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[期刊] 华北农学报
[作者]
王鹏 田哲娟 赵雪芳 康忱 吴志明 李亚栋 黄冀楠
钙调蛋白是植物体内一种重要的Ca~(2+)受体蛋白，在钙信号途径及抗逆反应中发挥着重要作用。为研究番茄CaM蛋白在低温胁迫下的作用机制，以番茄品种Heinz1706、LA3969、冀粉2号、冀粉3号和农博粉霸15为材料，克隆得到了番茄钙调蛋白基因SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5,并进行序列分析和启动子区顺式作用元件分析；利用qRT-PCR技术分析SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5在不同番茄品种中15,5℃低温胁迫下的表达模式，并结合RNA-seq数据分析组织特异性表达情况。结果显示，SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5的CDS序列均为450 bp,三者相似度为93.63%;所编码的氨基酸序列完全相同，属酸性稳定亲水蛋白，具有典型的CaM蛋白保守结构域。启动子顺式作用元件分析表明，3个基因的启动子区除含有必需的核心元件外，还含有多种生物及非生物胁迫响应元件，并呈现互补模式分布。不同程度低温胁迫表达模式分析表明，15℃胁迫下，SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5基因在5种番茄材料中的表达模式均呈现出先降低后升高的趋势，其中SlCaM5基因的表达量升高更为显著；5℃胁迫下，SlCaM3、SlCaM4基因的表达水平变化不明显，而SlCaM5基因在处理后期表达量显著升高；表明SlCaM5在低温下维持着CaM蛋白的翻译水平。SlCaM3、SlCaM4和SlCaM5基因在Heinz1706不同组织中的特异性表达情况显示，SlCaM3和SlCaM4在分生组织中具有较高的表达，而SlCaM5基因在不同组织中表达水平差异不明显。
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏丽艳
为解析番茄乙烯受体基因SlETR6在非生物胁迫过程中的功能。以番茄为材料,克隆了番茄SlETR6基因,利用MEGA 5. 0软件对SlETR6基因编码的蛋白进行了聚类分析,并利用实时荧光定量PCR分析了SlETR6基因在番茄根、叶、花、果实不同发育时期的组织表达情况及对其在高盐、高温(40℃)、低温(4℃)、干旱胁迫条件下的表达模式。结果表明,SlETR6基因开放阅读框(Open reading frame,ORF)为2 265 bp,编码754个氨基酸,蛋白质分子质量为85. 05 ku,等电点为7. 28,与马铃薯St ETR-like蛋白的同源性最高;启动子分析显示,SlETR6基因含有热胁迫、干旱胁迫、低氧胁迫、光响应、乙烯、水杨酸及赤霉素应答等相关的顺式作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,SlETR6在番茄不同组织中均有表达,且在花和转色期果实中有显著高表达。高盐胁迫6 h后,SlETR6基因呈现上调表达,12 h后达到峰值,而后回复正常表达水平;高温胁迫后,SlETR6基因表达量有明显的上升趋势;干旱胁迫早期SlETR6基因应答强烈,在胁迫处理1 h后表达量达到峰值。因此,推测SlETR6基因可能在番茄适应高盐、高温、干旱等逆境胁迫过程中发挥重要作用,可能参与番茄生长发育过程中的逆境调控。为番茄抗逆研究提供了新的候选基因资源。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
颜廷帅 罗庆 彭抒昂
以柑橘砧木枳［Ｐｏｎｃｉｒｕｓ ｔｒｉｆｏｌｉａｔａ（ｌ．）ｒａｆ．］为材料，克隆Ｂｏｒ基因家族５个成员（ＰｔｒＢｏｒ１、ＰｔｒＢｏｒ２、ＰｔｒＢｏｒ３、ＰｔｒＢｏｒ４、ＰｔｒＢｏｒ５），并用ｑｒｔ－Ｐｃｒ技术检测了基因在缺硼胁迫下的表达。结果表明：５个Ｂｏｒ基因的ｏｒｆ长度分别为２ １４５、２ １３３、２ ２１１、１ ９９８和２ ０３４ＢＰ；氨基酸多序列比对发现ＰｔｒＢｏｒ１、ＰｔｒＢｏｒ２和ＰｔｒＢｏｒ３具有细胞极性定位和内吞降解的氨基酸保守位点；系统进化分析可将ＰｔｒＢｏｒｓ编码蛋白分为２个亚群，ＰｔｒＢｏｒ１、ＰｔｒＢｏｒ２和ＰｔｒＢｏｒ３编码蛋白属于一个亚群，ＰｔｒＢｏｒ４和ＰｔｒＢ．．．
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
于涛 周桦楠 张海楼 叶鑫
克隆甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)低温胁迫基因Ib ICE1,对其进行序列分析及低温胁迫下表达水平分析,探讨Ib ICE1对甘薯耐低温胁迫能力的影响。以辽薯36为试验材料,利用RACE技术克隆甘薯Ib ICE1基因,Ib ICE1基因的c DNA全长2150bp,包含1611bp完整的开放阅读框,该基因编码536个氨基酸残基,分子量58.26 k D,等电点5.72。进化树分析表明,Ib ICE1同玉米和拟南芥ICE1基因亲缘关系较近。Ib ICE1蛋白C端含有一个典型的b HLH
关键词：
甘薯 IbICE1 基因克隆 低温胁迫
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张义凤 王丽伟 曹小娟 高坚
为探究泥鳅ELOVL1的功能和作用,采用RT-PCR和RACE方法克隆泥鳅的elovl1基因,并分析elovl1基因的表达规律,最后将泥鳅分别暴露在26℃和8℃下饲养30d,研究低温胁迫对泥鳅脂肪酸组成、组织形态及elovl1基因表达的影响。结果发现:elovl1a全长为2 216bp,ORF为948bp,编码315个氨基酸;elovl1b全长为1 895bp,ORF为963bp,编码320个氨基酸。氨基酸序列特征如下:1个高保守的氧化还原组氨酸簇(HXXHH),多个跨膜区,氨基酸序列C端均含有内质网滞留信号(KXKXX)。elovl1a和elovl1b在所有组织中表达,elovl1a在每个组织的表达量均低于elovl1b。低温下总SFA明显降低(P<0.05),总MUFA显著增加(P<0.05)。低温显著诱导elovl1a、elovl1b表达。研究结果表明:泥鳅ELOVL1在脊椎动物中保守,ELOVL1可能在机体适应低温时,参与产生能量,起到重要的作用。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
潘德灼 林伟彬 谭芳林 陈伟
以秋茄(Kandelia candel)叶片为试验材料,采用RT-PCR的方法获得秋茄查尔酮合酶(chalcone synthase,CHS)基因的cDNA序列,命名为KcCHS,GenBank登录号为KX673194.1.序列分析结果表明,KcCHS基因的cDNA序列长度为1170bp,编码389个氨基酸,属于CHS超家族.序列比对结果显示,秋茄与其他物种的CHS基因核苷酸序列具有较高的相似性,平均达到80%以上.系统进化分析显示,KcCHS基因与余甘子CHS基因亲缘关系最近.实时荧光定量PCR分析表明
关键词：
秋茄 查尔酮合酶基因 克隆 盐胁迫
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
魏威 何玉英 李朝霞 周雨欣 李健 谢拥军
采用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) ATG5基因cDNA全长，命名为FcATG5。利用实时荧光定量技术分析了FcATG5的组织表达及其在pH和碳酸盐碱度胁迫下的表达特征，并利用RNAi技术验证其功能。基因分析显示，FcATG5 cDNA全长为2225 bp，开放阅读框为810 bp，编码269个氨基酸，预测其编码的蛋白质分子量为31.10kDa，理论等电点为5.59，为疏水性蛋白，包含一个APG5自噬相关蛋白结构域，无跨膜结构，不包含信号肽。同源性和系统进化分析显示，FcATG5具有高度保守性，与凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)同源性最高，达98.14%。组织表达分析显示，FcATG5在中国对虾各组织中均有表达，其中，肌肉中表达量最高(P<0.05)，血淋巴细胞中最低(P<0.05)，表明该基因的表达量越高，越有利于中国对虾存活。结果表明，FcATG5在pH、碳酸盐胁迫下的表达量均显著升高(P<0.05)，推测自噬可能参与中国对虾应对非生物胁迫的调控。本研究结果对水生动物特别是甲壳动物中细胞自噬研究具有重要的借鉴意义，有助于推进中国对虾盐碱水养殖的研究进程。
[期刊] 水产学报
[作者]
姚万龙 何玉英 刘萍 李健 王清印
为初步研究中国明对虾MKK4的生物学功能,采用RACE技术克隆获得中国明对虾MKK4基因全长c DNA序列,并对该序列进行分析。结果显示,中国明对虾MKK4基因全长为2 064 bp,开放阅读框长1 221 bp,5'非编码区长214 bp,3'非翻译区长629 bp。将该基因命名为Fc MKK4。推测该基因编码406个氨基酸,预测分子量为45.94 ku,理论等电点为8.50。同源性和系统进化分析发现Fc MKK4与肩突硬蜱和印度跳蚁的同源性分别为80%和78%,与其他节肢动物MKK4聚为一支。荧光定量RT-PCR结果表明,Fc MKK4基因在肌肉中的相对表达量最高,其次为肝胰腺。氨氮胁迫后...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王卫平 崔娜 于志海 白丽萍 李天来
根据GeneBank中已登记的番茄果糖激酶基因的保守序列设计特异引物,以普通栽培型番茄辽园多丽的果实为材料提取总RNA,采用RT-PCR方法,扩增出果糖激酶基因cDNA序列的部分片段并克隆到pBS-T载体中。测序结果表明,LeFRK1-LeFRK3分别与番茄植物中已知该基因的核苷酸序列相似性高达99%以上,构建了一个番茄、马铃薯、烟草及拟南芥植物中FRK基因的系统进化树。采用半定量RT-PCR方法对番茄果实不同发育时期的表达进行检测,FRK1-FRK3在番茄果实发育的过程中均有表达,但在花后25～35 d时表达量较高。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
崔萌萌 孙亮 王灿磊 赵胜利 刘姝彤 许小茜 王艳萍 纪凯 李平 冷平
为了解ABA对果实发育和成熟的调控作用,对与ABA合成相关的LeNCED2基因进行了克隆与分析。采用RT-PCR和RACE技术从番茄品种‘嘉宝’(Solanum lycopersicum cv.Jiabao)果实中克隆得到了一个LeNCED1基因的同源片段,定名为LeNCED2(基因库注册号:EU912387)。该基因3′端序列为1635bp,与LeNCED1基因的DNA序列同源性为72.7%,与马铃薯中的StNCED2基因(AY662343)碱基序列同源性高达95%。碱基序列推导的蛋白序列与LeNCED1基因的同源性为80%。RT-PCR分析显示LeNCED2基因在番茄植株的根、茎、叶、花和...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁潘霞 邢颖 廖青 黄杏 李长宁 黄太庆 江泽普 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗ASR(ABA-stress-ripening)基因的序列并检测其在干旱胁迫下的表达量,为甘蔗抗逆胁迫机制的研究提供实验依据。【方法】以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增ASR基因的cDNA,采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。【结果】克隆得到的cDNA片段长度为402 bp,编码133个氨基酸,命名为SoASR1(GenBank登录号:JQ712581)。同源性分析表明,SoASR1基因在12种植物中的一致性为56%99%。实
关键词：
甘蔗 干旱胁迫 ASR基因
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
苗永美 宁宇 沈佳 贾利 李季 娄群峰 翁益群 陈劲枫
利用RT-PCR技术从耐冷黄瓜品种‘Chipper’中克隆鉴定了1个赖氨酸脱羧酶(LDC)基因的ORF,命名为CsLDC,在GenBank中的登录号为KC202438。该基因ORF全长为645 bp,编码215个氨基酸的肽链,相对分子质量为23 625.2,等电点为5.99。BLASTp发现该蛋白具有赖氨酸脱羧酶保守序列,与毛果杨的同源性最高,进化树分析表明CsLDC与矮牵牛LDC亲缘关系最近;该蛋白无信号肽但存在一个明显跨膜区,并存在多个蛋白质位点;SWISS-MODEL预测该蛋白的3D结构与拟南芥At2G37210基因编码赖氨酸脱羧酶蛋白2a33相似性为88.89%。荧光实时定量PCR检测...
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙威 姜晶 李天来 鲁少尉
以普通栽培番茄(Lycopersicon esculentum)品种桃太郎为试材,通过半定量RT-PCR方法研究了5个转化酶基因在果实不同发育阶段不同部位的表达,并进一步研究了苗期番茄在亚高温、亚低温、NaCl盐胁迫和渗透胁迫下转化酶基因的表达变化。结果表明:果实膨大期主要受Lin5、Lin6和Lin8表达的调控;绿熟期仅有Lin8在发挥作用,而在果实完熟期Lin6、Lin8和AI2的表达明显。这说明在番茄果实发育的不同时期及果实的不同发育部位都受到酸性转化酶基因家族的不同成员的共同调控。亚适温对AI2的影响最明显,无论是亚低温还是亚高温,均能明显抑制AI2的基因表达;而对细胞壁束缚性的转化酶...
关键词：
番茄 RT-PCR 转化酶 基因表达
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
刘春浩 梁楠松 于磊 赵兴堂 刘颖 孙爽 王紫晴 詹亚光
TCP转录因子家族是植物特异的一类调控生长发育和逆境胁迫的重要转录因子。本文揭示了水曲柳FmTCP4在非生物胁迫及激素信号诱导调控的表达特征,为该基因在水曲柳中调控生长发育以及逆境胁迫响应功能的研究奠定基础。通过前期研究克隆获得了水曲柳TCP4基因序列,并命名为FmTCP4,应用生物信息学软件对水曲柳FmTCP4基因的分子结构特征进行了分析,利用4℃低温、盐(Na Cl)以及干旱(PEG6000)进行非生物胁迫处理,利用脱落酸(ABA)和赤霉素(GA3)进行激素信号诱导,分析FmTCP4基因的表达特征。生
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李政道 李健 葛倩倩 王佳佳 何玉英 王培春
为研究钠/氢交换体(Na+/H+-exchanger,NHE)在中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)响应pH胁迫过程中发挥的作用,首先采用静水毒性实验方法确定了中国明对虾酸碱半致死pH,然后利用RACE技术克隆了中国明对虾Na+/H+-exchanger isoform 3(命名为FcNHE3)基因,并通过荧光定量PCR及RNA干扰技术分析了其在pH胁迫下的表达特征及功能。结果显示,72 h酸性半致死pH和碱性半致死pH分别为5.2和9.1。克隆获得FcNHE3基因(Gen Bank:MF373587)cDNA序列全长3508 bp,开放阅读框2805 bp,编码934个氨基酸,具有信号肽和12个跨膜结构域;蛋白同源分析发现,FcNHE3与青蟹(Carcinus maenas)同源性最高,达到74%;系统进化分析显示,FcNHE3与三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)和青蟹亲缘关系最近。荧光定量PCR分析表明,FcNHE3基因在鳃组织中表达量显著高于其他组织(P
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