长纯合片段(runs of homozygosity, ROH)是在个体和群体中常见的连续性纯合片段,是亲代将同源相同的单倍型遗传给同一个后代而形成的。ROH蕴藏着种群丰富的遗传信息,这使ROH成为一种有用的工具,可以提供关于种群是如何随着时间的演变而变化的信息。ROH也可以用于估计个体间遗传关系,有助于将近亲交配率降至最低,还可以暴露基因组中有害的变异。ROH在基因组中的大小、分布和频率受到自然选择和人工选择、重组、连锁不平衡、群体历史、突变率和近交水平等诸多因素的影响。近年来,随着高通量基因分型技术的使用以及二代测序成本的降低,畜禽育种已经进入基因组时代。对优秀种畜禽的选择强度大大提高,这在改善畜禽生产性能的同时不可避免地会造成动物的近交,从而导致近交衰退。根据ROH的分子信息能更准确地估计纯合性并可以检测过去和最近的近亲交配情况。基于ROH计算近交系数(FROH)反映的是个体的真实近交系数,即为实现的近交系数,而系谱近交系数FPED得到的是期望值。FROH在缺乏系谱信息的情况下,也可以用来推断一个群体的历史和近亲交配水平的信息。选择会改变优良畜禽的表型,并重塑了基因组不同区域的ROH模式。此外,选择增加了目标位点周围的纯合性,有害的变异被认为更频繁地出现在ROH区域,可以通过ROH检测,降低复杂疾病发生的风险。经过长期选择,品种内同群个体相同ROH在基因组中高频出现,产生ROH岛。研究证实了ROH和正在选择的基因组区域之间具有相关性。在实际应用中,可以通过生物信息的方法在ROH岛注释到ROH区域与经济性状相关的基因。此外,ROH也为评估畜禽遗传多样性提供了新的视角,对群体进行全基因组ROH检测,剖析每个群体的遗传结构,并利用FROH对当前育种计划中近交的影响进行评估,来调整育种方案,保护品种的遗传多样性。ROH已逐渐成为探究群体历史结构、评估近交水平、鉴定候选基因方面的重要指标。识别ROH主要有观察基因型计数法和基于模型分析两种方法。常用的检测软件有PLINK、GERMLINE、BEAGLE、GARLIC等。在实际应用中,PLINK是最常用的ROH检测工具。在畜禽中,由于牛的SNP芯片推出最早,因此最先开展ROH研究的是牛的群体,牛的ROH研究数量最多、最深入。目前,在猪、羊、鸡等畜禽中关于ROH的研究也逐渐增多。文章主要综述了ROH形成的原理和检测方法,以及在畜禽中的研究进展,以期为畜禽的遗传育种提供参考。

全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这些研究不仅大大丰富了畜禽标记辅助选择中可利用的分子标记,而且为这些性状分子机理的探索研究提供了重要线索。本文对国内外畜禽GWAS中所用的群体、主要分析方法和研究结果进行综述,并对GWAS的研究应用做一展望,以期为进一步利用GWAS进行畜禽各种性状遗传基础的研究提供参考。

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是一种重要的基因组结构变异,主要指从几kb到数个Mb范围内DNA的多态,包括片段插入、缺失、重复等,它是研究基因组进化和表型差异的重要因素。CNV最早在人类基因组上发现,近几年,在鼠、猪、牛等动物基因组上的研究也取得了明显成效。文章阐述了生物遗传变异的2种方式CNV和单核苷酸多态性,对CNV的形成机制和检测方法进行了分析,重点介绍了畜禽基因组CNV的研究现状,并就CNV未来的研究重点和需要解决的问题进行了展望。

数量性状的表型变异受到大量效应微小的遗传位点和诸多环境因素的共同作用,但在数量性状的遗传研究领域,关于不同遗传位点之间加性效应与上位效应相对重要性的认识却存在着分歧。近年来,伴随着全基因组关联分析在人类及家养动物数量性状研究中的发展,在全基因组关联分析的框架内进行上位效应遗传位点的检测越发受到重视。文章以遗传力失踪问题为出发点,首先综述了标记-QTL连锁分析和GWAS框架下传统上位效应遗传位点的检测方法,然后对基于表型方差同质性检验和广义线性混合模型方法的上位效应统计推断以及混杂因素的处理方法进行了总结与梳理,旨在为数量性状全基因规模上位效应的相关研究提供理论参考。

为探讨畜禽源大肠杆菌临床菌株产β－内酰胺酶及其基因特性，采用常规检测法检测菌株产β－内酰胺酶情况，ＰＣＲ法检测ＥＳＢＬＳ、ＡｍＰＣ基因型，质粒结合转移试验研究耐药基因分子传播机制，并使用微量肉汤稀释法检测供体菌及接合子的药物敏感性。结果显示：４６７株食品动物源大肠杆菌未检出产碳青霉烯酶和金属β－内酰胺酶，产ＥＳＢＬＳ和ＡｍＰＣ分别达３６．８３％和１３．７０％；１７６株产β－内酰胺酶菌株检出ＢＬＡＴＥｍ、ＢＬＡＣＴＸ－ｍ、ＢＬＡＯＸＡ、ＢＬＡＣＩＴ和ＢＬＡＤＨＡ分别为８４．０９％、６０．８０％、１４．７７％、３５．８０％和１．７０％；本次质粒转移率为５０％，多数转化子获得了供体菌的耐药性及耐药基．．．

畜禽养殖废水排放已经造成我国城镇和农村水域环境的严重污染与破坏。介绍了传统畜禽养殖废水处理技术及研究现状,分析了人工湿地在畜禽养殖废水处理中存在的问题,并对人工湿地处理畜禽废水进行展望。

畜禽养殖业是重要的温室气体排放源,科学评估畜禽产品的碳足迹,对减排技术的选择和低碳农业的发展具有重要意义。笔者在总结国内外畜禽产品碳足迹评估方法的基础上,汇总了中国及欧美等发达国家评估鸡蛋、猪肉、牛肉和牛奶等畜禽产品碳足迹的研究结果,并对现有研究结果进行综合分析。从畜禽产品产生的碳足迹分析,选择的功能单位不同对畜禽产品的碳足迹有明显影响,每生产1 kg牛肉的碳足迹最大,达到(20.51±8.39)kg CO2-eq;其次为每生产1 kg猪肉和1 kg鸡蛋,分别为(4.24±1.07)kg CO2-eq和(2.24±0.83)kg CO2-eq;每生产1 kg牛奶的碳足迹最小,为(1.19±0....

信息化是畜禽养殖业发展的必然趋势，对养殖过程中环境和生长等信息的有效监测，有助于实现低成本、高效率和高收益的生产过程。智能信息感知技术的应用，满足了规模化养殖条件下海量信息的自动化监测需求，为解放生产力、实现节本增效提供了技术支持。本文阐述了信息感知技术对畜禽养殖过程中环境监控、畜禽关键生长信息感知和畜禽疾病预警的主要研究方法，包括传感器技术、图像处理技术、音频处理技术、热红外技术等；分析了当前主流方法应用于该领域的准确性、有效性与泛化性；总结了信息感知技术在畜禽养殖业中未来的研究重点，并对其未来发展方向做出展望。

随着集约化养殖业的快速发展，我国每年会产生约38亿t畜禽粪便，造成了畜禽粪便的累积和环境污染，是构成我国面源污染的主要来源之一。同时我国饲料蛋白原料严重短缺，80%以上依赖进口，年进口价值超过2 000亿元，是全球蛋白原料最大进口国。昆虫可高效转化畜禽粪便，同时消减温室气体排放，并产生优异的虫体蛋白、脂肪和虫沙，实现养分流动循环和畜禽粪便资源化利用。以黑水虻为代表的昆虫生物转化畜禽粪便具有低耗能、低排放及良好社会、生态、经济效益，将是治理畜禽粪便污染、解决这一困境的最有潜力的策略之一。近年来，黑水虻转化畜禽粪便产业发展迅速，本文从畜禽养殖带来的环境及资源问题、黑水虻生物转化产生的有益资源利用等方面进行了分析、阐述，并对其未来的发展方向进行了展望，以期为发展黑水虻转化畜禽粪便这一低碳畜牧产业提供借鉴。

随着畜禽养殖集约化程度的提高,高密度、集约化的畜禽养殖引起的畜禽养殖场空气污染问题日益突出,畜牧业已成为我国空气污染的重要来源之一。畜禽场排放的氨气(NH_3)、硫化物(H_2S)、颗粒物(particulate matters,PM)和挥发性有机物(volatile organic compounds,VOCs)等空气污染物不仅对畜禽场人畜健康造威胁,还会扩散到周围环境中形成大气污染。科学适用的空气污染物检测方法和技术是研究和控制畜禽场空气污染的前提。文章对国内外畜禽场的NH_3、H_2S、温室气体、PM以及恶臭等主要空气污染物的检测方法与技术进行了介绍与分析。以NH_3、H_2S为代表的畜禽场有害气体检测方法主要有化学分析法、半导体气体传感器检测法、光谱法、质谱法与气相色谱法,其中,湿化学法灵敏度高,成本低,可以准确获取气体浓度,但检测费时费力,且无法实时在线检测;气体检测管法成本较低,操作简单,但误差相对较大;电化学传感器法灵敏度较高,成本适中,可以连续检测气体浓度,但存在装置易老化、使用寿命较短等缺陷;光谱法、质谱法以及气相色谱法可快速准确检测气体,但检测仪器昂贵,使用成本较高,不适合生产性畜禽场的常规检测。文章主要介绍与分析了反刍动物肠道发酵、畜禽舍、粪污贮存与处理过程中温室气体CH_4、CO_2、N_2O的检测方法和技术。畜牧业温室气体排放随时间、季节和采样点等不同而不断变化,实现畜牧业温室气体的精确监测较为困难,目前仍未有国际通用的检测方法与测量标准,畜牧业温室气体检测方法与技术及其标准研究亟待开展。文章从物理特征、化学特征及生物特征三个方面对畜禽场排放的颗粒物检测方法与技术进行了综述。畜禽场PM成分复杂,其吸附的NH_3、恶臭化合物、微生物的影响有待评估,因此亟待完善PM的物理、化学和生物成分的检测方法与技术,以获取畜禽场PM的全面特征信息。文章对畜禽场的主要恶臭物质成分和恶臭感官的检测方法与技术进行了综述。相比气相色谱-质谱联用法,采用专业嗅辨人员对恶臭浓度进行嗅辨分析的方法成本更高,且主观性较强。但气相色谱-质谱联用技术无法仅凭借气体样品确定所有气态有机化合物,同时难以确定引起恶臭的化合物种类。因此结合气相色谱与动态嗅觉仪可更全面的分析恶臭样品指标。文章还对国内外畜禽场空气污染物(包含有害气体、温室气体、颗粒物以及恶臭物质)的主要检测方法与技术进行综述,以期为我国畜禽养殖业的空气污染物检测技术的研发与应用提供参考。

牛作为反刍动物的代表,具有独特的生物学特征和重要的哺乳动物进化地位,是人类生产活动的重要工具和肉、奶等物质需求的主要来源。近10年来,牛全基因组研究取得了很多重要的进展,为解释牛的生物学特征和加快品种的分子育种进程发挥了重要作用,文章重点介绍了牛全基因组测序的相关研究成果,以及测序工作完成后的研究进展,讨论了牛全基因组测序工作的机遇、研究重点,以及今后面临的挑战。

禽蛋品质检测是食品安全和消费者权益的重要保障措施,传统禽蛋品质检测主要依赖人工进行,存在工作强度大、效率低且准确率波动大等弊端。光谱检测技术具有快速、安全、无损等优点,近些年来在禽蛋内部品质检测领域发展迅速。本文基于禽蛋的新鲜度、蛋白含量、脂肪含量、血斑肉斑、受精信息、种蛋性别、胚蛋活性等内部品质指标检测的有关研究,概述了近红外光谱、可见-近红外光谱、高光谱成像及拉曼光谱等光谱检测技术在禽蛋内部品质无损检测中的研究进展,分析总结了光谱检测技术在禽蛋无损检测中的应用特点与难点,并展望了其未来发展趋势,以期为我国蛋品无损检测研究及行业质量安全监管提供参考。

　以靶序列的选择、DNA提取和产物的检测为主线,概括了PCR(PolymeraseChainReaction,PCR)在定性检测基因修饰有机体(Geneticallymodifiedorganisms,GMOs)中的应用,指出了存在的问题以及未来的发展方向。

随着转基因技术的迅猛发展,转基因作物及其产品的安全性问题受到广泛关注,世界各国纷纷加大了对转基因生物及其产品的管理力度。转基因检测是转基因安全管理的技术保障,本文就国内外转基因作物及产品的检测技术进行了综述,重点介绍了目前使用较广泛的PCR、ELISA等转基因检测技术的原理和特点,提出了今后转基因检测技术的发展趋势和研究方向。

采用单酶切和双酶切AFLP技术分别对5种不同蔷薇品种基因组DNA的遗传多态性进行了检测,比较了2种方法的多态性比率。单酶切采用10条人工设计的与接头序列相识别的AFLP选择性引物,用PstⅠ酶切,共获得108个AFLP标记,片段大小在100~2000 bp,得到33个多态位点,多态性位点百分率为30.56%;双酶切采用25对双酶切AFLP引物,在50~600 bp扩增出清晰条带658条,得到182个多态位点,占总扩增带的27.6%。对多态性片段进行统计,计算出不同品种间的相似系数和遗传距离。结果表明:硕苞蔷薇同其它4种蔷薇的遗传距离偏远,且其它四种蔷薇的遗传距离均较近,这与蔷薇品种来源和培育史...