【目的】探究甘青青兰不同组织和根际土壤细菌群落结构组成及多样性。【方法】采用高通量测序技术对甘青青兰根、茎、叶和根际土壤细菌16S rRNA基因V5～V7区进行测序，并对甘青青兰不同组织和根际土壤细菌群落结构组成及多样性进行生物信息学分析。【结果】在甘青青兰不同组织和根际土壤中共获得2351个OTUs，归属29门、76纲、191目、319科和570属，且茎部（DtS）中内生细菌多样性指数最高，根部（DtR）中最低；青青兰不同组织和根际土壤中的优势菌门均是放线菌门和变形菌门；DtL和DtS中的优势细菌属均为芽孢杆菌和土壤红杆菌属，土壤红杆菌属和游动放线菌是DtR中的优势菌属，DtRS中的优势菌属为土壤红杆菌属和Gaiella属；从整体结果来看，茎部（DtS）和叶部（DtL）内生细菌群落结构组成相似，而根部（DtR）和根际土壤（DtRS）中细菌群落结构组成相似。PICRUSt功能预测结果表明，甘青青兰不同组织和根际土壤细菌中富含与黄酮类、黄酮苷类和萜类等物质合成相关的功能基因。【结论】甘青青兰不同组织和根际土壤细菌具有丰富的群落和功能多样性，且部分优势细菌属具有潜在功能价值，为开发利用甘青青兰中有益微生物资源提供了理论参考。

通过提取鄱阳湖老爷庙水域水体细菌总DNA,构建细菌16SrRNA基因文库和序列测定等手段,以期揭示鄱阳湖老爷庙水域的细菌群落组成并探讨细菌多样性与湖泊水体理化参数之间的关系。研究结果认为:来自老爷庙水域的2006年10月(PN06-10)和2007年5月(PN07-5)的细菌文库中的180个阳性克隆产生了66个细菌分类操作单位(OTUs),这些细菌主要分属于:变形菌Alpha-纲,Beta-纲,Gamma-纲,Epsilon-纲,拟杆菌门,放线菌门,浮霉菌门,酸杆菌门和OP10等9大类型。2006年10月老爷庙水域的优势菌群为Beta-变形菌;2007年5月优势菌群为Gamma-变形菌和拟杆菌...

为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表...

采用常规细菌分离、培养与纯化，结合细菌１６ＳｒＤＮＡ序列分析等方法，调查分析了山东、天津、浙江部分苗种场凡纳滨对虾（ＬｉｔｏｐｅＮＡｅｕＳ ｖＡＮＮＡｍｅｉ）和中国明对虾（ＦｅＮＮｅｏｒｐｅＮＡｅｕＳ ｃｈｉＮｅＮＳｉＳ）苗种体内的可培养细菌总数以及优势菌的种类和数量，并用ｐｃｒ的方法检测对虾苗种携带病毒情况。结果显示，凡纳滨对虾和中国明对虾苗种体内的可培养细菌总数均在１０～５–１０～７ ｃＦｕ／ｇ之间，分离出的细菌分属于弧菌属（ｖｉｂｒｉｏ）、发光杆菌属（ｐｈｏｔｏｂＡｃｔｅｒｉｕｍ）、芽孢杆菌属（ｂＡｃｉＬＬｕＳ）、盐单胞菌属（ｈＡＬｏｍｏＮＡＳ）等８个属，其中，弧菌属在对虾苗种体内占绝对．．．

【目的】探究猕猴桃苗不同生长时期根际土壤细菌群落组成及土壤养分间的相互关系。【方法】采用Illumina-MiSeq高通量测序研究猕猴桃苗不同生长阶段（生长前期、速生期、生长后期）的根际微生物群落结构组成及其多样性。运用CANOCO和R语言软件对土壤细菌群落与土壤环境因子间关系进行RDA和相关性热图分析。【结果】随着猕猴桃苗不断生长，土壤pH值、速效N、速效P均出现先升高后降低趋势，速效K则随着猕猴桃苗生长逐渐降低；高通量测序共得到25822个细菌OTUs，分属于28门53纲172科226属，其中变形菌门（Proteobacteria，35.84%）、酸杆菌门（Acidobacteria，17.69 %）、放线菌门（Actinobacteria，12.6 %）是猕猴桃苗不同生长时期土壤的优势菌门；土壤细菌群落多样性指数和丰富度指数在猕猴桃生长初期与速生期和生长后期有显著差异；不同生长时期相对丰富度大于1 %的菌门中，Cyanobacteria随着猕猴桃苗不断生长而逐渐减少，Actinobacteria、Latescibacteria、Acidobacteria的相对含量先升高后降低。【结论】猕猴桃苗根际土壤细菌群落组成和根际土壤养分发生变化受猕猴桃苗不同生长时期的影响，土壤根际主要养分和pH值是影响土壤根际细菌群落结构比例变化的重要因子。

【目的】为明确不同辣椒品种（系）苗期根际细菌群落结构的差异性，探讨地方品种辣椒和人工选育辣椒根际细菌群落特性，挖掘可能对地方品种定殖起关键作用的细菌群类。【方法】以云南文山地区地方辣椒品种（WG1、9F33）和人工选育品系（Y19278、Y19292）为研究对象，运用16S rDNA分析不同品种（系）对其根际细菌群落结构的影响。【结果】4个辣椒品种（系）根际细菌的Ace指数在370.82～376.48，Chao1指数在371.23～380.32，均显著（P<0.05）高于种植前土壤的309.24和308.24。种植前土壤的Shannon指数是6.7315，显著（P<0.05）高于其他品种（系）辣椒，尤其在运输与代谢方面。【结论】种植不同品种（系）辣椒均显著提高土壤细菌群落多样性和丰富度。地方品种辣椒（WG1、9F33）和人工选育品系辣椒（Y19278、Y19292）根际细菌群落结构存在显著差异，其之间出现显著丰度差异的根际细菌类型。此外相较于人工选育品系，地方品种WG1对根际细菌群落生命活动具有较高的诱导和促进作用，表现在运输与代谢相关的基因功能中。这对于下一步开发针对地方品种辣椒专用生物菌肥、土壤改良剂和生物药具有指导意义。

对天津地区盐碱地凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖池塘的细菌种类和垂直变化规律进行了研究。结果表明:池塘中细菌总数维持在2.4×103~8.5×105cfu/mL之间,弧菌总数维持在1.75×102~2.3×105cfu/mL之间,细菌总数和弧菌总数分别在8月份和9月份达到高峰。反硝化细菌总数维持在3.4×104~2.8×105cfu/mL之间,硫酸盐还原菌总数维持在2.9×102~7.5×104cfu/mL之间,氨化细菌总数维持在1.2×102~7.0×104cfu/mL之间。养殖水体中共检测到13种细菌,养殖前期弧菌属、产碱菌属、棒杆菌属为优势菌群;养殖中期产碱菌属...

【目的】比较耐旱性不同甘蔗品种根际土壤的细菌群落结构及功能,为筛选和开发利用有益功能细菌及构建新型甘蔗耐旱评价体系提供理论依据。【方法】选用耐旱甘蔗品种桂辐98-296和旱情敏感甘蔗品种桂糖36号,在设施内进行桶栽管理,以不种植甘蔗的盆土为空白对照(CK);采集其根际土壤及CK土壤样品,基于MiSeq高通量测序技术分析各土壤样品的细菌群落结构。【结果】桂辐98-296根际土壤的优势细菌数量在门、纲、目、科、属、种和可操作分类单元(OTU)7个分类水平上均高于CK;桂糖36号根际土壤优势细菌数量仅在目、属、种和OTU 4个分类水平上高于CK;在门分类水平,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)、酸杆菌门(Acidobacteriota)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidota)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)细菌均是2个甘蔗品种根际土壤及CK土壤共有的优势细菌门类;桂辐98-296根际土壤还富集了绿弯菌门、放线菌门和芽单胞菌门等具有提升植物耐旱能力的细菌门类,其丰度占比均高于桂糖36号相应的细菌门类;在属分类水平,马杜拉菌属(Actinomadura)、norank_c_Actinobacteria、unclassified_o_Frankiales和norank_o_JG30-KF-CM45是2个甘蔗品种根际土壤的优势菌属;与桂糖36号相比,norank_f_Nitrosomonadaceae和norank_c_Actinobacteria是桂辐98-296根际土壤特有的优势细菌属。【结论】与旱情敏感甘蔗品种桂糖36号相比,耐旱甘蔗品种桂辐98-296根际土壤中富集了丰度高占比、且具有提高植物抗逆功能的绿弯菌门、放线菌门和芽单胞菌门等优势细菌门类;同时还富集了未分类的放线菌属和金霉素链霉菌属等特有优势细菌属,并拥有更丰富的信号分子与相互作用功能。桂辐98-296根际土壤中富集的特有优势细菌属norank_f_Nitrosomonadaceae和norank_c_Actinobacteria有望作为提高甘蔗耐旱能力的备选功能菌属开发利用。

【目的】研究云南香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构组成差异,探索香蕉枯萎病发生的微生态机制,优化根际土壤微生物群落结构为其后续生态防控提供新策略。【方法】在云南香蕉枯萎病发生的蕉园,分别采集发病和健康植株的根际土壤,利用高通量测序技术研究细菌群落多样性、结构和组成的差异。【结果】香蕉植株根际土壤细菌多样性存在显著性差异,香蕉枯萎病植株的土壤细菌群落多样性高于健康植株。变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)等4个菌门是香蕉植株根际土壤中的优势门菌群。2种类型香蕉植株根际土壤中有厚壁菌门(Firmicutes)、棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)等5个门菌群差异显著。其中,厚壁菌门(Firmicutes)丰度健康植株较发病植株高,棒状杆菌门(Rokubacteria)和硝化螺旋菌门(Nitrospirae)丰度发病植株较健康植株高。属水平上,健康植株的优势属依次为芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)和鞘脂单胞菌属(Sphingomonas);发病植株的优势属依次为:芽胞杆菌属(Bacillus)、芽单胞菌属(Gemmatimonadaceae)、鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)和朱氏杆菌(Chujaibacter);芽胞杆菌属(Bacillus)、朱氏杆菌属(Chujaibacter)和土壤链霉菌属(Streptomyces)等5个菌属在2种类型香蕉植株根际土壤中差异显著,其中,芽胞杆菌属、朱氏杆菌属和土壤链霉菌属的丰度健康植株明显高于枯萎病植株。【结论】香蕉枯萎病和健康植株根际土壤细菌群落结构在一定程度上具有同源性,但部分菌群在2种类型植株根际土壤中的组成丰度有显著差异;差异菌群的功能多样性及与香蕉枯萎病病原菌的互作关系尚待明确。

为了揭示设施连作不同果类菜根际土壤细菌群落结构和多样性变化,采用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA高通量测序分析,研究设施连作5 a的番茄、黄瓜、辣椒和茄子之间的根际土壤和露地土壤细菌群落结构和多样性差异,探讨设施连作的不同作物对土壤细菌群落结构和多样性的影响。结果表明:设施连作土壤中细菌多样性丰富,包括44个门、150个纲、364个目、575个科和1 046个属,其中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门、拟杆菌门和芽单胞菌门是土壤样品中细菌物种丰富度较高的6个门类,占所有细菌群落总数为露地84.56%、番茄83.02%、黄瓜82.21%、辣椒80.67%、茄子79.25%,4种作物根际土壤优势菌门丰富度占比均有显著差异并低于露地土壤;其中连作黄瓜变形菌门最高,放线菌门最低,分别占所有细菌群落总数31.53%,4.95%,根际土壤有益菌群高于其他果类菜和露地;连作番茄变形菌门丰度最高,酸杆菌门丰度最低,分别占所有细菌群落总数23.56%,5.16%,相对土壤质量最差。4种不同连作果类菜之间根系土壤细菌群落多样性均没有显著性差异,与露地相比连作黄瓜细菌群落多样性有显著性差异,表明不同果类菜根际土壤微生物多样性没有显著差异。为设施连作在内的许多农作物领域提供参考和可持续种植提供理论基础。

采用16S rDNA特征序列PCR-DGGE法,分析了不同饵料饲养的暗纹东方鲀的表皮、肠道和河鲀毒素累积组织(肝和卵巢)中可培养细菌的群落组成。根据分子系统发育分析,共鉴定出45种可培养细菌,在这些细菌中,以变形细菌的gamm a亚群占多数,其它分别隶属于低GC含量革兰氏阳性菌和高GC含量革兰氏阳性菌。摄食不同饵料的暗纹东方鲀,其肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中的细菌菌落组成是不同的,但不管是摄食人工配合饲料或天然饵料,在暗纹东方鲀的肠道、表皮或河鲀毒素累积组织中,均发现已有报道的可产河鲀毒素的细菌类群,表明饵料来源对暗纹东方鲀的河鲀毒素产生不是必需的。

研究镉(Cd)污染对滩涂湿地围垦区西兰花根际土壤细菌群落结构的影响,探求有益于Cd污染农田土壤修复的耐Cd细菌菌群。采用Illumina Miseq高通量测序技术,分析Cd浓度分别为0,3.5,60 mg·kg~(-1)时对台州湾滩涂湿地围垦区西兰花根际土壤细菌群落结构和多样性指数的影响。结果表明:所有样品中检测到的细菌菌群分属于35门、97纲、205目、315科、506属。低浓度Cd污染时,西兰花根际土壤细菌Chao 1指数和Shannon指数与对照相比大幅度升高,而高浓度Cd污染时,土壤细菌Chao 1指数和Shannon均大幅度下降。随着Cd污染程度的增加,西兰花根际土壤放线菌门和浮霉菌门相对丰度呈一直下降的趋势,拟杆菌门和芽单胞菌门相对丰度呈一直升高的趋势。土壤变形菌门和髌骨菌门相对丰度呈先下降后上升的趋势,而土壤酸杆菌门、棒状杆菌门、疣微菌门、硝化螺旋菌门和厚壁菌门相对丰度呈先上升后下降的趋势。变形菌门、拟杆菌门、髌骨菌门和芽单胞菌门在高浓度Cd污染下为农田土壤细菌群落的主体。土壤罗思河小杆菌属相对丰度在低浓度Cd污染时呈下降趋势,而在高浓度Cd污染时呈升高趋势,土壤鞘氨醇单胞菌属的相对丰度在低浓度Cd污染时呈上升趋势,在高浓度Cd污染时呈下降趋势。土壤罗思河小杆菌属、马赛菌属、黄杆菌属和杜擀氏菌属可以被认为是西兰花根际土壤高抗Cd污染的细菌菌属。研究结果可为滨海滩涂地西兰花重金属污染土壤微生物修复提供依据。

通过样地调查法对崖柏群落的植物组成进行调查,在此基础上对崖柏群落的种子植物区系组成及其特征进行分析,结果表明:以崖柏为优势的群落共出现种子植物73科150属242种,表征科有桦木科、漆树科和荚蒾科,单种科和单种属所占比例较大;植物区系地理成分多样,以温带成分为主,说明以崖柏为优势的群落区系亚热带向暖温带过渡性质明显。区系指数分析表明:世界广布、北温带广布、东亚和北美间断分布对崖柏群落种子植物区系性质影响极大。

【目的】明确健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤以及根内细菌群落组成与多样性。【方法】采用Illumina Miseq高通量测序技术，分别对草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌16S rRNA基因的V3-V4区进行扩增并测序，分析健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌群落结构与多样性。【结果】健康与患根腐病草莓土壤及根内细菌多样性丰富，健康草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、238个科、489个属，患根腐病草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、233个科、483个属。门水平上，变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、放线菌门（Actinobacteria）和酸杆菌门（Acidobacteria）为根际和非根际土壤的优势菌门，放线菌门和拟杆菌门的相对丰度在健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤中存在差异。根内样品中的优势菌门为变形菌门和蓝细菌门（Cyanobacteria），二者的相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。属水平上，鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）、新鞘氨醇杆菌属（Novosphingobium）、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、链霉菌属（Streptomyces）、芽单胞菌属（Gemmatimonas）和芽孢杆菌属（Bacillus）为根际和非根际土壤的优势菌属，且在健康与患根腐病草莓土壤中各优势菌属的相对丰度均存在显著性差异。根内样品的优势属为链形植物属（Streptophyta），其相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。样本比较分析表明，健康与患根腐病草莓根内细菌群落结构差异大于根际和非根际土壤。【结论】草莓植株发生根腐病后根际土壤和根内细菌群落丰富度和多样性均有提高，而非根际土壤细菌群落丰富度和多样性下降。健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤及根内细菌群落组成差异性显著，其中链形植物属、链霉菌属、伯克霍尔德菌属和芽孢杆菌属等可能是防治草莓根腐病的重要菌属。

【目的】表征不同类型地膜对花生根际细菌群落和花生生长及产量的影响，探讨根际细菌群落与花生生长和产量间的相互关系，为进一步提高花生产量提供理论依据。【方法】设置4个处理并进行9年定位试验，包括露天对照处理（LU）、黑膜处理（HEI）、降解膜处理（JI）和普通膜处理（PU）。以2022年开花期和成熟期花生根际土壤为研究对象，借助Illumina MiSeq PE300测序平台，以16S rRNA基因为靶标，研究不同类型地膜对根际细菌群落结构和功能、花生生长和产量的影响。【结果】与对照相比，黑膜、降解膜和普通膜处理中花生产量分别提高-0.45%—2.34%、2.44%—14.36%和6.14%—24.69%。在开花期和成熟期，黑膜处理共改变了6种纲和属水平的根际细菌群落相对丰度，但相关性分析结果表明这些细菌群落与花生生长和产量无关；降解膜处理共改变了6种纲和属水平的根际细菌群落相对丰度，其中1纲（Blastocatellia）细菌群落与花生产量呈正相关；普通膜处理共改变了12种纲和属水平根际细菌群落的相对丰度，其中1纲（Acidobacteriae）和1属（Ellin6067）细菌群落与花生主茎高和侧枝数相关，1纲（Clostridia）和2属（Pseudomonas、Ellin6067）细菌群落与花生产量相关。根际细菌群落的功能预测结果显示，黑膜处理在开花期和成熟期降低了与氮代谢相关的氮呼吸和硝酸盐呼吸功能；降解膜处理在开花期降低了硝酸盐还原、氮呼吸和硝酸盐呼吸功能，在成熟期对氮代谢功能无显著影响；普通膜处理在开花期降低了需氧氨氧化和硝酸盐呼吸功能，在成熟期提高了这两种氮代谢功能。【结论】黑膜对花生产量和根际细菌群落影响不显著；降解膜具备改善成熟期根际细菌群落结构和增产的能力，但增产效果不稳定；普通膜的增产和改善根际细菌群落结构和功能的效果优于降解膜。