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[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 张鹤山 宋康杰 赵泽宇 许本波 刘洋
本研究旨在了解白三叶(Trifolium repens) SSR位点信息和序列特征,开发多态性SSR引物,区分20份白三叶材料。对白三叶不同颜色的花瓣进行转录组(RNA-seq)测序,并根据转录组测序结果中的SSR位点批量设计引物,随机选择60对引物进行多态性验证,选择多态性高的引物指纹图谱构建。结果表明,白三叶转录组中含有SSR位点的序列有24 960个,出现频率为13.25%,平均约5.29 kb出现1个SSR位点;白三叶转录组SSR重复碱基类型有6种,其中三碱基重复占比最高(33.70%),其次为双碱基(28.26%)和单碱基重复(25.02%),其他碱基重复类型较低,仅占总SSR的9.01%。A/T (24.85%)、AG/CT (16.48%)和AAG/CTT (8.89%)分别为单碱基到三碱基的优势重复单元;单碱基至六碱基各基元重复次数集中在4～21次,占总数量的98.11%;序列长度变化在12～35 bp,占总数的96.43%;根据SSR位点序列设计出18 594对引物,占总SSR的74.50%;60对随机引物中能扩增出条带的有52对,多态性引物17对,分别占86.7%和32.7%;以多态性较高的5对引物构建的白三叶指纹图谱,能够有效地将20个不同白三叶品种区分开。本研究中白三叶转录组SSR位点分布频率高,类型丰富,具有较高的多态性,在白三叶遗传多样性分析、分子标记辅助育种和指纹图谱构建中具有较大的应用潜力。
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
黄耀辉 张超 周莉花 赵宏波
夏蜡梅Sinocalycanthus chinensis是中国二级濒危植物。为了开发基于夏蜡梅转录组序列的表达序列标签SSR(EST-SSRs)引物,从夏蜡梅转录组数据库组装的125 014条unigene序列中检测到26 564个简单重复序列(SSRs),平均密度为5.18 kb,最丰富的类型是2碱基重复、单碱基重复和3碱基重复,分别占总SSRs的42.43%,29.50%和23.25%,其中主导类型是(AG/CT)_n。利用L_(16)(45)正交试验获得夏蜡梅的最优简单重复序列-聚合酶链式反应(SS
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘玉林 李伟 董树斌 沐先运 张志翔
【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
[期刊] 草业科学
[作者]
张婷婷 刘洋 张鹤山 许本波
为研究白三叶类黄酮合成途径的关键基因TrCHI在白三叶(Trifolium repens)花色形成中的作用，以白三叶野生型和红花突变体为材料，通过同源克隆得到TrCHI基因并进行转录分析和CHI酶活性测定。结果表明，白三叶野生型TrCHI基因开放阅读框长660 bp，编码219个氨基酸，其红花突变体TrCHI开放阅读框长度为669 bp，编码222个氨基酸。7处氨基酸突变包括：第13号位的谷氨酸突变成天冬氨酸，第75号位的谷氨酸突变成谷氨酰胺，第154号位的丝氨酸突变成苏氨酸，第218号位的赖氨酸突变成精氨酸，并在末尾增加了甘氨酸、蛋氨酸和赖氨酸。进化分析发现，CHI基因进化具有物种保守性，Tr CHI属于Ⅱ型CHI。花瓣、根和叶柄中，红花突变体TrCHI转录水平显著高于野生型；但在茎、叶和花梗中，红花突变体TrCHI基因转录水平低于野生型。突变体花瓣中CHI酶活性极显著高于野生型(P <0.001)。推测白三叶突变体的红花表型与TrCHI基因突变并对白三叶中的类黄酮化合物的合成调控有关。本研究为进一步研究TrCHI在白三叶上的潜在功能提供了一定的价值。
[期刊] 华北农学报
[作者]
周萌 宋维希 鄢文光 李晓霞 陈继伟 夏丽飞 梁家斌 陈林波
以稀有茶树品种紫娟茶为研究对象，进行ＳＳＲ引物开发的研究，从紫娟茶叶片转录组中筛选重复基元最多的ＳＳＲ，设计并筛选紫娟茶的ＳＳＲ引物。通过从已测序的紫娟茶叶片转录组中设计ＳＳＲ引物共８７对，通过对紫娟茶以及随机采摘的３份不同品种茶树提取ＤＮＡ后进行ＰＣＲ扩增，１％琼脂糖凝胶电泳分析，在紫外凝胶成像仪中观察拍照，判断是否扩增出目标条带。通过试验筛选出可以扩增出清晰目标条带的引物６３对，有效率达７２．４％，其中有３３对表现出多态性，占有效ＳＳＲ引物的５２．４％。结果表明，从紫娟茶叶片转录组中设计引物是可行的。下一步研究将从这６３对引物中开发紫娟茶的特异引物。
关键词：
紫娟茶 SSR 引物开发
[期刊] 草业科学
[作者]
贾彤 马赛男 雍斌 张艳 吴星 李州 彭燕
R1-MYB是MYB转录因子家族中的一亚类,可能参与植物非生物胁迫应答。通过RT-PCR和RACE技术,在白三叶(Trifolium repens)中成功克隆出一个MYB转录因子TrMYB1R1,基因全长1 403 bp,编码297个氨基酸残基。通过生物信息学分析,发现TrMYB1R1蛋白含有一个MYB结构域,属于MYB-related蛋白,保守域形成3个α-螺旋;亚细胞定位预测该蛋白可能位于细胞核中。同源进化分析结果显示TrMYB1R1蛋白和豆科植物MYB蛋白亲缘较近,蛋白进化符合植物进化分类。非生物胁迫和外源激素处理结果表明,该基因在白三叶根和叶中均受到诱导调节。在聚乙二醇(PEG)水分胁迫、镉胁迫、4℃冷处理及35℃高温处理下,白三叶TrMYB1R1表达受到抑制,且该基因对镉、冷及热处理响应强烈,对PEG处理响应较弱;而在NaCl胁迫处理下该基因受到诱导表达;同时,脱落酸(ABA)处理前期抑制TrMYB1R1表达,但细胞分裂素(CTK)显著诱导该基因表达。这些结果表明,该基因可能参与多种非生物胁迫应答并可能受激素调控,但对TrMYB1R1在白三叶中的功能及调控作用仍需进一步研究。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
童海浪 张华健 李健 邓红达 韩志强
【目的】传统的油茶育种工作效率低、周期长，分子标记辅助育种已成为推动油茶遗传改良的必要方法，对油茶基因组SSR位点进行整体统计分析，为提高油茶的选育效果、缩短选育周期提供了一条有效途径。通过对四倍体油茶基因组SSR位点进行搜索，统计分析其基因组SSR序列的分布模式及特征，获得优质、有价值的SSR分子标记位点，为进一步开展油茶品种的遗传分析、分子标记辅助育种、指纹鉴定等研究工作提供便利条件。【方法】本研究基于已获得的四倍体油茶全基因组数据，使用MISA软件全面搜索基因组中1～6核苷酸各重复类型的SSR位点，统计分析其分布模式及特征，通过Primer3.0软件进行批量SSR引物设计。【结果】在全长为11 069 152 038 bp的四倍体油茶全基因组中共搜索到不同类型SSR位点6 254 681个，一共鉴定出463个不同重复基元，平均1.77 kb出现一个SSR位点；出现频率最高的是单核苷酸重复类型SSR位点，占比62.08%，六核苷酸重复类型SSR位点数量最少，仅占比0.46%；在四倍体油茶基因组SSR序列中A、T碱基占据绝对优势，而G、C含量较少，具有碱基偏好性。四倍体油茶基因组各类型SSR序列的整体长度区间为10～187 bp，平均长度15.57 bp；除单核苷酸重复类型，长度≥20 bp的SSR序列占全部SSR序列的15.75%，其中二、三、四核苷酸三种重复类型SSR长度变异程度显著高于五、六核苷酸重复类型，因此，二、三、四核苷酸重复类型为设计SSR引物的主要标记来源；基于四倍体油茶基因组SSR位点数据，共开发引物1 358 248对。【结论】本研究首次对四倍体油茶全基因组中SSR位点的分布模式与特征进行整体统计分析，并批量开发SSR引物，为油茶分子标记辅助育种提供参考。
关键词：
四倍体油茶 基因组 SSR 核苷酸
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋小刚 周武先 王华 由金文 张美德
【目的】探究川党参转录组SSR位点信息和分布特征。【方法】对川党参叶片进行转录组测序，通过MISA软件鉴定川党参转录组序列SSR位点，并对含有SSR位点的Unigenes进行功能注释。采用Primer 3.0设计EST-SSR引物，基于不同产地的川党参种质DNA模板，验证EST-SSR引物的扩增稳定性。【结果】从川党参转录组序列中共鉴定124 179个Unigene,其中26 084个Unigene序列包含35 827个SSR位点，SSR发生频率为21.01%。这些SSR位点共有165种SSR重复基元类型，从重复基元分布比例来看，单核苷酸重复基元A/T占SSR位点总数比例最高，为37.59%;从核苷酸重复基元平均距离来看，五核苷酸平均距离最大，为1288.54 kb;从基元重复次数比例来看，重复10次的最多，有7722个，占SSR总数的21.55%。川党参转录组SSR序列长度集中在12～19 bp,共19 628个，频率为54.79%, SSR长度在20 bp以上的潜在多态性位点有6933个，占总数的19.35%。筛选出27对扩增稳定的SSR引物，对川党参基因组DNA进行扩增，扩增片段大小范围为124～393 bp。基于不同产地川党参种质资源的基因组DNA模板，筛选了部分多态性标记，扩增条带清晰，多态性较好。此外对26 084个含有SSR序列的Unigenes进行Go和KEGG注释，这些Unigenes极显著富集于转录调控、DNA结合、催化、信号转导等生物过程。【结论】川党参转录组SSR序列具有较高的潜能多态性，挖掘的潜能SSR标记将为川党参遗传多样性分析、种质鉴定、辅助育种等提供研究基础。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孟玮 蒋艳琳 张林 杨天燕 周剑光
为开展江鳕(Lota lota)遗传多样性、系统分化分析,开发有效分子标记,采用转录组测序RNA-seq方法,挖掘江鳕微卫星标记。结果显示:通过聚类、从头组装和拼接,获得Unigene共计106 084条。所有的Unigene中,共识别17 619个SSR位点,包含SSR位点的Unigene序列数量为10 893条,占总Unigene的10.27%。江鳕转录组中SSR含量较为丰富,一至六核苷酸重复类型均存在。其中,单核苷酸重复类型的数量最多(7 102个),占总SSR位点数的40.31%。江鳕转录组SSR位点中,以10次重复次数最多,达2 788个位点,占总SSR位点的15.82%。江鳕转录组SSR的片段长度从10～66 bp均有分布,大部分集中在10～24 bp,占SSR总数的87.24%。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李响 杨楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
从蜡梅转录组数据库组装的83 257个Unigene中分析得到11 868个1~6核苷酸重复的EST-SSR候选位点。在所有序列中,10 284个序列存在EST-SSR位点,SSR的发生频率为12.35%,转录组序列中平均每5 kb长度就有1个SSR位点分布,1 370个Unigene含有2个以上的SSR位点,634个位点以复合的重复形式出现。其中2核苷酸重复和3核苷酸数量最多,分别占总数的44.81%和26.20%。重复基元类型共206种,其中最多的类型为2核苷酸重复AGCT,占总数的39.85%,其次为3核苷酸重复AAGCTT,占总数的11.54%。针对所有EST-SSR位点共过滤出7...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
余兴华 杨艳梅 李玉祥 陶永宏 孟凡来 滕娟
【目的】为解决八角（Illicium verum）缺乏的SSR分子标记，以八角转录组数据为基础，开发EST-SSR分子标记，揭示其在转录组序列中的分布类型及特征，为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点，并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计，采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性，应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点，含一个EST-SSR 位点的占比为11.11%，含2个或2个以上EST-SSR 位点的占比为3.13%，复合SSR位点的占比为2.09%。SSR 发生频率为14.24%，平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中，二核、三核苷酸是主要重复类型，二核苷酸重复中以AG/CT占比最高，为46.03%，三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高，为16.58%，四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4～40次，其中5次重复数最多，占比22.58%，再者为6次重复，占比19.83%；微卫星的长度分布为12～80 bp，其中12～15 bp的最多，占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物，其Na为3～8、Ho为0.13～0.88、He为0.54～0.88、Ne为2.03～5.82、I为0.83～1.84、引物多态性信息量指数为0.43～0.81，平均值为0.63，表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性，遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的，其引物具有特异性好、多态性高等优点，开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王且鲁 刘奕 宋红梅 汪学杰 刘超 牟希东 胡隐昌 罗建仁
利用ＭＩＳＡ软件对双须骨舌鱼（ＯＳｔｅＯｇｌＯＳＳｕＭ ｂＩｃＩｒｒｈＯＳｕＭ）性腺转录组测序获得的１８８ ４６１条ｕｎＩｇｅｎｅ进行ＳＳｒ检测，结果在１１ ９１７个ｕｎＩｇｅｎｅ中共检测到ＳＳｒ位点１２ ５７８个，其中包含２个及以上ＳＳｒ位点的ｕｎＩｇｅｎｅ有６３３个。ＳＳｒ的发生频率为６．３２％，平均分布距离为９ ９４９ ｂｐ。在筛选到的ＳＳｒ位点中，优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸，其中二核苷酸重复基序数量最多，占总数的５０．５２％。重复基元类型共２１６种，其中数量最多的类型为二核苷酸重复Ａｃ／ｇｔ，占总数的２０．６６％。从所有筛选出的ＳＳｒ位点中随机选取５０个位点并运用ｐｒＩ．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李 响 杨 楠 赵凯歌 陈玉星 唐锐君 陈龙清
[期刊] 林业科学
[作者]
张振 张含国 莫迟 张磊
【目的】红松已开发的分子标记缺乏共显性的遗传标记,尚不能满足分子标记辅助育种的需要。利用转录组数据开发SSR标记目前仍然是较为经济高效的DNA分子标记开发策略,本研究利用高通量测序技术开发红松EST-SSR标记,掌握其在转录组序列中的分布类型及特征,为红松的SSR多样性分析及变异分析提供基础。【方法】利用SSR检索程序从红松转录组41 476条Unigenes中筛选得到1 757个SSR位点,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计合成101对SSR引物,采用琼脂糖电泳初步检查和聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测方法确定引物的多态性,并收集扩增产物,送测序验证,最终开发出16对SSR引物。合成...
关键词：
红松 转录组 EST-SSR 遗传多样性
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王艺儒 索玉静 傅建敏
[目的]对小果甜柿果实转录组中的SSR、SNP和InDel位点进行分析,为开发中国甜柿特异性分子标记、早期鉴定和遗传多样性分析奠定基础。[方法]以中国甜柿传统小果类型种质为材料,在果实发育的5个时期采样,抽提RNA,采用MISA和GATK3软件对小果甜柿果实转录组进行SSR、SNP和InDel位点特征分析。[结果]在小果甜柿果实转录组中共发现42 427个SSR位点,分布于26 928条unigenes上,发生频率为31.52%;在重复基元类型中,单碱基重复数量最多,六碱基重复最少,其中出现频率最高的基元为A/T,占总SSR数量的40.91%;各类型重复基元的重复次数集中在5～20次,SSR序列长度介于10～74 bp。共检测到1 070 614个SNP位点和167 924个InDel位点,其中SNP位点平均每kb出现11.46个,InDel位点平均0.556 kb出现1个,且均以含1个位点的unigenes数最多。[结论]小果甜柿转录组中SSR、SNP和InDel位点丰富,具有潜在较高的多态性,有助于后续中国甜柿特异性分子标记的开发。
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