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[期刊] 林业科学
[作者]
储文渊 王玉娇 朱东悦 陈竹 严涵薇 项艳
【目的】通过杨树的多个基因芯片数据,筛选出在盐和干旱胁迫下能够稳定表达的基因作为杨树的新内参基因,为挖掘出更稳定、更理想的内参基因提供途径。【方法】利用已公布的基因芯片数据库获取不同生长时期、不同逆境处理下的杨树表达数据,将这些数据进行归一化处理,对基因在不同试验条件下表达量的稳定性进行排序。结合基因的功能注释信息,筛选新的内参基因。为进一步验证基因表达的稳定性,以经过NaCl,PEG处理的南林95杨(组培苗)的叶片材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对6个传统内参基因(PtUKN1,PtUBQ,
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
赵雨 林琳 王群 张国哲 王杰 尚林雪 洪思丹 马清清 顾翠花
【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花,以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料,借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析,并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD,对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用在线软件RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出:在不同组织中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUA;在干旱胁迫中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明:上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后,GAPDH是最适合黄薇基因表达的内参基因。图4表4参33
关键词:
黄薇 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘伟灿 王骐 周永刚 邓宇 赵利旦 王兴超 靳京 董园园 王南 王法微 陈欢 李晓薇 李海燕
【目的】通过分析大豆中候选内参基因的稳定性,筛选大豆干旱胁迫处理条件下适合成熟miRNA、前体miRNA及靶基因mRNA荧光定量PCR的内参基因。【方法】以干旱胁迫处理后的大豆根和叶片为材料,选择了5个成熟miRNAs和5个传统的看家基因作为候选内参基因,利用GeNoRm和NoRmFiNdeR程序对10个候选内参基因的稳定性进行评价。【结果】在干旱胁迫下,大豆根、叶片中,成熟miRNA定量最合适的单个内参基因分别为miR156A、miR167A,最合适的内参基因组合分别为miR1520d与miR156A、miR1520d与miR167A。前体miRNA和靶基因mRNA定量最合适的单个内参基因分...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
宫建文 李琪 于红
实时荧光定量PCR已广泛用于基因表达的分析,合适的内参基因选择是获得准确分析结果的关键。本研究选用正常生理状态下岩牡蛎(Crassostreanippona)的鳃、外套膜、闭壳肌和内脏团4种组织以及盐度10、20和30暂养1周后的鳃组织为材料,对已报道的常见内参基因(EF1A、GAPDH、RO21、TUB和TUA)的稳定性通过3种方法(geNorm、NormFinder和BestKeeper)进行分析和筛选,发现针对鳃单一组织在不同盐度胁迫下,GAPDH和RO21可以作为合适内参基因,而在不同组织中,需要更多的内参基因联合分析才能获得准确的定量表达结果。本研究是首次利用q-PCR对岩牡蛎进行内参基因的筛选和验证,为今后该物种低盐胁迫相关的基因表达和功能基因的研究提供重要依据。
[期刊] 水产学报
[作者]
昌晶 陈陆丹 徐燕 纪德华 陈昌生 谢潮添
为了筛选不同高光光强胁迫下坛紫菜中表达水平最为稳定的内参基因,本研究采用qRT-PCR技术测定了植物中常用的6种内参基因UBC、TUB、18S、EF2、ACT和GAPDH在不同光照强度下培养的坛紫菜藻体中的绝对表达水平,并采用比较Ct值法、Ge Norm、Bestkeeper和NormFinder软件分析4种方法对6种候选内参基因的表达稳定性进行评估。结果显示,UBC的Ct值变化范围最小,18S的Ct值变化范围最大;ge Norm软件分析结果显示最稳定的内参基因为UBC和EF2;Bestkeeper和No
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
曾璟 王平 孙吉康 杨岚鹏 周韬 荣健
为筛选适用于Pb与Cd胁迫下旱柳实时荧光定量PCR的内参基因,应用荧光定量PCR技术分析UBQ1、TUB6、Actin、EF1α、18SRNA、GAPDH、TUA8和UBQ2这8个内参基因在旱柳根部的表达情况。通过Normfinder、ge Norm和Best Keeper3个软件进行综合分析,发现在Pb与Cd胁迫下表达较为稳定的内参基因均为EF1α、GAPDH和Actin,差别是在Pb胁迫下的旱柳根组织中最为稳定的内参基因是EF1α,而在Cd胁迫下的旱柳根组织应最稳定的内参基因为GAPDH。该研究结果可
关键词:
铅 镉 实时荧光定量PCR 内参基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
焦鹏 刘院梅 裴徐梨 冯鹏宇 唐征 荆赞革 李金林 徐谦
【目的】为检测非生物胁迫下常见内参基因的表达稳定性,筛选出青花菜的适内参基因。【方法】以青花菜高代自交系“KU19-3”为试验材料,利用已有的转录组数据和结合现有文献,筛选出31个候选内参基因,对其在不同非生物胁迫下(盐、干旱、渍水、弱光、高温和低温)的表达水平进行荧光定量PCR检测,采用geNorm、Normfinder 和BestKeeper软件分析其表达稳定性,从而筛选出适宜的内参基因。【结果】31个候选内参基因的扩增特异性良好,且表达水平差异明显。其中BOL029171的Ct值最小,表达量最大;而BOL001470的Ct值最大,表达量最小。其他基因的Ct值介于20~40。三种软件综合分析结果表明:BOL034565和BOL008820在高温胁迫下最稳定,BOL043724和BOL005937在弱光胁迫下表达稳定性最好,BOL043724和BOL001470、BOL005937和BOL006136分别在低温和盐胁迫下表达最稳定,BOL024326和BOL025875、BOL008820和BOL001788分别在渍水和干旱胁迫处理下表达最稳定。综合上述得出BOL006136和BOL008820可作为非生物胁迫下青花菜的通用内参基因。【结论】本研究筛选出青花菜叶片在非生物胁迫下通用内参基因是BOL006136和BOL008820,结果可为以后开展青花菜逆境胁迫下相关基因的表达特征研究和青花菜抗逆种质创建提供一定的科学基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
李国旗 张纪林 安树青 李瑾 王云静
对生长在苏北沿海防护林不同土壤盐度下的主栽树种杨树 (欧美杨无性系 6 9杨 )进行了解剖 ,描述了杨树次生木质部结构的特征 ,测量了次生木质部的 16个数量特征 :年轮宽度 (ARW)、导管长度 (VL)、早材和晚材的导管分子面积 (VA)、导管周长 (VP)、导管直径 (VD)、导管单孔率 (PSV)、导管频率 (VF)、纤维长度(FL)、纤维宽度 (FW)、射线高度 (RH)和射线频率 (RF)。实验结果表明 ,在不同的土壤盐度胁迫下 :(1)杨树次生木质部形态特征的差别不明显 ,但是组成分子趋向于小型化。 (2 )次生木质部数量特征的变化比较明显 ,即当土壤含盐量从 0 0 36 %...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张薇 崔为体 段星亮 汪瑾 沈文飚 谢彦杰
[目的]在植物代谢通路关键调控基因表达的相关研究中,筛选各种条件下合适的内参基因至关重要。[方法]以UV-B为主要胁迫,运用荧光定量PCR技术以及geNorm和NormFinder软件,对不同取样时间(处理后0、1、2和5d)的紫花苜蓿(MedicagosativaL.)幼苗根、茎、叶组织中Actin2、GAPDH、MSC27、18SRNA、β-tublin、bZIP、UBQ、PPPrep、Ms03_50f03和Ms03_69f07等候选内参基因表达的稳定性进行研究。[结果]geNorm软件显示:紫花苜蓿幼苗根部UV-B胁迫下MSC27和UBQ的稳定值(M)较小,增加第3个内参基因后变异值(V...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
王倩颖 常鹏杰 申亚梅 张超 董彬 时宝柱
高温对景宁木兰Magnolia sinostellata生长产生严重影响。通过筛选景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因,可以为景宁木兰在高温条件下基因表达研究提供准确数据,达到对目的基因进行准确量化的目的。以热胁迫下景宁木兰1年生实生苗的根、茎、叶组织为材料,从转录组数据库中选取13个管家基因ACTIN-7(肌动蛋白基因-7),CYP(亲环蛋白基因),EF-1α(延伸因子-1α蛋白基因),GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因),GTB(GTP结合蛋白基因),NAC(NAC域蛋白基因),NADP(异柠檬酸脱氢酶基因),TEF(翻译延伸因子基因),UBC(泛素化酶基因),UBQ(多聚泛素蛋白基因),α-TUB(α微管蛋白基因),β-TUB(β微管蛋白基因)和18S(18S核糖体RNA),通过Primer 5.0进行引物设计,琼脂糖电泳和溶解曲线分析验证引物特异性;利用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRTPCR)技术和geNorm, NormFinder和BestKeeper等3个内参分析软件研究候选内参基因在热胁迫下不同组织中的表达稳定性,并通过CSLD3和KOR 2个目的基因的表达分析验证其可靠性。13个内参基因的电泳结果均显示单一条带,溶解曲线也均显示单一峰,证明引物特异性良好;13对引物的扩增效率均在100%左右;内参软件综合分析得到,UBC, EF-1α和ACTIN-7是景宁木兰在热胁迫下较为稳定的内参基因,以3个单独的内参基因以及内参组合(EF-1α和ACTIN-7)为参照对CSLD3和KOR的表达模式进行校准,也显示了一致的表达水平。通过qRT-PCR技术和内参软件分析,UBC, EF-1α和ACTIN-7等3个内参基因在景宁木兰热胁迫下不同组织中稳定性较高,CSLD3和KOR等2个目的基因的表达也证实了其可靠性。因此,UBC, EF-1α和ACTIN-7可以作为景宁木兰热胁迫下稳定表达的内参基因。图4表3参34
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
王瑞刚 陈少良 刘力源 郝志勇 翁海娇 李鹤 杨爽 段杉
以抗盐性不同的胡杨、群众杨和I 2 14杨3种杨树为材料,对NaCl胁迫下叶片中的盐离子含量、超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)活性以及丙二醛(MDA)含量和电解质外渗率的动态变化进行分析和对比,探讨3种杨树抗氧化能力的差异及其与抗盐性的关系.结果显示,在长期且不断提高的盐胁迫下,群众杨叶片中Na+、Cl- 离子浓度不断升高,特别是在盐处理后的第2 8d ,叶片中的盐离子含量达到最高时,SOD和POD的活性大幅度下降,叶片中MDA的含量和电解质外渗率随之大幅度上升,叶片出现了严重的盐害症状.与群众杨相比,I 2 14杨叶片中Na+、Cl- 浓度也有相同的变化趋势,但其MDA和电...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孔祥远 陈冠旭 秦贵龙 隋炯明 乔利仙 王晶珊 徐丽丽
促有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)在植物生长发育及抗逆胁迫过程中发挥重要作用。为了解花生中MAPK基因的情况,利用RNA测序技术对花生耐盐突变体(S2)和对照(S4)进行了转录组分析,筛选出了14个MAPK基因,位于花生野生种基因组A组的6条染色体上。聚类分析表明,花生14个MAPK基因中13个可以聚到已报道的4个亚类中。利用花生S2和S4构建了盐胁迫处理前后的表达谱,根据调整后的P值,筛选出6个MAPK基因在S2和(或)S4受盐胁迫诱导表达,分别属于A(1个)和D亚类(5个)。为花生MAPK基因的功能
关键词:
花生 MAPK基因 盐胁迫 RNA测序
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖蓉 罗慧珍 张小娟 邓舒 张春芬 任莹 孟玉平 曹秋芬 聂园军
【目的】研究枣树谷胱甘肽过氧化物酶基因(Zj GPX)的功能,为其在果树抗逆基因工程改良中的利用奠定基础。【方法】以‘壶瓶枣’(Ziziphus jujuba Mill.Hupingzao)结果枝构建的c DNA文库中选取一条与其他植物谷胱甘肽过氧化物酶基因有较高同源性的序列为研究对象进行序列分析,预测其功能。通过实时荧光定量技术分析目的基因在盐胁迫及干旱胁迫条件下的表达特性,并构建植物表达载体PEZR(K)-LNY-Zj GPX,运用农杆菌介导法,将Zj GPX转入拟南芥,对转基因及野生拟南芥植株作盐胁迫及干旱胁迫处理,验证其抗逆功能。【结果】Zj GPX编码序列(CDS)长510 bp,编...
[期刊] 林业科学
[作者]
马金龙 姜国斌 姚善泾 金华
利用微透析技术,研究盐胁迫下吴屯杨和小胡杨嫩茎质外体中离子的动态变化对气体交换参数的影响。杨树嫩茎质外体离子采用微透析与原子吸收联用进行监测,同时采用Li-6400便携式光合仪进行气体交换相关参数的测定。盐胁迫下,2个杨树品种嫩茎质外体中Na+积累的程度不同,吴屯杨经过一段时间后能够自我调节,减少Na+含量,而小胡杨质外体一直积累Na+,从而造成细胞的渗透胁迫,抑制植物生长;随着盐处理时间的增加,2种杨树K+浓度基本呈现下降的趋势。吴屯杨在100mmol·L-1NaCl胁迫早期光合受抑制的主要原因是非气孔限制,后期是气孔限制;而小胡杨光合受抑制的主要原因是气孔限制。对Na+浓度、K+浓度、Ca...
关键词:
盐胁迫 杨树 质外体 离子 光合作用
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
陈少良 李金克 尹伟伦 王沙生 Eberhard Fritz Andrea Polle Aloys Httermann
该文研究了NaCl对群众杨 (Populus‘popularis 35 44’ ,P .popularis)、I 2 1 4杨 (P .×euramericanacv .I 2 1 4 ,P .cv.I 2 1 4 )和胡杨 (P .euphratica) 3种杨树组织和细胞营养状况的影响 .为期 30d的盐处理降低了群众杨和I 2 1 4杨根和茎组织中K+、Ca2 +、Mg2 +的水平 ,而对于叶片营养元素的水平基本没有影响 .与群众杨和I 2 1 4杨比较 ,胡杨组织的营养水平受NaCl的影响最小 .根皮层细胞X 射线微区分析的结果显示 ,NaCl降低了群众杨和I 2 1 4杨细胞壁和液泡...
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