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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
原晓龙 华梅 陈剑 张传光 王毅
通过对地衣型真菌皮革肾岛衣转录组数据的分析,挖掘出1条非还原型聚酮合酶基因,通过RT-PCR首次克隆得到该基因的cDNA全长(NpPKS2),并通过生物信息学手段分析其基因和蛋白氨基酸序列,采用荧光定量PCR技术分析该基因在不同培养基上的表达情况.结果显示:NpPKS2基因全长6 249 bp,编码2 082个氨基酸;生物信息学分析显示该基因编码1种非还原型聚酮合酶,结构域顺序为SAT-KS-AT-PT-ACP-TE,根据聚类分析和结构域分析,推断NpPKS2为苔色酸合成酶;荧光定量分析显示地衣型真菌皮革肾岛衣中的NpPKS2基因用BMG培养基培养时表达量最高.
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
强慧玲 原海亮 何璟
从链霉菌Streptomyces sahachiroi ATCC 33158基因组中克隆到1个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因orf18。生物信息学及进化树分析表明它可能属于rppA类Ⅲ型PKS基因。通过RT-PCR证实了该基因在野生型S.sahachiroi中是可以进行转录表达的。HPLC和LC-MS分析的结果表明orf18在S.lividans中异源表达时可产生1,3,6,8-四羟基萘(THN),并且发现该基因也可以在革兰氏阴性菌Pseudomonas stutzeri中异源表达并产生明显的棕红色色素。证明orf18编码的蛋白属于RppA类Ⅲ型PKS,可催化T...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李娜 黄胜 何璟
链霉菌GEMSM 4(6)的发酵产物具有抗革兰氏阳性菌和阴性菌的活性,同时还对酵母及丝状真菌尤其是植物病原菌,具有较强的抑制作用。本研究利用简并性引物对该链霉菌基因组中可能存在的聚酮合酶(PKS)和非核糖体多肽合成酶(NRPS)基因进行PCR扩增及序列分析,找到了3个NRPS及15个PKS基因的片段,其中PKS基因与Streptomyces violaceusniger Tu 4113的PKS基因序列同源性最高,达到91%~99%;而NRPS基因与数据库中已知的NRPS基因序列同源性仅为60%~62%。为克隆NRPS生物合成基因簇,构建了链霉菌GEMSM 4(6)的基因组细菌人工染色体(BAC...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
魏晓骁 王士亚 陈潇潇 汪凤林 曹光球 曹世江
为探索杉木木材形成的分子机制,以杉木嫩叶总RNA反转录的c DNA为模板,运用RT-PCR技术克隆出一个新杉木纤维素合酶基因ClCesA.该基因的开放阅读框(ORF)为2 955 bp,共编码984个氨基酸.通过TMHMM Server v.2.0和MEGA5.1软件预测ClCesA蛋白的跨膜结构和功能,发现该蛋白N端含有锌指结构,共有8个跨膜结构,平均跨膜区域18个氨基酸残基,并具有保守的DDDQXXLRW结构域.系统进化树分析结果表明,ClCesA可能与细胞次生壁形成有关.荧光定量PCR分析表明,Cl
[期刊] 西南农业学报
[作者]
周露 崔群香 刘同金 班秋妍 袁颖辉 宁坤 范俊俊 张敏 沈慧玲
【目的】探究茄子花青素合成通路中关键酶SmCHI2的蛋白特性和表达特性，为完善茄子花青素生物合成途径和品质育种提供一定的理论基础。【方法】通过同源克隆获得茄子SmCHI2基因全长序列，利用在线分析工具对其蛋白理化性质进行预测，利用ClustalX1.7、GeneDoc2.7.0和Mega6.0软件进行蛋白序列比对和系统进化树分析，利用qRT-PCR分析SmCHI2的表达模式。【结果】SmCHI2编码区全长633 bp，编码210个氨基酸。蛋白理化性质分析显示SmCHI2蛋白分子量为23.98 kDa，理论等电点为4.81，且为不稳定的亲水性蛋白。二级和三级结构预测显示SmCHI2蛋白结构主要包括α-螺旋、随机卷曲、延伸链和β-转角。多序列比对表明SmCHI2与LcCHI（枸杞AIC33515.1）、LrCHI（黑枸杞AQZ26680.1）、CaCHI2（辣椒XP＿016573438.1）和StCHI3（马铃薯XP＿006365329.1）等Ⅳ型CHI蛋白具有相同的活性和识别位点，且在系统进化树中属于同一分支。亚细胞定位结果显示，SmCHI2蛋白在细胞核、细胞膜和细胞质中均有分布。表达分析显示，SmCHI2基因主要在紫色组织中表达，且在白色果皮中表达量显著低于紫色果皮。【结论】茄子中Ⅳ型CHI蛋白SmCHI2正调控茄子花青素的生物合成。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王阳 卢虹 黄镇 刘璐 刘霞 刘亚萍 田正书 徐爱遐
类黄酮是一种重要的植物次生代谢产物,查耳酮异构酶(CHI)是类黄酮生物合成早期阶段的一个关键酶,在种皮发育和颜色形成过程中具有重要的调控作用。为深入研究CHI基因在种皮发育和颜色形成中的作用及生物学功能。以16份三大类型黄、褐籽油菜为试验材料,采用同源克隆法克隆得到CHI基因的序列,并进行分子进化分析。将克隆得到的序列利用NCBI在线软件预测ORF Finder分析该基因的开发阅读框(ORF),结果发现,CHI基因ORF长度为756 bp或759 bp,编码251个或252个氨基酸。利用DNAMAN(v5
关键词：
油菜 查尔酮异构酶 CHI 克隆 SNP
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李丹 吴楠 郑成忠 张琳 马建 曲静 张卓 付永平 王丕武
【目的】克隆大豆查尔酮还原酶1(CHR1)基因,以构建的过表达载体pCAMBIA3301-CHR1转化大豆,获得含有CHR1基因的阳性植株,为研究该基因的功能奠定基础。【方法】以大豆基因组DNA为模板,通过PCR扩增克隆CHR1基因,构建植物过表达载体pCAMBIA3301-CHR1,对其进行PCR及双酶切鉴定。采用农杆菌介导法将该载体转入大豆"吉农28"中,对转基因植株进行PCR、Southern杂交检测,对CHR1基因mRNA相对表达量进行荧光定量PCR检测。【结果】克隆得到的CHR1基因大小为1 100bp。成功构建了植物过表达载体pCAMBIA3301-CHR1,将其转化大豆后,通过P...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范玉洁 林飞鹏 安泽伟 唐朝荣
【目的】从橡胶树中克隆Glutathione-S-transferase(GST)基因的cDNA和基因组DNA,进行序列、结构和系统进化分析,研究胁迫条件和激素处理下的表达谱。【方法】利用产排胶机理课题组构建的胶乳EST数据库,通过PCR技术克隆橡胶树GST基因的cDNA和基因组DNA;在线预测蛋白质保守功能域和亚细胞定位,构建系统进化树,利用实时荧光定量PCR分析割胶、伤害、低温、激素和死皮病等因素对该基因表达的影响。【结果】从橡胶树胶乳中克隆到1个GST基因的全长cDNA(793 bp),编码25.4 kD(219aa)蛋白,命名为HbGSTU1;克隆了HbGSTU1的基因组DNA(1 3...
[期刊] 林业科学
[作者]
樊金会 陈静 李文卿 李青 邹琦
利用PCR技术,从毛白杨花序材料中分离出一个MADS盒基因PtSEP3。蛋白序列比较和同源树分析表明,该基因与拟南芥SEP3同源。表达分析显示PtSEP3不仅在成年植株雌蕊和雄蕊中表达,也在幼茎、幼叶和顶芽中表达。在35S启动子驱动下,PtSEP3超表达的毛白杨转基因植株发生了明显的形态变化,表现为叶序不规则,在同一节间常数枚集生;并且叶片基部形态与野生型的心形不同,大部分为楔形。在离体条件下,在芽分化培养基上,PtSEP3转基因株系的根和叶外植体可以诱导发生带有花柱和子房室的子房状结构。试验结果说明PtSEP3参与了毛白杨花器官的发生,并可能在维持茎端分生组织分化出正常形态的叶片中也起着作用...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张大勇 易金鑫 胡国民 许玲 袁玲玲 徐照龙 何晓兰 黄益洪 刘晓庆 马鸿翔
XIP(X Intrinsic Protein)亚家族蛋白作为水通道蛋白AQP(Aquaporin)的一个成员,最近在不同植物的基因组或表达序列标签(EST)文库中被鉴定出来。从前期通过Perl程序下载的大豆全基因组水通道蛋白序列中鉴定了一个大豆GmXIP基因,该基因含有一个长385 bp的内含子,且剪接方式是AG/AG,不同于植物普通的GT/AG剪接模式;与其他植物的XIP蛋白的氨基酸序列比对发现该蛋白也具有6个跨膜区,但MIP(Major Instrinsic Protein)家族蛋白保守的"NPA"基序突变为"NPI"和"SPA",暗示该蛋白负责的物质运输与其他植物XIP功能不同;半定量...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
任永哲 陈彦惠 库丽霞 常胜合 高伟 陈晓
【目的】研究玉米的光周期反应,克隆出玉米中的EMF同源基因并研究其表达模式。【方法】以热带玉米自交系CML288和温带玉米自交系黄早四为材料,研究了它们在9h和15h光周期处理后的反应和热带自交系CML288在不同时期两种日照挪动处理下的光周期反应。通过RT-PCR法克隆到一个玉米上的EMF同源基因,并检测了该基因在经过不同光周期处理的自交系CML288、黄早四及其F1的不同生长时期茎尖中的表达。【结果】CML288对光周期的反应非常敏感,黄早四相对不敏感。CML288在短日照条件下7片叶时期是光周期反应的敏感时期,在长日照条件下9片叶时期是光周期反应的敏感时期。推测新克隆的cDNA序列含有完...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘德灼 林伟彬 谭芳林 陈伟
以秋茄(Kandelia candel)叶片为试验材料,采用RT-PCR的方法获得秋茄查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)基因的cDNA序列,命名为KcCHS,GenBank登录号为KX673194.1.序列分析结果表明,KcCHS基因的cDNA序列长度为1170bp,编码389个氨基酸,属于CHS超家族.序列比对结果显示,秋茄与其他物种的CHS基因核苷酸序列具有较高的相似性,平均达到80%以上.系统进化分析显示,KcCHS基因与余甘子CHS基因亲缘关系最近.实时荧光定量PCR分析表明
关键词：
秋茄 查尔酮合酶基因 克隆 盐胁迫
[期刊] 林业科学研究
[作者]
王毅 周旭 毕玮 杨宇明 李江 王娟
１－脱氧－Ｄ－木酮糖－５－磷酸合酶（ＤＸＳ）是甲基–Ｄ–赤藓醇–４–磷酸（ＭＥＰ）途径中的第一个酶，也是限速酶。本文根据思茅松（ＰｉｎｕＳ ｋＥＳｉｙａ ｖａｒ．ｌａｎｇｂｉａｎＥｎＳｉＳ（ａ．ＣｈＥｖ．）ｇａｕＳＳＥｎ）树皮转录组数据分析结果，获得思茅松ＤＸＳ基因片段，然后根据获得的基因片段设计特异引物，运用ｒＴ－ＰＣｒ和ｒａＣＥ技术从思茅松树皮中克隆得到完整的ＤＸＳ基因（Ｐｋ ＤＸＳ１）。Ｐｋ ＤＸＳ１基因的Ｃ Ｄｎａ全长序列２ ８８８ ｂＰ，含有１个２ ２２３ ｂＰ的开放阅读框（ＯｒＦ），编码７４０个氨基酸，该基因推断的蛋白与赤松（ＰｉｎｕＳ ＤＥｎＳｉＦｌＯｒａ ＳｉＥｂＯｌＤ＆ＺｕＣ．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
乔枫
为探究枸杞查耳酮异构酶CHI1基因在不同组织中的表达模式和功能，利用同源克隆的方法获得1个枸杞（Lycium chinense）LcCHI1基因（Genbank No. OR026273），通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系，利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性进行分析，并进行原核表达分析。结果表明：1）枸杞查耳酮异构酶LcCHI1基因的cDNA序列全长695 bp，开放阅读框为633 bp，编码210个氨基酸，含有1个保守的Chalcone＿3 family结构域。2）氨基酸序列比对显示，LcCHI1蛋白符合Chalcone蛋白结构特征且与其他物种Chalcone蛋白具有高度的相似性。聚类分析表明，LcCHI1蛋白与茄科的CHI蛋白单独聚成一支。3)LcCHI1在枸杞花、嫩叶与嫩枝中表达量较高，在根中表达量较低。随着枸杞果实的发育，LcCHI1表达呈先升高后降低趋势，在变色果中表达量最高。4）在原核表达载体中构建LcCHI1重组蛋白，经SDS-PAGE电泳分析在63 ku处出现表达蛋白。综上，LcCHI1基因在枸杞花和变色果中表达较高，并能进行原核蛋白表达，研究结果为枸杞类黄酮合成途径中CHI基因的功能验证奠定基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡朝阳 周友凤 龚一富 金思 王何瑜 赵群芬
【目的】从紫色马铃薯中克隆CHS的cDNA全长序列,并分析其组织表达水平以及诱导剂处理后基因的表达与花青素含量积累之间的关系。【方法】采用RT-PCR和RACE方法克隆紫色马铃薯CHS的cDNA全长序列,通过在线软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析,半定量RT-PCR检测StCHS在紫色马铃薯组织中的表达特异性以及蔗糖和赤霉素处理后StCHS的表达。采用分光光度计法测定紫色马铃薯花青素含量。【结果】克隆获得紫色马铃薯CHS的cDNA全长1 490 bp,包含1 170 bp的ORF,该基因编码389个氨基酸。推测StCHS蛋白含有Cys164、Phe215、His303和Asn3364个活性位点...
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