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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
裴俊清 段柳剑 张忠明
根据Mesorhizobium loti基因组信息,克隆nodA、nodB、nodD等基因的启动子序列,分别与报告基因构建相应的转录融合子(nod-lacZ),并分别导入中慢生型百脉根根瘤菌MAFF303099和广谱根瘤菌NGR234(Rhizobium sp.)中,利用百脉根根的抽提物作为诱导物,检测结瘤基因的表达。结果表明:在MAFF303099菌株中,百脉根根抽提物不能诱导nodA的表达;能诱导nodB和nodD1的表达;nodD2呈组成型表达;供试的5种不同的类黄酮化合物都不能诱导nodA基因表达
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
许泽远 苟洪兰 段柳剑 张忠明
为明确半胱氨酸蛋白酶与定型根瘤衰老的相关性,通过与已鉴定的紫云英半胱氨酸蛋白酶AsNODf32进行序列比对分析,从百脉根中鉴定出2个与根瘤衰老相关的蛋白酶基因LjCyp1和LjCyp5。蛋白序列及结构分析表明,LjCyp1和LjCyp5同源性高达96.2%,均含有2个典型的半胱氨酸蛋白酶结构域和液泡定位信号肽,属于木瓜蛋白酶家族。体外酶活检测显示,2个蛋白都具有半胱氨酸蛋白酶活性。通过Realtime PCR和组织化学定位分析表明,2个蛋白酶基因主要在成熟和衰老的根瘤中表达。结果表明LjCyp1和LjCyp5可能在百脉根根瘤衰老过程中发挥重要作用。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
周向珍 朱辉
以百脉根根瘤菌MAFF303099为材料,利用转座子Tn5-sacB转座技术得到了约10 000个MAFF303099的转座接合子,构建随机插入突变体库进行保藏;同时建立了一套能从突变体库中快速筛选突变菌株的方法,且鉴定到共同结瘤基因nodB的突变体。结果表明:组成突变体库的接合子基因组中均有Tn5-sacB插入,三亲本转化效率为3.75×10(-5);与野生型相比,MAFF303099 nodB的突变体在表型上不能使其宿主百脉根形成根瘤。
[期刊] 林业科学
[作者]
韩素芬 甘习华 黄金生
接种根瘤菌后刺槐根表皮形态和超微结构的变化韩素芬甘习华黄金生（南京林业大学南京２１００３７关键词根瘤菌，刺槐，根表皮，传递细胞自Ｂｅｒｇｅｒｓｅｎ等（１９５８）首先用电镜观察根瘤的超微结构，许多人对三叶草属（Ｔｒｉｆｏｌｉｕｍ）、豌豆属（Ｐｉｓｕ...
关键词：
根瘤菌,刺槐,根表皮,传递细胞
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高亚梅 韩毅强 汤辉 孙东梅 王彦杰 王伟东
【目的】分析根瘤菌基因组中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs),为其在根瘤菌遗传多样性研究中的应用提供有益的信息。【方法】利用公共的微生物串联重复序列数据库资源,对已测序的3种根瘤菌基因组中SSRs的结构类型、分布、丰度等进行系统的比较分析。【结果】大豆慢生根瘤菌(Bradyrhizobium japonicum)、百脉根根瘤菌(Mesorhizobium loti)和苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium meliloti)基因组中的SSRs分别为1410个、859个和638个,3种根瘤菌基因组中长重复的四、五、六核苷酸基序更为丰富,变异性更高。数目...
关键词：
根瘤菌 基因组 微卫星序列
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
缪礼鸿 周俊初
通过三亲本杂交,分别将紫云英根瘤菌7635R的基因文库和慢生型大豆根瘤菌22-10的基因文库引入到慢生型大豆根瘤菌22-10中,获得了大量的含有外源DNA片段的转移接合子。以结瘤试验作选择标准,从中筛选到3株具有较高固氮效率的基因工程菌株HN5-1、HN5-2和HN22-2。采用反向杂交,将接合子HN5-2中的外源重组质粒转回到大肠杆菌中,提取质粒作EcoRI酶切。表明pLAFR1质粒载体上携带有大约20 kb大小的DNA片段。实验还证明,在含有从根瘤菌转移而来的pLAFR1质粒的大肠杆菌细胞中,常伴随有辅助性质粒pRK2013的存在,用四环素和卡那霉素两种选择性抗性可淘汰其中的pRK2013...
关键词：
大豆根瘤菌 转移接合子 质粒
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
杜思 曾小波 李友国
以大豆快生根瘤菌HH103中glnK同源基因SfHH103_03182为研究对象,采用pK19mob单插入失活技术构建该基因的插入失活突变体,菌落PCR和测序分析表明突变体构建正确。植物盆栽试验结果显示,与接种野生型菌株HH103相比,突变体接种植株的根瘤数量增多,植株鲜质量和根瘤鲜质量增加,根瘤固氮酶活无显著差异。在不同浓度氮素处理和盆栽条件下,对共生表型的检测表明突变体接种植物的根瘤数量没有显著变化。
[期刊] 农业现代化研究
[作者]
郭丽琢 马剑 黄高宝
通过根箱模拟试验,利用分室法及多隔层法研究了接种根瘤菌ACCC16101和ACCC16103对豌豆籽粒产量和根际微生物数量的影响。结果表明:ACCC16103对根际细菌、真菌数量的影响程度大于ACCC16101,对放线菌数量的影响程度小于ACCC16101;ACCC16103接种显著提高了生殖生长阶段根际细菌的数量,降低了该阶段放线菌的数量;接种ACCC16101和ACCC16103利于土壤向细菌型转变,ACCC16103对细菌/真菌比值提高的程度更大;接种ACCC16103显著提高了豌豆籽粒的产量;籽粒的产量与盛花期的细菌数量显著正相关。
关键词：
根瘤菌 豌豆 根际 细菌 真菌 放线菌
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
梅江鹏 李豪 张忠明
为研究共生信号途径相关基因在非宿主植物中的表达情况,通过生物技术及合成生物学方法,将10个能在拟南芥根中表达的启动子和10个百脉根共生信号传递的关键基因分别构建2个多基因表达载体,即pUNS6(含6个基因)和pDNS4(含4个基因)。结果表明:利用毛根转化互补相应豆科植物的突变体,都能恢复突变体的结瘤功能,说明克隆的目的基因都具有生物学功能;通过根癌农杆菌介导的花序侵染,将pUNS6和pDNS4分别转入拟南芥中,对阳性植株分离和鉴定,在转基因T_0、T_1、T_2代植株中都鉴定到目的基因,表明多个共生基因
关键词：
百脉根 拟南芥 共生信号基因 花序侵染
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨双琳 李秋桦 钟宇 贾李智 邓利娟 夏体渊 陈秀 尹敏 任禛
【目的】探究提前接种丛枝菌根真菌（Arbuscular mycorrhizal fungi，AMF）对健康和患病三七叶片基因表达的影响，为揭示AMF提高三七抗根腐病的分子机制提供科学参考。【方法】通过转录组测序技术，研究健康三七（CK）、接种AMF（A）、接种茄腐镰刀菌Fusarium solani（F）、接种AMF + F. solani（AF）4个不同处理的三七叶片基因的差异表达变化。【结果】4个处理中共检测出41321个表达基因。差异基因分析结果显示，A vs CK和AF vs F比较组的差异基因数分别为419个和1643个。GO功能注释分析显示2个比较组的差异表达基因均主要富集在生物学过程的“代谢过程”、分子功能的“催化活性”及“结合”、细胞组分的“细胞部分”等GO条目中。KEGG功能注释分析显示A vs CK和AF vs F 2个对比组中出现的差异基因均参与了代谢过程、环境信息处理、遗传信息处理过程、有机系统和细胞过程5大过程中的18个通路，且AF vs F比较组在每条通路中的差异基因数均多于A vs CK。在2个比较组的功能注释中，共筛选出4条富集差异基因的主要抗病通路，分别为苯丙烷生物合成、植物激素信号转导、植物－病原体互作和MAPK信号通路－植物。从苯丙烷生物合成通路中随机选取了10个差异基因进行qRT-PCR验证，基因表达变化趋势与转录组测序结果一致。【结论】AMF可以通过调控苯丙烷生物合成、植物激素信号转导、植物－病原体互作和MAPK信号通路－植物等抗病通路的基因表达提高三七抗根腐病的能力。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李文清 曹文刚 李豪 方庆 张忠明
为建立水稻-根瘤菌共生固氮体系,将百脉根共生信号转导途径中的4个功能基因(LHK1、NSP1、NSP2和NIN)转入水稻,获得稳定转化的转基因水稻,并初步检测转基因水稻的表型和转录组水平上的差异。根瘤菌感染试验结果显示,根瘤菌侵染对照(转入空载体)和转基因水稻的根毛和表皮的比率没有显著变化,但接种根瘤菌14d后,对照与转基因水稻的侧根原基数有显著差异,转共生基因水稻的侧根原基明显增多。利用水稻cDNA芯片,检测转基因水稻组与对照组在接种根瘤菌7d和不接种根瘤菌条件下根的转录组变化,结果显示,转基因组与对照
关键词：
百脉根 根瘤共生 转基因水稻 根瘤菌
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张晓媛 王建云 魏丰 李振鹏 谢福莉 李友国
将紫云英根瘤中特异表达的编码ＣＣＰｓ（Ｃｙｓｔｅｉｎｅ Ｃｌｕｓｔｅｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ）同源多肽的蛋白ＡｓＦ２５９在大肠杆菌表达菌株（ＤＨ１０Ｂ）中进行体外诱导表达，分别检测其在洋葱表皮细胞与紫云英根瘤中的细胞定位，并利用免疫荧光技术，检测紫云英中ＡｓＦ２５９基因的时空表达特征。结果表明：ＡｓＦ２５９蛋白分布于洋葱表皮的细胞壁、细胞膜、细胞质；基因表达和融合蛋白定位实验显示，ＡｓＦ２５９在根瘤中呈特异性表达，在类菌体分化前期大量表达，且ＡｓＦ２５９蛋白与类菌体共定位，表明ＡｓＦ２５９基因属于ｎＣｒ家族，在类菌体分化、维持和共生固氮过程发挥重要作用。
[期刊] 林业科学
[作者]
吴均章 甘习华 韩素芬
The aseptic seedlings of Albizia julibrissin were divided into two groups. One group was inoculated by rhizobia and the other was designed as control without inoculation. These two groups were all cultivated in sterilized cultured liquid for about two weeks. In the first group,the root hairs did not...
关键词：
合欢 根瘤菌 根毛 传递细胞 诱发
[期刊] 林业科学
[作者]
赵清泉 池玉杰 张健 冯连荣
【目的】对白腐菌偏肿革裥菌在木质和非木质环境下的转录组进行测序,为白腐菌降解木材的机制研究提供支持。【方法】采用高通量测序技术对木屑和非木屑处理条件下的菌丝样本进行转录组测序。利用eggNOG、GO、KEGG等数据库对转录本进行注释和比较分析,预测和筛选出偏肿革裥菌与木材降解有关的基因。应用荧光定量PCR(qPCR)检测mnp2等11个与木质素降解相关的差异基因在木屑处理5天条件下的表达量,结合转录组数据对这些基因的表达量变化趋势进行分析。【结果】偏肿革裥菌转录组测序共得到38.9 Gb Clean Data,各样品Clean Data平均达到6.49 Gb,各样品的Reads与参考基因组的比对效率在71.23%～74.25%之间。使用edgeR软件进行差异表达分析,得到差异表达基因898个,其中上调351个、下调547个。差异基因被注释到GO数据库的有251个,注释到KEGG数据库的有223个,注释到eggNOG数据库的有704个。eggNOG分析表明,差异基因表达多聚集在能量产生和转换、转录后修饰、蛋白质代谢、伴侣关系、次生代谢物的生物合成、碳水化合物的运输和分解代谢等功能分类下。GO分析表明,显著性富集与频率较高的生物过程是丙酮酸代谢过程、类异戊二烯生物合成过程、天冬氨酸家族氨基酸代谢过程和木质素分解过程。在KEGG通路分析中,差异基因分布到86个不同的生物途径,差异基因显著富集的代谢通路主要为:碳代谢、柠檬酸循环、芳香化合物降解、乙醛酸代谢。qPCR结果表明在木屑处理条件下基因mnp2、mnp3、lip9、lip2、laccase1和nadp的表达量明显上调;mnp10 s、mrp、cyp450-1、GroES1和GroES2的表达量明显下调,qPCR与转录组测序结果在表达量差异倍数上存在较小偏差,但整体趋势一致,可以证明转录组测序结果是正确可靠的。【结论】偏肿革裥菌降解木材与碳代谢、芳香化合物降解等通路密切相关;与木质素分解等生物过程密切相关。根据基因功能注释的结果得到11个与白腐菌降解木质素相关的重要差异表达基因。
关键词：
偏肿革裥菌 白腐菌 转录组 木质素 降解
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
曹丹丹 刘金相 王志刚 张全启 齐洁 王旭波 于海洋
本研究利用实验室已建牙鲆(Paralichthys olivaceus)转录组数据库预测得到牙鲆NOD2基因(PoNOD2),并利用PCR技术进行序列验证。同时,设计迟缓爱德华氏菌注射感染牙鲆成鱼和体外免疫刺激牙鲆鳃细胞系实验,探究PoNOD2基因在抗菌免疫反应中的作用。PoNOD2基因的开放阅读框长度为2964 bp,编码988个氨基酸。PoNOD2蛋白有3种保守结构域,包括C-末端LRR,中心NACHT和N-末端CARD结构域。实时荧光定量PCR结果显示,在所检测牙鲆组织中,迟缓爱德华氏菌的侵染能显著上调PoNOD2的表达。体外免疫刺激牙鲆鳃细胞系实验显示,在PGN、PolyⅠ:C和迟缓爱德华氏菌刺激下,PoNOD2表达上调。亚细胞定位显示,PoNOD2蛋白定位于牙鲆鳃细胞的细胞质中。在迟缓爱德华氏菌侵染牙鲆鳃细胞过程中,PoNOD2基因的过表达能够抑制细菌生长,并引起IL-1β、IL-6和IL-8等炎性细胞因子的表达上调。结果表明,PoNOD2在抑制迟缓爱德华氏菌生长以及调节牙鲆对病原菌的免疫应答中发挥重要作用。
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