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[期刊] 中国农业科学
[作者]
张积森 郭春芳 王冰梅 张木清 陈由强 陈如凯
【目的】筛选并克隆与水分胁迫相关的基因,通过对目的基因的表达分析进一步解析植物的抗旱机制,为甘蔗抗逆育种提供候选基因和理论依据。【方法】应用消减文库技术结合cDNA芯片技术筛选水分胁迫诱导的基因的EST序列,根据筛选到感兴趣的上调表达基因的EST序列,用RACE技术获得SSADH的全长cDNA序列,并通过实时荧光RT-PCR技术对该基因的表达特征进行分析。【结果】通过消减文库技术结合cDNA芯片技术筛选的EST中含有4个推测为基因SSADH的EST,其在水分胁迫处理的斑茅中均明显上调表达。通过RACE扩增获得甘蔗SSADH全长cDNA序列为1914bp,其中5′端非编码区25bp,开放阅读框为...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
杨玉婷 李国印 苏亚春 郭晋隆 许莉萍
从甘蔗中克隆获得1个6PGDH基因的cDNA序列,记为Sc6PGDH(登录号:KF921299).该基因序列含有1个1467 bp的完整开放阅读框,推导编码488个氨基酸残基.生物信息学分析可知,Sc6PGDH基因编码的蛋白分子质量为53.6561 ku,为酸性稳定的亲水蛋白,含有信号肽,可能定位于内质网膜上,具有该类蛋白典型的保守结构域6PGD,且与分离自谷子、玉米和水稻的6-磷酸葡萄糖脱氢酶的氨基酸序列同源性分别高达96.11%、95.70%和93.24%,表明该基因在进化过程中比较保守.原核生物生长试验结果显示,甘蔗Sc6PGDH基因的表达蛋白可以显著增强大肠杆菌Rosetta菌株的耐盐...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
谢晓娜 杨丽涛 王盛 张小秋 李杨瑞
【目的】甘蔗是C4作物,是中国最重要的糖料作物和最有希望的能源作物。克隆甘蔗NADP异柠檬酸脱氢酶(So NADP-IDH)基因,为甘蔗的抗病乃至抗逆育种提供候选基因。【方法】采用双向电泳技术找到差异蛋白点,用质谱技术对相应蛋白点进行鉴定,用RT-PCR技术从甘蔗中克隆So NADP-IDH,用在线软件对获得的氨基酸序列进行分析,并用q RT-PCR技术研究So NADP-IDH在不同组织和不同逆境胁迫条件下的表达特性。【结果】质谱成功鉴定出差异蛋白点并克隆获得该基因,命名为So NADP-IDH,Gen Bank登录号为KF808326。该c DNA全长1 497 bp,含有1个1 239 ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
梁潘霞 邢颖 廖青 黄杏 李长宁 黄太庆 江泽普 李杨瑞
【目的】克隆甘蔗ASR(ABA-stress-ripening)基因的序列并检测其在干旱胁迫下的表达量,为甘蔗抗逆胁迫机制的研究提供实验依据。【方法】以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增ASR基因的cDNA,采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。【结果】克隆得到的cDNA片段长度为402 bp,编码133个氨基酸,命名为SoASR1(GenBank登录号:JQ712581)。同源性分析表明,SoASR1基因在12种植物中的一致性为56%99%。实
关键词：
甘蔗 干旱胁迫 ASR基因
[期刊] 中国水产科学
[作者]
周发林 陈劲松 黄建华 杨其彬 邱丽华 马振华 江世贵
采用ｃＤＮＡ末端快速扩增技术（ｒＡｐｉＤ ＡｍｐｌｉｆｉｃＡｔｉｏＮ ｏｆ ｃＤＮＡ ｅＮＤｓ，ｒＡｃｅ）获得了斑节对虾（ｐｅＮＡｅｕｓ ｍｏＮｏＤｏＮ）谷氨酸脱氢酶基因（ｐｍＧＤＨ）的ｃＤＮＡ序列。该序列全长２３８６ ｂｐ，开放阅读框（ｏｒｆ）为１６７７ ｂｐ，３＇非编码区（ｕｔｒ）为６８８ ｂｐ，包括含有２７个碱基的ｐｏｌｙ（Ａ）尾，５＇非编码区（ｕｔｒ）为２１ ｂｐ。ｏｒｆ可编码５５８个氨基酸，预测分子量为６１．８３７ ｋ Ｄ，理论等电点为６．５７。序列含有ｅｌｆＶ ＤｅＨｙＤｒｏＧ Ｎ与ＮＡＤ ｂｉＮＤ １ Ｇｌｕ ＤＨ两个保守结构域，３７个磷酸化位点，３个糖基化位点。通过同源性、相似．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
付春茹 叶海辉 陈学雷 黄辉洋 李少菁
3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphatede hydrogenase,GAPDH)是维持生命最基本活动的关键酶之一。采用RT-PCR、RACE等技术,获得了拟穴青蟹gapdh基因全长cDNA序列。该序列全长1 440 bp,开放阅读框(ORF)为1 008 bp,编码335个氨基酸残基。同源分析显示,该基因编码的蛋白与其他一些物种具有很高相似性,推测gapdh基因具有很高的保守性。经荧光定量PCR检测,gapdh基因在拟穴青蟹多个组织中均有表达,且在胸神经团、眼柄神经节、卵巢、表皮中表达量较高。在拟穴青蟹卵巢发育过程中,gapdh基因在卵巢发育早期(Ⅱ期)表达...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孙淑霞 陈栋 李靖 涂美艳 江国良
本研究以泸定香桃和皮球桃为供试材料,利用同源克隆及实时荧光定量PCR,分析桃基因组2个同源甜菜碱醛脱氢酶基因及其在果肉中的表达。结果表明,2基因p Badh1和p Badh2全长分别为4749和3026 bp,都包含1512 bp的CDS序列,编码503个氨基酸,都分别由15个外显子和14个内含子组成;p Badh1和p Badh2序列在泸定香桃和皮球桃中未发现核苷酸变异。2基因在成熟桃果肉中的表达水平不一致,在泸定香桃中的表达量都明显高于在皮球桃中的表达,且p Badh2基因的表达量显著高于p Badh1,由此可推测,p Badh2基因在桃物种中的表达调控功能强于p Badh1基因,为进一步...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
何玉英 李少飞 王清印 李健
采用ＲＡＣＥ技术克隆获得中国明对虾（ＦＥｎｎＥＲｏｐＥｎＡＥｕｓ ＣｈｉｎＥｎｓｉｓ）谷氨酸脱氢酶ＧＤｈ基因（ＦＣ ＧＤｈ）。ＦＣ ＧＤｈ基因全长１７７９ ｂｐ，包括１个１６５９ ｂｐ的开放阅读框（ｏＲＦ），编码５５２个氨基酸，预测分子量大小为６１．３ ｋ ＤＡ，理论等电点为６．５４。同源性分析显示，ＦＣ ＧＤｈ氨基酸序列与其他动物高度保守，其中，与凡纳滨对虾最为相似，高达９８％，其次为中华绒螯蟹，为８９％。系统进化树分析显示，ＦＣ ＧＤｈ氨基酸序列与凡纳滨对虾ＧＤｈ聚为一支，之后依次为：中华绒螯蟹、黑腹果蝇、埃及按蚊。组织表达分析发现，ＦＣ ＧＤｈ基因在肌肉、鳃、肝胰腺、胃、肠、淋巴和血淋巴．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
卢秉国 何炜毅 申艳红 蒋际谋 陈晓静 陈伟 吕柳新
从龙眼子叶胚中分离得到一个大量表达的表达序列标签(EST),该EST编码序列与金鱼草3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因的同源性为84%,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了龙眼GAPDH基因全长序列.序列分析表明,龙眼GAPDH基因的cDNA全长为1395 bp,包括一个长1008 bp、编码336个氨基酸的开放阅读框(ORF),5′端非编码区(UTR)长71 bp,3′-UTR长316 bp.龙眼GAPDH基因编码的氨基酸序列与水稻、葡萄、小果野蕉、拟南芥、银杏等GAPDH基因的氨基酸序列同源性均高达85%以上,该基因在GenBank中的登录号为FJ694011.
[期刊] 华北农学报
[作者]
崔润丽 王永芳 智慧 李伟 李海权 黄占景 刁现民
3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)在谷子盐旱胁迫早期高频率表达,为研究该基因在胁迫反应及其他代谢中的详细功能,本研究利用RACE技术克隆了谷子的GAPDH基因。该基因cDNA全长1 328 bp,包括1 008 bp的开放阅读框,共编码338个氨基酸,肽段的分子量为35 911.03 Da,极性氨基酸占29.12%。序列比较分析发现,谷子的GAPDH同玉米的同源序列表现了最高的相似性,同水稻和小麦同源序列的相似性次之,同双子叶植物的同源序列则相差较远。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
植爽 任艳红 唐星 徐凤翔 王传宏 赵爱春 王茜龄
【目的】克隆桑树的谷氨酸脱氢酶基因GDH,了解其结构、组织特异性表达以及调控特点,并获得桑树谷氨酸脱氢酶蛋白,为进一步研究谷氨酸脱氢酶(glutamate dehydrogenase,GDH)在桑树氮代谢过程中的功能奠定基础,也为多年生木本植物的GDH研究提供参考。【方法】根据川桑基因组数据库搜索GDH同源序列设计引物,以杂交桑品种桂桑优62号(M.atropurpurea Roxb.)c DNA为模板,通过RT-PCR克隆获得Ma GDHs。利用NCBI上BLAST和CDD进行氨基酸序列比对和保守结构域
[期刊] 中国农业科学
[作者]
梁东 吴钐 王素芳 马锋旺
【目的】进一步探明苹果中山梨醇脱氢酶(sorbitol dehydrogenase,SDH;EC 1.1.1.14)基因家族的分子特性。【方法】从‘嘎拉’苹果中克隆SDH基因家族全长cDNA序列和gDNA序列,检测它们在叶片和果实不同生长时期的表达模式。【结果】获得了12个苹果SDH基因家族cDNA序列,依次命名为MdSDH7—MdSDH18。除MdSDH18基因的全长gDNA序列由6个外显子和5个内含子组成,其余基因的全长gDNA序列由2个外显子和1个内含子组成。根据氨基酸序列相似性可以将这些SDH基因分为A和B两类。所有SDH基因在果实不同生长期均有表达,且中后期表达高于初期,但果实初期的...
关键词：
苹果 山梨醇脱氢酶 基因家族 基因表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄兴琳 陆俊杏 廖冰楠 白辉扬 管丽 张涛
【目的】ω-3脂肪酸脱氢酶(ω-3 FAD)为植物脂肪酸生物合成途径中的关键酶,通过对油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因结构特征及其在不同组织中的表达模式进行分析,为研究FAD3在油用牡丹‘凤丹’脂肪酸形成过程中的调控提供理论基础。【方法】采用RACE和RT-PCR的方法克隆油用牡丹‘凤丹’ω-3 FAD基因,用Vector NTI Advance 11软件进行序列分析,BLAST进行同源性比较,并用MEGA7.0的邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统进化树,利用在线蛋白质分析工具Ex
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张娜 黄韫宇 冯洁 刘莉莎 杨鹏 赵冰 郭仰东
通过RT-PCR、同源克隆和RACE等方法由甘蓝总RNA扩增得到了甘蓝脯氨酸脱氢酶基因cDNA全长(1 719 bp),其中包含了一个1 497 bp的完整开放阅读框,编码498个氨基酸,与已发表的十字花科植物ProDH基因均具有85%以上的同源性。在此基础上设计并克隆干扰片段,利用酶切连接的方法将该基因干扰片段正反向插入到载体pFGC-1008的GUS内含子两侧,经限制性内切酶酶切和测序鉴定,证明植物表达载体pFGC-gPDH已构建成功,为进一步研究该基因的功能创造了条件。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
农倩 李长宁 Mukesh Kumar Malviya 苏琴 张艳 陈艳露 覃丽萍 谢玲
【目的】克隆甘蔗烟酰胺转氨酶(Nicotianamine Aminotransferase,NAAT)基因,分析其基本生物学信息及在缺Fe胁迫下的表达量变化,为进一步探讨SoNAAT1基因在甘蔗麦根酸类Fe载体生物合成途径中的作用提供理论依据。【方法】根据前期获得的EST序列设计引物,利用RT-PCR和RACE-PCR获得甘蔗SoNAAT1基因c DNA全长,应用在线软件程序对氨基酸序列进行分析,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析基因在不同缺Fe胁迫时长下的表达情况。【结果】甘蔗SoNAAT1基因全长1593 bp,编码区长度1206 bp,编码401个氨基酸,理论分子量为44.2 kD,等电点为5.64,主要在细胞质中表达,蛋白结构以α-螺旋为主。SoNAAT1与玉米、水稻、高粱的NAAT基因序列具有高度的同源性,系统发育进化树显示其与高粱Sb NAAT3优先聚在一起。qRT-PCR分析结果表明,SoNAAT1的表达随着缺Fe胁迫时间的延长而增强,缺Fe胁迫引起甘蔗根系内源ABA含量和相关抗氧化酶活性增加,并与SoNAAT1表达密切相关。【结论】甘蔗SoNAAT1基因编码序列具有较高的保守性,表达量随着缺Fe胁迫时间的延长而增加,推测该基因参与了甘蔗麦根酸类Fe载体生物合成途径的调控过程。
关键词：
甘蔗 烟酰胺转氨酶 基因克隆 表达分析
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