后藻细胞光合作用的变化。另外,检测了发酵上清液在不同温度、p H值和蛋白酶处理下的活性变化。[结果]0.3%、0.7%、1.0%和2.0%添加量的发酵液处理6 d后抑藻率分别为51.89%、79.89%、89.47%和86.94%。发酵液
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
苏国芬 李大华 王潘 周料 胡浩 邓海群 陈鑫 冯名开 耿显宸 王翊 徐增富
【目的】深入挖掘巨桉脱水素基因EgrDHN家族成员并探讨其应对逆境胁迫的表达模式，从中筛选具有抗逆功能的EgrDHN基因对于培育桉树抗逆新品种具有重要意义。【方法】以巨桉全基因组数据为参考，利用生物信息学筛选鉴定得到巨桉EgrDHN基因家族成员，对其进行生物信息学分析，具体包括进化树分析、蛋白序列比对、启动子顺式作用元件预测等，并基于生信分析结果，对EgrDHN基因家族成员进行低温、高盐和ABA胁迫处理，采用RT-qPCR测定其表达模式，同时对其组织表达特异性进行了测定。【结果】从巨桉基因组中共鉴定出EgrDHN家族9个成员，将其命名为EgrDHN1～EgrDHN9，分布于5条染色体上，根据蛋白质保守序列的特点可分为K_nS、SK_n和Y_nSK_n 3种类型。系统进化树显示植物DHN家族成员可分为4个进化枝，其中第Ⅳ进化枝包含巨桉EgrDHN7、EgrDHN8、EgrDHN9，但不包含任何毛果杨Populus trichocarpa DHN同源基因（PtrDHNs），两者存在明显差异。启动子元件预测分析发现巨桉EgrDHN启动子中含有低温响应（low-temperature response,LTR）等胁迫响应类元件，MYB、MYC等与抗逆性相关以及植物激素响应类顺式作用元件。组织特异性表达分析发现EgrDHN家族成员在根、成熟叶片、子叶中表达量较高，其中EgrDHN2在成熟叶片中表达量最高。非生物逆境胁迫下经RT-qPCR检测发现EgrDHN家族成员中，EgrDHN1在高盐胁迫下表达量下调，在低温和ABA胁迫时上调，而其他成员在低温、高盐、ABA胁迫下均存在上调，其中低温条件下以EgrDHN2、EgrDHN3、EgrDHN4响应最为明显。【结论】大部分EgrDHNs基因参与逆境胁迫响应，且除EgrDHN1在盐胁迫下的表达量下降外其它成员在逆境胁迫下的表达量均上升。
关键词：
巨桉 脱水素 非生物胁迫 表达分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
毕台飞 胡雄斌 宋巍 杨明明
【目的】优化枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)启动子和表达宿主,构建其高效的表达系统,为重组枯草芽孢杆菌的研究和应用奠定基础。【方法】以β-半乳糖苷酶编码基因为报告基因,以诱导型的枯草芽孢杆菌麦芽糖操纵元启动子为调控元件、大肠杆菌-枯草芽孢杆菌穿梭质粒为载体骨架,构建枯草芽孢杆菌高效表达载体pGJ222,将其电转化到B.subtilis 1A747菌株后进行诱导表达试验和葡萄糖抑制试验。利用同源重组的方法,用枯草芽孢杆菌组成型启动子P43替换了B.subtilis野生型菌株1A747麦芽糖操纵元的上游调控序列,得到优化重组表达宿主菌B.subtilis BCYL,将pGJ222...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘慧娟 郭晓军 郭妍妍 朱宝成
为进一步探讨全长基因和成熟肽基因的关系,根据已发表的假蕈状芽孢杆菌34 kDa纤溶酶全长基因DNA序列(GenBank FJ463037)和纤溶酶活性位点的位置,设计合成一对引物,扩增得到纤溶酶成熟肽基因G(951 bp编码317个氨基酸),连接pET-28a构建pET-28a-G载体,热激转化大肠杆菌BL21,成功获得pET-28a-G/BL21工程菌。终浓度为1 mmol/L的IPTG诱导表达,经SDS-PAGE检测表达在胞内的融合蛋白,融合蛋白表观分子量约为40 kDa,符合所预测的结果。诱导菌体超声破壁后用纤维蛋白平板法检测表达产物具有纤溶酶活性,镍柱亲和层析纯化后的目的产物仍保留纤溶...
[期刊] 水产学报
[作者]
李丹蕾 郝少彦 张亦陈 耿绪云 刘逸尘 孙金生
为了分析凡纳滨对虾JAK (Lv-JAK)和STAT (Lv-STAT)基因应答病原菌侵染的表达变化特征,本实验利用半定量PCR技术分析了Lv-JAK和Lv-STAT基因的组织表达特征,并利用实时荧光定量PCR技术分析了其在苏云金芽孢杆菌侵染过程中的表达变化特征。结果显示,Lv-JAK和Lv-STAT基因在凡纳滨对虾的9种组织中有不同程度的表达,均在鳃、肠道和心脏中表达量较高。苏云金芽孢杆菌感染后,在鳃组织中,Lv-JAK和Lv-STAT基因的相对表达量在感染的中晚期(24～72 h)显著上调表达;在肠道组织中,Lv-JAK基因的相对表达量在感染后的6和24 h显著上调,Lv-STAT基因的相对表达量在感染后的24和72 h显著上调。综上表明,JAK和STAT基因在一定程度上参与了凡纳滨对虾体内由苏云金芽孢杆菌引发的天然免疫应答过程,探讨凡纳滨对虾JAK和STAT基因应答苏云金芽孢杆菌感染的表达变化特征,有助于研究对虾JAK/STAT通路在应答病原菌侵染过程中的功能和作用机制。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈巧玲 胡江 汪汉成 王茂胜 刘艳霞 石俊雄 杨兴明 沈其荣
采用荧光定量PCR方法,研究了生物有机肥对盆栽烟草根际青枯病原菌和拮抗菌动态变化的影响。结果表明:施用生物有机肥显著降低了抗病品种‘K326’和感病品种‘南江三号’烟草青枯病的发病率,促进了烟草生长,生物量增加14%以上;只接种病原菌处理(RS)土壤中青枯病原菌的fliC基因拷贝数显著高于先接种病原菌再施用生物有机肥处理(RS+BIO)和先施用生物有机肥后接种病原菌处理(BIO+RS),且这种效应与生育期和品种无关;旺盛生长期前,施用生物有机肥处理土壤中短短芽孢杆菌16S rDNA基因拷贝数也显著高于RS处理。上述结果表明,施用生物有机肥防治烟草青枯病主要是通过抑制土壤青枯菌的增长和促进植物生...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
邵铁梅 宋福平 李卓夫 张杰 姜声华 刘大群 黄大昉
通过PCR方法筛选160株苏云金芽孢杆菌,其中94株含有zmaR基因。测定了含zmaR基因的菌株培养物上清液对草生欧文氏杆菌(Erwiniaherbicola)的抑菌活性,结果表明有67株菌有抑菌活性,其中21株抑菌活性较高。经鉴定,抑菌活性较高的G03菌株含有cry1Ac、cry1Aa、cry1Ca和cry2Ab等高毒力杀虫基因,并从G03中克隆了zmaR全长基因,完成了序列测定。该基因编码区为1125bp,由核苷酸序列推导的氨基酸残基组成为375个,分子量为43.5kD,等电点pI4.945。通过载体pET-21b将zmaR基因导入大肠杆菌BL21,可正常表达43.5kD蛋白,并使宿主菌产...
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