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[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙晓波 苏家乐 贾新平 梁丽建 肖政 邓衍明
【目的】从盐地碱蓬（Ｓｕａｅｄａ ＳａｌＳａ ｌ．）中克隆２个ｄＲｅＢ１／ＣＢＦ，分析其序列特征、编码蛋白的亚细胞定位和转录激活活性，以及在非生物胁迫下的表达模式，为进一步研究盐地碱蓬的抗逆机制提供依据。【方法】利用同源克隆法获得盐地碱蓬２个ｄＲｅＢ１／ＣＢＦ片段，采用ＲａＣｅ技术克隆获得Ｃ ｄＮａ全长序列，分别命名为ＳＳ ＣＢＦ１和ＳＳ ＣＢＦ２。运用生物信息学软件对２个ＳＳ ＣＢＦ及其编码蛋白进行分析，并将它们分别与ＧＦＰ融合构建植物表达载体，通过基因枪转化法导入洋葱表皮细胞进行瞬时表达，观察它们编码蛋白的亚细胞定位。利用酵母单杂交系统研究２个ＳＳ ＣＢＦ与ｄＲｅ／ＣＲＴ顺式作用元件的结合．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
雷恒久 苏淑钗 马履一 马仲
为研究榛属植物的抗寒分子机理，以平欧杂交榛‘达维’为试材，采用同源克隆和ＲＴ－ＰＣＲ技术克隆获得一个ＣＢＦ／ＤＲＥＢ１转录因子基因Ｃｈａ ＣＢＦ１，ＧＥｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＴ７５７３７３。该基因开放阅读框为６６６ ＢＰ，编码２２１个氨基酸，其相对分子质量为２６．４ ｋ Ｄａ，理论等电点为５．８８。氨基酸序列比对结果显示Ｃｈａ ＣＢＦ１含有一个高度保守的ａＰ２／ＥＲＦ结构域，以及Ｐｋｋ／ＲＰａＧＲｘ ｋＦｘ ＥＴＲｈＰ和ＤＳａＷＲ等ＣＢＦ蛋白特征序列。系统进化树分析发现Ｃｈａ ＣＢＦ１与垂枝桦ＢＰ ＣＢＦ３蛋白的亲缘关系最近。通过基因枪轰击法使重组质粒Ｐ１３０２－Ｃｈａ ＣＢＦ１－ＧＦＰ在洋葱．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
伍宝朵 胡丽松 范睿 杨建峰 郝朝运
【目的】克隆胡椒CBF1 (C-repeat-binding factor 1)基因,在低温耐受种质石南藤和低温敏感种质热引1号胡椒中,分析其组织表达模式和低温胁迫前后表达量差异,为胡椒抗寒分子机制研究提供基础。【方法】以胡椒组织总RNA为模板,通过RT-PCR方法扩增CBF1基因ORF,采用生物信息学软件分析CBF1基因编码蛋白特性和结构域,利用荧光定量PCR方法分析该基因的组织表达模式和低温胁迫条件下表达情况。【结果】在热引1号胡椒(低温敏感)和石南藤(低温耐受)中克隆出CBF1基因,分别命名为PnCBF1和PwCBF1。在2份种质中,该基因开放读码框长度分别为660和654 bp,预测蛋白质分子量分别为24.07和23.87kD,等电点PI为4.82。实时荧光定量PCR分析结果表明CBF1基因在石南藤的根组织中高量表达; CBF1基因在热引1号胡椒和石南藤中受低温诱导表达,且表达模式不同,低温胁迫各时期,CBF1基因石南藤的表达量都极显著高于热引1号胡椒。【结论】克隆获得PnCBF1和PwCBF1,其在热引1号胡椒和石南藤中都受低温诱导表达,在低温耐受种质石南藤中的表达量极显著高于低温敏感种质热引1号胡椒,且表达模式不同。本研究中胡椒CBF1基因的克隆和表达分析为胡椒CBF/DREB1低温调控途径研究和抗寒分子机制研究奠定了基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
倪飞 励文豪 林二培 童再康 黄华宏
【目的】MYB转录因子是植物中一类重要的转录因子,在调控次生壁纤维素和木质素等的合成中具有重要作用。为了挖掘参与光皮桦木材形成的MYB基因,本研究通过克隆MYB基因,分析其序列特征、表达模式和下游调控基因,以期为后续功能深入解析和分子辅助育种提供理论依据和基因资源。【方法】利用RACE技术分离到4个光皮桦BlMYB基因的cDNA片段。利用生物信息学工具对这些基因的序列特征进行分析,利用实时荧光定量PCR分析BlMYB及预测的下游基因在不同器官(雌花序、雄花序、嫩芽、嫩叶、成熟叶、茎)、组织(内外层木质部、韧皮部、形成层)中,以及应拉木诱导早期阶段的表达差异。以2个木质部特异表达的BlMYB为指导基因,采用相互排名法和Cytoscape软件构建共表达网;使用Plant CARE在线查询共表达的下游基因启动子区元件。【结果】分离到4个BlMYB的全长cDNA序列,分别命名为BlMYB1、BlMYB2、BlMYB3和BlMYB4,它们编码的蛋白分别由395、252、258、320个氨基酸残基组成,且在靠近N端都有R2R3结构域。4个BlMYB氨基酸序列间一致性27%～37%,而与它们同源的拟南芥AtMYB氨基酸序列间的一致性为39%～55%。4个BlMYB基因都含有1～2个内含子。进化树构建分析发现4个BlMYB分属于4个不同的分支,其中BlMYB2、BlMYB4分别与细胞次生壁形成相关的MYB聚在一起。BlMYB1、BlMYB3在成熟叶片中优势表达,且随叶片成熟表达水平呈递增趋势,可能与叶片的发育有关。BlMYB2在木质化茎段的木质部强烈表达,而在叶片、韧皮部等组织中的表达相对较弱;在应拉木诱导形成的早期阶段,应拉木中BlMYB2呈下调表达,尤其是拉弯处理48 h和7天时的相应数值均显著低于直立木。BlMYB4在茎的木质部、成熟雄花序中优势表达,在根、嫩叶中的表达水平较低;同时,在应拉木诱导形成早期阶段,BlMYB4在应拉木和对应木中分别呈现上调和下调表达。另外,基于共表达分析和特异性AC元件筛选,推测FRK、COMT、HCT、CesA3、CesA4、4CL、CCoAOMT 7个纤维素、木质素合成酶基因可能受BlMYB2和BlMYB4所调控。【结论】获得的4个光皮桦BlMYB基因属于R2R3-MYB家族,具不同的基因结构。4个基因呈现不同的表达模式暗示它们可能参与调控不同代谢途径。结合光皮桦应拉木特征和共表达分析结果,可初步推测BlMYB2和BlMYB4可能参与光皮桦木材形成过程的调控。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李慧玉 董京祥 姜静 刘桂丰
过氧化还原蛋白(Prxs)是植物体内重要的抗氧化酶。为深入研究Prx基因在柽柳非生物胁迫中的作用,从柽柳cDNA文库中获得了2条Prx的单一序列ThPrx1与ThPrx2,其中ThPrx1为部分序列,ThPrx2为全长序列。生物信息学分析表明,2条ThPrx与植物Prx同源基因的氨基酸序列具有较高的同源性,并且ThPrx1和ThPrx2分别属于Prx的PrxⅡ和2-CysPrxs亚家族。通过实时定量PCR对这2个ThPrx基因在不同非生物胁迫(NaCl、PEG、CdCl2、低温及ABA)处理的柽柳根和叶中的表达模式分析显示,2个ThPrx基因在胁迫下的表达模式不同:NaCl、PEG和ABA均能...
[期刊] 林业科学
[作者]
陈新 王贵禧 梁丽松 马庆华
低温是影响植物分布、进而影响生长和产量的关键因素之一。Weiser(1970)指出低温导致植物的基因表达发生变化;早在20世纪90年代研究者就发现了植物的冷适应现象(Guyetal.,1985)。虽然迄今为止植物抗寒的分子机制还没完全清楚,但研
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陈海旺 侯喜林 李英 王枫 杨学东 张硕
采用RT-PCR方法首次获得不结球白菜BcSLAC1基因,该基因核甘酸序列全长1 668 bp,其开放阅读框编码555个氨基酸。与已公布的拟南芥SLAC1基因有较高的同源性。系统进化树分析表明:与SLAHs基因家族其他基因相比,BcSLAC1基因与拟南芥SLAC1基因有更近的遗传距离。在冷胁迫条件下利用气孔开张度测量和荧光显微技术分析表明:冷胁迫下H2O2可能作为下游信号分子参与了保卫细胞中ABA信号转导。实时定量RT-PCR检测表明,冷胁迫下BcSLAC1基因表达量升高,同时用ABA处理后,BcSLAC1基因表达量比抗坏血酸处理后明显上升,说明ABA对BcSLAC1基因的诱导作用和ABA诱导...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
申浩冉 肖栋 侯喜林
[目的]本文旨在克隆和研究不结球白菜BcVIL1基因在春化过程中的表达情况,初步了解不结球白菜BcVIL1基因的结构及功能。[方法]以普通白菜PC-175和菜心‘CX-49’为试验材料,利用RT-PCR技术克隆BcVIL1基因全长,并采用生物信息学方法进行氨基酸序列比对和进化分析。通过实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术分析2种材料春化过程中BcVIL1的表达情况。构建亚细胞定位载体pEZS-NL-BcVIL1,利用亚细胞定位技术,分析BcVIL1基因在真核细胞中表达的位置。[结果]2种材料中BcVIL1基因序列基本一致,开放阅读框为1020bp,编码339个氨基酸。进化分析表明:BcVIL1基因与大白菜进化关系最近,同源性最高(99%)。在PC-175中,春化处理7d就可以诱导BcVIL1基因的表达,且在整个春化过程及春化之后都有较高的水平表达,而在‘CX-49’中,BcVIL1基因在春化过程中的表达与未春化处理相比无显著差异。亚细胞定位结果表明:BcVIL1主要在细胞核与细胞膜上表达。[结论]BcVIL1基因在春化过程中其表达具有品种特异性,且在不结球白菜中该基因主要在细胞核与细胞膜上发挥作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李明玉 石杨 李斌 王若霖 肖强 陈龙 陈稷 杨其亮 黄进
【目的】克隆水稻镉（Cadmium，Cd）响应基因OsGLP1-2，并对其进行生物信息学及Cd胁迫处理的表达模式分析，为探索OsGLP1-2基因在水稻中应对重金属胁迫的分子机制提供基础。【方法】以水稻为材料，利用PCR克隆OsGLP1-2基因，并利用生物信息学方法对其顺式作用元件、二级结构和疏水性等进行分析，用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测其在100 μmol/L Cd处理下，水稻茎部和根部中的表达特征，再利用转基因酵母进行Cd耐受性分析。【结果】水稻OsGLP1-2基因编码区（CDS）序列长度为651 bp，编码216个氨基酸，其编码蛋白的相对分子量为22.48 kDa，理论等电点（PI）为7.16，为稳定性的中性疏水性蛋白，含有Cupin结构域，属于Cupin家族，该家族在植物防御等方面发挥着重要作用。同源家族进化树表明该基因是单独的一支，但与大麦HvGER5a的亲缘关系最为接近，表明OsGLP1-2可能具有HvGER5a类似的功能。二级结构分析结果表明该蛋白含有10个β折叠、8个α螺旋和17个无规卷曲结构。并且OsGLP1-2具有光、干旱等环境诱导相关的调节元件以及生长素、赤霉素和茉莉酸甲酯等激素相关调节元件，表明目的基因可能参与水稻对非生物胁迫的响应。100 μmol/L Cd处理下，在6 h时地上部分目的基因的表达水平约为对照组3倍，且地下部分也为对照组的3倍，即OsGLP1-2基因能对Cd产生响应。最后斑点实验表明该基因在酵母中无明显表型。【结论】成功克隆了水稻OsGLP1-2基因，且该基因对Cd有一定的响应，可为水稻应对重金属胁迫的反应机制提供参考依据。
关键词：
镉 水稻 OsGLP1-2 表达分析
[期刊] 草业科学
[作者]
罗佳佳 向晨莹 刘攀道 胡璇 唐军 王文强 刘国道 陈志坚
铝毒是酸性土壤中限制作物生长和产量增加的主要因素之一。转录因子STOPs具有调控耐铝相关基因表达的功能,是植物耐铝毒的重要基因。本研究以耐铝柱花草(Stylosanthes guianensis)基因型‘TPRC2001-1’为材料,首次克隆到两个柱花草编码锌指蛋白SgSTOP1和SgSTOP2基因。这两个基因cDNA全长分别为1 515和1 077 bp,编码504和358个氨基酸残基,蛋白分子量分别为56.2和39.7 kDa。亚细胞定位预测表明,SgSTOP1和SgSTOP2均定位于细胞核中。并且,SgSTOP1和SgSTOP2均为ZF-C_2H_2家族成员,SgSTOP1和SgSTOP2均包含4个保守的锌指结构域。定量PCR结果表明,铝毒胁迫显著增强SgSTOP1在‘TPRC2001-1’根和叶中的表达(P 0.05),暗示SgSTOP1基因可能参与柱花草对铝毒胁迫的应答过程。本研究结果为进一步解析柱花草适应铝毒胁迫的分子调控机制提供了候选基因资源。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈婷婷 李旭凯 王如意 彭良才 夏涛
本研究旨在对棉花来源的果胶甲酯酶基因进行克隆和功能分析。通过RACE技术克隆了2个棉花果胶甲酯酶基因的cDNA,命名为GhPME1和GhPME2。序列分析发现:GhPME1和GhPME2的最大开放阅读框分别为1 704和1 752bp,分别编码含有567和582个氨基酸的蛋白质。蛋白质结构预测显示这2个蛋白结构相似,包含PMEI和Pectinesterase结构域。RT-PCR和实时荧光定量PCR结果显示在陆地棉的纤维发育过程中,GhPME1和GhPME2的表达峰值分别在9和4DPA(开花后天数),然后依次降低。而在海岛棉纤维中,这2个基因的表达均呈现逐渐上升的趋势,表达峰值分别出现在开花后2...
关键词：
棉纤维 果胶甲酯酶 基因表达
[期刊] 林业科学研究
[作者]
肖政 李纪元 范正琪 李辛雷 殷恒福
［目的］ＧＡ２氧化酶是赤霉素生物合成代谢过程中关键酶之一，ＧＡ２ｏｘ家族基因常被用于植物矮化基因工程育种。［方法］根据植物ＧＡ２氧化酶基因编码区的保守序列设计引物，以山茶属荔波连蕊茶嫩枝为材料，提取总ＲＮＡ，进行ＲＴ－ＰＣＲ。采用ＲＡＣＥ技术扩增获得１ ３７１ ｂＰ的ＧＡ２ｏｘ基因全长Ｃ ＤＮＡ序列，命名为Ｃｌ ＧＡ２ｏｘ１（ＧＥＮ ｂＡＮｋ登录号ｋＪ５０２２９０）。［结果］序列分析表明，Ｃｌ ＧＡ２ｏｘ１放阅读框（ｏＲＦ）为１ ００２ ｂＰ，编码３３３个氨基酸，５’非编码区５９ ｂＰ，３’非编码区３１０ ｂＰ。预测的蛋白质分子量为３７．３１ ｋ Ｄ，等电点为５．９２，具有ＧＡ２ｏｘ超基因家族．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
张伟 姬明丽 郭前进 千智斌
为了研究红鳍东方鲀ＳＲＥＢＰ－１和ＳＲＥＢＰ－２基因的功能及在脂肪代谢中的分子机制，从红鳍东方鲀脂肪组织提取总ＲＮＡ，反转录获得ｃ ＤＮＡ模板，利用设计的引物ＰｃＲ扩增获得ＳＲＥＢＰ－１和ＳＲＥＢＰ－２开放阅读框（ＯＲＦ），ＳＲＥＢＰ－１基因ＯＲＦ区的ｃ ＤＮＡ序列长度为３ ３３０ ＢＰ，编码１ １０９个氨基酸，ＳＲＥＢＰ－２基因ＯＲＦ区的ｃ ＤＮＡ序列为３ ４４４ ＢＰ，编码１ １４７个氨基酸。实时荧光定量ＰｃＲ检测ＳＲＥＢＰ－１基因在红鳍东方鲀不同组织中的表达特征，结果表明，ＳＲＥＢＰ－１在脑组织中表达丰度最高，其次为眼、脂肪组织、肠、鳃、脾脏、心脏及肝脏，在肌肉中表达丰度最低。将ＳＲＥＢ．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
靳春慧 文小卉 刘羽婷 李月 王丽丽 刘立洋 董新宇 李慧玉
【目的】克隆小黑杨(Populus×xiaohei T.S.Hwang et Liang)RAV1和RAV2基因,分析这2个基因在非生物胁迫下的表达模式,为进一步研究小黑杨基因功能提供理论依据。【方法】以抗逆性强的小黑杨根为试材,克隆2个RAV家族成员。利用生物信息学方法对小黑杨2个RAV基因的理化性质、保守基序、保守结构域、系统进化进行分析,并采用半定量RT-PCR方法探讨这2个基因在小黑杨顶芽、叶、木质部、韧皮部、根、第1～14片叶、第1～11茎节中的表达情况,以及在CdCl_2、NaCl、NaHCO_3、PEG和ABA胁迫下的表达特性。【结果】从小黑杨中克隆出2个RAV基因,命名为PsnRAV1和PsnRAV2。PsnRAV1编码405个氨基酸,预测分子质量约为99.46 ku,等电点5.06,不存在信号肽;PsnRAV2编码407个氨基酸,预测分子质量约为99.33 ku,等电点5.06,存在信号肽;2个基因均位于细胞核上。保守结构域和保守基序分析结果表明,小黑杨RAV蛋白具有RAV家族特有的AP2和B3这2个保守蛋白结构域,基序1、2、3是构成2个结构域的主要基序。系统进化分析表明,20种植物的RAV蛋白分为3组,其中PsnRAV1和PsnRAV2与毛果杨(Populus trichocarpa)RAV同源性很高。半定量RT-PCR分析结果显示,2个PsnRAVs基因在小黑杨的顶芽、叶、木质部、韧皮部和根中均有表达;且随着叶和茎的发育,2个基因的表达量均呈现升高的趋势。在CdCl_2、NaCl、Na HCO_3模拟的重金属及盐胁迫下,2个基因的表达模式虽不相同,但在根部均受到诱导;在PEG模拟的干旱胁迫下,PsnRAV1和PsnRAV2在叶片和根部均有响应,其中在根部受到的诱导更为明显,尤以PsnRAV2的表达更为显著;此外,PsnRAV1和PsnRAV2也受到ABA的诱导,其在叶中的表达量在初期表现为上升,而后期下降。【结论】2个PsnRAVs基因与小黑杨的抗逆性密切相关,可能参与了小黑杨的非生物胁迫应答,其中PsnRAV2在胁迫下的作用更为显著。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
丁咚 陈亚娟 崔进荣 魏建华 张玉红 张杰伟
【目的】为了对毛果杨CBF基因家族进行系统分析,利用毛果杨基因组数据库,通过生物信息学的方法,鉴定毛果杨CBF基因家族的染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测。【方法】通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】毛果杨含有6个CBF基因,均不含内显子,分布于毛果杨的5条染色体上。【结论】MEME保守基序分析显示,杨树CBF蛋白均含有2个保守的基序,他们共同构成AP2结构域。磷酸化位点预测分析表明毛果杨CBF蛋白均含有大量的磷酸化位点。以上结果将为今后揭示毛果杨CBF蛋白的功能提供重要的线索。
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