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[期刊] 中国农业科学
[作者]
范瑞文 董常生 游蓉丽 朱芷葳 张伟业 曹靖 董彦君 杜红阳 刘一飞 栗艳
【目的】研究羊驼皮肤功能发生的规律和机理以及发现新的功能基因。【方法】用SMART技术构建白色青年羊驼皮肤cDNA文库,随机挑取13800个克隆进行规模测序。预处理后,获取高质量的表达序列。用CAP3对高质量序列进行拼接;BLAST对拼接序列进行同源比较,以注释功能;CLUSTER对已知序列进行聚类;根据标准基因词汇体系,并结合人组织基因表达谱分类标准,对具有注释信息的基因聚类进行分类,构建羊驼皮肤的基因表达谱。【结果】cDNA文库库容量达106PFU,从中获得高质量序列7286条(在GenBank中命名为ASCD)。拼接成5837条一致性序列,包括446条重叠群和5391条单一序列。1732...
关键词：
羊驼 cDNA文库 基因表达 皮肤
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱芷葳 贺俊平 于秀菊 程志学 董常生
【目的】克隆羊驼皮肤组织表达的Mitf-M CDS序列,比较分析羊驼皮肤组织Mitf-M的特征,进一步定位分析Mitf-M蛋白表达的位置,为深入研究羊驼毛色基因表达机制奠定基础。【方法】采用RT-PCR扩增方法分段扩增Mitf-M CDS区,分别利用Clustal X和BioEdit生物学软件对氨基酸序列进行多重序列比较分析,免疫组织化学技术对Mitf-M蛋白定位分析。【结果】羊驼皮肤组织表达的Mitf-M的CDS区由419个氨基酸组成,具有bHLH-zip转录家族的保守结构域,该基因与牛和犬亲缘关系最近,Mitf-M蛋白主要分布于羊驼皮肤组织毛球基底层细胞之间与毛乳头周围的黑色素细胞中。【结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴震洋 唐晓惠 付玉华 王昇 章程 李京津 余梅 杜小勇
【目的】藏绵羊又称藏系绵羊,是中国三大粗毛羊品种之一,主要分布在西藏及其毗邻的高寒牧区,如青海、甘肃、四川、云南等地。藏绵羊由于其被毛纤维粗长,毛质细腻且保暖性好,是制造藏式地毯的上好原料。而毛色作为一种重要的经济性状,同时制约羊毛的经济价值。然而,目前对于绵羊毛色的分子调控机制尚不明确,以藏绵羊为研究对象,对其不同颜色皮肤组织(黑色和白色)进行转录组测序,旨在探讨miRNA在藏绵羊不同毛色皮肤组织转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路。【方法】选取2只具有黑白花毛色的健康藏绵羊,减去体侧被毛使皮肤
关键词：
藏绵羊 皮肤组织 高通量测序 miRNA
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 倪蓉 殷金凤 丁家桐 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】旨在了解中国特有的白色羔皮羊品种—湖羊不同花纹及其毛囊形成的分子遗传学机理。【方法】利用安捷伦基因芯片技术筛选初生湖羊大花和小花皮肤组织差异表达基因。【结果】差异表达分析显示,3对大花和小花组分别筛选出1 069、2 071和3 879个差异表达基因,共有137个共同基因;差异基因经GO分类显示,主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、免疫应答、离子转运等生物学过程;另外,所验证的4个差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。【结论】筛选出了BMP7、MMP2、SNAI1、SFXN1、CDKNIC、MT3、POU1F1等对湖羊大花、小花性状形成可能具有重要影响的候选基因。
关键词：
湖羊 毛囊 基因芯片
[期刊] 水产学报
[作者]
王立新 郑尧 李锋刚 李雯娟 刘小林
以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鲵胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dynll 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究。结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50×106 cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb。400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以...
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
姜俊兵 于秀菊 贺俊平 董常生
【目的】研究酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)在不同毛色羊驼皮肤组织中的表达与定位,为揭示羊驼被毛颜色形成的机制奠定基础。【方法】采用半定量RT-PCR方法检测TYR mRNA在不同毛色羊驼皮肤组织中的相对表达量,采用免疫组织化学技术对TYR在羊驼皮肤中的表达进行定位。【结果】不同毛色羊驼皮肤组织中均有TYR基因mRNA的表达,有色被毛皮肤组织中TYR的基因mRNA表达量显著高于白色被毛组织的表达量;在有色被毛皮肤组织中,TYR阳性反应区主要集中于毛球部位,即毛根成形部;而白色被毛组织中,TYR阳性反应区主要位于毛根壶腹部及膨大部,即毛根永久部。【结论】综合分析TYR基因mRNA表达量及...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
耿建军 孙乐天 穆晓丽 张杰 姜俊兵 张映 李宏全 董常生
【目的】研究内皮素受体A和B(endothelin receptor A and B,EDNR A and B)在绵羊皮肤中的表达与定位,以及在不同毛色中的差异比较,探讨其在绵羊毛色形成中的作用及其相关机制。【方法】以不同毛色的成年绵羊为研究对象(设黑色毛和白色毛两组),用RT-PCR法检测EDNR基因在不同毛色皮肤中的表达,并使用实时荧光定量PCR技术分析不同毛色绵羊皮肤EDNR基因的相对表达量,采用免疫组织化学法和Western blot法对EDNR在绵羊皮肤中的表达进行定位和定量分析。【结果】荧光定量PCR结果显示黑色绵羊中EDNRA的相对表达量是白色绵羊的1.2648倍,EDNRB的则...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马淑慧 李亚楠 赫晓燕 王海东 杨磊 董常生
【目的】对不同毛色绵羊皮肤中的阿黑皮素原(proopiomelanocortin,POMC)进行定位和表达差异分析,确定POMC与毛色形成的关系,进一步丰富有关哺乳动物毛色形成机制的理论知识。【方法】选取年龄相近的雄性黑色和白色成年绵羊各3只,用取皮器分别在臀部采集皮肤组织3块,对其中一块制作石蜡切片后采用免疫组织化学法确定POMC在不同绵羊皮肤中的定位,另两块置于液氮中冻存后分别提取皮肤总RNA和总蛋白,总RNA经反转录成cDNA后,经NCBI分析比对后设计POMC特异性PCR引物,采用QRT-PCR方法检测POMC基因在mRNA水平的表达差异;总蛋白经SDS-PAGE凝胶电泳后,采用Wes...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
勿都巴拉 刘斌 郭俊 阿云嘎 杨军 乌日格希拉图 李金泉 李玉荣
为研究光控增绒和埋置褪黑激素促进绒山羊在非产绒季节(5—8月份)长绒的皮肤毛囊差异表达基因之间的互作关系,并筛选出皮肤毛囊发育相关的重要功能基因,以Agilent绵羊的全基因组表达谱芯片杂交获得的光控增绒羊皮肤差异表达的99个基因及埋置褪黑激素绒山羊皮肤差异表达的83个基因作为研究对象,结合NCBI数据库,利用RStudio程序包和Cytoscape 3.3.0构建差异基因网络并分析。光控增绒试验组差异基因构建了1个主网络和4个小网络;对照组差异基因构建了1个主网络和5个小网络。与表达量结合分析基因网络发
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘斌 王立忠 吴铁成 马跃军 赵若阳 高玉林 闫新刚 李玉荣
为分析chi-miR-107-3p及相关基因在不同品系绒山羊皮肤毛囊生长发育周期中的表达情况，本研究分别在毛囊休止期（4月）、兴盛前期（7月）、兴盛期（9月）和退行期（1月）采集了阿拉善型绒山羊（季节性长绒）和敏盖绒山羊（常年长绒）体侧皮肤组织，通过组织切片比较分析组织形态，实时荧光定量PCR法检测chi-miR-107-3p及ADCK5、DSBC1、ARSA、FMAP4、RHBDF2和ALDH3A2等6个相关基因表达量。结果表明：1）两种品系的绒山羊毛囊在形态特征上基本一致，但在同一时期生长规律不同；2)chi-miR-107-3p和RHBDF2基因在两种品系绒山羊皮肤毛囊不同发育周期的表达量呈相反趋势。在次级毛囊重建初期，chi-miR-107-3p表达量较高，而RHBDF2基因的表达量极低，随着次级毛囊重建逐步完成，chi-miR-107-3p表达量显著降低，RHBDF2基因的表达量逐渐增高。进入退行期，chi-miR-107-3p的表达量逐渐增高，而RHBDF2基因的表达量逐渐降低，休止期，chi-miR-107-3p的表达量达到最大值，此时RHBDF2基因的表达量最小，推测chi-miR-107-3p可能负向调控RHBDF2基因的表达；3）相关性分析表明，chi-miR-107-3p和RHBDF2基因表达水平均与皮肤毛囊性状显著相关（P<0.05），说明chi-miR-107-3p和RHBDF2基因均为两品系绒山羊皮肤毛囊生长发育的重要影响因子；4)ALDH3A2基因的表达量在皮肤毛囊休止期至兴盛期的过程中逐渐降低，由退行期至休止期的过程中逐渐增高。ALDH3A2基因与皮肤毛囊各性状均显著相关（P<0.05），表明高表达的ALDH3A2可能抑制两品系绒山羊毛囊的生长发育，是调控皮肤毛囊生长发育的重要影响因子，其他基因对绒山羊皮肤组织生长均无影响。本研究证实羊绒生长发育过程离不开miRNA及其相关基因参与调控，为进一步研究毛囊发育分子机理提供了参考，为实际生产中进行羊绒增产提供理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
白东义 拉希玛 图格琴 赵若阳 陶娜拉 韩海格 丁文淇 贾紫洁 刘慧莹 王文兴 黄博光 芒来
为确定相关候选基因在毛色产生过程中的差异,以及相互之间的关系,试图解析胎儿期蒙古马毛色形成的分子机制,为今后保护和开发利用蒙古马(斑点)奠定基础,本研究以蒙古马(斑点)胎儿为研究对象,首先对胎儿期蒙古马体躯白色和黑色区域皮肤组织制作石蜡切片,进行组织学观察,其次对胎儿期蒙古马白色和黑色区域皮肤进行RNA-seq,构建mRNA表达谱,筛选相关差异表达基因,进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明:1)通过组织学观察,黑色素在胎儿黑色皮肤组织表皮里沉积很明显,毛乳头、毛母质部位均有黑色素沉积。相反,白色皮肤组织中没有黑色素沉淀;2)RNA-seq筛选毛色产生差异的相关基因,共鉴定出660个基因,其表达量在黑白2个不同颜色皮肤组织中存在显著差异(P<0.05),其中197个基因在蒙古马胎儿黑色皮肤组织表达量较高,59个基因在蒙古马胎儿白色皮肤组织表达量较高。差异表达基因TYR、TYRP1、DCT、PAX3和DAPL1等富集到了黑色素生成通路。综上,胎儿时期蒙古马的毛色形成主要由黑色素形成相关基因决定,可为后期蒙古斑点马选育环节中对毛色的筛选提供科学理论依据。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张建一 梁春年 裴杰 郭宪 沈友明 阎萍
研究牦牛MITF-M基因编码区序列及其编码蛋白的结构,以及其在皮肤组织中mRNA的表达水平,探讨MITF-M基因与牦牛毛色形成相关性,以期为揭示牦牛毛色形成分子机理奠定基础。采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛MITF-M基因编码区序列。采用生物信息学方法,预测分析MITF-M基因及其编码蛋白的基本理化性质、二级结构等;采用半定量PCR检测技术,检测出MITF-M基因mRNA在牦牛各组织器官中表达水平;通过荧光定量PCR技术检测出在牦牛不同颜色皮肤组织中MITF-M基因mRNA表达水平。结果表明,扩增得到的MITF-M基因的编码区是一条长为1 460 bp的DNA序列。将牦牛的MITF-M...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李岩 廖和荣 李知勉 孙杰 李大全
目的为探讨外源性IGF-Ⅰ对绵羊皮肤中毛囊生长调控的影响。方法选取36只新疆细毛羊,随机分成6组。在每只绵羊的左、右两侧肩胛前部分别进行拔毛、剃毛处理。同时在左侧肩胛前部的拔毛、剃毛和正常区的交叉处注射0.5ml IGF-Ⅰ(10ng.ml-1),然后在第0、3、6、9、12、50天采取皮样。用RT-PCR方法,测定各皮肤中GHR、IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR、KAP3.2和KAP6-1的mRNA相对丰度。结果(1)IGF-Ⅰ可以下调正常皮肤中GHR基因的表达,对IGF-Ⅰ、IGF-ⅠR的表达没有显著的影响,能显著提高KAP3.2和KAP6-1的转录水平;(2)IGF-Ⅰ在3 d内可降低拔毛皮肤中...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘慧 张燕军 李金泉 张文广 王志新 张永斌 何云梅 蒋再平 丽春 冯林 王瑞军
【目的】研究褪黑激素对内蒙古绒山羊皮肤Bcl-2和Bax基因表达的影响,探讨Bcl-2和Bax基因以及褪黑激素与绒山羊绒毛生长和凋亡的关系。【方法】选用8只性别、体重、年龄一致的内蒙古绒山羊母羊,随机分为埋植组和对照组,提取皮肤总RNA,对Bcl-2和Bax基因mRNA表达进行相对定量分析。【结果】①Bcl-2和Bax基因在内蒙古绒山羊皮肤细胞中相对表达量比值(Bcl-2/Bax)的增减与绒山羊一年中绒毛生长、退行以及休止时间特点基本吻合;②褪黑激素对Bcl-2基因在内蒙古绒山羊皮肤中的表达无显著影响(P>0.05),但显著上调了Bax基因在各月份的表达(P<0.01)。【结论】褪黑激素显著下...
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