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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为研究白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）在中国不同地区的分子流行病学变异特征，对２０１４年１－８月期间在病害暴发区采集到的４８份ｐＣｒ检测阳性样本，用ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５引物扩增目的片段，连接转化已克隆目的片段，测序分析不同样本ｏｒＦ７５、ｏｒＦ９４和ｏｒＦ１２５重复序列数目的差异。结果显示，不同地区毒株ｏｒＦ７５的重复单元数目有４、１０、１１、１２、１３不等，ｏｒＦ９４的重复单元数目有４和１４，而ｏｒＦ１２５的重复单元数目有０、３、５、６、７不等。结果表明，流行在中国大部分地区的Ｗｓｓｖ存在一定程度变异，毒株间的变异在ｏｒＦ７５、ｏ．．．
关键词：
WSSV 流行病 ORF VNTR
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘晓娉 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段; ORF23/24只出现11 945 bp的缺失片段; ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45 bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性; ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性; ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
孙新颖 万晓媛 刘庆慧 黄倢
为了解中国不同地区白斑综合征病毒的流行变异情况，本研究取用２０１３年３—１２月从７个省市发病地区采集到的６４份ＷＳＳＶ阳性样本，以特异的引物扩增目的片段，通过测序分析不同样本的缺失及变异差异。结果显示，在开放阅读框ＯＲＦ１４／１５的扩增中，分别有６５３０ ｂｐ、６５３３ ｂｐ和５１３８ ｂｐ的片段缺失，而在ＯＲＦ２３／２４扩增中有１２０７０ｂｐ大片段的缺失，不同地区样本中未能成功扩增ＯＲＦ７５，而ＯＲＦ９４的重复单元数目分别为０、３、４、１２不等，ＯＲＦ１２５的重复单元数目为０、７。ＳＮｐ分析表明，含有３个重复单元的ＯＲＦ９４在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、Ｔ，重复单元数为４的在４８位的碱基为Ｔ、Ｔ、．．．
关键词：
WSSV ORF 缺失 变异 PCR
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
对虾养殖面临诸多病害威胁，对虾白斑综合征病毒（Ｗｈｉｔｅ ｓｐｏｔ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｖｉｒｕｓ，Ｗｓｓｖ）是养殖对虾主要病原之一，Ｗｓｓｖ不同地理株的变异可能导致Ｗｓｓｖ毒力的变化。为了解２０１４年中国大部分地区Ｗｓｓｖ ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４的变异情况，本研究选择２０１４年１月–８月期间采集的４８份Ｗｓｓｖ阳性样本，用特异引物扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４片段，连接于ｔ载体，转化至ｔｏｐ１０中，筛选阳性克隆，测序分析不同样本之间的缺失差异。结果显示，能够扩增ｏｒＦ１４／１５和ｏｒＦ２３／２４样品的比例分别为４３．７５％和３３．３３％。在ｏｒＦ１４／１５扩增中，分别扩增出．．．
[期刊] 海洋渔业
[作者]
蔡苗 孙新颖 刘庆慧 万晓媛 黄倢
为探究中国白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的分子流行病学变异情况,选取2016年1-7月从我国3省9市采集到的47份WSSV阳性样本,提取WSSV核酸后,使用特定引物对目的片段进行扩增,继而进行测序并分析比较不同地区样本的ORF14/15和ORF23/24序列缺失情况,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR及SNPs变化情况。结果显示,在ORF14/15的扩增中,有4种缺失片段,分别是6 540 bp、6 530 bp、5 950 bp和5 140 bp,而在ORF23/24扩增中则有3种大片段缺失,分别是12 073 bp、12 070bp和11 945 bp,在所有样本中ORF75的RUs数目分别为11、8、10、3,ORF94的RUs数目分别为5、7、8、11、14,ORF125的RUs数目为4、5、6。SNPs分析结果表明,ORF94片段中含有5个和8个RUs的在48位的碱基均为T,含有7个RUs的在48位的碱基为T、G、G、G、G、T、T,含有11个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、T、T、G、T、G、T、T,含有14个RUs的在48位的碱基为T、T、T、T、G、G、T、G、G、T、T、T、T、T,含有所有RUs数目的ORF125片段在8、18、25、66和69位置的碱基均为G、G、G、G和A,,而在9、50、53、61和63位的碱基则出现了4种变异。研究结果表明,2016年的样本中,WSSV毒株存在一定程度的变异情况。主要表现在ORF14/15和ORF23/24均出现了新的缺失片段,ORF75、ORF94和ORF125的VNTR以及SNPs变异情况也存在明显差异。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
薛晖 王晓丰 丁正峰 唐建清
为了解白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)在养殖克氏原螯虾(Procambarus clarkii)中的感染流行情况和分子流行病学特征,以及探讨不同病毒株间的遗传进化差异,2008年7月至2010年6月在江苏各主要克氏原螯虾养殖产区共采集了83份样品,应用环介导等温扩增技术(LAMP)检测42份样品为病毒感染阳性,阳性率达50.6%。在此基础上考虑地理和时间因素选取了兴化、盱眙等地的6份样品,PCR扩增、克隆了样品中所携带病毒的变异区和缺失区基因并对其进行了测序。分析结果显示,在变异区除兴化毒株为1 829 bp之外,其余各分离株间差异微小,均在1 4...
关键词：
白斑综合征病毒 变异区 缺失区 序列分析
[期刊] 淡水渔业
[作者]
杨星 刘文枝 马杰 周勇 范玉顶 曾令兵
试验扩增、克隆了在湖北地区采集的19份克氏原螯虾(Procambarus clarkii)白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)阳性样品的变异区ORF14/15和ORF23/24基因,通过测序比较分析了湖北各WSSV毒株与Gen Bank公布的标准毒株间在变异区ORF14/15及ORF23/24基因的差异性。结果显示,19份WSSV阳性样品中有部分样品在变异区扩增出ORF14/15、ORF23/24基因片段,变异区基因序列分析发现,与Gen Bank已公布的标准毒株
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
童桂香 黎小正 韦信贤 杨先乐 张益峰 吴祥庆 叶欣宇 黄国秋
为了解广西养殖凡纳滨对虾中白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)的感染流行情况,并探讨WSSV广西株缺失区ORF23/24基因的遗传进化差异及其与各地WSSV毒株间的遗传进化关系,2010年5月至2013年9月在广西凡纳滨对虾主产区北海、钦州和防城港共采集306份患病虾样品,应用世界动物卫生组织(OIE)推荐的套式聚合酶链式反应(nested-PCR)方法进行WSSV检测;选取第一轮PCR为阳性的53份样品进行缺失区ORF23/24基因的PCR扩增,并将12份阳性PCR产物进行克隆、序列测定与比较分析。结果显示:306份患病虾样品中有82份为WSSV感染...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李晓静 周恩民 赵钦 肖一红 马利宏
分析一株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)ORF5基因遗传变异情况及与国内外其他毒株比较为指导当地生产提供一定依据,通过常规病毒检测和分离方法,从2008年山东无名高热病猪送检样品肺部组织中检测并分离PRRSV。根据PRRSV美洲经典株VR-2332的ORF5基因设计特异引物,利用RT-PCR和基因克隆ORF5基因,分析其与国内外PRRSV毒株差异。经过细胞病变和间接免疫荧光检测证明所分离到的PRRSV是一山东地方流行毒株,命名为SD-4。通过分析ORF5基因序列及与其它毒株的比较,将北美...
[期刊] 水产学报
[作者]
邓灯 王伟继 刘萍 孟宪红 孔杰
卤虫是虾、蟹苗种培育的关键动物性饵料,查清其能否携带白斑综合征病毒,对培育健康苗种至关重要。2002年7月至10月,自盐田中取野生卤虫,经暂养后选20尾抱卵雌虫,每尾置1个烧杯中,投喂单胞藻,产卵后取出亲体;20d后,每个烧杯中取5尾子一代个体,利用巢式体外DNA扩增技术对亲体和子一代成体进行WSSV病毒检测。检测结果显示:卤虫中可扩增出特异性的、与引物设计吻合的DNA片段;DNA测序分析表明,扩增片段的DNA序列与白斑综合征病毒序列一致;野生卤虫携带白斑综合征病毒的阳性率为58%,实验条件下野生卤虫后代的阳性率为43%;同一家系中,亲代与子代携带病毒的情况不完全一致,不能确定白斑综合征病毒可...
关键词：
白斑综合征病毒 卤虫 巢式聚合酶链式反应
[期刊] 水产学报
[作者]
沈锦玉 袁军法 潘晓艺 曹铮 顾志敏 尹文林 石正丽
The cultivation of redclaw crayfish(Cherax quadricarinatus) is developing in recent years.The disease of Cherax quadricarinatus was one of the major factors in its culture and even caused redclaw crayfish to die.The viral disease was found in polyculture of redclaw crayfish with Penaeus vannamei.Hae...
关键词：
红螯螯虾 杆状病毒 病毒检测
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李战军 孟宪红 孔杰 单从文 罗坤 栾生 常亚青
对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)能否产生类免疫保护作用进行了初步探讨。将健康的中国对虾接种经不同辐照强度γ射线灭活的白斑综合征病毒(white wpot wyndrome virus,WSSV),连续投喂接种20 d后,对其存活个体进行抗WSSV性能测试,检验其存活情况。结果显示,至216 h实验组(射线辐照剂量分别为5 kGy、10 kGy、15 kGy和20 kGy)存活率分别为45.5%、54.2%、68%和65.4%,存活对虾的病毒携带量分别为(14.0±11.9)、(14.1±4.3)、(24.5±15.0)和(15.1±7.8)copies/ng DN...
关键词：
中国对虾 类免疫 γ射线 白斑综合征病毒
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩一超 刘文俊 姚敬明 吴忻 王娟萍 武守艳 陈剑波 孟帆 郭慧慧 杨丽华 雷宇平 樊振华
采用RT-PCR方法,分段扩增出猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)Shanxi-6株15个基因片段,并将这15个片段分别连接到pMD18-T载体上进行克隆测序、拼接后,得到PRRSV Shanxi-6株全基因组长15 320 bp(不包含PolyA尾),包含9个开放阅读框,5'UTR长189 bp,3'UTR长150 bp。基因组序列分析结果表明,Shanxi-6株与欧洲型代表毒株LV的核苷酸序列同源性为54.35%,与美洲型代表毒株VR-2332的核苷酸序列同源性为88.80%,与HPPRRSV毒株(JXA1、HUN4、HuN、HUB1)亲缘关系最近,核苷酸序列同源性高达97.44%~97...
关键词：
猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因组 序列分析
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
冯亚萍 孔杰 罗坤 栾生 曹宝祥 刘宁 卢霞 曹家旺 王明珠 王军 孟宪红
[期刊] 水产学报
[作者]
邓康裕 史晓丽 张莹雪 孟宪红 孔杰 罗坤 栾生
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因ＣＤＮＡ序列全长，并对该序列进行分析。结果显示，中国明对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２基因全长为１５１７ ｂｐ，开放阅读框长９２４ ｂｐ，５＇非编码区长７８ ｂｐ，３＇非编码区长５１５ ｂｐ，命名为ＦＣＣＡｓｐ２。推测该基因编码３０７个氨基酸，预测分子量为３４．２１ ｋｕ，理论等电点为７．６２。同源性和系统进化分析发现，ＦＣＣＡｓｐ２基因与凡纳滨对虾ＣＡｓｐＡｓＥ２和斑节对虾ＣＡｓｐＡｓＥ的相似性分别为８８％和８０％，与其他节肢动物ＣＡｓｐＡｓＥ家族基因聚为一类。荧光定量ＲＴ－ｐＣＲ结果显示，ＦＣＣＡｓｐ２基因在肝胰腺中的相对表达量最高，在肌肉中表达量．．．
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