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[期刊] 情报理论与实践
[作者]
杨文 韩涛 孙志茹
在分析生物信息学领域已有数据库、整合平台的基础上,归结了目前生物学数据库融合的两种模式:交叉引用模式和集成模式,并总结了目前系统的不足及数据库融合面临的困难,为进一步研究序列库与文献库的整合打下基础。
关键词:
生物信息学 数据库 整合
[期刊] 情报学报
[作者]
万跃华 何立民
大量的蛋白质和核酸数据的积累与理性地分析这些数据中所蕴涵的生物学意义的双重需要 ,产生了综合生物学研究与计算技术研究等领域最新成果的交叉性学科生物信息学。本文分别从生物信息学的基因组数据库 ,核酸和蛋白质一级结构序列数据库 ,生物大分子 (主要是蛋白质 )三维空间结构数据库 ,以及以这 3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库 (包括基因组二次数据库、蛋白质序列二次数据库、蛋白质结构二次数据库 )和生物信息学数据库的集成系统等几个方面 ,概述了发展中的生物信息学数据库的最近动态和有关信息 ,同时对主要的热门生物信息学数据库站点和资源进行了评价。此外 ,就国内生物信息学数据库存在的问题与前景进...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王俊斌 李明 丁博 包曙光 王锐 谢晓东
为获得更多小麦抗逆基因资源,利用RT-PCR方法克隆了磷脂酶D基因(PLD),命名为TaPLDα,并对基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,TaPLDα开放阅读框为2 394 bp,编码812个氨基酸残基,等电点5.30,分子量为92 kDa。序列分析显示,TaPLDα基因编码的氨基酸序列含有N端C2结构域及2个保守的活性中心。预测TaPLDα蛋白是一个亲水性稳定蛋白且定位于细胞质,其二级结构含28.82%的α-螺旋、20.07%的延伸链、6.03%的β-转角和45.07%的不规则卷曲。该蛋白不存在信号肽,无跨膜区。TaPLDα与水稻、玉米和拟南芥的PLDα氨基酸序列之间具有高度的保守性...
关键词:
小麦 磷脂酶Dα 基因克隆 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
白牡丹 王彩虹 田义轲 陈宝印 刘云龙
GA2ox是赤霉素合成代谢的关键酶,以苹果品种富士茎尖为供试材料,应用同源克隆技术克隆GA2ox基因,获得长度为1 656 bp的DNA序列和1 014 bp cDNA序列。对比分析表明,DNA序列存在3个外显子和2个内含子。GA2ox的开放性阅读框编码337个氨基酸残基,推断其相对分子量为37.679 8 kDa,等电点为6.41。蛋白质结构域检索表明,GA2ox属于依赖于2-酮戊二酸的双加氧酶家族成员;氨基酸同源性分析表明,GA2ox与已报道的其他植物的GA2ox氨基酸序列同源性为51%~97%;氨基酸聚类分析表明,苹果和梨首先聚类,其次是毛果杨。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
蒋雪梅 胡廷章 向兴胜 戚文华
本文利用生物信息学方法搜索毛果杨全基因组中完整型SSRs序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,毛果杨全基因组共统计了143 810个SSRs序列,占其全基因组长度的比率为0.63%,其全基因组SSRs序列出现频率为331.26个/Mb。毛果杨基因组中SSRs数量最多的是第1条染色体,其次是第2、5、6条染色体,数量较少的是第9条染色体。毛果杨各条染色体上SSRs序列出现频率在310~360个/Mb,无明显差异。通过检验表明,毛果杨染色体长度与其所含SSRs频率和密度无相关性(Kendall's tau-b,P>0.05;Spearman's rho,P>0.05),而其染色体长度与其所含S...
关键词:
杨树 全基因组 微卫星标记 生物信息学
[期刊] 图书馆论坛
[作者]
戚筠 何琳
深化对国内外领域数据库FAIR原则实践研究,奠定进一步开展科学数据的管理工作布局与实践基础,为不同学科领域的数据开放路径提供支持。采用文本分析法对国内外11个生物信息学领域数据库的介绍文献内容进行编码,探索其FAIR原则实践进展。通过分析生物信息学领域数据库的可发现、可访问、可互操作和可重用的FAIR原则实践,发现FAIR原则在生物信息学领域的数据实践研究中存在管理与应用两方面的不足。建议在后续FAIR原则实践中,生物信息学领域数据库在设计和管理上规范标准并不断创新,丰富领域数据相关描述,遵循通用且符合FAIR原则的数据库规定,实现领域中各数据库平台的互联互通,提高数据开放共享。
[期刊] 情报学报
[作者]
黄科 曹家树 吴秋云 温庆放
生物信息学是生物技术的核心 ,是一门由生物、数学、物理、化学、计算机科学、信息科学等多学科交叉产生的新兴学科。本文介绍了生物信息学的概念 ,分析了发展生物信息学对现今科学发展的重大意义。根据生物信息学的发展特点 ,具体分析了生物信息学研究的内容 :基因组序列的分析 ;基因进化 ;药物设计 ;基因区域预测 ;基因功能预测 ;蛋白质结构预测。评述了生物信息学发展的现状 ,指出我国生物信息学发展中存在的问题 ,并对我国发展生物信息学提出了一些建议。最后分析了生物信息学发展的方向 ,展望了生物信息学的发展前景
关键词:
生物信息学 生命科学 新兴学科
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
勿都巴拉 吴江鸿 丽春 胡斯乐 高树新
为分析绒山羊JAG1蛋白结构特征,及其在不同毛囊生长期中的表达模式,从阿拉善种羊场选择2周岁、体重相近的3只内蒙古绒山羊母羊,利用生物信息学方法比对绒山羊JAG1氨基酸序列与其他物种的相似性,分析JAG1蛋白质理化性质和结构特征;利用免疫组化和实时荧光定量PCR检测其在内蒙古绒山羊皮肤中的表达部位和表达量。结果表明,绒山羊JAG1氨基酸序列与绵羊相似性可达99.5%,JAG1蛋白信号肽位于第1~29个氨基酸序列,含有一个剪切位点和一个跨膜结构,具有61个丝氨酸、26个苏氨酸、19个酪氨酸磷酸化位点,63个O-糖基化位点,6个N-糖基化位点,属于不稳定亲水蛋白。在毛囊退行期(1月份)和休止期(4月份)未检测到JAG1蛋白的表达;生长前期(7月份)和生长期(9月份)在毛乳头细胞中表达。JAG1 mRNA在内蒙古绒山羊皮肤毛囊的4个时期均有表达,随着毛囊进入生长期JAG1 mRNA表达量逐渐增加,生长期皮肤中的表达量显著高于其他阶段(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
孙丽丽 晋秀娟 赵锴 Md Ashraful Islam 卢娟 王曙光 孙黛珍
半胱氨酸蛋白酶是蛋白质降解过程中的一类水解酶,参与植物的衰老与成熟,在植物生长发育过程中发挥重要作用。基于前期得到的小麦衰老阶段转录组数据中筛选到一个衰老特异的半胱氨酸蛋白酶(senesence-specific cysteine protease,SAG39),为了研究该基因在小麦衰老过程中发挥的作用,采用生物信息学分析方法和实时荧光定量(qRT-PCR)技术对TaSAG39的基因结构和表达模式进行分析。结果表明,其氨基酸序列与小麦祖先种节节麦、野生二粒小麦以及硬粒小麦亲缘关系最近,含有木瓜蛋白酶亚家族特有的活性位点Cys-His-Asn以及EFNIN结构。TaSAG39-5A、TaSAG39-5B、TaSAG39-5D基因组全长分别为1 445,1 435,1 439 bp,编码序列长分别为1 041,1 050,1 038 bp,均含2个外显子和1个内含子;其编码的蛋白分别由346,349,345个氨基酸组成,分子质量约37 ku,等电点5.53~5.67,为稳定的带负电的亲水性蛋白;主要构成元件为无规则卷曲和α-螺旋,在蛋白质N段含有信号肽,具有保守的Inhibitor_I29和Peptidase_C1结构域,含有35~37个磷酸化位点,其中以丝氨酸磷酸化位点和苏氨酸磷酸化位点为主。TaSAG39蛋白可能与半胱氨酸蛋白酶抑制剂以及14-3-3蛋白互作,该基因启动子中含有脱落酸、茉莉酸甲酯、生长素、光、干旱、低温以及胁迫响应等有关的顺式作用元件。qRT-PCR结果证实,TaSAG39基因受自然衰老、黑暗、干旱、茉莉酸甲酯、高温、生长素诱导表达,在自然衰老过程中基因的诱导表达最为显著。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李姗姗 黄梦婷 青雨虹 许静 黄君梅 凌辉 阙友雄 黄宁
为探究甘蔗PROTEOLYSIS 1(PRT1)基因与黑穗病菌的互作关系,以甘蔗割手密种和栽培品种为研究对象,通过RT-PCR技术对ScPRT1(GenBank登录号:MT747433)基因进行克隆,生物信息学分析、定量PCR、亚细胞定位和基因共表达网络分析。生物信息学分析表明,该基因的cDNA全长为1 621 bp,包含一个长度为1 260 bp,编码419个氨基酸的完整开放读码框;其编码蛋白的分子量为46.56 ku,为酸性、不稳定的亲水蛋白,无信号肽,具有核定位信号;该蛋白包含2个RING结构域和1个ZZ结构域;ScPRT1蛋白的高级结构元件多为无规则卷曲。定量PCR结果显示,ScPRT1在皮、叶片、芽中的表达量相差不大,在蔗髓中表达量最高。同时该基因的表达受脱落酸胁迫后显著上调;受黑穗病菌胁迫后,在甘蔗抗黑穗病品种中上调表达,在感黑穗病品种中下调表达,都达到了显著水平。亚细胞定位结果揭示,ScPRT1定位于细胞核。寄主甘蔗和病原黑穗病菌的基因共表达网络中,与甘蔗ScPRT1共表达的黑穗病菌基因中,有3个为N端具有芳香族氨基酸残基的黑穗病菌效应蛋白,这暗示它们之间存在直接的相互作用。以上结果表明,ScPRT1在甘蔗激素信号传导以及响应黑穗病菌侵染过程中发挥重要作用。
[期刊] 图书情报知识
[作者]
韩涛
科学数据的高速增长和科研工作者对信息获取日益提升的需求,要求科学数据库与科学文献库能实现集成信息服务,达到跨异构库知识发现的目的。本文以生物信息学为例,重点研究了生物信息学科学数据库与文献库的两种相关关系:外部关联和内部关联。前者主要是基于两者的外部相似性建立的交叉引用关系,后者则在内容层面直至知识层面实现两者的聚合和知识关联。
[期刊] 水产学报
[作者]
刘邦辉 郁二蒙 王广军 余德光 谢骏 王海英 龚望宝
利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772bp,其开放阅读框为4347bp,编码1448个氨基酸。BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1A1基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90%和93.60%,呈现出较高的保守性。系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近。生物信息学分析显示,草鱼COL1A1蛋白质的相对分子质量为137.2ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白。有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域。COL1A1蛋白有33~69,1249~...
[期刊] 科技管理研究
[作者]
李欣然 刘云
针对中国核酸序列数据等人类遗传资源信息管理的重要课题,以GenBank、EBI-ENA、DDBJ作为研究对象,对其总体情况、运行管理机制、全生命周期科学数据管理模式等进行调研与分析,探讨其数据处理流程特点及跨机构数据共享实现过程,为推动中国核酸序列数据库建设及规范化管理与开放共享提供参考。从发展沿革、建设目标、数据库概况等多方面通过多指标对比分析,总结出中国与国际三大核酸序列数据库在平台组织架构、建设目标、数据共享政策、数据资源与服务和国际合作建设这几大方面的不同,由此提出中国应从宏微观两层面制定核酸序列数据管理政策,加强核酸序列数据共享平台的部门分工和人才队伍建设、精品数据库开发建设、问题导向的基因组数据综合集成、数据服务能力建设、国际合作,以及优化数据库性能同时重视数据安全管理等政策建议。
[期刊] 情报理论与实践
[作者]
石义金 王忠义 沈雪莹 郑鑫
为提高科技文献中各类型知识元抽取的效率,提出一种基于序列模式的科技文献知识元抽取模型。该方法首先在各类型知识元描述规则的基础上,对知识元语句进行依存句法分析,生成融入语义的知识元序列模式;其次,基于知识元序列模式,通过模式匹配算法实现各类型知识元的抽取;最后,基于Prefixspan算法,从抽取的知识元中挖掘出新的描述知识元的序列模式,以实现知识元序列模式的不断动态更新与扩展,进而依据知识元序列模式提高知识元的抽取效率。基于序列模式的科技文献中知识元的抽取方法,克服了基于规则匹配的语义局限,具有学科延展性,提高了知识元抽取的效率。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陆广琴 欧阳珑玲 周志刚
对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(...
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