【目的】搜集生产上的主要甘蓝品种,构建基于SNP标记的品种指纹图谱,为鉴定甘蓝品种的特异性、真实性提供依据。【方法】首先,利用50个甘蓝高代自交系的重测序数据,与甘蓝参考基因组(02-12)进行比对筛选SNP位点。挑选多态性较好、在染色体上均匀分布的SNP位点,并将其转化为KASP标记,利用KASP平台对供试材料进行检测,得到59个甘蓝品种的基因分型数据。根据基因分型数据,筛选出多态性信息含量(PIC)高、无基因型数据缺失且在染色体上均匀分布的标记作为构建指纹图谱的核心标记。将核心标记的分型结果转化为二元编码数据,获得甘蓝品种SNP-DNA指纹图谱。在59个甘蓝品种中随机挑选15个品种,另外增加5个未推广的新组合用于构建人工虚拟混合群体,并利用此群体对甘蓝品种指纹鉴定技术进行验证,检测核心标记构建的SNP-DNA指纹图谱的准确性与可靠性。【结果】利用重测序数据与参考基因组(02-12)进行比对开发SNP标记,最终获得2.54×106个SNP标记。从中筛选出500个SNP位点用于KASP标记开发,平均每条染色体上55.6个。500个SNP位点中有442个成功转化为KASP标记,转化成功率为88.4%。KASP平台检测结果显示,在442个SNP标记中,有25个位点的未分型材料数>5,在后续分析中去除。剩余417个SNP位点的PIC值的变化范围为0.12—0.38,平均值为0.36,表现为中度多态性。在59个供试甘蓝品种中,全部417个SNP位点的杂合度大于30%的有57个,占所有品种的96.6%。其中,品种‘豫生早熟牛心’的杂合度最高,为67.8%。最终筛选出50个SNP位点作为核心标记,并利用这些标记构建甘蓝主要品种的指纹图谱。50个核心位点的PIC值的变化范围为0.35—0.38,平均值为0.36,其中位点Bol2-56的PIC值最高。基于核心SNP标记的聚类分析结果表明,59个品种的遗传相似系数为0.43—0.98。利用人工虚拟混合群体对核心SNP标记进行了验证,结果表明,利用核心标记可对甘蓝品种的特异性和真实性进行有效鉴定。【结论】基于甘蓝自交系重测序数据进行比对,共获得SNP位点2.54×106个;从中筛选获得50个核心SNP标记用于构建59个甘蓝品种的指纹图谱,并采用人工虚拟混合群体对核心SNP标记进行了验证。

【目的】研究甘蓝DNA指纹鉴定方法,并构建50份中国甘蓝代表品种DNA指纹数据库,为甘蓝品种特异性、真实性、纯度鉴定提供参考依据。【方法】首先,利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和来源不同的甘蓝材料对已开发的甘蓝EST-SSR引物进行筛选,获得多态性引物;然后将可用于甘蓝DNA指纹鉴定的核心引物正义链5′末端分别标记TAMRA、HEX、ROX、6-FAM四种荧光,利用DNA分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并确定每个等位变异的标准品种。利用核心引物扩增结合标准品种的片段大小,构建中国50个甘蓝代表品种的SSR指纹数据库。通过人工构建模拟群体对‘中甘21’品种真实性进行鉴定,进而对该指纹鉴定...

【目的】筛选出一套SSR核心引物,用于构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,为柑橘种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供技术支撑。【方法】以柑橘属8个主要栽培种类为试材进行PCR扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳检测,筛选出多态性丰富、扩增条带稳定的引物对部分参试品种进行PCR扩增,扩增产物通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行进一步的引物筛选;筛选得到的引物进行荧光标记,并选用部分柑橘品种进行PCR扩增,扩增产物利用基因分析仪检测,分别计算各引物的PIC值、等位基因数目,选取一套多态性丰富的适合进行荧光毛细管电泳检测的SSR引物组合,进而对所有参试品种进行分析,构建柑橘品种的DNA指纹图谱库,同时利用筛选的SSR标记对参试品种进行鉴定。【结果】初期以柑橘属8个种的代表品种(太田椪柑、沙田柚、沅江酸橙、大红甜橙、邓肯葡萄柚、枸橼、费米耐劳柠檬和墨西哥来檬)为材料,用362对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经4%琼脂糖凝胶电泳检测,初步筛选出80对种间多态性高、扩增稳定的SSR引物;进一步从8个种类里选择不同类型的64个柑橘品种,用上述筛选出的80对SSR引物进行PCR扩增,扩增产物经6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,再筛选出60对品种类型间多态性高、扩增稳定、条带清晰的SSR引物,并分别进行荧光标记;另以168份柑橘品种为材料对上述60对SSR引物进行PCR扩增,经荧光毛细管电泳检测,依据各引物的PIC值、等位基因数目、峰图读取难易程度、扩增稳定性及染色体位置等,最终筛选出21对SSR引物作为指纹图谱库构建的核心引物。为消除不同仪器、不同试验批次等引起的误差,为21对SSR引物各主要等位变异选择相应的参照品种。根据各引物标记的荧光颜色及扩增片段大小进行合理组合,21对SSR引物可分成5组进行多重电泳,共采集500份柑橘品种的DNA指纹。利用SSR标记,有111份品种仅用1对引物即可鉴别,86份品种用2对引物组合即可鉴别,24份品种用3对引物组合即可鉴别,另外279份品种虽无法单独一一鉴别,但可分为87个小组,组内品种无法区分,组间品种易鉴别。【结论】利用筛选出的21对SSR核心引物,构建了包含500份柑橘品种的DNA指纹图谱库,筛选出部分品种的特异标记,可以鉴别221份柑橘品种和87个品种组合,构建了基于毛细管电泳平台的柑橘SSR分子标记品种鉴定体系。

【目的】基于简化基因组，挖掘油茶单核苷酸多态性（SNP）位点，筛选可用于油茶种质鉴定的简化SNP组合位点，构建SNP指纹图谱，建立一种快速准确鉴定广西油茶主栽良种苗木的SNP分子标记方法。【方法】以12个油茶无性系种质的两个重复共24份油茶标准样本为材料，采用ddRADseq流程进行文库构建，使用BWA将过滤后的测序数据比对到已发布的南荣油茶Camellia oleifera var.“Nanyongensis”参考基因组上，利用GATK进行SNP位点筛选，ANNOVAR软件进行SNP位点注释，STRUCTURE软件进行群体结果分析，使用PLINK进行主成分分析；利用R语言，使用条件随机筛选法（CRS），筛选能够区分出油茶种质的最简SNP组合，绘制指纹图谱。【结果】测序数据质量良好，可用于SNP分子标记位点的开发筛选。与参考基因组比对后，共获得622 064个为SNP标记位点，其中无基因型缺失的SNP位点40 147个，多态性信息含量（PIC）大于0.35的SNP位点2 094个，前后60 bp碱基保守无变异的SNP位点共184个。最终筛选出可以将12个油茶无性系种质区分开的15个核心SNP标记位点组合，并以此绘制出SNP指纹图谱。【结论】基于简化基因组，建立了广西主要栽培油茶种质的SNP标记开发和指纹图谱绘制的方法，为苗期油茶种质的快速准确鉴定提供了理论依据和技术指导，助力规范油茶苗木市场，促进油茶产业健康发展。

为筛选一组适合甘蓝型油菜DNA指纹鉴定的核心SSR引物,进而构建甘蓝型油菜品种的SSR指纹图谱库,本研究采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对952对甘蓝型油菜SSR引物进行筛选。采用入选的核心引物,以等位变异大小形式,构建184份甘蓝型油菜品种的指纹图谱,并对影响等位变异大小的因素进行分析。综合考虑引物多态性信息含量(PIC)、条带清晰度、重复性及染色体分布,确定47对核心引物。结果表明,47对引物检测到51个位点,平均每条染色体2.6个,PIC值介于0.2314~0.9253,平均为0.6004。等位变异大小影响因素分析结果表明,荧光基团(6-FAM、HEX、ROX和TAM...

【目的】建立甜瓜品种的DNA指纹图谱数据库,实现对甜瓜品种进行快速、准确的鉴定。【方法】应用SSR分子标记技术,首先利用20份具有代表性的甜瓜品种(系)筛选SSR引物,然后对105份不同甜瓜品种(系)进行指纹图谱的构建。【结果】从1 219对SSR引物中筛选出18对引物为105份材料形成了多态性的指纹图谱,其中每对引物可以检测到4—14条数目不等的多态性条带,平均为9条;多态性信息含量(PIC)平均为0.68,变化范围为0.55—0.82。105份材料间的相似系数为0.70—0.99。利用这18对SSR核心引物构建的指纹图谱库能够有效区分所有供试材料,并且为每份材料建立了一份独特的指纹图谱。【...

为挖掘苦参优异种质资源,利用大宗药材苦参现有的EST资源开发EST-SSR标记,分析不同地理种源苦参的遗传多样性,构建其特有的DNA指纹图谱。通过生物信息学手段对NCBI数据库中苦参EST序列进行SSR查找,利用Primer 5.0软件设计EST-SSR引物,筛选多态性引物检测苦参样本DNA差异,采用UPGMA聚类分析样本的遗传多样性,并构建DNA指纹图谱。经分析得到92条Unigene,从中发掘出126个EST-SSR位点分布于61条Unigene上。SSR检出率为66.30%,平均分布距离为0.512kb;共搜索到61种EST-SSR的重复基元,五核苷酸和六核苷酸重复是主要的重复类型,二者出现频率分别为68.25%和25.40%,没有三核苷酸出现,AAAAT/ATTTT与AAGTGG/CCACTT是五、六核苷酸的优势重复类型;设计出65对苦参的EST-SSR引物,随机合成26对,筛选出18对多态性引物可用于苦参样本遗传多样性分析,共检测出77个等位变异,平均每对引物检测出4.3个基因位点,引物多态性比率为69.2%;聚类分析结果表明:苦参材料首先按照居群聚类,在相似系数为0.73处,供试材料按亲缘关系远近分为5大类,相同或相近产地来源的苦参样本聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律;筛选到2对核心引物DYH011与DYH018,构建了苦参样本的DNA指纹图谱,作为对不同产地来源苦参鉴定和溯源的依据。

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析.结果表明:从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51.25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据.

【目的】构建柑橘栽培品种(系)的DNA指纹图谱数据库,为建立柑橘种苗纯度及真实性鉴定技术体系和技术规范奠定基础。【方法】利用SSR标记和ISSR标记对102个柑橘栽培品种(系)进行DNA指纹分析,筛选适合的特征引物,构建柑橘栽培品种(系)的指纹图谱数据库。【结果】从200对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的12对引物作为柑橘品种(系)鉴定的特征引物,12对SSR特征引物组合可鉴别42个品种(系);在此基础上,对未出现SSR特征指纹的60个品种(系)进行ISSR指纹分析,从40个ISSR引物中筛选到2个可用于品种鉴定的特征引物,结合SSR标记,可快速、准确地鉴别70个柑橘的品种(系)。并利...

【目的】基于SSR分子标记评价仁用杏遗传多样性,并利用SSR标记鉴别仁用杏品种,构建仁用杏SSR指纹图谱,为仁用杏资源的合理利用与开发提供依据。【方法】利用9对多态性高、重复性好且条带清晰的SSR标记,对我国16个仁用杏主栽品种进行荧光毛细管电泳检测,评价其遗传多样性,并鉴别仁用杏品种和构建指纹图谱。【结果】利用9对SSR引物在16个供试仁用杏品种中共检测到68个等位基因(Na),平均每位点7.56个;位点MA039a检测到的等位基因最多(10个),位点UDP97-401检测到的等位基因最少(6个);多态

【目的】基于SSR分子标记分析桃主栽品种的遗传多样性和遗传背景,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【方法】利用15个多态性高、重复性强的SSR分子标记,对我国26个桃主栽品种进行PCR扩增、毛细管荧光电泳检测,分析其遗传多样性,构建桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。【结果】15对SSR引物在供试26个桃主栽品种中共检测到259个等位基因(Na)和213.41个有效等位基因(Ne),每个位点的平均Na和Ne分别为17.27个和14.23个;其中,位点BPPCT-025上检测到的Na和Ne数量最多,分别为23个和20.94个,而位点pchgms-54和UDP97-402上的Na(均12个)和Ne(10.31和10.04个)数量最少;期望杂合度和观察杂合度分别介于0.24～0.63和0.29～0.79之间,其平均值分别为0.43和0.54;多态性信息指数(PIC)在0.76～0.91之间,平均值为0.83。所采用15对SSR引物中,引物pchgms25的鉴别能力最强,能够将10个桃主栽品种鉴别开;而将引物pchgms25与PceGA25、UDP96-003、UD98-412-50、UDP98-409、UDP98-406、UDP97-402、Pchgms4-54和BPPCT-001相结合,可将供试26个桃主栽品种鉴别开,据此构建了26个桃主栽品种的SSR分子指纹图谱。26个桃主栽品种的遗传相似度较高(0.64～0.94),在遗传相似度系数0.70时,可将供试26个桃主栽品种分为3组,同一品系品种优先聚在一起,其分组聚类结果与品种来源基本一致。【结论】桃主栽品种的遗传多样性水平适中,遗传背景较狭窄,遗传相似度较高,不同品系间基因交流较少。本研究结果可为后期桃种质资源的创新、桃核心种质资源库的建立以及桃种质资源的保护与利用提供技术与理论支撑。

【目的】采用SSR标记构建2008年中国3大棉区8个棉花主产省份32份棉花主栽品种的DNA指纹图谱并进行遗传多样性分析。【方法】从214对候选引物中筛选出36对多态性高、稳定性好且在染色体上分布均匀的引物作为核心引物,构建棉花主栽品种DNA指纹图谱。【结果】36对SSR引物在32份材料中共扩增出142种多态性基因型,每对引物的基因型从2—11种不等,平均每对引物扩增出3.94种基因型。9对引物在10个品种上具有特征带型。最少采用5对引物进行组合鉴定即可将32个棉花品种完全区分开。NTSYS-pc V 2.10软件分析表明,长江流域棉区品种间遗传差异最大,新疆棉区次之,黄河流域棉区最小。常规品种...

本研究利用EST-SSR分子标记,对国内的52份老芒麦(Elymus sibiricus)材料进行遗传多样性的研究,并构建了7个老芒麦品种及栽培材料的DNA指纹图谱。20对EST-SSR引物共产生204个条带,平均每对引物扩增出10.2条带,176(86.27%)条带为多态性条带,表明供试材料具有较高水平的多态性。同时,引物Elw404和Elw195构建的指纹图谱较为容易地将品种和栽培材料与其他材料区别开。分子方差分析(AMOVA)表明,老芒麦地理区域内(73.94%)的遗传变异远高于地理区域间(26.0

为解决长江流域缺乏适合短季棉材料分子分析的SSR引物问题及加强对引进短季棉材料遗传信息的了解,以从中国农业科学院棉花研究所引进的15份短季棉品种为材料,利用SSR标记进行DNA指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,从214对候选SSR引物中筛选出稳定性好、多态性高、基本覆盖棉花26条染色体的68对引物,对15份材料的基因组DNA进行了PCR扩增,共检测出178个有效等位位点,平均每对引物检测到2.62个;引物多态性信息含量(PIC)值介于0.244 9~0.906 1,平均0.693 8。品种指纹分析结果显示,在15份材料中,12份材料可采用特征引物进行一次性区分,其他材料需采用引物组合来实...

为实现对甜瓜品种快速准确鉴定，利用ＳＳＲ分子标记技术对６个甜瓜品种及其亲本共１８份材料构建指纹图谱。通过利用５０对多态性好的甜瓜ＳＳＲ引物，经扩增电泳分析得到Ｃ１７、Ｃ２１、Ｃ３０共３对引物，可用于构建１８份材料的指纹图谱，实现了对这些材料的分子鉴定。另外利用Ｃ２１引物对材料Ｍ３２４的杂种品种进行纯度鉴定，结果纯度为８９％，与田间性状统计结果 ９０％相符。