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[期刊] 西南农业学报
[作者]
许娟 石云平 韦绍龙 苏祖祥 林茜 桂杰 胡一凤 李小泉
【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
白及 GMP 基因克隆 序列分析
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟1 2 周文化2 张党权1 陈丽莉1 陈 容1 龚建平3
摘 要：为了克隆分离月月桂 AACT（乙酰辅酶 A 酰基转移酶）全长基因，并研究其基因特征和蛋白结构，以月月桂花瓣 RNA 为模板，通过反转录 PCR 及 RACCE 技术分离克隆 AACT 全长。再利用 NCBI 网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析，并对 10 个物种的 AACT 氨基酸进行多重比对，对基因进行进化分析。分离克隆出 AACT 基因的 cDNA 序列长为 1580bp,编码 405 个氨基酸，该蛋白质相对分子质量为 41347.89D，等电点为 5.66，其中 Ala 含量最高为 14.53%，平均疏水值为 0.21...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吕爱丽 刘洪博 李旭娟 吴才文 刘新龙 曾千春
【目的】独脚金内酯是近年来发现的一种新型激素,能够有效抑制植物分枝(蘖),在其信号转导途径中MAX2/RMS4/D3基因扮演着十分关键的作用。为了研究该基因在甘蔗分蘖性状表现中的功能作用具有重要意义。【方法】本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆出其同源基因(ScF-box)的c DNA全长,并对其序列和编码蛋白开展生物信息学分析。【结果】ScF-box基因的c DNA全长为2642 bp(KR870233),具2103 bp的开放阅读框(ORF,1132215 bp),编码700个氨基酸;蛋白质分析表
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟 周文化 张党权 陈丽莉 陈容 龚建平
为了克隆分离月月桂AACT(乙酰辅酶A酰基转移酶)全长基因,并研究其基因特征和蛋白结构,以月月桂花瓣RNA为模板,通过反转录PCR及RACCE技术分离克隆AACT全长。再利用NCBI网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析,并对10个物种的AACT氨基酸进行多重比对,对基因进行进化分析。分离克隆出AACT基因的cDNA序列长为1580bp,编码405个氨基酸,该蛋白质相对分子质量为41347.89D,等电点为5.66,其中Ala含量最高为14.53%,平均疏水值为0.215,属Cond-enzymes超家族。氨基酸序列比对中,胡黄连、假马...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 李达 苏锐 马月辉 关伟军 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】克隆绵羊YAP1基因cDNA并分析其序列及其蛋白的遗传特性及其在不同组织中不同程度的表达情况。【方法】以湖羊为研究对象,利用RT-PCR和RACE技术获得绵羊YAP1序列,并结合生物信息学方法对绵羊YAP1的序列进行深入分析。【结果】从湖羊背最长肌中克隆YAP1基因的全长cDNA序列;利用生物信息学技术,对绵羊YAP1基因与其它物种的同源性,蛋白质序列的跨膜区,亚细胞定位,亲水性,潜在信号肽剪切位点,糖基化位点,磷酸化位点,编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构,三级结构等进行分析。【结论】克隆获得绵羊YAP1基因序列全长为1 712 bp,包括1 212 bp的编码区序列,...
关键词：
绵羊 YAP1 克隆 生物信息学 表达
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
郑玉娟 周文化 张党权 陈丽莉 陈容 龚建平
为了克隆分离月月桂ＡＡＣＴ（乙酰辅酶Ａ酰基转移酶）全长基因，并研究其基因特征和蛋白结构，以月月桂花瓣ＲＮＡ为模板，通过反转录ＰＣＲ及ＲＡＣＣＥ技术分离克隆ＡＡＣＴ全长。再利用ＮＣＢＩ网站及生物信息学软件对其碱基分布、氨基酸组成、亲疏水性、二级结构、保守区及三级结构进行预测和分析，并对１０个物种的ＡＡＣＴ氨基酸进行多重比对，对基因进行进化分析。分离克隆出ＡＡＣＴ基因的ＣＤＮＡ序列长为１５８０ＢＰ，编码４０５个氨基酸，该蛋白质相对分子质量为４１３４７．８９Ｄ，等电点为５．６６，其中ＡｌＡ含量最高为１４．５３％，平均疏水值为０．２１５，属ＣｏＮＤ－ＥＮｚｙｍＥｓ超家族。氨基酸序列比对中，胡黄连、假马．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
高贵田 陈克平 姚勤 徐家萍 王林玲 陈慧卿
目的克隆家蚕eIF2α全长cDNA,分析家蚕抗BmDNV-Z品系、感性品系eIF2α的点突变。方法利用荧光差异显示技术,在易感浓核病毒中国镇江株(BmDNV-Z)的家蚕品系华八中获得感性特异条带G13-1b650,通过电子延伸,设计特异引物验证。结果克隆了家蚕eIF2α(BmeIF2α)全长cDNA。其全长为1100bp(GenBank登录号:DQ073458),ORF框为999bp,编码332个氨基酸。BmeIF2α蛋白与草地贪夜蛾eIF2α蛋白同源性高达94.3%。具有保守的磷酸化位点S(51)R(52)R(52)R(54)R(56)K(60)R(63)。BmeIF2α有推定的3个蛋白激酶...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金方园 徐红伟 达小强 柏家林 冯玉兰 臧荣鑫 杨具田
【目的】克隆兰州大尾羊过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor gamma,PPARG)基因,分析其序列及编码蛋白的生物学特性,阐明PPARG基因在绵羊中的生物学作用,为生产应用提供理论依据。【方法】根据绵羊PPARG基因CDS序列设计特异性引物,利用RACE和RT-PCR技术克隆获得兰州大尾羊PPARG基因序列,结合生物信息学方法分析其生物学特性。【结果】克隆获得兰州大尾羊PPARG cDNA序列全长1 774 bp(GenBank序列号:KF727439),其CDS区片段长1 428 bp,编码475个氨基酸,编码区两...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
王辉 叶晓霞 朱宇林 项文化 周兴文
为深入研究金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理,在成功提取金花茶花瓣总RNA的基础上,利用同源克隆和RACE技术克隆得到了异戊烯焦磷酸异构酶基因的cDNA序列全长,命名为CnIPI。碱基序列分析表明:CnIPI基因全长916 bp,包含有一个长度为747 bp编码248个氨基酸的开发阅读框。生物信息学分析表明:该基因编码的CnIPI蛋白质分子量为27.97 kD,为稳定亲水性蛋白,无信号肽;CnIPI蛋白的二级结构以无规则卷曲为主,β-折叠所占比例最少;CnIPI蛋白含有一个典型的异戊烯焦磷酸异构酶结构域。氨基酸序列同源性分析结果表明:CnIPI蛋白与茶、月季、杜鹃等植物IPI蛋白的同源性高于86%。CnIPI基因的克隆使全面理解金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子途径取得了新的突破,为进一步深入研究CnIPI基因的功能及金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理奠定了良好的理论基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
【目的】克隆猴头菌ＣＢ１锰过氧化物酶（Ｍｎ Ｐ）基因，用于分析Ｈｅ－ＭｎＰ１基因及蛋白序列、基因的结构与功能，为研究猴头菌Ｍｎ Ｐｓ基因功能、转录调控和构建优良工程菌株提供参考。【方法】根据Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中已报道的白腐菌Ｍｎ Ｐｓ基因Ｃ Ｄｎａ序列的保守区域设计引物，采用简并ＰＣＲ、逆转录ＲＴ－ＰＣＲ、Ｃ Ｄｎａ末端的快速扩增（ＲａＣｅ）等方法扩增出全长Ｃ Ｄｎａ基因序列，命名为Ｈｅ－ＭｎＰ１（Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ＨＭ１１６８４１．３），并对其猴头菌Ｈｅ－ＭｎＰ１基因进行生物信息学的分析。通过ｎＣＢＩ数据库进行ＢＬａｓＴ同源搜索；ＯＲＦ ＦＩｎＤｅＲ查找该基因的完整开放阅读框（ＯＲＦ）；．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
尹立伟 池玉杰
【目的】克隆猴头菌CB1锰过氧化物酶(Mn P)基因,用于分析He-mnp1基因及蛋白序列、基因的结构与功能,为研究猴头菌Mn Ps基因功能、转录调控和构建优良工程菌株提供参考。【方法】根据Gen Bank中已报道的白腐菌Mn Ps基因c DNA序列的保守区域设计引物,采用简并PCR、逆转录RT-PCR、c DNA末端的快速扩增(RACE)等方法扩增出全长c DNA基因序列,命名为He-mnp1(Gen Bank登录号为HM116841.3),并对其猴头菌He-mnp1基因进行生物信息学的分析。通过NCBI数据库进行BLAST同源搜索;ORF Finder查找该基因的完整开放阅读框(ORF);...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吕娟娟 王进军 高新菊 沈慧敏
【目的】克隆二斑叶螨(Tetranychus urticae)的乙酰辅酶A羧化酶(Acetyl-CoA carboxylase,ACCase)基因,对其进行生物信息学分析并研究其在二斑叶螨敏感和抗性品系中的表达量。【方法】利用RT-PCR技术克隆ACCase基因的cDNA全长,采用生物信息学软件分析克隆基因的编码蛋白特性;利用实时荧光定量PCR方法分析ACCase基因在二斑叶螨敏感和抗螺螨酯品系中的表达差异。【结果】ACCase基因(GenBank登录号:JX424763)的开放阅读框长度为7 068 bp,编码2 235个氨基酸,分子量约为266.35 kD,理论等电点为6.38,包含典型的...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张帅 王崇明 岳志芹 宋晓玲 白昌明 尹伟力 黄倢
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘虎岐 刘应保 宋云鹏 段晓雷 程鸟鸟
【目的】克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关视蛋白基因,并进行生物信息学分析,为阐明视蛋白基因的抗性机制及研制新型卫生杀虫剂奠定基础。【方法】依据库蚊抗性与敏感品系差异表达的EST片段设计PCR引物,采用RACE技术克隆淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-OP全长cDNA序列,并对其生物信息学进行分析。【结果】获得了长度为1 402 bp的淡色库蚊氯菊酯抗性相关基因PR-OP全长cDNA,其编码383个氨基酸。生物信息学分析结果表明,该基因编码蛋白为具有7个跨膜螺旋的膜蛋白,其保守域与视紫红质家族的保守域一致,该蛋白还具有2个信号肽切割位点和18个磷酸化位点。系统进化分析表明,该基因与淡色库蚊溴氰菊酯抗性相...
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