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[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 苏晓霞 方琦 郑雪 张仲凯
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 尹跃艳 方琦 苏晓霞 张仲凯
用ＲＴ－ＰＣＲ从感染番茄环纹斑点病毒（ＴｏｍａＴｏ ｚｏｎａＴｅ ｓＰｏＴ ｖｉＲｕｓ，Ｔｚｓｖ）的番茄中扩增出编码病毒非结构蛋白ｎｓｓ基因，将ｎｓｓ基因构建到原核表达载体Ｐ ｅＴ－３０ ａ中，获得原核表达载体Ｐ ｅＴ－３０ａ－ｎｓｓ，转化大肠杆菌ＢＬ２１（Ｄｅ３），用ｉＰＴＧ诱导表达。ｓＤｓＰａＧｅ电泳分析显示，高效诱导表达了５７ｋ Ｄａ融合蛋白。用回收纯化的融合蛋白免疫家兔，获得多抗血清。间接ｅＬｉｓａ测定多抗血清的效价为１／８１９２。用制备好的抗血清对Ｔｚｓｖ感病病样进行ＷｅｓＴｅＲｎ ＢＬｏＴＴｉｎＧ检测，能检测到特异性条带。结果表明该抗血清可用于Ｔｚｓｖ的检测，并为进一步研究ｎｓｓ功．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 尹跃艳 方琦 苏晓霞 张仲凯
用RT-PCR从感染番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)的番茄中扩增出编码病毒非结构蛋白NSs基因,将NSs基因构建到原核表达载体p ET-30 a中,获得原核表达载体p ET-30a-NSs,转化大肠杆菌BL21(DE3),用IPTG诱导表达。SDSPAGE电泳分析显示,高效诱导表达了57k Da融合蛋白。用回收纯化的融合蛋白免疫家兔,获得多抗血清。间接ELISA测定多抗血清的效价为1/8192。用制备好的抗血清对TZSV感病病样进行Western blotting检测,能检测到特异性条带。结果表明该抗血清可用于TZSV的检测,并为进一步研究NSs功...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Henan-09-03株乙型脑炎病毒(JEV)病毒E蛋白(囊膜蛋白)进行生物信息学分析、预测,为研究JEV的E蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明:E蛋白的分子质量为53 k Da,等电点是7.75,消光系数是66 515,不稳定系数为27.05,疏水平均值为-0.007,无信号肽,有2个跨膜区、27个蛋白修饰位点、5个二硫键、15个蛋白质结合位点,二级结构为α-β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Ｈｅｎａｎ－０９－０３株乙型脑炎病毒（ＪｅＶ）病毒ｅ蛋白（囊膜蛋白）进行生物信息学分析、预测，为研究ＪｅＶ的ｅ蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明：ｅ蛋白的分子质量为５３ ｋ Ｄａ，等电点是７．７５，消光系数是６６ ５１５，不稳定系数为２７．０５，疏水平均值为－０．００７，无信号肽，有２个跨膜区、２７个蛋白修饰位点、５个二硫键、１５个蛋白质结合位点，二级结构为α－β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
徐小刚 刘雅婷 李永忠 何婷婷 韩毅 孙文涛
从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨宁宁 徐明国 张江伟 易继海 陈创夫
为了探讨牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3(P80),并获得具有较高免疫原性的NS3重组蛋白，利用生物信息学研究方法对NS3蛋白氨基酸进行序列分析；经PCR技术扩增NS3基因序列；通过无缝克隆技术构建pET-22b(+)-NS3重组表达质粒，将其转化至大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞中，诱导其表达NS3重组蛋白并提纯；通过Western Blotting方法检测其反应原性；将获得的较高纯度的NS3重组蛋白免疫BABL/c小鼠，收集血清，ELISA方法分别检测血清中IgG、IgG1和IgG2a抗体水平；最后通过病毒中和试验检测其中和病毒的能力。结果表明：NS3蛋白氨基酸序列中无信号肽和跨膜区，二级结构主要以无规则卷曲为主，且NS3氨基酸序列中含有优势抗原表位；利用PCR和无缝克隆技术成功构建了pET-22b(+)-NS3重组表达载体，经诱导表达获得了较高纯度的NS3重组蛋白，大小约为75 ku,与理论大小相符；Western Blotting结果表明，NS3重组蛋白具有较高的反应原性；ELISA检测NS3重组蛋白免疫后的小鼠能够产生高水平的IgG、IgG1和IgG2a抗体，结果显示，免疫组小鼠产生的抗体水平极显著高于PBS阴性对照组(P<0.01);血清中和抗体水平也极显著高于PBS阴性对照组(P<0.01)。总之，成功获得了纯度高且具有免疫原性的NS3重组蛋白。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
徐黎明 刘红柏 尹家胜 卢彤岩
利用鲤(Cyprinus carpio)上皮细胞(epitheliaoma papulosum cyprini,EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn1203分离株(IHNV-Sn1203),根据GenBank中IHNV G蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物(GenBank序列编号AB288207),采用RT-PCR的方法克隆得到IHNV-Sn1203株G蛋白全长ORF,克隆至表达载体pET27b(+)中,构建了pET27-G重组质粒,并进行了测序分析。生物信息学分析结果显示,IHNV-Sn1203株G蛋白基因序列长度为1 527 bp,与韩国株...
[期刊] 水产学报
[作者]
徐黎明 刘洪柏 卢彤岩
基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoieticnecrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨丽荣 闫海霞 全鑫 薛保国 达楞巴雅尔
分析了灰斑古毒蛾核型多角体病毒(Orgyia ericaenucleopolyhedrovirus,OrerNPV)EcoR I-O片段分子生物学特征,为研究egt基因分子特性和杆状病毒遗传改良提供科学依据。克隆和分析了OrerNPVEcoR I-O片段所包含的2个基因,并应用生物软件对OrerNPV蜕皮甾体尿苷二磷酸葡糖转移酶(egt)基因及其启动子进行了比对分析。结果表明OrerNPVEcoR I-O片段包含egt基因和Ol-129同源基因,在该区域中编码egt基因的开放阅读框(ORF)由1 539个核苷酸组成,可以编码512个氨基酸,预计蛋白质分子质量为57.9 kDa。OrerNPV和...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
高振华 李漾漾 王峰 齐明芳 李天来 刘玉凤
Dicer-like蛋白(DCLs)是RNA沉默机制中的重要参与者,通过miRNA进行基因调控和植物的抗病毒保护,并且还与其他生物和非生物胁迫有关。研究番茄中DCLs的蛋白质基本功能以及SlDCLs对环境的响应,可以为DCLs参与抗逆途径及其在逆境中的作用提供理论依据。为深入了解番茄中RNase Ⅲ核酸内切酶Dicer-like蛋白基因家族的特征,利用生物信息学的方法对番茄DCL蛋白基因家族成员进行染色体定位,分析蛋白质基本理化性质、系统发育进化、启动子顺式作用元件、蛋白质结构域等。并通过qRT-PCR方法检测基因在组织中的表达模式和对激素、低温、盐、干旱等胁迫的响应。结果表明:番茄DCL基因有7个,分为4个家族;主要蛋白结构域有5个,启动子区域有响应各类激素、光信号、干旱等逆境的顺式作用元件,包括SlDCL1启动子区域的响应低温作用元件,SlDCL2a的SA、ABA响应元件,SlDCL2b的光响应元件,SlDCL2c的ABA,Me-JA响应元件,SlDCL2d的赤霉素响应元件,SlDCL3的Me-JA、SA响应元件,SlDCL4的干旱响应元件。结果表明:DCL家族基因在不同组织中具有不同的表达模式;激素、低温和渗透胁迫处理可以抑制或激活该家族成员的表达。SlDCL1直接响应低夜温,SlDCL2a对渗透胁迫响应明显;SlDCL2b的转录水平受到NACl的负调控;SlDCL2c受到低温以及ABA的正调控;SlDCL2d受NACl与PEG的负调控;PEG可以促进SlDCL3和SlDCL4的表达。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张仲凯 何跃锋 方琦 程晓非 董家红 尹跃艳 丁铭
应用超薄切片电镜观察,对3种番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒侵染寄主细胞病理特征进行了比较分析。番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot viru,s TZSV)侵染的番茄,叶部细胞中病毒粒体呈块状聚集于内质网池中,果实细胞中呈块状、管状或单个粒体散布于细胞质中,细胞核较完整,叶绿体空泡化;凤仙花坏死斑病毒(Impatiens necrotic spot virus,INSV)侵染的蝴蝶兰叶部细胞和亚细胞结构消失,病毒粒体分布较少,聚集于细胞质中的内质网池内;花生黄斑病毒(Groundnut yellow spot viru,s GYSV)侵染的辣椒果实的亚细胞结构较完...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王印 李昕然 姜雪梅 徐志文
从GenBank发表的PCV-2全基因组序列,随机选择其中的32个全基因序列,做序列比对和同源性比较,绘制系统进化树,在注释中找到ORF1编码的rep蛋白氨基酸序列,用在线生物信息学工具对其进行亚细胞定位分析。结果基本符合"来自同一地区的基因序列同源性较高"的规律,表明了PCV的高度保守性,亚细胞定位分析发现其rep蛋白定位于核区的指数为0.76,这与病毒在宿主细胞核内复制分不开。结果同时表明其定位于过氧化物酶体的指数显著不同于其他(过氧化物酶体平均0.36,可变,溶酶体、线粒体均为0.1不变)这可能与pcv的组织嗜性以及复制靶细胞(多为单核/巨噬细胞)的原因相关。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张强 崔百明 郑银英 向本春
【目的】克隆南方番茄病毒(STV)的外壳蛋白(CP)基因,构建其原核表达载体并进行诱导表达,为制备检测该病毒的高效价血清提供参考。【方法】利用一步法RT-PCR从新疆加工番茄上克隆STVCP基因,将其连接到原核表达载体pET-28a(+)上,获得重组质粒pET-28a-STV CP。将重组质粒转化大肠杆菌BL21后用IPTG进行诱导表达。【结果】成功克隆了STVCP基因,其长度为1 134bp。构建了原核重组表达质粒pET-28a-STV CP,其在1mmol/L IPTG诱导下,成功表达出分子质量约47ku的蛋白。【结论】成功克隆了STV CP基因,并诱导了pET-28a-STV CP重组蛋...
关键词：
南方番茄病毒 外壳蛋白基因 原核表达
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
周小东 万莉 蔡国才 雷行华
使用生物信息学的方法,分析武汉地区不同基因型、亚型的丙肝病毒的包膜E1蛋白,预测其二级结构、核苷酸变异性、糖基化位点、亲水性、跨膜区、信号肽、蛋白修饰位点、B细胞抗原.结果显示各HCV的包膜E1蛋白二级结构差距不大;序列始末段有数个氨基酸残基的差距,序列上存在高变异位点,基因型2a的型内一致性最高;序列大量糖基化,有多个糖基化基化位点;序列分布着亲水性区域,基因型1b的分值很高;基因型1b、6a、3b、3a多数亚型有1个跨膜区,基因型2a多数亚型有两个跨膜区;基因型1b、6a、3b、3a无信号肽,基因型2a都有信号肽;蛋白序列上存在多个不同修饰位点和B细胞抗原,各基因型、亚型之间有明显差距,具有较大异质性.该研究为揭示病毒感染机制和研制地区性疫苗提供一定的科学依据.
关键词：
丙型肝炎 生物信息学 武汉 包膜蛋白E1
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