【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦,是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一,具有生长速度快,瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。【结论】获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。

为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.

为了筛选槐猪和杜洛克猪背最长肌中的差异表达基因，对槐猪和杜洛克猪背最长肌进行转录组测序，并进行生物信息学分析．结果表明，槐猪和杜洛克猪分别获得３６ １７７ ８４４和３４ ４９６ ４５０条可用读段，且与猪参考基因组的比对率分别为７８．７１％和８０．０９％．槐猪和杜洛克猪间共有９５３个差异表达基因，以杜洛克猪为对照组，槐猪与之相比，有５８９个上调基因和３６４个下调基因．槐猪和杜洛克猪的差异表达基因共分类到４８个基因本体（ＧＯ）条目中，其中，细胞组分１３个、分子功能１２个和生物学过程２３个．显著富集的ＫＥＧＧ通路共计６个，其中，ＰＰＡＲ信号通路是与调节脂类代谢显著相关的通路．

【目的】为获得白芷转录组序列信息,了解不同产地间白芷的差异表达基因情况。【方法】以白芷根为研究对象,采用Illumina HiSeq X Ten平台对不同产地白芷进行高通量转录组测序,并对其差异表达基因进行筛选和分析。【结果】川白芷产地间、亳白芷产地间及川白芷与亳白芷间的差异基因总数分别为2686、1704、11 549条,分别被GO富集注释11 038、434、5604条,差异基因的主要功能与细胞组成、细胞、细胞器、结合、催化活性、细胞过程及代谢过程有关。KEGG通路分类显示,差异表达基因被分为4大类,24个小类,所在通路主要与代谢过程相关。与白芷主要化学成分香豆素和挥发油合成相关的4-香豆酸连接酶、丙氨酸氨解酶、3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶在川白芷中表达量升高,1-脱氧-D-木糖-5-磷酸合成酶、脱氢多萜醇焦磷酸合成酶在川白芷中表达量降低。【结论】通过转录组测序分析了不同产地白芷根基因差异表达状况,为白芷药材道地性品质的形成提供了理论依据。

为完善五指山猪基因结构和发掘新基因,采用转录组测序(RNA–Seq)技术对6、8月龄五指山猪背最长肌组织转录组进行分析。经过质量控制,分别得到65 683 578条(6月龄)和65 464 156条(8月龄)有效序列;与猪基因组比对后发现,转录本序列分别为20 102、25 719个;通过与各数据库进行序列对比,功能基因分别有18 206、18 374个;朋6、8月龄五指山猪样品中预测的新转录本分别有687、737个,长度为180~14 884 bp,新转录本最少的仅含有1个外显子,而最长的包含40个外显子;新预测的可变剪接分别有28 670、32 940个,内含子保留(intron retention,IR)模型在6月龄五指山猪中的数量最多,而在8月龄猪中却以外显子跳跃(skipped exon,SE)剪切模型为主;对6 932个(6月龄)和7 110个(8月龄)基因结构进行优化,分别有2 785、2 950个基因3’端发生了延伸,4 147、4 160个基因5’端发生了延伸;分别筛选出103 250个(6月龄)和110 545个(8月龄)SNP位点,均以转换型SNP位点数量居多。

【目的】筛选皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因。【方法】采集皖南花猪和大约克猪背最长肌（各３头），测定其肉质性状指标，并提取其ＲＮＡ，采用高通量转录组测序（ＲＮＡ－ｓｅｑ）技术进行测序，对所获序列进行ＧＯ和ＰＡｔｈｗＡｙ显著性富集分析。【结果】测序后皖南花猪３个样本得到的总序列数分别为６５ ５８４ １２６，６４ ３２７ ７３８和５９ ２４４ ５０２，其中有效序列达到９４．４％，９４．３％和９４．２％；大约克猪３个样本得到的总序列数分别为５７ ９６９ １３４，６８ ２５４ １６８和７２ ２９８ １４２，其中有效序列达到９３．８％，９３．７％和９３．８％。测序饱和度良好，证明测序数据真实可．．．

【目的】通过分析蓝塘猪和长白猪生长发育过程中品种间骨骼肌组织差异表达基因及顺式天然反义转录本(cis-natural antisense transcripts,cis-NATs),并以此为基础进行整合分析,探索cis-NATs调控猪骨骼肌生长发育的分子机理。【方法】使用差异表达分析鉴定蓝塘猪和长白猪胚胎期35 d至出生后180 d共10个时间点品种间差异表达基因及cis-NATs(|log2FC|≥1且FDR<0.01);然后通过功能富集分析注释出差异表达基因及cis-NATs对应的正义基因主要参与的GO生物学过程(P<0.01)及KEGG通路(P

为了研究饲粮蛋白水平对猪骨骼肌中CaN,NFAT和CaM蛋白表达量及肌肉剪切力的影响,探讨各个蛋白表达与剪切力之间的关系。试验选用90头约50kg的杜洛克×长白×大白三元杂交猪(公母各半,公猪去势),随机分为3个处理组,每个处理组3个重复,每个重复10头,分别饲喂蛋白质水平为12%、16%和20%的饲粮,各饲粮能量及氨基酸模式保持一致,饲养58d后屠宰取样,用蛋白质免疫印迹法测定猪背最长肌中CaN、NFAT和CaM的蛋白相对表达量。结果表明:饲粮中不同蛋白质水平对猪骨骼肌中CaN蛋白相对表达量影响极显著(p0.05),但随着饲粮中蛋...

分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用ＲＮＡ－Ｓｅｑ技术进行转录组测序，对测序结果进行ｄｅ Ｎｏｖｏ拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ数据库中进行比对注释，此外，基于ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得８６ ５７５ ６３１条ＲｅＡｄＳ，ｄｅ Ｎｏｖｏ组装得到８４ ７４１条ｕＮｉＧｅＮｅＳ，共有４９ ８２９条被ＮＲ、ＣｏＧ、Ｇｏ、ＫｅＧＧ、ＳｗｉＳＳ－ＰＲｏｔ注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体Ｎｏ．３０这２个测序．．．

采用错配PCR-RFLP法检测胰岛素样生长因子2基因(IGF2)内含子3的G3072A位点变异对长×大杂交猪肌肉生长和脂肪沉积的影响,并采用实时荧光定量PCR法分析该变异对出生后的长×大杂交后代猪背最长肌中IGF2mRNA表达发育性变化的影响。结果显示:IGF2内含子3的G3072A位点变异(G→A)对猪背膘厚和活体瘦肉率均存在显著或极显著影响,表现为遗传父本A等位基因的个体能够增加活体瘦肉率和减少背膘厚;在长×大杂交后代的背最长肌中,IGF2mRNA的表达量在遗传父本A等位基因的个体中显著高于遗传父本G等位基因的个体,在42和180日龄时达显著水平(P<0.05),而在70、90和120日龄...

用相对定量RT-PCR方法研究大白猪和二花脸猪背最长肌中肌肉生长抑制素(Myostatin)和生肌调节因子(Myo-gen in)基因表达的发育性变化并进行品种及性别间比较。研究结果表明:大白猪公猪MyostatinmRNA表达水平在20日龄时达到高峰且显著高于相同日龄二花脸公猪(P<0.05),而二花脸公猪在45日龄时才显著升高,其他日龄品种间差异不显著。二花脸公猪和母猪出生后MyostatinmRNA表达水平均表现为上升,45日龄时达到高峰,120日龄时公母猪间差异显著(P<0.05)。二花脸公猪与大白猪公猪MyogeninmRNA的表达发育模式基本相同,均在20日龄达到最高值,品种间差异...

对松辽黑猪繁殖性状的表型参数和遗传参数进行了分析研究,结果表明:乳头数14.11个,产仔数13.45头,产活仔数12.54头,初生窝重15.79kg,初生个体重1.37kg,断奶仔数10.04头,断奶窝重122.84kg,断奶个体重12.45kg。繁殖性状乳头数、产仔数、产活仔数、初生窝重、初生个体重、断奶仔数、断奶窝重和断奶个体重的遗传力分别为0.528,0.138,0.118,0.427,0.382,0.147,0.243,0.212。繁殖性状间的表型相关介于-0.481～0.901之间,遗传相关在-0.371～0.913之间。断奶窝重与所有繁殖性状间都存在着正的表型相关和遗传相关,因此断...

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

为比较五指山猪和长白猪生长后期肌肉生长发育的差异,以6、8月龄五指山猪和长白猪为试验对象,采用同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ)对其背最长肌总蛋白进行鉴定,结合生物信息学技术筛选品种间和品种内差异蛋白,并对其进行KEGG通路富集分析。结果表明:4组样品中共鉴定到1713个蛋白;五指山猪和长白猪品种间比较,6、8月龄猪中分别有460、337个差异的蛋白;品种内2个生长阶段比较,五指山猪和长白猪中分别有421、275个差异蛋白;2种比较均为上调的差异蛋白数多于下调差异蛋白数;KEGG通路分析发现,在五指山猪和长白猪品种间,6、8月龄在2个品种间的差异蛋白富集到差异显著(P<0.05)的条目分别为34、33个,在品种内,五指山猪和长白猪在2个生长阶段间的差异蛋白富集到差异显著(P

为了探讨猪KIT基因等位基因的识别及KIT基因和毛色的关系,为实现猪毛色的定向分子育种奠定基础。以皮特兰、棕色杜洛克、白色杜洛克、长白猪、大白猪、B系猪、荣昌猪、盆周山地猪共8个品种(系)98头猪为试验材料,利用焦磷酸测序技术检测了猪KIT基因第17内含子区第一核苷酸处G→A突变的比例,推测了猪在KIT基因座位上的基因型或基因型组合。结果表明,A/A+G呈现明显的品种特征:棕色杜洛克、盆周山地猪、荣昌猪、皮特兰猪KIT基因A/A+G均在20%以下,推测棕色杜洛克和盆周山地猪在KIT基因座位上的基因型为ii,荣昌猪、皮特兰在KIT基因座位上的基因型为ii、IPi和IPIP;白色杜洛克、大白猪、长...