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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
向福 余龙江 栗茂腾 刘智
基于bioperl设计了大规模获取基因序列的方法程序,成功实现了Genbank中种子植物18SrRNA基因序列的大规模获取,解决了构建种子植物18SrRNA基因序列二级数据库的大规模数据获取问题。同时,该程序为不同类型序列的大规模获取都提供了一种较好的解决办法。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
程汉良 彭永兴 王芳 孟学平 阎斌伦 董志国
对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为19...
[期刊] 华北农学报
[作者]
毕燕会 邹丹燕 周志刚
通过基因克隆和序列测定,获得了海带(Laminaria japonica)配子体的18S rRNA基因序列,其长度为1 716bp,GenBank登录号为EU293553。以蓝藻为外类群,采用邻接法(NJ)对分属9个门的藻类的18S rRNA基因序列进行系统发育分析。结果显示,褐藻门的海带与蓝藻门的念珠藻Nostoc sp.PCC7120、红藻门的日本凋毛藻(Griffithsia japoni-ca)、绿藻门的莱哈衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)遗传距离依次为0.819,0.303和0.219;杂色藻类中,海带与隐藻门的蓝隐藻(Rhodomonas sp.CS24)...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
徐善良 周剑君 王丹丽 孙雪
采用PCR和DNA测序技术扩增和测序了2003~2008年间采自浙江省宁波、杭州、温州和金华4个地区7个地点桃花水母(Craspedacusta)核糖体小亚基rRNA(18S rRNA)基因,并与已知索氏桃花水母(Craspedacusta sow-erbyi)和中华桃花水母(Craspedacusta sinensis)18S rRNA基因序列进行了比对。结果显示:这7个地点的桃花水母与索氏桃花水母序列极为相似,相似度达99.67%~100%,遗传距离为0~0.002,而与同属中华桃花水母的遗传距离为0.013~0.015。分子系统学分析显示这7个地点桃花水母与索氏桃花水母分支的置信度高达1...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王朋云
采用透射电镜对丛粒藻(Botryococcus braunii)藻株AGB-Bb02和AGB-Bb03进行了亚显微结构观察,以rbcL和18S rRNA序列为目标基因进行克隆,结合研究从GenBank获取的黄藻纲、绿藻纲和共球藻纲13株相关微藻的rbcL、18S rRNA基因序列,运用Clustal X 1.8和MEGA4.0软件进行分析,用邻接法构建了系统发育树,并计算bootstrap值以评估其可靠性。结果显示,丛粒藻细胞由多层细胞壁包被,细胞内壁和外壁的腔隙中含有烃类物质,独特而发达的内质网膜系统与细胞质膜部分相连,叶绿体基质类囊体平行紧贴、无基粒结构,脂滴的分布与内质网和叶绿体相关;A...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
施慧 许文军 徐汉祥 史海东
"牛奶病"是近年来秋、冬季三疣梭子蟹暂养过程中发生的一种危害较大的流行性疾病,患病蟹的体液和肌肉组织中有大量的酵母菌。根据GenBank中的假丝酵母菌的18S rRNA基因序列设计合成引物,用PCR扩增患"牛奶病"三疣梭子蟹上分离到的酵母菌的部分18S rRNA基因,PCR产物经纯化回收后克隆入pUCm-T载体,筛选出阳性克隆进行测序,测序结果与已发表的序列进行同源性比较,同时以蟹源弧菌和寄生虫的DNA样本为对照。结果,所测序列与GenBank中假丝酵母菌的18S rRNA基因的同源性为84.4%～100%。同时,仅从试验用酵母菌DNA样本中扩增出了532bp左右的特异性片段,其他对照样本均未...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈丽梅 李琪 李赟
采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马英 关瑞章 郭松林 邓德波 张俊荣
对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
毛华明 马松成 陈静 邓卫东 和天宝
【目的】研究大额牛(Bos frontalis)瘤胃细菌16S rRNA基因序列,为揭示大额牛瘤胃细菌组成的多样性以及开发这一珍稀生物资源提供分子生物学依据。【方法】采用细菌通用引物F27和R1492对目标基因进行PCR扩增,克隆、测序后利用Neighbor-joining方法构建系统进化树。【结果】共获得147个16S rRNA基因序列,在GenBank登录号为DQ673466～DQ673612。按照97%的相似性标准,这些序列被分为86个操作分类单元。有16个序列与已培养菌的序列相似性≥97%,占总序列的10.9%;另有22个序列与已培养菌的序列相似性为90%～97%,占总序列的15%;剩...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨霞 陈陆 王川庆
由于16S rRNA基因序列的保守性和存在的普遍性,应用16S rRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具。文章就该基因的特征、研究方法、检测方法及临床应用与研究的新进展等作以简要综述,同时对存在的问题进行了探讨。
关键词：
16S rRNA 分子指标 细菌分类鉴定
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高天翔 吉崎悟朗 渡边精一
首次进行了中华绒螯蟹（ Ｅｒｉｏｃｈｅｉｒ ｓｉｎｅｎｓｉｓ）线粒体 ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ的序列分析。参考果蝇、蚤状溞序列对中华绒螯蟹线粒体ＤＮＡ １２ＳｒＲＮＡ基因片段做了引物设计、ＰＣＲ扩增及序列测定，结果得到 ４５７ ｂｐ的碱基序列，其Ａ、Ｔ、Ｇ、Ｃ含量分别为 １５９ｂｐ（３４．７９％）、１７７ｂｐ（３８．７３％）、５１ｂｐ（１１．１６％）、７０ｂｐ（ １５． ３２％），与果蝇、蚤状溞的相同基因片段的序列含量基本相似。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰
采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定...
[期刊] 水产学报
[作者]
高天翔 王玉江 刘进贤 渡边精一 伏屋玲子
对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scyllaserrata(Forskl)、S.oceanica(Dana)和S.tranquebarica(Fabricius)的线粒体12SrRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示:S.serrata、S.oceanica及S.tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本虫寻和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑俊斌 张凤英 马凌波 陆亚男
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS)区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp。结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系。遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum)等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%~99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
吕杨 宋超 刘媛媛 赵峰 张涛 高宇 庄平
为了确定线粒体１６Ｓ ｒｒＮＡ基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用，采用１６Ｓ ｒｒＮＡ基因特异扩增测序及ＧｅＮ ＢＡＮｋ已有序列联合配对分析的方法，对长江口虾虎鱼科９属１１种鱼类３４个１６Ｓ ｒｒＮＡ基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示，虾虎鱼科鱼类该片段的Ａ含量明显高于其它３个碱基含量，Ａ＋Ｔ的平均含量高于Ｇ＋Ｃ的平均含量，第３密码子位点Ｇ＋Ｃ含量最高，其平均值为５１．１％，变化范围为４９．８％～５３．２％。全部转换位点多于颠换位点，转换／颠换比值为１．４５。依据ＭＡｘｉＭｕＭ ＣｏＭｐｏＳｉＴｅ ＬｉｋｅＬｉｈｏｏｄ模型，得出１１种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均．．．
关键词：
虾虎鱼科 16S rRNA 分子系统分类
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