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[期刊] 水产学报
[作者]
徐美瑜 陈松林 沙珍霞 季相山
Natural resistance associated macrophage protein (Nramp) is an innate resistance protein to intracellular parasites, which is expressed plentifully in macrophage cells. Nramp has been studied in mouse, human, cattle, rainbow trout and channel catfish. However, little was known about the structure of...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
范玉顶 徐进 罗晓松 周勇 肖艺 曾令兵
天然抗性相关巨噬蛋白(Nramp)家族是一类抑制胞内寄生菌侵染的天然免疫相关蛋白。本研究克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idellus)Nramp基因并进行了表达分析。该基因cDNA序列全长为3 158 bp,编码1个含544个氨基酸的蛋白。该蛋白含有Nramp家族的特征序列:包含12个跨膜区(TM)、1个由20个氨基酸残基组成的胞质内转运结构域(CTM)。草鱼Nramp同其他16个物种的Nramp氨基酸序列同源性在62.5%～90.2%之间。草鱼Nramp基因cDNA的独特结构是其3′末端非翻译区(UTR)和5′UTR各有1个脊椎动物Nramp2中的铁反应控制蛋白结合位点(IR...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴雪峰 赵金良
Pepsinogen is one kind of gastric digestive proteinases belonging to a family of aspartic proteinases,which is synthesized in the gastric mucosa of vertebrates and converted to pepsins in the acidic environment of gastric juice.The mandarin fish(Siniperca chuatsi) is a typical carnivorous fish which...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黎军胜 李建林 吴婷婷
应用 3′ RACE方法对尼罗罗非鱼 (Oreochromisniloticus) 和奥利亚罗非鱼 (Oreochromisaureus) 胰蛋白酶ⅡcDNA进行了克隆并进行序列测定和分析。结果表明, 胰蛋白酶Ⅱ序列中均具有催化活性必需的高度保守的催化三联体氨基酸残基 (His、Asp、Ser) 和构成二硫键的 10个半胱氨酸残基, 以及决定底物特异性的保守性氨基酸残基———天冬氨酸残基和S1结合袋。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼胰蛋白酶ⅡmRNA序列以及氨基酸序列同源性分别为 96 4%和 97 5%。
关键词：
罗非鱼 胰蛋白酶Ⅱ cDNA 克隆
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王家庆 张丽丽 马爽 李代宗 付玉洁 李绍明
采用逆转录PCR(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术从虹鳟(Oncorhynchus mykiss)脑组织中克隆了Y-box基因cDNA全长序列(GenBank登录号:FJ492962)。该基因cDNA全长为1 452 bp,其中5'端非翻译区(5'UTR)长137 bp,3'端非翻译区(3'UTR)长409 bp,开放阅读框(ORF)长906 bp,编码301个氨基酸。蛋白质相对分子质量为33.1×103。PSORTⅡ亚细胞定位显示该蛋白位于细胞核,富含两类核定位信号,分别为pat4与pat7。虹鳟的Y-box蛋白序列与大西洋鲑、斑马鱼和大菱鲆的同源性分别为99%、80%和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王宇 王中康 廖玉凤 殷幼平
丝氨酸蛋白酶是眼斑芫菁消化系统内重要的消化酶,为了更好地了解丝氨酸类蛋白酶在芫菁消化系统中的作用,本研究利用5'cDNA末端快速扩增(5'RACE)和3'RACE的方法获得该基因的全长cDNA序列,登录号为KC954650。该基因的开放阅读框长816 bp,编码271个氨基酸,预计分子质量为28.22kDa,pI为5.09,预测分子式为C1255H1975N321O400S8,不稳定系数为23.35,总亲水性系数为0.286,为疏水性稳定蛋白。序列分析表明该基因编码的蛋白含有丝氨酸蛋白酶的保守功能位点,与赤拟谷盗在系统进化关系上最近。本研究首次从眼斑芫菁体内克隆得到丝氨酸蛋白酶基因,为后期研究...
关键词：
丝氨酸蛋白酶 眼斑芫菁 RACE
[期刊] 水产学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 谢达祥 王大鹏 彭敏 杨春玲 杨彦豪 韦嫔媛 陈晓汉
克隆了凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白基因全长cDNA并进行了序列分析。该基因由1042bp的碱基组成,开放阅读框长411bp,编码由136个氨基酸组成的蛋白,基因两翼分别存在113bp(5'端)和518bp(3'段)的非翻译区。聚类分析表明,凡纳滨对虾脂肪酸结合蛋白氨基酸序列与斑节对虾脂肪酸结合蛋白紧密聚为一支,之后聚类顺序依次为刀额新对虾、意大利蜜蜂、斑马鱼、大西洋鲑、鸡、猪和人。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析表明,该基因在抗IHHNV对虾肠、胃、肝胰腺和肌肉组织中表达较高,在心肌中表达较低,在眼柄中不表达。比较该基因在抗IHHNV对虾和IHHNV易感对虾心、肝胰腺、肠、胃、眼...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘春 李凯彬 耿冬雨 聂湘平 王芳 吴淑勤
卵黄蛋白原是环境雌激素效应研究的重要生物标志物,广泛应用于水环境内分泌干扰物污染的评价。本研究利用RT-PCR和cDNA末端快速扩增法(RACE)克隆获得了剑尾鱼(Xiphophorus helleri)的2种卵黄蛋白原基因—VgA和VgB,并对其基因结构和系统进化进行分析。VgA基因cDNA序列全长5159bp,开放阅读框(ORF)5058bp,编码1685个氨基酸。VgB基因cDNA序列全长5349bp,开放阅读框(ORF)5067bp,编码1688个氨基酸。2种cDNA序列均具有与已发现的卵黄蛋白原分子相似的主要特征和功能域,包括Vitellogenin结构域、VWFD结构域和多聚丝氨酸...
关键词：
剑尾鱼 卵黄蛋白原 克隆 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
龙华 李谷 魏令波
取体重约300g鲜活鲫(Carassiusauratus)的肝组织进行总RNA提取。从GenBank数据库查询已发表的8种鱼转铁蛋白cDNA或基因序列,根据铁离子结合转运功能位点,设计并合成了2对引物P1、P4以及P2、P3,克隆出鲫血清转铁蛋白cDNA中的从大约550bp至1450bp的核心片段,长度为0.9kb。同时,比较了几种鱼血清转铁蛋白cDNA序列的同源性,并推导出鲫血清转铁蛋白cDNA核心片段的氨基酸序列,并分析了该氨基酸序列的结构和特性。
关键词：
鲫 转铁蛋白cDNA 克隆 序列分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙杰 王宝杰 孙姝娟 李晓华 姜珊 刘梅 蒋克勇 王雷
利用3’和5’RACE技术从中国对虾Fenneropenaeus chinensis肝胰腺中克隆了1个血蓝蛋白基因FCHc,FCHc基因cDNA全长为2161bp。其中,开放阅读2 034bp,编码678个氨基酸,预测分子量为77.59 kDa。FCHc序列与凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei血蓝蛋白同源性为82%,与日本囊虾Marsupenaeus japonicas同源性为85%。Real-timePCR实验结果表明,FCHc在肝胰腺中的相对表达量最高,在心脏和表皮中几乎不表达。该基因在鳗弧菌和对虾白斑综合征病毒(WSSV)感染后的对虾肝胰腺中的表达量显著增加,并具有不同的...
关键词：
中国对虾 血蓝蛋白 基因克隆 序列分析
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨康 王艺雅 刘铁柱 李同明 季相山 王慧
为探讨Nramp基因在草鱼(Ctenopharyngodon idellus)免疫应答中的作用,采用实时荧光定量PCR技术,对比研究了Nramp基因在草鱼不同发育阶段、不同组织及嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)攻毒感染后4个组织不同时间的差异表达,并利用原核表达技术对草鱼Nramp基因ORF区642 bp的目的片段进行蛋白表达,获得40 k D的融合蛋白。实时荧光定量PCR分析结果表明,Nramp在草鱼胚胎发育过程中的表达量随着发育时间的增加而逐渐增强,在幼鱼期的表达量达到最大。成年健康草鱼不同组织中的表达量差异显著(P<0.05),在肝中的表达量最高,其次是在脾、头肾...
[期刊] 华北农学报
[作者]
党振华 郑琳琳 冯智 王迎春
长叶红砂为内蒙古东阿拉善-西鄂尔多斯地区特有珍稀泌盐,强旱生小灌木,对盐渍荒漠环境具有极强适应性。利用RT-PCR和RACE技术从该植物中分离出质膜Na+/H+逆向转运蛋白基因(RtSOS1),该cDNA全长为3 829bp,开放阅读框为3 438 bp,编码一个含1 145个氨基酸的蛋白质,推测分子量为126.76 kDa。氨基酸序列的生物信息学分析推测,该蛋白N端含有11个跨膜结构域,C端为一个长约700个氨基酸的亲水性尾,具有磷酸化和自我抑制结构域。同源性比对和系统发育分析证实,RtSOS1与其他植物的质膜Na+/H+逆向转运蛋白亲缘关系较近。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王秉宇 彭德良 黄文坤 彭焕 王高峰
以马铃薯腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)为材料,用RACE方法,获得了类毒液过敏原蛋白新基因Dd-vap-2的cDNA全长(GenBank登录号为GU370352)。该cDNA全长序列为1 150 bp,包括1个912 bp的完整ORF,编码1个含303个氨基酸的蛋白,其理论分子质量为31.8 ku,等电点pI为6.76。序列比对分析表明,De-vap-2基因含有保守性结构域,属于富含半胱氨酸分泌蛋白(cysteine-rich secretory protein,CRISP)家族成员,N端具有21个氨基酸残基组成的信号肽。系统进化树分析表明,该基因与马铃薯金线虫(G...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杜希华 陆海 高述民 李凤兰
针对文冠果单性雄花与两性花中存在的可育与败育两种不同类型雄蕊 ,为在分子水平上探讨雄性不育的机理 ,作者采用mRNA差别显示技术 ,分析始花期两种花药中基因的表达情况 .从雄花花药中初步筛选到N15和N2 42条与雄性可育性相关的cDNA片段 .同源性比较发现 ,N15片段与大豆质体rps12、rps7、16SrRNA、NADH脱氢酶基因共转录序列的同源性达 95 %,并与矮牵牛雄性可育系线粒体中的可育性相关基因结构吻合 ;N2 4片段的部分序列同拟南芥染色体 3中CHR3v0 7142 0 0 2基因序列的同源性为 80 %.该研究为进一步探讨育性相关基因调控文冠果育性的分子机理奠定了基础 ...
关键词：
文冠果 雄性不育 差异表达 克隆
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