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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐小刚 刘雅婷 李永忠 何婷婷 韩毅 孙文涛
从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张仲凯 何跃锋 方琦 程晓非 董家红 尹跃艳 丁铭
应用超薄切片电镜观察,对3种番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒侵染寄主细胞病理特征进行了比较分析。番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot viru,s TZSV)侵染的番茄,叶部细胞中病毒粒体呈块状聚集于内质网池中,果实细胞中呈块状、管状或单个粒体散布于细胞质中,细胞核较完整,叶绿体空泡化;凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)侵染的蝴蝶兰叶部细胞和亚细胞结构消失,病毒粒体分布较少,聚集于细胞质中的内质网池内;花生黄斑病毒(Groundnut yellow spot viru,s GYSV)侵染的辣椒果实的亚细胞结构较完...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 苏晓霞 方琦 郑雪 张仲凯
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 宋建 薛俊 陈东亮 王姝 张越 孙海波
为了确定北京菊花产区是否发生了番茄斑萎病毒病,了解该病毒北京分离物的序列变异情况,对该地区发生的TSWV进行了分子检测,并对该病毒编码的依赖RNA的RNA聚合酶(RDRP)、多糖蛋白(Gn-Gc)、运动蛋白(NSm)、外壳蛋白(N)、非结构蛋白(NSs)等5个基因进行了序列分析。结果表明,TSWV北京地区菊花分离物(Beijing-jh)的5个编码基因与国内各分离物的进化关系较远,与来自韩国和西班牙的分离物亲缘关系较近。相似性分析表明,N基因是最为保守的基因,核酸平均相似性为97.2%,蛋白为98.6%,RDRP的变异性最大,核酸平均相似性为95.4%,蛋白为96.8%,且Beijing-jh分离物的5个基因编码的氨基酸与来自西班牙分离物的相似性最大,初步表明,该分离物可能是由于贸易活动由国外传入我国。
关键词：
菊花 番茄斑萎病毒 分子检测 序列分析
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
朱敏 王泊婷 黄莹 李佳 陶小荣
[目的]在云南省昆明市植物园中发现症状表现为叶片褪绿和环斑的天竺葵,怀疑其为番茄斑萎病毒属病毒侵染。[方法]将病叶汁液摩擦接种至本氏烟,显症后取样与原样一起用3种番茄斑萎病毒属病毒的抗体采用Dot-blot ELISA方法进行检测,并用RT-PCR方法对本氏烟叶片进行检测。[结果]接种本氏烟的系统叶片在7 d后表现典型的花叶、卷曲和枯斑等症状,天竺葵病叶和接种显症的本氏烟系统叶Dot-blot ELISA和本氏烟叶片RT-PCR检测结果均表明其病原为番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt v
[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 谢夏青 李兴红 董志平
2009年河北保定和邯郸地区番茄受到一种毁灭性的新病毒危害,对两地5个病样检测,结果均为番茄黄化曲叶病毒,但未检测到卫星DNAβ分子。对保定和邯郸分离物DNA-A全长进行克隆测序,两分离物DNA-A全长均为2 781 bp,这两个分离物DNA-A全长与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为98.6%～99.8%,发现其基因间隔区变异稍大,与其他地区番茄黄化曲叶病毒分离物同源性为96.2%～99.7%。邯郸分离物与山东分离物(SD-2)亲缘关系最近,保定分离物与南京分离物(JSNJ1)亲缘关系最近。聚类分析表明,中国几个省市分离物有很高的同源性,但可以分为两个分支,邯郸和保定的分离物分别在两个分...
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 郏艳红 周祥明 王建江 刘仲齐
对天津发生的番茄黄化曲叶病毒进行了分子鉴定,并对DNA-A的全基因组进行了序列分析。结果表明,天津分离物与国内山东、安徽、上海和浙江等地的分离物及亚洲(韩国、日本、约旦、以色列)和北美洲(美国、墨西哥)分离物的同源性为93%以上;与科摩洛、马达加斯加等非洲国家的同源性为80%。天津地区的分离物与广东G3分离物和广西的分离物不是同一病毒。编码AC2蛋白的开放阅读框有2处碱基发生突变,导致氨基酸90位E→G和104位H→Y。
关键词：
番茄黄化曲叶病毒 克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩磊 迟胜起 张剑峰
为制备番茄褪绿病毒（ＴｏｍａＴｏ ｃｈｌｏｒｏｓｉｓ ｖｉｒｕｓ，Ｔｏ ｃｖ）抗血清，以番茄病叶为试验材料，提取总ｒＮａ，根据Ｔｏ ｃｖ ｃＰ基因设计特异性引物，利用ｒＴ－Ｐｃｒ方法克隆目的基因，构建原核表达载体Ｐ ＥＴ３２ａ－Ｔｏ ｃｖｃＰ，在大肠杆菌ｒｏｓＥＴＴａ（ＤＥ３）菌株中表达ｃＰ蛋白。结果表明：Ｔｏ ｃｖ ｃＰ基因（ＧＥＮ ＢａＮｋ登录号：ｋＴ８０９４００）全长７７４ ＢＰ，编码２５７个氨基酸，与ＧＥＮ ＢａＮｋ中其他地区分离物核苷酸序列同源性为９７．２％～９９．６％，推导的氨基酸序列同源性为９７．３％～１００．０％。核苷酸序列保守位点占全部位点的９１．３％，氨基酸序列保守位点占全．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 宋建 于海涛 段红英
为了确定天津番茄产区是否发生了番茄褪绿病毒病，了解该病毒天津分离物的主要基因是否发生变异，对该地区发生的Ｔｏ ＣＶ进行了分子检测，并对该病毒的外壳蛋白（ＣＰ）和热激蛋白７０类似物（ＨｓＰ７０Ｈ）的核苷酸和氨基酸进行了序列分析。结果表明，天津分离物ＣＰ蛋白的核苷酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．３％以上。ＨｓＰ７０Ｈ蛋白的核酸和氨基酸序列与已报道的具有代表性的不同国家的分离物相似性均在９７．２％以上。表明ＣＰ和ＨｓＰ７０Ｈ蛋白是２个最保守的蛋白。这是首次在分子水平上证明番茄褪绿病毒在天津地区为害。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨彩霞 张帅宗 孙蓬蓬 高雅 汪绪花 王喆
采用已报道的菜豆金色花叶病毒属的通用引物ＰＡ／ＰＢ，从辽宁葫芦岛地区的３份番茄样品中扩增到Ｂｅｇｏｍｏｖｉｒｕｓｅｓ的保守区域，获得３个长度约５００ ＢＰ的克隆序列，同源性为９９．５８％．ＤＮＡ－Ａ全基因组序列分析结果显示，３份样品ＤＮＡ－Ａ全长均为２ ７８１ ＢＰ（分别命名为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３分离物），具有典型双生病毒结构，与番茄黄化曲叶病毒（ＴＹＬＣｖ）山东分离物（ＴＹＬＣｖ－［ＣＮ：ｓＤ：ｓＤＷＦ－Ｌ７：１２］，ＫＣ９９９８５０）的核苷酸同源性最高（９９．６％）．根据双生病毒分类标准，认为ＬＮｈｕＤ１、ＬＮｈｕＤ２和ＬＮｈｕＤ３是ＴＹＬＣｖ的辽宁分离物．系统关系树表．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹跃艳 董家红 徐兴阳 端永明 张仲凯
2009年至2011年对昆明地区番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)发生分布进行调查,并根据保守序列设计引物扩增得到21个TSWV昆明分离物S RNA 3'-末端长861nt的核苷酸序列,该序列包括N基因部分序列(710nt)。测序分析表明,所获得的21个TSWV昆明分离物N基因序列氨基酸同源性较高(97.5%～100%);构建系统进化树,昆明21个TSWV分离物与TSWV韩国分离物(TSWV-Korea)聚为1支;而在21个分离物中,鬼针草分离物与其它分离物聚为不同分支。
关键词：
番茄斑萎病毒 核壳体蛋白基因 遗传特征
[期刊] 华北农学报
[作者]
金凤媚 薛俊 孙海波 郝志愚
为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析。结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒。进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析。进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近。相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53%。MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21%。126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72%。对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0%及以上。初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市。
[期刊] 华北农学报
[作者]
田兆丰 裘季燕 丁翠珍 刘伟成 魏蕾 刘德文
在北京延庆的番茄上分离到1株黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)分离物CMV-YQ,该分离物在番茄上造成严重的蕨叶、矮化,在烟草上表现花叶、矮化和畸形,表现出很强的致病性。根据黄瓜花叶病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因的保守序列设计引物,利用RT-PCR技术对其CP基因片段进行了扩增并克隆,获得了含该基因全长657 bp的cDNA片段。序列测定与比较分析结果表明,北京地区造成番茄蕨叶的CMV分离物CP基因片段核酸序列与GenBank上CMV亚组Ⅰ其他分离物同源性高达90%～99%,属于CMV亚组Ⅰ。该分离物与分离于我国芭蕉的另一亚组Ⅰ分离物GB同源...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁学超 向本春 程朝玲 苏海娣 郑银英
本文通过一步法RT-PCR技术,检测新疆加工番茄马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)感染率。结果表明,新疆加工番茄马铃薯Y病毒感染率为25%。选取10个样品利用RT-PCR技术,克隆CP基因,获得807 bp全长CP基因,编码268个氨基酸。CP基因序列比对分析与系统进化树分析表明,侵染新疆加工番茄的马铃薯Y病毒属于PVYN:O株系。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋建 薛俊 金凤媚 孙海波 张越 王姝 范寰 周祥明 陈锐
番茄褪绿病毒病(ToCV)和番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)存在复合侵染的现象,其发病率逐年递增,成为一种新的威胁番茄产业的病毒病害。为了研究复合侵染样品中2种病毒的互作和基因变异情况,对天津番茄产区发生的TYLCV全基因组和ToCV的CP基因和HSP基因进行了克隆和序列分析。结果表明,与单独侵染样品进行比对,TYLCV的基因序列在复合侵染的样品中共有6处碱基发生了变异,分别为73位A→C、92位A→G、347位C→T、1 209位C→T、1 618位A→G、2 107位A→T,除73位和92位的变异未在编码区,其余的变异碱基均在ORF框内,其中1 209位为同义突变,其他均发生了错义突变。ToCV的CP基因有1处同义突变,ToCV的HSP基因共有4处碱基变异,其中826位由T→C和1 166位由G→A均为同义突变,1 395位和1 630位均由A→G,为错义突变。利用实时荧光定量PCR技术对单独侵染和复合侵染的番茄样品中TYLCV和ToCV病毒积累量进行分析。结果表明,在田间单独侵染和复合侵染的样品中, TYLCV的拷贝数差异不显著,ToCV的拷贝数在单独侵染和复合侵染的样品中差异也不显著。在复合侵染的样品中,TYLCV的拷贝数约为ToCV的262～436倍。
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