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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
杨雄 杨宁 袁启华 赵贵娟 李国雷 贾黎明 陈仲
【目的】白皮松作为我国濒危的乡土树种,具有重要的经济和园林观赏价值,为进一步开发和利用白皮松种质资源,本研究基于EST-SSR标记对北京地区3个不同种源地的白皮松群体遗传多样性开展评价。【方法】以白皮松转录组数据为依据,对其微卫星位点进行筛选并设计合成了96对引物,并对北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地(北京、山东、山西)的白皮松群体,共60个植株开展遗传多样性分析,对其群体内与群体间的遗传结构进行评价。【结果】96对引物中共筛选获得了5对多态性引物,其观察杂合度、期望杂合度、多态性信息含量和等位基因位点个数变化范围分别为0.203～0.433、0.211～0.530、0.187～0.484和2～5。3个白皮松样本群体中等位基因数量、有效等位基因数量、香农信息指数、观察杂合度和固定指数变化范围为2.400～3.000、1.516～1.761、0.484～0.606、0.295～0.362和-0.075～0.081,平均值分别为2.677、1.632、0.560、0.333和-0.007。遗传分化系数和基因流变化范围分别为0.021 6～0.115 3和1.399 6～11.340 0,平均值分别为0.090 2和2.521 2。AMOVA分析显示遗传变异主要来自于群体内,群体间差异较小,仅占据11%。【结论】本研究共获得了5对多态性的白皮松EST-SSR引物,可用于后续白皮松群体遗传多样性分析和分子标记辅助育种工作;北京温泉苗圃栽培收集的3个不同种源地的白皮松群体分析结果表明,当地现有收集的白皮松种源群体遗传相似度较高,在未来种质资源保存和苗木繁育工作中应考虑增加其他种源地的白皮松群体。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
田倩 刘双委 钮世辉 李伟
【目的】在白皮松全基因组范围内开发大量特异性SNP分子标记,为白皮松关键基因定位、分子标记辅助选择和种质资源评价提供足够多的分子标记资源。【方法】本研究以5个群体的共52份白皮松资源为材料,选择火炬松基因组为参考基因组,利用特异性位点扩增片段测序技术(SLAF-seq),在多态性SLAF标签上开发大量特异性SNP位点,并过滤出一批高质量SNP位点用于白皮松不同群体的遗传多样性分析。【结果】通过序列对比分析,共获得23 597 049个SLAF标签,其中具多态性的SLAF标签有370 659个,共开发得到1 291 290个白皮松群体SNP。在缺失率小于20%、次要等位基因频率(MAF)大于5%的条件下,对所有SNP位点进行过滤,共得到346 840个高一致性的白皮松群体SNP,占SNP总量的26.9%,其中包含9个仅在北京鹫峰(JF)群体中存在变异的SNP位点、148个仅在陕西蓝田(LT)群体中存在变异的SNP位点、425个仅在甘肃麦积山(MJS)群体中存在变异的SNP位点、1 466个仅在陕西午子山(WZS)群体中存在变异的SNP位点、4个仅在山西柏洼山(BWS)群体中存在变异的SNP位点。基于过滤后的346 840个SNP分子标记在5个白皮松群体中进行的遗传多样性分析表明,白皮松不同群体间的遗传多样性存在显著差异,其中MJS和WZS群体的遗传多样性水平相对较高,JF群体的遗传多样性水平相对较低。【结论】研究结果表明,利用SLAF-seq技术可以实现全基因组范围内大量SNP标记位点的开发,且开发的SNP标记在白皮松不同群体中表现出较为丰富的遗传多态性,为白皮松种质资源鉴定、QTL定位、遗传连锁图谱构建以及重要性状的关联分析等研究奠定了基础,对今后白皮松种质资源保护和分子标记辅助选择育种具有重要意义。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
赵罕 郑勇奇 李斌 张川红 林富荣 于雪丹 程蓓蓓 黄平
为探讨白皮松群体间遗传变异规律,使用7对EST-SSR引物对分布区内21个白皮松天然群体的遗传多样性及遗传分化水平进行了研究。结果表明:7对引物在21个白皮松天然群体的663个单株中共检测到14个多态性位点。各群体间有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s期望杂合度(Nei’s)分别为1.156 5 1.601 9、0.133 5 0.492 5、0.138 4 0.397 3、0.0860 0.342 8、0.084 6 0.337 4。白皮松群体间遗传分化系数(Fst)平均为0.215 2,基因流(Nm)值平均为0.911...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王金彦 潘丽娟 杨庆利 禹山林
利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaeaL.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTT/GAA重复出现的频率最大,分别占到...
关键词：
花生 EST SSR 频率 特点
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李珊珊 曾艳飞 何彩云 张建国
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SS
关键词：
沙棘 转录组 EST-SSR 引物
[期刊] 林业科学
[作者]
张新叶 宋丛文 张亚东 杨彦伶 黄敏仁
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究。首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列。共在10816个非重复序列中发现1604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%。在发现的1918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%。设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证。结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离。另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李东明 杨爱国 吴彪 孙秀俊 周丽青 刘寒苗 张广明
本研究以前期获得的栉江珧(Atrina pectinata)转录组数据为基础,筛选获得10550条微卫星标记(SSR),检出率为8.2%,平均9.01 kb出现1个SSR位点。设计并合成120对SSR引物,筛选得到36对能够稳定扩增的引物,并利用已获得的36对SSR引物对青岛海区栉江珧进行了群体遗传多样性分析。结果显示,12对引物的扩增片段表现出多态性,共产生42个等位基因,平均每个位点产生3.5个等位基因,平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为0.417、0
[期刊] 林业科学
[作者]
张圣 黄华宏 林二培 童再康
简单序列重复(Simple Sequence Repeats,SSR)标记是基于SSR中核苷酸单位串联重复次数不同而开发的一种分子标记技术,具有多态性丰富、呈共显性遗传、易于PCR检测,在基因组上分布均匀等特点(Powell et al.,1996)。直接利用现有的EST(Expressed Sequence Tag)序列开发SSR标记就是目前采用较多的一种策略。
关键词：
杉木 台湾杉 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾新平 邓衍明 孙晓波 梁丽建
为加速分子标记在鸟巢蕨研究中的应用，利用鸟巢蕨ＥＳＴ序列开展了ＥＳＴ－ＳＳＲ标记的开发和应用研究。利用ＭＩＳＡ软件对鸟巢蕨ＥＳＴ序列进行ＳＳＲ位点查找，分析ＥＳＴ－ＳＳＲ的总体特征，并利用ＰＲＩＭＥＲ ３．０软件设计４０对引物，选用１０份蕨类材料检测引物的多态性。从４２ ９０７条鸟巢蕨ＥＳＴ序列中检测到６ ０６７个ＳＳＲ位点，其出现频率为１／６．６２ ｋｂ，包括１０６种重复基元。在鸟巢蕨ＥＳＴ－ＳＳＲ中，二核苷酸重复（２ ８７３个，４７．３５％）是最主要的类型，其次是三核苷酸（１ １０７个，１８．２５％）和单核苷酸（９７２个，１６．０２％）。出现最多的重复基元是ＡＧ／ＴＣ（１ ３７１个，２２．．．．
关键词：
鸟巢蕨 分子标记 EST-SSR
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭磊 上官凌飞 房经贵 刘崇怀 于华平
从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%。二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的P...
关键词：
葡萄 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙海悦 郭瑞雪 王佳卉 盖钰卓 刘禹姗 董梅 李亚东
【目的】探讨越橘ＥＳＴ序列中ＳＳＲ位点的分布规律，开发越橘ＥＳＴ－ＳＳＲ引物，并分析其在越橘品种遗传多样性研究中的作用。【方法】以９１份越橘种质为材料，利用越橘果实转录组（ＲＮＡ－ＳＥｑ）的测序结果，通过ＳＳＲＩＴ在线搜索，利用ＰＲＩｍＥＲ ＰＲＥｍＩＥＲ ５．０软件设计３０对引物，并筛选扩增效果理想的引物，用筛选出的引物分析９１份种质的多态性，构建９１份种质的系统发育树。【结果】３４ ４６４条越橘ｕＮＩｇＥＮＥ序列中含有ＳＳＲ位点的序列有８２９条，ＳＳＲ位点有９１３个，其中二核苷酸、三核苷酸重复是主要的ＳＳＲ类型，分别占全部ＳＳＲ位点的１３．６９％和８１．２７％。不同核苷酸数目重复基元的重复．．．
关键词：
越橘 EST SSR 遗传多样性
[期刊] 华北农学报
[作者]
张国裕 张帆 姜立纲 翟伟卜 李海真
为利用SSR标记进行快速、准确的南瓜杂交种纯度分析,进行了南瓜EST-SSR标记的开发。从NCBI数据库下载1 457条南瓜属作物EST序列,去除冗余序列后进行SSR位点搜索,共得到215条含有SSR位点的EST序列。这些SSR位点包含111种重复基元,其中二核苷酸(62个,占28.84%)和三核苷酸(86个,占40.0%)重复类型占主导地位;重复基元中出现最多的是CT(21个,占9.77%),其次为TC(13个,占6.05%)和AAG(12个,占5.58%)。将215个SSR位点设计成EST-SSR引物后,随机合成了其中的43对引物。利用4份遗传背景差异较大的南瓜自交系对合成的43对引物进行...
关键词：
南瓜 EST-SSR 标记开发 杂种纯度
[期刊] 中国农业科学
[作者]
董清华 王西成 赵密珍 宋长年 葛安静 王静
【目的】探讨草莓EST序列中SSR位点的分布规律,开发草莓EST-SSR引物,并分析其在草莓品种遗传多样性研究中的应用。【方法】从NCBI公共数据库下载草莓表达序列标签(expressed sequence tag,EST)55 750条,利用MISA软件查找SSR位点,并利用Primer3.0 Plus软件设计60对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物进行克隆和测序,以验证其真实性。【结果】55 750条草莓EST序列含有SSR位点的序列1 334条,SSR位点1 490个。其中,二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,...
关键词：
草莓 EST SSR 遗传多样性
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