品种选育在畜禽育种中占十分重要的地位,基因组选择作为畜禽育种的新兴技术手段而备受关注。其优点为可以缩短世代间隔,加快遗传进展,可以不依赖于表型进行选择。2001年,Meuwisen提出基因组选择的概念后,基因组选择首先应用于奶牛育种,至2014年8月,国际公牛组织已有34个成员国在其国家奶牛育种群中应用基因组选择。随着基因组选择的不断推广应用,提高基因组育种值估计准确性的问题有待于解决,当前对基因组选择方法的研究和探讨正在不断深入,有效的模型及算法对提高基因组育种值估计的准确性具有重大现实意义。至今已有17种贝叶斯方法相继被提出,本文简要介绍了基因组选择中的经典Bayes A和Bayes B方...

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是一种重要的基因组结构变异,主要指从几kb到数个Mb范围内DNA的多态,包括片段插入、缺失、重复等,它是研究基因组进化和表型差异的重要因素。CNV最早在人类基因组上发现,近几年,在鼠、猪、牛等动物基因组上的研究也取得了明显成效。文章阐述了生物遗传变异的2种方式CNV和单核苷酸多态性,对CNV的形成机制和检测方法进行了分析,重点介绍了畜禽基因组CNV的研究现状,并就CNV未来的研究重点和需要解决的问题进行了展望。

全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这些研究不仅大大丰富了畜禽标记辅助选择中可利用的分子标记,而且为这些性状分子机理的探索研究提供了重要线索。本文对国内外畜禽GWAS中所用的群体、主要分析方法和研究结果进行综述,并对GWAS的研究应用做一展望,以期为进一步利用GWAS进行畜禽各种性状遗传基础的研究提供参考。

全基因组选择的概念自2001年由Meuwissen等提出后便引起了动物育种工作者的广泛关注。目前,澳大利亚、新西兰、荷兰、美国的研究小组已经应用该方法进行了优质种牛的选择育种,并取得了很好的效果。此外在鸡和猪的选择育种中也有该方法的应用,但在水产动物选育中尚未见该方法使用的报道。本文对"全基因组选择育种"的概念和提出背景进行了归纳,对全基因组选择育种的优势进行了阐述,并详细介绍了其具体的策略,总结了目前全基因组育种所广泛采用的方法以及取得的成果,旨在为该方法在水产动物育种方面的应用研究提供科学参考。

本文研究分位数回归的组变量选择问题。基于分位数回归和贝叶斯统计推断方法,通过引入系数的组“spike and slab”先验分布,提出了分位数回归的贝叶斯组变量选择方法,并给出易于实施的Gibbs后验抽样算法。进一步,本文还将所建立的贝叶斯组变量选择方法应用到变点检测中,变点的数量和位置的探测准确率较高。数值模拟和两个实例分析验证了所提方法的有效性。

长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是在个体和群体中常见的连续性纯合片段,是亲代将同源相同的单倍型遗传给同一个后代而形成的。ROH蕴藏着种群丰富的遗传信息,这使ROH成为一种有用的工具,可以提供关于种群是如何随着时间的演变而变化的信息。ROH也可以用于估计个体间遗传关系,有助于将近亲交配率降至最低,还可以暴露基因组中有害的变异。ROH在基因组中的大小、分布和频率受到自然选择和人工选择、重组、连锁不平衡、群体历史、突变率和近交水平等诸多因素的影响。近年来,随着高通量基因分型技术的使用以及二代测序成本的降低,畜禽育种已经进入基因组时代。对优秀种畜禽的选择强度大大提高,这在改善畜禽生产性能的同时不可避免地会造成动物的近交,从而导致近交衰退。根据ROH的分子信息能更准确地估计纯合性并可以检测过去和最近的近亲交配情况。基于ROH计算近交系数(FROH)反映的是个体的真实近交系数,即为实现的近交系数,而系谱近交系数FPED得到的是期望值。FROH在缺乏系谱信息的情况下,也可以用来推断一个群体的历史和近亲交配水平的信息。选择会改变优良畜禽的表型,并重塑了基因组不同区域的ROH模式。此外,选择增加了目标位点周围的纯合性,有害的变异被认为更频繁地出现在ROH区域,可以通过ROH检测,降低复杂疾病发生的风险。经过长期选择,品种内同群个体相同ROH在基因组中高频出现,产生ROH岛。研究证实了ROH和正在选择的基因组区域之间具有相关性。在实际应用中,可以通过生物信息的方法在ROH岛注释到ROH区域与经济性状相关的基因。此外,ROH也为评估畜禽遗传多样性提供了新的视角,对群体进行全基因组ROH检测,剖析每个群体的遗传结构,并利用FROH对当前育种计划中近交的影响进行评估,来调整育种方案,保护品种的遗传多样性。ROH已逐渐成为探究群体历史结构、评估近交水平、鉴定候选基因方面的重要指标。识别ROH主要有观察基因型计数法和基于模型分析两种方法。常用的检测软件有PLINK、GERMLINE、BEAGLE、GARLIC等。在实际应用中,PLINK是最常用的ROH检测工具。在畜禽中,由于牛的SNP芯片推出最早,因此最先开展ROH研究的是牛的群体,牛的ROH研究数量最多、最深入。目前,在猪、羊、鸡等畜禽中关于ROH的研究也逐渐增多。文章主要综述了ROH形成的原理和检测方法,以及在畜禽中的研究进展,以期为畜禽的遗传育种提供参考。

针对畜禽养殖粪污治理动力不足、长效运行机制不完善等问题，引入第三方治理，基于有限理性人假设，运用演化博弈理论建立地方政府、第三方治理企业与养殖户三方博弈的复制动态方程，得到不同情景下三方主体博弈的进化稳定策略，在模型求解的基础上，利用MATLAB仿真工具分析不同参数变量情景下三方主体决策行为的动态调整过程。研究结果表明：地方政府、第三方治理企业、养殖户三类群体的单方演化策略受另外两类群体策略的影响，在良好的演化情境下，若养殖户和第三方治理企业协同参与粪污治理，则地方政府引导作用逐渐减弱，市场主导作用显现；反之，在不良演化情境下，即使第三方治理企业或者养殖户愿意参与多方协同治理，但若没有地方政府的初始引导与支持，最终将陷入“边治理、边污染”的困境；从长期来看，治理策略是各方主体执行成本、治理收益、参与力度、奖惩措施等多因素共同作用的结果。

针对畜禽养殖粪污治理动力不足、长效运行机制不完善等问题，引入第三方治理，基于有限理性人假设，运用演化博弈理论建立地方政府、第三方治理企业与养殖户三方博弈的复制动态方程，得到不同情景下三方主体博弈的进化稳定策略，在模型求解的基础上，利用MATLAB仿真工具分析不同参数变量情景下三方主体决策行为的动态调整过程。研究结果表明：地方政府、第三方治理企业、养殖户三类群体的单方演化策略受另外两类群体策略的影响，在良好的演化情境下，若养殖户和第三方治理企业协同参与粪污治理，则地方政府引导作用逐渐减弱，市场主导作用显现；反之，在不良演化情境下，即使第三方治理企业或者养殖户愿意参与多方协同治理，但若没有地方政府的初始引导与支持，最终将陷入“边治理、边污染”的困境；从长期来看，治理策略是各方主体执行成本、治理收益、参与力度、奖惩措施等多因素共同作用的结果。

下一代测序技术凭借其高通量的特点成为现代生命科学研究的重要工具之一。转录组学是功能基因组学研究的重要内容,畜禽转录组学的研究是国内外生命科学研究的热点内容。文章综述了下一代测序技术的原理及特点,转录组学的研究概要,重点介绍了下一代测序技术在畜禽转录组研究中的应用进展,最后对下一代测序技术在生命科学研究中存在的问题和今后的发展方向进行了展望。

传统的审计方法并未将审计人员决策的经济后果考虑在内,这是传统审计方法的一大缺陷。将贝叶斯决策方法引入审计过程中,审计人员可以在审计计划的制定和修改过程中充分考虑到专业判断以及新的增量信息。贝叶斯决策能够将审计人员自身效用最大化行为对审计的影响考虑在内,是对传统审计方法的一个改进。

针叶树遗传改良已经进行了半个多世纪,但由于基因组巨大、杂合度高和世代周期长等特点,针叶树基因组资源开发滞后于作物和阔叶树种,这直接导致了基因组辅助育种工具的缺乏,进而阻碍了林木遗传改良的进程。回顾了近年来针叶树基因组研究进展,重点阐述了分子标记和转录本在针叶树遗传育种领域中的重要作用。新一代测序技术的出现将使针叶树基因组资源研究进入一个重要和多产的时期,针叶树基因组资源在林木育种的作用也将越来越受到关注。参115

文章利用贝叶斯方法研究分位数回归的组间和组内双变量选择问题。基于偏态拉普拉斯分布和贝叶斯统计推断方法，结合组间和组内系数的Spike-and-Slab先验分布，提出了分位数回归的贝叶斯双层变量选择方法，并给出易于实施的Gibbs后验抽样算法。通过大量数值模拟和实证分析验证了所提变量选择方法的有效性。

利用双亲高密度ＳＮＰ标记信息，在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发，并使用模拟的６００ ０００个ＳＮＰ标记对该程序进行测试。结果表明：对系谱正确性进行鉴定时，ＳＮＰ标记数大于１００即可达到１００％的亲子鉴定准确率；对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时，ＳＮＰ标记数大于３００可保证１００％的推断准确率。标记平均ＭＡＦ较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面，当使用５０ ０００的ＳＮＰ标记对１ ０００条错误率为１０％的系谱进行亲子鉴定和推断时，共耗时３３２．８７Ｓ，且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理，设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及．．．

文章对基于最大似然估计(ML)和基于约束最大似然估计(REML)的经验贝叶斯方法(EB)进行了比较;指出了经验贝叶斯和完全贝叶斯方法各自存在的问题,并对两种方法进行了比较;给出了关于应用中如何选择推断方法的建议。

运用基于贝叶斯的剩余产量模型,对东、黄海鲐资源进行评估,确定了当前鲐资源开发利用状态,估算了在不同收获率水平下未来5年鲐资源量和年总可捕捞量,分析了管理策略实施后鲐资源崩溃的风险。结果表明,2006年东、黄海鲐正遭受过度捕捞,但其资源量并未处于过度捕捞状态。决策分析表明,收获率为0.3是最适预防性的管理策略,在该策略下,鲐平均资源量将从2006年的451千吨将增加到2011年的871千吨,2011年资源量恢复到BMSY的概率为0.48,而过度捕捞的概率为0。