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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李建斌 王神云 王红 万雁玲 丁万霞
为了开发甘蓝EST-SSR功能性标记,从NCBI公共数据库检索到63201条甘蓝ESTs,通过前处理和聚类去冗余后得到全长为14828.60kb的无冗余ESTs 23306条。在这些序列中搜索出3085个SSRs,分布于2616条ESTs中,出现频率是13.24%,与甘蓝开花过程中相关的EST-SSRs出现的频率为6.97%。这些EST-SSRs的平均长度为23.11bp,平均分布频率是1/4.81kb。在1～6核苷酸重复的基元中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的79.09%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸...
关键词：
甘蓝 EST SSR 功能分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
侯小改 王娟 郭大龙 刘改秀 马慧丽 王小燕
首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型(89.38%),其次是二核苷酸重复(6.67%)和三核苷酸重复(3.78%),四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹EST–SSR基元类型的重复次数主要集中在6～30次,其基元长度主要集中在26～31 bp。
[期刊] 华北农学报
[作者]
韩明利 崔娜 于志海 李天来 侯丽霞
表达序列标签(Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence re-peats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源。以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析。结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets。对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获...
关键词：
番茄 EST-SSR 果实
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾赵东 马佩勇 郭小丁 谢一芝
利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43...
关键词：
三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王庆彪 张扬勇 庄木 杨丽梅 刘玉梅 吕红豪 方智远
【目的】研究甘蓝DNA指纹鉴定方法,并构建50份中国甘蓝代表品种DNA指纹数据库,为甘蓝品种特异性、真实性、纯度鉴定提供参考依据。【方法】首先,利用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和来源不同的甘蓝材料对已开发的甘蓝EST-SSR引物进行筛选,获得多态性引物;然后将可用于甘蓝DNA指纹鉴定的核心引物正义链5′末端分别标记TAMRA、HEX、ROX、6-FAM四种荧光,利用DNA分析仪检测不同等位变异的扩增片段大小,并确定每个等位变异的标准品种。利用核心引物扩增结合标准品种的片段大小,构建中国50个甘蓝代表品种的SSR指纹数据库。通过人工构建模拟群体对‘中甘21’品种真实性进行鉴定,进而对该指纹鉴定...
关键词：
甘蓝 SSR标记 指纹图谱 品种鉴定
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨维泽 金航 赵振玲 杨美权 张金渝
为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb。含SSR的EST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR。SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp。在1~6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%。出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%)。结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其...
关键词：
西洋参 EST SSR信息
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王显生 贾钰莹 顾汉艳 何小玲 张桦 张巨松 石书兵 李建贵 麻浩
从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
陈俊浩 陆洋 倪燕婕 张智俊 钟雅萍 鲍晶晶 罗淑萍
表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张红梅 张蜀宁 于旭红 郑金双
以抱子甘蓝和羽衣甘蓝为材料,采用常规压片法进行核型分析,结果表明:抱子甘蓝的核型公式为2n=2x=18=10+8sm(2SAT),其中第3、4、5、6、8对为中着丝粒染色体,第1、2、7、9对为近中着丝粒染色体,第7对染色体具有随体;相对长度组成为2n=2L+6M2+10M1;核型分类为2A型,属于基本对称型。羽衣甘蓝的核型公式为,2n=2x=18=10m+8sm,其中第3、4、6、7、8对为中着丝粒染色体,第1、2、5、9对为近中着丝粒染色体,未观察到随体染色体;染色体相对长度组成为2n=8M2+10M1;核型分类为2A型,属于基本对称型。
关键词：
抱子甘蓝 羽衣甘蓝 染色体 核型分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
何俊平 张书芬 王建平 文雁成 曹金华 蔡东芳 赵磊 朱家成
亲本选配是杂交育种成败的关键。本研究以河南省农业科学院经济作物研究所选育的２９份甘蓝型油菜骨干亲本系为材料，利用分布于甘蓝型油菜１９个连锁群的４７对ＳＳＲ引物进行分析，共检测到１９７个标记位点，每对引物在不同亲本材料间的等位基因数为１～１１个，平均位点４．４８个，其中多态性位点１５４个，多态性比率为７８．１７％；同时利用获得的ＳＳＲ多态性位点进行聚类分析。结果表明，在遗传相似系数０．６４处，２９份材料分为３大类群，聚类结果与地理来源有较好的一致性，与特征农艺性状及品质性状有较好的吻合性。本研究可为油菜优良杂交组合的选配及材料创新提供理论支持及参考依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李德文 王瑞 魏忠芬 李加纳 王军 李大雄 张太平
为辅助油菜育种中合理选配亲本以及加快遗传改良进程提供可靠依据,采用SSR标记对37份甘蓝型油菜隐性核不育系和59份不同来源的恢复系进行遗传多样性分析。结果表明:62对SSR引物共扩增出177条多态性条带,平均每对引物为2.9条。材料间的遗传相似系数为0.57～0.93;以0.62为阀值,将96份材料划分为7个类群。除了2365AB及2149AB外,其余35份隐性核不育系聚在类群Ⅱ和类群Ⅲ中,恢复系聚在类群Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ和Ⅶ中;虽然隐性核不育系间的遗传差异较小,但是有14份隐性核不育系与19份恢复系间的遗传距离大于0.7,这对育种工作有重要参考价值。
[期刊] 华北农学报
[作者]
丁厚栋 张尧锋 余华胜 林宝刚 张冬青
利用系统聚类法,对84份国内甘蓝型油菜种质资源的10个农艺性状进行聚类分析,研究其遗传亲缘关系,合理利用品种资源,结果表明:84份材料分为4个类群,其中,第Ⅱ类群有75个品种(系),又可分为2个亚群,第Ⅱ-1、2亚群可再分为3个和4个品种(系)组。4个类群的农艺性状有较大差异,第Ⅱ-2亚类群生育期较短,但单株产量最高。从中发现了长荚、大粒、早熟和角密等特异材料。
关键词：
甘蓝型油菜 种质资源 农艺性状 聚类分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王灏 赵卫国 李殿荣 田建华 张文学 赵小平 王爱娜 李永红
为了研究甘蓝型油菜种质资源的多态性,对来自我国19个省市和国外8个油菜主产国的104份不同类型、不同性状的甘蓝型油菜种质资源进行了RAPD分析,在300条随机引物中筛选出条带清晰、多态性丰富、表现稳定的引物40条,在此基础上共扩增出DNA片段288条,其中具多态性的252条,多态率87.5%,每引物平均多态位点6.3个。采用非加权类平均法(UPGMA)对统计数据进行聚类分析,当遗传距离为0.3时,可将104份材料分为8大类,其中最大遗传距离0.646 7,最小0.072 9,表明来自不同国家、地区的各类种质资源间具有丰富的遗传多样性,聚类结果与材料的来源具有高度的相关性和对应性。研究结果表明目...
关键词：
甘蓝型油菜 RAPD 遗传多样性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李文红 程英 金剑雪 周宇航 李凤良
【目的】对菜蚜(桃蚜、甘蓝蚜和萝卜蚜)的OBP和CSP基因进行序列比对和结构分析,为菜蚜气味识别和化学感受相关研究和应用提供参考。【方法】基于公共转录组数据,采用BLAST、多序列比对、保守半胱氨酸序列分析、进化发育树构建和蛋白三维结构同源建模等方法鉴定和分析甘蓝蚜和萝卜蚜的OBP和CSP基因。【结果】甘蓝蚜鉴定出12个OBP基因、8个CSP基因,萝卜蚜鉴定出12个OBP基因和12个CSP基因;经序列比对和系统进化树分析,直系同源基因在3种菜蚜(甘蓝蚜、萝卜蚜及桃蚜)之间相似度较高,但不同OBP和CSP基因分化明显;基于保守半胱氨酸序列分析发现,菜蚜的OBP1-4、OBP7-12和OBP14-17属于Classic OBP亚家族,OBP5和OBP6属于Plus-C OBP亚家族,菜蚜CSP基因的半胱氨酸模式序列较保守;Motif特征分析表明菜蚜CSP基因比OBP基因更保守;采用同源建模方法发现豌豆蚜和3种菜蚜的OBP3蛋白三维结构极其相似。【结论】3种菜蚜OBP基因和CSP基因在基因数目和序列特征上存在一些差异,但是直系同源基因之间非常保守。
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