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[期刊] 华北农学报
[作者]
贾赵东 马佩勇 郭小丁 谢一芝
利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43...
关键词：
三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李建斌 王神云 王红 万雁玲 丁万霞
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
关键词：
甘蓝 EST SSR 功能分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐荣 徐永艳 何丽莲 杨清辉 张汉尧 李富生
【目的】评价甘蔗野生种质资源的遗传多样性，为甘蔗抗逆定向遗传改良挖掘具有育种潜力的种质资源。【方法】对44份甘蔗野生近缘种材料按照割手密种内、斑茅种内以及种间3个层次运用ISSR进行遗传多样性分析。【结果】44个种间材料利用13条ISSR引物扩增，获得261条条带，其中259条为多态性条带、占比为99%;种间多态性依次为甘蔗属割手密种>甘蔗属斑茅种>蔗茅属蔗茅种>芒属五节茅种>金茅属金茅种>河八王属河八王种；44份材料遗传相似系数为0.125～0.710,UPGMA聚类结果基本同形态学分类一致，12个斑茅种样品在0.805处聚合，斑茅和割手密在0.775处聚合，采自西藏察隅的编号A30、A32蔗茅关系密切，芒属、蔗茅属、河八王属的亲缘关系更近，与甘蔗属材料在0.73处聚合。【结论】甘蔗野生种质资源具有较高的遗传多样性，为甘蔗种质资源创新、遗传育种提供了种质材料和理论依据。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
候利霞 李惟基 周海鹰 季卫 刘庆昌 陆漱韵
将甘薯的近缘野生种Ipomoeatrifida（2x与I．littoralis（4x）杂交，得到三倍体杂种。在三倍体杂种无性系中观察到可被醋酸洋红染色的可育大粒花粉（2n花粉），该花粉频率与花粉母细胞四分体时期的二分体频率呈显著正相关。以三倍体2n花粉系为父本与甘薯杂交，观察到花粉萌发、受精、胚发育和结实，但结实率很低，且种子大多没有生活力。本研究表明，其主要原因有：柱头花粉附着量和花柱中花粉管较少，受精后合子停止发育和胚未能发育成熟。用植物生长调节剂处理对克服子房水平的上述不亲和性有效。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曹清河 李雪华 戴习彬 唐君 周志林 赵冬兰 张安
Ｉｐｏｍｏｅａ ｔｒＩｆＩｄａ（Ｋｕｎｔｈ）Ｇ．ｄｏｎ（２ｎ＝２ｘ＝３０）是甘薯祖先种之一，具有较强的抗旱性，其抗旱生理机制尚无报道。本文采用营养液水培法，以３０％浓度的ｐｅＧ６０００模拟干旱，研究干旱胁迫对甘薯近缘野生种幼苗叶片生理生化指标的影响。结果表明：随着ｐｅＧ６０００干旱胁迫时间的延长，叶片中丙二醛（ｍｄａ）、游离脯氨酸（ｐｒｏ）含量逐渐增加。过氧化物酶（ｐｏｄ）和过氧化氢酶（Ｃａｔ）及谷胱甘肽还原酶（Ｇｒ）活性在ｐｅＧ处理后活性均增强，揭示了甘薯近缘野生种ｍｄａ和ｐｒｏ含量和氧化酶类的活性在短时间急性胁迫情况下的不同变化规律，可为抗旱品种的筛选和下一步抗旱相关基因的挖掘提供一定的参．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
李昂 吴志明 周志林 赵冬兰 张安 马代夫 李亚栋 唐君 曹清河
为挖掘有价值的基因资源,对甘薯近缘种I.trifida的基因组文库进行了研究。通过流式细胞法测定I.trifida(2x,编号DLP4597)基因组大小为531.699 Mb。以叶片为材料采用包埋法提取基因组DNA,通过物理剪切进行基因组DNA片段化并进行末端平滑化和磷酸化处理,脉冲场电泳回收33~48 kb的DNA片段,然后连接到Fosmid载体pCC1FOS(Epicentre)上,包装转化大肠杆菌EPI300,构建了I.trifida的基因组Fosmid文库,该文库包含101 952个单克隆,保存于1 062个96孔培养板中,平均插入片段35 kb,覆盖基因组约6.7倍,理论上任意片段筛...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯小改 王娟 郭大龙 刘改秀 马慧丽 王小燕
首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩明利 崔娜 于志海 李天来 侯丽霞
表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
关键词：
番茄 EST-SSR 果实
[期刊] 西南农业学报
[作者]
房超 李跃建 帅波 刘独臣 刘小俊 梁根云 杨宏
应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析。结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点。.参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441。82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄。聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐道彬 张凯 吕长文 谢德斌 傅体华 王季春
【目的】利用分子标记技术，构建甘薯遗传连锁图谱，并分析甘薯淀粉含量性状的ＱＴＬ位点，为高淀粉含量甘薯种质资源利用及甘薯分子标记辅助育种提供理论和实践依据。【方法】以高淀粉含量品种万薯５号为母本、低淀粉含量品种商丘５２－７为父本建立杂交群体，利用ＥＳＴ－ＳＳＲ标记，采用＂双假测交＂策略和运用Ｊｏｉｎ Ｍａｐ４．０软件，分别构建双亲遗传连锁图谱，并结合Ｆ１（２０１２、２０１３年）群体表型数据采用区间作图法对淀粉含量性状进行ＱＴＬ检测。【结果】利用１ ６７９对ＥＳＴ－ＳＳＲ引物筛选出的１ ０４５对多态性引物检测Ｆ１群体的标记基因型，获得了１ ４１８个标记位点。分别对上述获得的父母本多态性标记进行遗传．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
程丽莉 胡广隆 苏淑钗 黄武刚
为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 左应梅 张金渝 杨天梅 杨绍兵 杨美权 邓先能 许宗亮 陈秀花 李新华
【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。
关键词：
珠子参 EST-SSR标记 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈昌文 曹珂 王力荣 朱更瑞 方伟超
【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,进行种质分子身份证构建工作,并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分,然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物,在供试种质间共检测出等位基因203个,每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种,又位于近缘野生种的选择方法,筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码,继续对不同引物组合对...
关键词：
桃 近缘种 SSR 分子身份证
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