为了探讨猪KIT基因等位基因的识别及KIT基因和毛色的关系,为实现猪毛色的定向分子育种奠定基础。以皮特兰、棕色杜洛克、白色杜洛克、长白猪、大白猪、B系猪、荣昌猪、盆周山地猪共8个品种(系)98头猪为试验材料,利用焦磷酸测序技术检测了猪KIT基因第17内含子区第一核苷酸处G→A突变的比例,推测了猪在KIT基因座位上的基因型或基因型组合。结果表明,A/A+G呈现明显的品种特征:棕色杜洛克、盆周山地猪、荣昌猪、皮特兰猪KIT基因A/A+G均在20%以下,推测棕色杜洛克和盆周山地猪在KIT基因座位上的基因型为ii,荣昌猪、皮特兰在KIT基因座位上的基因型为ii、IPi和IPIP;白色杜洛克、大白猪、长...

为适应口岸单孢子虫快速、准确、高通量检测的需求,建立一种基于PCR及焦磷酸测序技术平台的单孢子虫鉴定方法。以OIE推荐的PCR扩增方法获得单孢子虫特异基因,根据此基因的保守序列利用焦测序软件PyroMarkQ96ID设计专用引物进行PCR扩增及焦磷酸测序,测得序列经比对分析确定为单孢子虫序列。同时采用PCR焦磷酸测序方法和OIE推荐的PCR方法对牡蛎样品进行检测。结果表明,所建立的检测方法可从基因序列水平上准确鉴定牡蛎样品中的单孢子虫,且检测结果与OIE方法的检测结果一致。

为探索建立基因编辑农产品的检测方法,本研究以猪MSTN基因定点编辑位点为靶标,通过设计PCR-焦磷酸测序引物、优化测序碱基次序、构建标准曲线等步骤,建立基于焦磷酸测序技术的基因编辑产品定性和定量检测方法。结果表明,该方法能够准确检测出MSTN基因第3外显子的AG缺失位点,具备基因分型定性判定和等位基因频率定量检测的功能,从而准确检测样品是否为MSTN基因编辑猪产品,以及样品基因编辑产品的含量。

焦磷酸测序是一种新型的DNA测序技术,近年来开始应用于单核苷酸多态性(SNPs)检测。组织蛋白酶基因(Cathepsin-L,CTSL)在对虾的蜕皮周期中起重要的作用。本研究利用焦磷酸测序技术,对96个凡纳滨对虾的CTSL基因序列(GenBank登录号:AY366355)的C681G SNP位点进行检测分型。结果发现C/C、C/G和G/G基因型,频率分别是0.81、0.16和0.03,频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。统计分析结果表明在该群体中C681G SNP和体重关系不显著(P>0.05)。研究结果显示焦磷酸测序技术是一种高效的SNP检测技术,可以在对虾的遗传研究中发挥重要作用...

选择33头猪（14头基因型已知，19头未知）提取血液DNA，进行聚合酶链反应扩增得到含有突变位点的659bP的CRC基因特异片段，经过HhaⅠ酶切和电泳检测，可以鉴别氟烷基因型。14头猪通过氟烷测验与氟烷测交鉴别的基因型与PCR-酶切鉴别氟烷基因型结果完全吻合。

以南高丛蓝莓和兔眼蓝莓当年生半木质化枝条做外植体,通过对不同天气的外植体采集、外植体单株芽数的对比、灭菌时间的不同处理、不同激素培养基培养的对比试验,发现其中外植体采集以晴天,叶片无水珠采集为宜,以规模化生产为目的的外植体以单株2个芽为宜,外植体最佳灭菌方法 0.1%升汞,嫩部处理6 min,木质化程度相对较高部分处理10 min,污染率在27%以下。芽诱导培养基配方以MWPM+ZT(2.0~3.0 mg/L)+NAA 0.1 mg/L,琼脂6.0 g/L,蔗糖25 g/L,pH 5.0为宜,平均萌芽时间为8 d,平均萌芽率在80%以上,且芽质量较好。

以洋常春藤叶片为材料，采用同源ＲＴ–ＰＣＲ方法，克隆获得了洋常春藤法呢基焦磷酸合成酶基因，其Ｃ ＤＮＡ序列大小为１ ０５０ ｂＰ，开放阅读框为１ ０２６ ｂＰ，推测编码３４２个氨基酸残基，该序列的核苷酸、氨基酸与五加科植物有同源性；用在线数据软件进行分析，推测该蛋白可能存在于细胞质之中，定位在细胞膜外，ＦＰＳ蛋白的相对分子质量为３９ ７３５．７；该蛋白含有２个天冬氨酸保守结构域，其二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主；双子叶植物系统进化树分析结果表明，洋常春藤的ＦＰＳ与刺五加、人参、三七、西洋参、辽东楤木的ＦＰＳ亲缘关系最近，这一结果符合传统的分类法规则。

【背景】肌肉生长和脂肪沉积是猪生产中非常重要的经济性状,同时也是复杂的数量性状,受到众多因素的影响。长白猪原产于丹麦,是目前世界上使用最为广泛的瘦肉型猪种之一,具有生长速度快,瘦肉率高等特点,但肉质欠佳。松辽黑猪是以民猪、长白猪和杜洛克猪为素材经过三元杂交育成的黑色母系地方培育品种,具有繁殖率高、肉质优良、适应性强、耐粗饲等特性。二者在肉质方面存在较大差异。【目的】采用高通量测序技术对松辽黑猪和长白猪的背最长肌转录组进行分析,筛选影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA),为猪肉品质研究提供新的参考信息。【方法】采集6头松辽黑猪和6头长白猪的背最长肌作为样本,提取其RNA,将每个品种内的个体取等量RNA混池,采用Illumina HiSeq 2500高通量测序技术对混池后的样本RNA进行测序,然后对所获得的Reads进行比对、注释和差异表达等分析,筛选出差异表达mRNA和lncRNA并进行相关生物学功能富集分析。而后在筛选出的差异表达mRNA和lncRNA中各挑选10个基因,包括5个上调基因和5个下调基因,采用荧光定量PCR(Real-time PCR, RT-PCR)方法鉴定所选mRNA和lncRNA的表达水平,并验证测序结果的可靠性。【结果】将得到的原始数据进行质量控制后,每个样本分别得到103 M和150 M reads,其中98%以上reads质量较高,满足进行下一步分析的要求。将reads比对到参考基因组上,共得到26 774个转录本,其中包括8 428个新的转录本。采用edgeR软件包进行差异表达分析,参考标准是错误发现率(false discovery rate, FDR)小于0.05和差异倍数大于2(fold change, FC)。在2个猪种中共得到4 239个显著差异表达的mRNA,其中在松辽黑猪肌肉中2 023个上调,2 216个下调。其中HLCS、BTD、DGKα、LPIN1、FGF1、FGF10、FGFR1和ZNF7等基因参与脂类代谢和肌肉发育相关的调控。差异表达的mRNA的生物学功能富集分析发现,其主要富集在细胞发育、生物代谢调控、肌肉发育、脂类代谢等相关的信号通路和生物代谢途径上。同时,在2个猪种中还检测到的178个差异表达显著的lncRNAs,其中在松辽黑猪肌肉组织中有84个上调,94个下调。联合差异表达lncRNAs的靶基因预测和差异表达基因结果分析,显示有4个差异表达的lncRNA与差异表达mRNA存在潜在的调控关系,分别是TCONS-00041713、TCONS-00041712、ENSSSCT00000034982、ENSSSCT00000034269。同时10个差异表达mRNA和10个差异表达lncRNA的RT-PCR结果显示:其表达水平在两组中同样差异显著,且与转录组测序中表达的趋势相似,表明高通量测序结果具有可靠性。【结论】获得了影响猪肌肉生长、肉质和脂肪沉积的关键mRNA和lncRNA,同时发现了几对差异表达lncRNA和mRNA之间可能存在着潜在的调控关系。这些潜在调控关系的发现,可能对于研究调控肌肉组织代谢活动的分子机制的具有一定意义,并为其提供新的参考信息。

在构建M.huakuii tpp基因突变株的基础上,通过自生生长和植物盆栽试验,研究焦磷酸硫胺素结合蛋白tpp基因在根瘤菌的生长及与紫云英宿主共生固氮过程中的功能。通过同源重组获得华癸中慢生根瘤菌tpp突变菌株HKtpp,并进一步研究tpp基因突变对菌株生长及共生固氮功能的影响。结果显示:tpp基因突变会减缓菌株生长,突变菌株胞内的谷胱甘肽还原酶活性显著降低。植物盆栽试验表明,突变菌株感染紫云英宿主形成有效的红色根瘤,但是其固氮酶活降低了26.4%。结果表明:tpp基因在根瘤菌的生长和共生固氮中发挥着重要作用。

【目的】探索靶向捕获测序技术的猪单倍型基因组选择研究效果，为我国猪分子育种提供借鉴。【方法】收集了1 267头大白猪的生长性能测定记录和800头大白猪的繁殖记录，利用基于靶向捕获测序技术（genotyping by target sequencing,GBTS）开发的猪50K液相芯片（液相50K）以及靶向捕获重测序数据进行基因型分型，对靶向捕获重测序数据进行单倍型分析，比较固定SNP数目、固定物理间距和靶向block三种单倍型区块划分方法以及单个SNP数据的基因组选择准确性。其中靶向block方法是基于靶向捕获测序技术设计的一种单倍型区块划分方法，通过将靶位点与其上下游400 bp内SNP(mSNP)组合为一个block的方式构建单倍型。本研究对每个单倍型区块采用Beagle5.1进行单倍型推断后，将不同单倍型重新编码为单倍型等位基因，然后利用单倍型剂量模型构建单倍型基因型矩阵，采用一步法模型（ssGBLUP），估计达百公斤体重日龄(AGE)、百公斤活体背膘厚(BF)和总产仔数(TNB)三个性状的基因组育种值。对两个生长性状（AGE和BF）使用双性状动物模型进行估计，对总产仔数性状使用单性状重复力模型。使用年轻群体验证和5倍交叉验证两种验证方法，计算基因组估计育种值与育种值之间的相关系数和基因组估计育种值对估计育种值的回归系数，分别评价单倍型基因组预测准确性和无偏性。【结果】年轻群体作为验证群体的基因组预测结果表明，相较于液相50K SNP，基因型质量控制后，靶向捕获重测序标记数由液相50K的42 302增加到了88 105，但其对三个性状的基因组选择准确性反而有所下降。通过靶向block方法划分的单倍型区块平均包含SNP 2.08个、单倍型等位基因5.67个。基于三种单倍型区块划分方法进行的单倍型基因组选择准确性都得到了提高，其中靶向block提升幅度最大，AGE、BF和TNB三个性状准确性比液相50K分别提高了4.80%,1.98%和6.04%，靶向block多数情况下基因组预测无偏性最优。交叉验证结果与年轻群体验证相似，靶向block方法相较于单标记SNP和其他单倍型区块划分方法均有一定优势，固定间距400 bp划分单倍型的基因组选择效果与靶向block单倍型接近但计算时间增加；固定2个和5个SNP单倍型区块划分方法单倍型基因组预测准确性较单个SNP均有一定提升，但低于靶向block单倍型。【结论】由于液相芯片标记的特点，靶向重测序数据mSNP与液相50K SNP芯片标记多数处于高度连锁不平衡状态，利用靶向block划分的单倍型基因组选择准确性优于50K SNP以及其他两种单倍型区块划分方法，进一步利用了液相芯片的技术优势，拓宽了基于GBTS技术的液相芯片在基因组分析方面的应用。

【目的】法尼基焦磷酸合酶（ｆａｒｎｅｓｙｌ ｄｉｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ，ｆｐｓ）是天然橡胶生物合成的甲羟戊酸途径中的关键酶，获得橡胶草ｆｐｓ基因并转化野生橡胶草，为研究ｆｐｓ基因在橡胶草橡胶生物合成过程中的调控作用奠定基础。【方法】采用同源克隆的方法获得橡胶草ｆｐｓ基因全长ｃ ｄｎａ序列，并对该基因进行生物信息学分析。对橡胶草和其他１８种不同高等植物的ｆｐｓ氨基酸序列进行多序列比对及进化树分析。提取橡胶草不同组织：根、叶柄、叶、花梗、花和种子ｒｎａ，对ｆｐｓ基因进行组织特异性表达分析，并对不同生长时期的橡胶草ｆｐｓ表达量进行比较，分析橡胶草生长过程中ｆｐｓ的调节作用。将该基因在野．．．

2-甲基-D-赤藓糖醇-2,4-环焦磷酸合酶(MDS)基因曾被认为是调控植物2-甲基-D-赤藓糖醇4-磷酸(MEP)途径的一个关键节点。为解析杜仲MDS基因序列信息和预测基因功能,以叶片cDNA为模板,采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)及cDNA末端快速扩增(RACE)技术分离出杜仲MDS基因的cDNA克隆,并通过一系列生物信息学方法进行序列分析。结果表明:EuMDS基因cDNA全长976 bp,5′端非编码区长119 bp,3′端非编码区长146bp,编码236个氨基酸。推导EuMDS氨基酸序列中包含转运肽序列(A1~A56)以及多个植物MDS蛋白保守的功能位点(A84,A87,A8...

为研究饲喂钩吻对仔猪肾脏的影响,将10头健康雄性去势二元杂种(长白猪×大白猪)断奶仔猪,随机分为对照组和给药组,每组5只.对照组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮,给药组仔猪饲喂不含抗菌药物的全价日粮+2%钩吻全草粉末,连续饲喂45 d后,分别采集两组猪的肾组织,对其进行高通量测序,并对差异表达基因进行基因本体论(GO)功能分类及京都基因和基因组百科全书(KEGG)数据库分析.结果显示,两组肾脏中共有301个差异表达基因.与对照组相比,给药组有180个基因显著下调,121个基因显著上调,其中与代谢、转运相关的基因,如溶质载体家族2成员13(SLC2A13)、溶质载体家族35成员5(SLC35A5)、含黄素单氧化酶2(FMO2)、醛氧化酶1(AOX1)等出现显著下调(P<0.05).荧光定量PCR对差异表达基因进行验证,其结果与转录组学结果基本一致.表明饲喂钩吻对仔猪肾脏的物质转运和药物代谢有一定影响.

为深入研究金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理,在成功提取金花茶花瓣总RNA的基础上,利用同源克隆和RACE技术克隆得到了异戊烯焦磷酸异构酶基因的cDNA序列全长,命名为CnIPI。碱基序列分析表明:CnIPI基因全长916 bp,包含有一个长度为747 bp编码248个氨基酸的开发阅读框。生物信息学分析表明:该基因编码的CnIPI蛋白质分子量为27.97 kD,为稳定亲水性蛋白,无信号肽;CnIPI蛋白的二级结构以无规则卷曲为主,β-折叠所占比例最少;CnIPI蛋白含有一个典型的异戊烯焦磷酸异构酶结构域。氨基酸序列同源性分析结果表明:CnIPI蛋白与茶、月季、杜鹃等植物IPI蛋白的同源性高于86%。CnIPI基因的克隆使全面理解金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子途径取得了新的突破,为进一步深入研究CnIPI基因的功能及金花茶花瓣类胡萝卜素合成的分子机理奠定了良好的理论基础。

采用cDNA末端快速扩增方法,获得了番木瓜果实GDP-D-甘露糖焦磷酸化酶(GMP)基因的cDNA全长序列,将其命名为CpGMP,GenBank登录号为FJ489652.然后,根据拼接序列设计开放性阅读框上、下游引物,扩增得到了CpGMP基因的开放性阅读框序列和DNA序列.ORF序列编码361个氨基酸,DNA序列包含4个外显子和3个内含子.序列分析表明,番木瓜GMP与大果黄褥花、桃、番茄、拟南芥、水稻GMP的同源性分别为90.30%、89.47%、88.92%、88.09%、85.87%.半定量RT-PCR分析表明,CpGMP基因随着番木瓜果实的成熟表达量逐渐增加,软化时又逐渐降低.