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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王钰 王荣富 何国浩
对根据紫花苜蓿(Medicago truncatula)NBS区域的保守序列等设计的16对简并引物进行优化,筛选出6对简并引物,以甘薯的基因组DNA为模板进行PCR扩增,克隆甘薯抗病基因同源序列(RGA)。结果克隆出342个不同的甘薯RGA,这342个甘薯RGA和已知的抗病基因L6、N、RGC1等具有高度同源性(Evalue
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽英 陈儒钢 张俊红 欧阳波 肖景华 李汉霞 叶志彪
【目的】利用同源序列法分离辣椒抗病基因同源序列。【方法】根据已知植物抗病基因的NBS-LRR保守结构域设计简并引物,以辣椒品系PR205基因组DNA为模板对抗病基因同源序列进行扩增。【结果】获得了25个抗病基因同源序列(resistance gene analogs,RGAs),聚类分析将其分为7个不同的类别。由其核酸序列推导的氨基酸序列与Mi-1.2、prf、Hero、I2C-1、RPM1基因相应区域的同源性为27.4%～98.2%。其中RGA-p20与Mi-1.2基因的核苷酸和氨基酸序列相似性均达到99%,确认RGA-p20为抗根结线虫基因的一部分,即辣椒中也含有与Mi基因同源的根结线虫抗...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王彦华 侯喜林 申书兴 陈雪平 王梅
目的利用同源序列法分离不结球白菜抗病基因同源序列。方法根据植物抗病基因TIR-NBS-LRR保守区设计简并引物,对不结球白菜基因组DNA及cDNA进行PCR扩增。结果获得了10个具有通读氨基酸序列的片段。同源性比较发现,该10个片段均属于TIR-NBS-LRR类抗病基因同源序列(RGA),与已知R基因相应区段的氨基酸序列一致性为50%～66%。与已知抗病基因聚类分析结果显示,该10个RGA序列可以分为5大类。利用RGA950作为探针进行Southern杂交,结果表明,其在基因组中存在多拷贝。结论本研究成功获得了不结球白菜RGA序列,为进一步克隆不结球白菜的R基因奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张楠 王海燕 刘大群
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计简并引物,以TcLr19、TcLr35和感病对照Thatcher的cDNA为模板进行抗病基因同源序列的PCR扩增,得到了6条通读的抗病基因同源序列(RGAs)Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1、Lr35-RGA2和TC-RGA。在NCBI中用BLASTp比对发现,Lr19-RGA1、Lr19-RGA2、Lr19-RGA3、Lr35-RGA1和Lr35-RGA2编码的氨基酸序列具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Serine-thre-onine kinase,STK)的催化结构域Ⅱ-Ⅷ。对序列分析...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马维 巩振辉 李大伟 贾庆利
【目的】克隆和分析抗、感疫病辣椒材料的抗病基因同源序列,为辣椒抗疫病相关基因的克隆奠定基础。【方法】根据番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9 C端的LRR类保守结构域设计简并引物,对6个不同抗、感疫病的辣椒种质材料基因组DNA进行抗病基因同源序列的PCR扩增。【结果】得到27个抗病基因同源序列(RGAs),其在GenBank中的登录号为EF064260~EF064286。其中,21个RGAs与番茄抗叶霉病基因Cf2和Cf9有较高的相似性。感病材料的辣椒基因组中也存在抗疫病相关RGAs。【结论】上述21个RGAs可能与辣椒抗疫病作用有关,可为辣椒抗疫病相关基因的克隆提供依据。
关键词：
辣椒 LRR 抗病基因克隆 同源序列分析
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
王铎 刘长远 赵奎华 梁春浩 关天舒 王辉
辣椒RGA的分离将为进一步从辣椒中分离功能性抗病基因和抗病机理分析打下基础,为辣椒相关抗病基因的克隆提供依据。根据已知抗病基因保守氨基酸结构域设计简并引物,以高抗辣椒品种88为试材,通过PCR扩增抗病基因同源序列。结果表明:从辣椒基因组DNA中分离出1条辣椒抗病基因同源序列WD1。对其编码的氨基酸序列进行分析表明:该序列同时含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPLAL)保守域结构,分离的辣椒抗病基因同源序列(RGA)与已报道的辣椒抗病基因同源序列A5和A13都有99%的同源性。
[期刊] 华北农学报
[作者]
却志群 沈春修 卢其能
根据已知的NBS-LRR类抗病基因结构中氨基酸的保守区域,设计简并引物,通过RT-PCR扩增及克隆,从东乡野生稻(Dongxiang Oryza rufipogon Griff.)中共获得7个新的NBS-LRR类抗病基因同源片段。所有7个抗病基因同源序列均含有NBS-LRR类抗病基因的保守序列,如P-loop、Kinase 2、Kinase 3a以及跨膜区域等。通过氨基酸同源性比较和分析,发现克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的水稻白叶枯抗病基因Xa1的相应氨基酸序列存在约40%的同源性,其中的3个NBS抗病基因同源序列还与小麦抗叶锈病基因Lr1存在40%的同源性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏环宇 童文杰 蔺忠龙 莫笑晗 张丽芳 何元胜 郑元仙 王继明 许银莲 陈小龙 钟宇 余磊 邓小鹏
【目的】探索烟草NBS-LRR类基因在烤烟(红花大金元)抗病中的分子作用机制。【方法】利用生物信息学手段,参考已知植物抗病基因的NBS-LRR类保守结构域,筛选并合成简并引物,扩增烟草中的NBS-LRR类抗病基因。【结果】获得4条具有连续阅读框和NBS结构域的抗病基因同源序列(TRGAH:MN027515、MN027516、MN027517、MN027518);BLAST X分析显示,均与已知植物抗病基因的NBS区域具有高度相似性,氨基酸相似性为64%～98.89%;聚类分析结果表明,4条TRGAHs与已知植物R基因P-loop-GLPL区域氨基酸序列相似性为29%～52%,包含了non-TIR-NBS-LRR和TIR-NBS-LRR两大类抗病基因。【结论】该研究利用分子克隆技术获得烟草抗病基因同源序列,为进一步筛选和构建烟草抗病候选基因及抗病品种的选育提供科学依据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
阮小蕾 李华平
根据植物抗病基因编码氨基酸序列的核苷酸结合区(nucleotide binding site,NBS)和富含亮氨酸重复区(leucine-rich repeat,LRR)等保守区域的特点,设计PCR简并引物,从香蕉华农7号中克隆得到1个1 139bp的DNA片段。BLAST分析发现,其编码的氨基酸序列与多种植物来源的NBS-LRR类抗病蛋白及抗病蛋白同源物的相似性为40%~50%,并具有NBS-LRR类抗性基因所拥有的保守结构域:P-环、激酶2a、激酶3a和疏水结构域等区段。该抗病基因相似片段可作为分子标记来筛选香蕉的抗病基因。
关键词：
香蕉 抗病基因相似序列 克隆
[期刊] 西南农业学报
[作者]
黄元射 舒田 毛景欣 陈敏
为渝紫薯７号品种后续的遗传转化及其分子育种提供理论基础，采用同源克隆和ＲＡＣＥ方法对其生物合成途径中关键酶基因进行同源性克隆及生物信息学分析。结果表明：从渝紫薯７号中克隆到Ｆ３Ｈ基因的全长Ｃ ＤＮＡ序列（ＧＥＮｂＡＮｋ登录号为ｋＵ１４４８８１），序列全长为１２８０ ｂｐ，包括５’端ＵＴＲ＋一个编码３６８个氨基酸残基的编码区＋３’端ＵＴＲ＋ｐｏｌｙ Ａ尾巴；Ｆ３Ｈ基因蛋白具有结合酮戊二酸的ＲＸＳ基序ＡＲＧ２８７－ＳＥＲ２８５和结合亚铁离子的保守氨基酸ＨｉＳ２１９、ＡｐＳ２２１和ＨｉＳ２７７，结构域位于蛋白的核心（ＦＥ２＋被包埋在酶的中心）；在ＧＥＮ ｂＡＮｋ中，渝紫薯７号Ｆ３Ｈ的序列与圆叶牵牛的．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张玄兵 杜中军 黄俊生 王家保 徐兵强
根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类催化结构域Ⅰ和Ⅸ的氨基酸保守序列设计简并引物,PCR扩增‘紫花芒’杧果嫩绿色叶片基因组DNA。在NCBI中用BlastX比对发现,有6个阳性克隆是抗病基因同源序列,并命名为PK1~PK6,GenBank注册序列号为AY693369~AY693371和AY776277~AY776279。在PK3、PK4和PK6中发现了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶的9个催化结构域Ⅰ~Ⅸ,而其它3个克隆具有部分结构域。氨基酸序列同源性分析还发现,6个克隆编码的氨基酸序列都与受体样蛋白激酶有较高的氨基酸序列同源性。系统进化树分析还表明它们都是可能的抗病基因同源序列。总之,6个克隆不仅是抗病基因同...
关键词：
杧果 蛋白激酶 抗病基因 同源序列
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
樊金娟 王东旭 刘长远 赵奎华 梁春浩
依据抗病基因在保守区域序列同源的原理,针对已知抗病基因NBS保守结构区域设计9条简并引物,以高抗霜霉病的葡萄品种贝达为材料,人工接种葡萄霜霉病菌15d后,应用PCR技术从叶片cDNA中分离出2条抗霜霉病基因同源序列VR5和VR16,并提交到Genbank,其中VR5含有507bp,登录编号为JQ763391;VR16含有562bp,登陆编号为JQ763392。2条序列均含有P-环(GGVGKTT)、kinase-2(VLDD)、kinase-3(GSRII)及HD(即GLPL)等植物抗病基因中的保守结构。聚类分析结果表明,VR5与亚麻抗病基因L6聚为一类,VR16与拟南芥抗病基因RPS2聚为一...
[期刊] 林业科学
[作者]
郭永泽 何新华 李杨瑞 罗聪
Clausena lansium, Citrus sinensis and Poncirus trifoliata belong to the different genus of Rutaceae. On the basis of LEAFY (LFY in brief) gene sequences of C. sinensis and P. trifoliata, a pair of 21 bp primers was designed and used to amplify about a 2 300 bp DNA fragment from C. lansium by PCR. Th...
关键词：
黄皮 LEAFY 克隆
[期刊] 林业科学研究
[作者]
崔丽莉 杨汉奇 杨宇明
以版纳龙竹基因组DNA为模板,采用前人基于水稻CO同源基因Hd1序列的保守区所设计的特异引物COS1和COA1,运用PCR方法扩增出一条1 520 bp的DNA片段,并克隆到pGEM-T载体。测序和序列分析结果显示:该片段含有1个590 bp的内含子,编码区930 bp共编码310个氨基酸;该基因被命名为DxCO1,其DNA序列在G enB ank中的注册号为GQ358925。在G enB ank中进行同源性检索的结果显示:其核苷酸序列与其它禾本科植物CO同源基因的氨基酸序列同源性高达81%~91%;推测的DxCO1蛋白质序列与其它种子植物CO同源基因蛋白质序列的系统发育分析结果显示:DxCO...
[期刊] 浙江林学院学报
[作者]
王正加 黄有军 夏国华 郑炳松 金松恒 黄坚钦
根据植物花分生组织及花器官形成过程中起重要作用的APETALA1(AP1)基因的高度保守区序列,设计合成一对长度为23 bp的聚合酶链式反应(PCR)引物,以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,采用PCR方法扩增出长为486 bp的DNA片段,克隆到pMD18-T载体。测序和序列分析结果表明,获得了山核桃AP1同源基因中的1个片段,该片段序列包含2个内含子,长度分别为86 bp和291 bp,编码区共编码36个氨基酸。其序列已在GenBank中注册(注册号为EU155118),在GenBank中进行同源性检索结果表明,其氨基酸序列与其他植物AP1同源基因的氨基酸序列同源...
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