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[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁潘霞 李杨瑞
以甘蔗叶片总ＲＮＡ为模板，通过ＲＴ－ＰＣＲ扩增细胞色素ｂ６－ｆ复合体铁硫亚基基因的Ｃ ＤＮＡ，采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性，并用荧光定量ＰＣＲ分析该基因的表达情况。结果表明：克隆得到的Ｃ ＤＮＡ片段长度为７９６ ｂＰ，包括１个５７９ ｂＰ的开放阅读框，编码１９２个氨基酸。甘蔗与高粱ＣＹＴ基因Ｃ ＤＮＡ序列的同源性为９４．０％，氨基酸序列同源性为９９．０％；该基因推导的蛋白分子量大小为２０．６７ＫＤ，等电点为６．２４，疏水性分值在０．５０～２．１１；蛋白二级结构中α－螺旋占１７．１９％，随机卷曲占５３．１２％，延伸链占２１．５３％，β－转角只占８．３３％，ＧｅＮ ｂＡＮＫ登录号．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
韩霜 陈素梅 蒋甲福 房伟民 管志勇 陈发棣
以菊花品种‘清露’cDNA为模板克隆出了菊花CmCSN1基因,并研究了CmCSN1在环境信号中的表达变化。序列分析表明:该基因编码442个氨基酸,推导的蛋白质相对分子质量为50 397;CmCSN1基因在进化上是保守的,具有与动物相同的PCI结构域。荧光定量PCR分析结果显示:该基因在根、茎、叶和花中都有表达,但花中的表达量较高;弱光处理使CmCSN1表达量上调;CmCSN1白天比晚上的表达量高,有昼夜节律性;在花发育过程中,萌动期表达量很低,而紧蕾期表达量急剧增加,表明该基因可能在弱光胁迫响应以及花发育方面发挥作用。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
侯昌亮 王靖博 李永强 吴华 马志卿 冯俊涛 张兴
【目的】克隆辣根素可能的作用位点——细胞色素Ｃ氧化酶亚基Ⅲ（ＣＯＸⅢ）的全长ＣＤＮＡ，并对其进行序列分析及原核表达。【方法】在ＮＣＢＩ数据库中查找玉米象（ＳＩｔＯｐｈＩｌｕＳ ｚｅＡｍＡＩＳ）ＣＯＸⅢ已知的部分序列，利用Ｒｔ－ｐＣＲ，结合ＲＡＣｅ技术克隆获得玉米象ＣＯＸⅢ全长序列；利用ＤＮＡｍＡＮ８．０、ｍｅＧＡ５．１、ＧｅＮｅＤＯＣ、ｐＲＯｔ ｐＡＲＡｍ和ｔＡＲＧｅｔ ｐ １．１ ＳｅＲｖｅＲ等软件对该基因全长ＣＤＮＡ序列、系统进化关系、基本理化性质及其三维结构进行分析；将玉米象ＣＯＸⅢ基因分别与载体ｐ ｅＡＳＹ－ＢｌｕＮｔ ｅ１、ｐｅｔ２８Ａ、ｐｅｔ３０Ａ、ｐ ｅｔ３２Ａ、ｐｅｔ４２Ａ连接．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
施大卫 王利 娄绘芳 黄艳青 朱保建 吴信忠
细胞色素氧化酶(Cytochrome oxidase,COX)是线粒体内呼吸链电子传递的终末复合物,是线粒体氧化能力的关键调节物质。细胞色素C氧化酶亚基I(COXⅠ)是细胞色素C氧化酶具有酶催化活性的3个亚基之一。本研究以本实验室构建的青石斑鱼消减杂交cDNA文库中长587bp的EST序列为基础,采用RACE-PCR方法克隆鉴定出青石斑鱼(Epinephelus awoara)细胞色素C氧化酶亚基I基因。研究结果表明:青石斑鱼COXⅠ全长1659bp,5'端非编码区3bp,3'端非编码区105bp,开放阅读框1551bp,编码516个氨基酸。序列分析表明,青石斑鱼COXⅠ与线纹刺尾鲷COXⅠ同...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
牛俊奇 王爱勤 朱惠 杨丽涛 李杨瑞
采用RACE-PCR方法,以甘蔗心叶为材料克隆了甘蔗PSⅠ反应中心亚基Ⅱ基因全长,命名为SopsaD,GenBank登录号JX866950。该基因cDNA序列全长为904bp,编码200个氨基酸多肽,预测其分子质量和等电点分别为21.85ku和10.5,其中N端的1~44aa是叶绿体转运肽序列,62~199aa是保守的Pfam:PasD结构域。SopsaD与玉米(EU953246)、水稻(AY224449)、大麦(M98254)和短柄草(XM003564060)psaD基因核苷酸同源性分别为85%、85%、84%和81%,氨基酸序列的同源性分别为92%、88%、87%和85%。荧光定量PCR表...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张俊祥 冀志蕊 王娜 徐成楠 迟福梅 周宗山
【目的】明确衔接蛋白(adaptor protein)GcAP1复合体β亚基在苹果炭疽叶枯病菌(Glomerella cingulata)生长发育和致病过程中的功能,检测GcAP1β在该菌中的时空表达模式,并揭示其是否调控多聚半乳糖醛酸内切酶(endopolygalacturonase)基因CgPG1和CgPG2、果胶裂解酶(pectin lyase)基因pnl-1和pnl-2以及果胶酸酯裂解酶(pectate lyase)基因pelA和pelB的表达,为深入开展苹果炭疽叶枯病菌衔接蛋白在致病信号传导途径
关键词：
衔接蛋白 果胶酶 苹果 炭疽菌 致病力
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王盛 张保青 黄杏 樊艳姣 杨丽涛 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗铜/锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)基因,并分析其序列特征、组织特异性表达及在不同逆境胁迫下的表达模式。【方法】以甘蔗桂糖28号为材料,利用RT-PCR技术克隆获得Cu/Zn-SOD,采用生物信息学方法分析所推测的氨基酸序列,通过实时荧光定量PCR研究Cu/Zn-SOD在不同组织及逆境条件下的表达情况。【结果】克隆获得甘蔗Cu/Zn-SOD,NCBI登录号为JQ958328,其开放阅读框为456 bp,编码151个氨基酸,与禾本科植物聚于同一进化分支。实时荧光定量PCR分析表明Cu/Zn-SOD在根、茎、叶中均有表达,为组成型表达,在叶中表达量最高;Cu/Zn-SOD在聚...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
马晓茜 刘至治 李思发 唐文乔 杨金权
为了解团头鲂MHCⅠ类基因的结构,采用cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术,首次成功克隆了团头鲂"浦江Ⅰ号"F0基础群体及选育F8世代的MHCⅠ类基因,共获得3条cDNA全长序列。序列全长为2 040～2 079 bp,含有87～102 bp的5'-UTR,1 035～1 044 bp的编码区(包括信号肽,alpha 1、alpha 2和alpha 3三个结构域,跨膜区和胞质区)及911～946 bp的3'-UTR区,分别编码347、344个氨基酸。F8世代序列的核苷酸/氨基酸的同源性很高,为89.0%/93.0%,而与F0世代...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
牛俊奇 王震 杨丽涛 李杨瑞
为分析甘蔗SUT家族基因新成员的序列特征和基因表达模式,采用cDNA末端快速克隆技术,以甘蔗GT28未成熟茎cDNA为模板克隆蔗糖转运蛋白基因,命名为SoSUT2-h1,GenBank登录号KF808330。该基因的cDNA序列全长为2 132bp,开放阅读框长1 749bp,编码582个氨基酸,预测分子量和等电点分别为61.80ku和6.17。SoSUT2-h1蛋白具有12个跨膜结构。该蛋白具有保守的蔗糖转运蛋白功能域,属于MFS蛋白家族和GPH(蔗糖/H+共转运体)超家族中的一员。荧光定量PCR表明在
关键词：
甘蔗 蔗糖转运蛋白 克隆 基因表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁潘霞 邢颖 廖青 黄杏 李长宁 黄太庆 江泽普 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗ASR(ABA-stress-ripening)基因的序列并检测其在干旱胁迫下的表达量,为甘蔗抗逆胁迫机制的研究提供实验依据。【方法】以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增ASR基因的cDNA,采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。【结果】克隆得到的cDNA片段长度为402 bp,编码133个氨基酸,命名为SoASR1(GenBank登录号:JQ712581)。同源性分析表明,SoASR1基因在12种植物中的一致性为56%99%。实
关键词：
甘蔗 干旱胁迫 ASR基因
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张聪 郑雪莲 蒲志刚 吴洁 王大一 阎文昭
ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)催化ADP-葡萄糖合成反应,是淀粉生物合成的限速酶之一。从高淀粉甘薯品种川薯34总RNA逆转录的cDNA中克隆了AGPa1和AGPa2两个α亚基编码序列,进行生物信息学分析后,插入植物高效表达载体pCamb ia1301构建了pC-AGPa1和pC-AGPa2两个双元表达载体,并导入根癌农杆菌EHA105中。获得的工程菌菌株可用于遗传转化甘薯、马铃薯和木薯等重要的薯类作物,为薯类作物高淀粉育种奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋修鹏 黄杏 莫凤连 田丹丹 杨丽涛 李杨瑞 陈保善
【目的】克隆甘蔗的苯丙氨酸解氨酶基因(PAL),分析其序列特征及其在不同组织和5种胁迫条件下的表达情况,为此基因在甘蔗抗逆育种中的应用提供理论支撑。【方法】利用串联飞行时间质谱仪对差异表达蛋白质进行质谱鉴定分析,通过RT-PCR和RACE技术从甘蔗品种新台糖22号(ROC22)中克隆PAL,以生物信息学方法对其序列进行预测分析,利用real-time PCR分析PAL在不同组织和不同胁迫条件下的表达特性。【结果】克隆获得甘蔗PAL,命名为ScPAL,GenBank登录号为KC172559。该cDNA全长2 590 bp,含有1个2 115 bp的完整开放阅读框(ORF),编码704个氨基酸。序...
关键词：
甘蔗 苯丙氨酸解氨酶 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
牛俊奇 黄静丽 张琨琨 杨丽涛 李杨瑞
采用cDNA末端快速克隆(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术,以甘蔗未成熟茎cDNA为模板克隆转化酶抑制子,命名为SoInvInh1,GenBank登录号KF575175。SoInvInh1基因的cDNA序列全长为678bp,3′-UTR长146bp。开放阅读框长531bp,编码176个氨基酸,预测分子质量和等电点分别为18.09ku和8.52。SoInvInh1不含内含子序列。预测该蛋白N端具有1个信号肽和跨膜结构,19—172位氨基酸是PMEI蛋白的保守结构域。不同物种间InvInh蛋白氨基酸序列同源性较低,但都具有4个保守的Cys位点。荧光定...
关键词：
甘蔗 转化酶抑制子 克隆 基因表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
牛俊奇 黄金容 苗小荣 王道波 杨丽涛 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗转化酶抑制子(Invertase inhibitor)基因(SoInvInh2)的c DNA全长序列,分析基因表达模式和生物信息学特性,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆InvInh2基因5’序列,采用Tail-PCR技术扩增基因3’序列。采用生物信息学软件对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位和系统进化等进行分析。采用荧光定量PCR(qRT-PCR)分析SoInv Inh2基因在甘蔗不同生育期的组织表达特性。【结果】从甘蔗GT28幼茎中克隆到的一个新的转化酶抑制子基因,命名为SoInv Inh2,GenBank登录号KF575170。该基因的c DNA序列全长为927 bp,开放阅读框长651 bp,编码216个氨基酸。SoInvInh2基因不含内含子序列。SoInvInh2蛋白有4个不对称的α-螺旋和4个保守的Cys位点,属于InvI/PMEI家族成员。在甘蔗叶、茎、花序和花序轴中都能检测到SoInvInh2基因表达。在甘蔗不同生育期,So Inv Inh2基因在不同成熟度的叶和茎中的表达模式无明显规律。【结论】成功克隆到甘蔗SoInvInh2基因,并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
甘蔗 转化酶抑制子 基因克隆 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘金仙 阙友雄 郭晋隆 许莉萍 徐景升 陈如凯
【目的】克隆甘蔗(Saccharum officinarum)S-腺苷蛋氨酸脱羧酶(S-adenosylmethionine decarboxylase,SAMDC)基因,并进行序列特征、原核表达和不同逆境胁迫下表达特性分析。【方法】通过对甘蔗茎全长cDNA文库测序和分析,获得SAMDC基因cDNA全长,命名为Sc-SAMDC,并进行序列分析。随后将编码S-腺苷蛋氨酸脱羧酶的cDNA片段克隆到原核表达载体pET29a(+)中,构建融合表达质粒,转化至Esherichia coli BL21(DE3)中进行表达。最后利用定量PCR技术分析甘蔗幼苗中该基因在不同外源胁迫下的表达特性。【结果】序列分...
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