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[期刊] 西南农业学报
[作者]
李文红 程英 金剑雪 周宇航 李凤良
【目的】对菜蚜(桃蚜、甘蓝蚜和萝卜蚜)的OBP和CSP基因进行序列比对和结构分析,为菜蚜气味识别和化学感受相关研究和应用提供参考。【方法】基于公共转录组数据,采用BLAST、多序列比对、保守半胱氨酸序列分析、进化发育树构建和蛋白三维结构同源建模等方法鉴定和分析甘蓝蚜和萝卜蚜的OBP和CSP基因。【结果】甘蓝蚜鉴定出12个OBP基因、8个CSP基因,萝卜蚜鉴定出12个OBP基因和12个CSP基因;经序列比对和系统进化树分析,直系同源基因在3种菜蚜(甘蓝蚜、萝卜蚜及桃蚜)之间相似度较高,但不同OBP和CSP基因分化明显;基于保守半胱氨酸序列分析发现,菜蚜的OBP1-4、OBP7-12和OBP14-17属于Classic OBP亚家族,OBP5和OBP6属于Plus-C OBP亚家族,菜蚜CSP基因的半胱氨酸模式序列较保守;Motif特征分析表明菜蚜CSP基因比OBP基因更保守;采用同源建模方法发现豌豆蚜和3种菜蚜的OBP3蛋白三维结构极其相似。【结论】3种菜蚜OBP基因和CSP基因在基因数目和序列特征上存在一些差异,但是直系同源基因之间非常保守。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张秋圆 李昭 张慧杰 王小平 朱智慧
采用Illumina测序平台获得了萝卜蚜转录组数据,有翅蚜和无翅蚜混合样本共得到107 992 806条Cleaning Reads,组装得到69 588条Unigene序列,平均长度为716 bp。有翅蚜测序结果共得到44 620 184条Cleaning Reads;无翅萝卜蚜测序结果共得到47 113 716条Cleaning Reads。2组样品差异表达基因的分析表明共有显著性差异表达基因104个,其中表达上调基因有74个,表达下调基因有30个。对差异表达基因进行GO注释及KEGG富集分析显示,Hippo信号通路、甲状腺激素信号通路和催产素信号通路与翅型分化及与之紧密联系的生殖率差异相关性较强。
[期刊] 华北农学报
[作者]
肖旦望 刘聪 胡学芳 邬克彬 官春云 熊兴华
为进一步研究油菜LPAT4基因,通过检索与拟南芥LPAT4序列相似度较高的油菜EST序列,拼接后与白菜和甘蓝的LPAT4序列进行同源比对,设计一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中扩增全长LPAT4 CDs序列。共获得2条CDs序列,它们的长度分别为1 143,1 140 bp,分别命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。BnLPAT4-1编码380个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.29 kDa和8.74;BnLPAT4-2编码379个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.16 kDa和8.93。他们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘少锋 汪慧慧 邬克彬 熊兴华
为了进一步研究甘蓝型油菜GPDH基因,通过从拟南芥GPDH基因与甘蓝型油菜的共线性分析发现:拟南芥GPDH基因(At2g41540)在甘蓝型油菜A基因组和C基因组中有4个拷贝,分别为:GSBRNA2T00132785001、GSBRNA2T00024258001、GSBRNA2T00058395001、GSBRNA2T00019118001。从Gen Bank分别下载了它们的DNA序列和c DNA序列,c DNA序列依次命名为GPDH1、GPDH2、GPDH3、GPDH4。根据序列信息设计了4对不同的引物
关键词：
GPDH 甘蓝型油菜 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
丁云花 Holger Budahn 简元才 Herbert Peterka
应用RAPD与dpRAPD方法鉴定萝卜-甘蓝型油菜中萝卜基因组,筛选了140条随机引物。结果表明,平均每条引物(组合)能产生的萝卜基因组特异标记数dpRAPD高于RAPD,分别为1.69和1.33;在dpRAPD扩增产物中有77.6％谱带清晰易辨,略高于RAPD(75.4％)。两者所检测到的萝卜基因组标记大部分为各自特异的扩增产物。由于结合了荧光标记引物,dpRAPD反应产物可在Genetic Analyzer上分离检测,因此能检测到100 bp以下的小片段DNA。
[期刊] 华北农学报
[作者]
文雁成 张书芬 王建平 朱家成 赵磊 曹金华
为了选育甘蓝型油菜萝卜质雄性不育恢复系,并将该雄性不育系统杂交种投入生产应用,通过10多年自交和测交,从甘蓝型油菜萝卜质雄性不育掺合型杂交种Corrida中筛选出了萝卜质雄性不育恢复系R2008。R2008在不同年份均能使萝卜质雄性不育系完全恢复育性,从而实现了萝卜质雄性不育系、保持系和恢复系三系配套。遗传分析表明,R2008的恢复性状受一对显性基因控制。其中萝卜质雄性不育系的基因型为S(rr),恢复系的基因型为(RR),现有的甘蓝型油菜均为萝卜质雄性不育系的保持系,基因型均为N(rr)。与当地甘蓝型油菜相比,R2008生育期长(240d)、芥酸和硫甙含量高(分别为12.93%和78.63μm...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
吕爱丽 刘洪博 李旭娟 吴才文 刘新龙 曾千春
【目的】独脚金内酯是近年来发现的一种新型激素,能够有效抑制植物分枝(蘖),在其信号转导途径中MAX2/RMS4/D3基因扮演着十分关键的作用。为了研究该基因在甘蔗分蘖性状表现中的功能作用具有重要意义。【方法】本研究利用RT-PCR和RACE技术克隆出其同源基因(ScF-box)的c DNA全长,并对其序列和编码蛋白开展生物信息学分析。【结果】ScF-box基因的c DNA全长为2642 bp(KR870233),具2103 bp的开放阅读框(ORF,1132215 bp),编码700个氨基酸;蛋白质分析表
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
周桦楠 于涛 刘冠求 潘家荃 万博 刘振雷
丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)级联反应在植物生长发育以及生物和非生物胁迫反应中发挥着重要作用。为探明甘薯基因组中MAPK基因结构特征,利用生物信息学方法筛选鉴定出了18个二倍体甘薯(Ipomoea trifida) MAPK基因家族成员,并分析其基因位置、基因结构、所编码的蛋白质理化性质、保守基序、系统进化和蛋白质互作关系。结果表明:甘薯18个MAPK基因不均匀分布在9条染色体上,所编码的氨基酸数量为365～629,均为亲水蛋白,并且大部分属于酸性蛋白和不稳定蛋白。亚细胞定位预测结果表明,仅有ItfMAPK7、ItfMAPK9和ItfMAPK15三个蛋白位于细胞质中,其余均位于细胞核内。系统进化分析将18个基因分成4个亚组,相同组内成员具有相似的基因结构、外显子数量及motif数量,但亚组之间存在明显的差异,并且发现甘薯的MAPK基因家族成员与拟南芥的亲缘关系最近。进一步分析各个亚组所包含基因的外显子和内含子结构,发现不同的亚组之间ItfMAPK基因的结构存在显著的差异,但亚组之间却十分相似。蛋白质互作分析发现甘薯MAPK基因家族成员既存在组内的两两互作关系,也存在亚组之间的互作关系。ItfMAPKs在7个不同组织中和4种不同非生物胁迫下的表达模式分为两类,大部分MAPK基因家族成员在不同组织中和不同胁迫下的表达量很高,而ItfMAPK6、ItfMAPK10和ItfMAPK12这3个成员的表达量极低。研究结果可为深入探寻甘薯MAPK基因的功能提供参考。
关键词：
甘薯 MAPK基因家族 鉴定 生物信息学
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
钟国华 胡美英 林进添 刘红梅 谢建军 刘金香
从高效杀虫植物闹羊花 (RhododendronmolleGDon)中分离获得 13个木藜芦烷类化合物 ,活性测定结果表明 ,化合物 1(RhodojaponinIII)和 6 (RhodomolleinI)对萝卜蚜无翅成蚜具有较高的忌避活性 ,以 2 0mg/L处理后 2 4h ,忌避率分别为 76 .6 4 %和 6 5 .0 6 % ,化合物 1、4 (RhodomolleinXVI)、6以 5mg/L处理后 ,与CK相比 ,试虫实验种群增殖倍数分别仅为 0 .2 1、0 .31和 0 .2 7;化合物 1、4、8(RhodomolinC)和 10 (RhodomoleinXVIII)浸...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘子刚 田佩耕 王宁 翟鑫娜 张云帅 刘毅强 武佳颖 田再民 魏东
【目的】探明马铃薯StWRKY转录因子的生物信息学特征及其在不同组织、低温和盐胁迫下的表达模式，揭示StWRKY转录因子在逆境下的调控规律，为进一步研究此转录因子的功能奠定基础。【方法】本试验以冀张薯12号马铃薯组培苗为材料，从马铃薯中克隆获得StWRKY基因，并对其进行生物信息学分析和功能的初步研究。【结果】StWRKY基因长度为747 bp,由172个氨基酸编码而成，相对分子量19 921.58,理论等电点9.22,带负电残基总数21,带正电残基总数28,不稳定系数40.56。该蛋白质二级结构以无规曲线为主占40.1%,α-螺旋为37.4%、伸展链为15.1%、β-折叠为7.6%,是不稳定蛋白，属于亲水蛋白。通过进化树分析，与番茄同源性最高，为97.1%;利用RT-qPCR分析表明，表达谱分析中StWRKY基因的表达量在叶片中最高；功能初步分析，StWRKY基因的表达量在经过低温胁迫和盐胁迫处理6和7 h表达量显著增加，说明可能参与马铃薯对盐胁迫和低温的响应路径。【结论】StWRKY能够不同程度响应盐胁迫和低温胁迫，说明在马铃薯逆境反应机制中发挥不同作用，初步揭示了马铃薯StWRKY转录因子的功能，为进一步研究其功能提供依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张宏江 杭伟 马浩天 王晓丹 李润植 崔红利
[目的]获得雨生红球藻中紫外抗性蛋白(Uv resistance locus 8,UVR8)的cDNA序列全长,并进行生物信息分析。[方法]以雨生红球藻为研究对象,通过同源克隆方法获得紫外抗性蛋白UVR8的cDNA序列全长,并通过生物信息手段对其理化性质、蛋白结构及系统进化进行分析。[结果]序列分析表明,HaeUVR8的编码区全长为1554 bp,共编码517个氨基酸,预测理论等电点为5.56,理论分子量为54.31 kD。通过BLASTp分析,与拟南芥中UVR8的相似性达到51%,与莱茵衣藻中UVR8的相似性达到59%。通过蛋白保守结构域分析,HaeUVR8蛋白中存在UVR8蛋白的典型结构域,包括7个叶片螺旋结构和保守的色氨酸残基。系统进化分析表明,高等植物和真核绿藻来源UVR8s有共同祖先。[结论]本研究首次获得雨生红球藻中编码UVR8的基因序列,发现其结构与高等植物UVR8相似,暗示二者可能有相似的作用机制,为雨生红球藻中UVR8的表达、功能研究奠定基础,同时为解析雨生红球藻适应紫外光的分子机制提供线索。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔红利 陈军 王林萍 胡章立 秦松
【目的】本文旨在获得雨生红球藻中蓝光受体向光素(Phototropin,PHOT)的全长序列并进行生物信息分析。【方法】采用同源克隆和RACE结合的方法获得雨生红球藻中编码HaePHOT的c DNA序列全长,并对HaePHOT进行生物信息分析。【结果】HaePHOT的开放阅读框全长为2139 bp,编码712个氨基酸,预测的等电点8.66,理论分子量78.73 k D。经BLASTP程序分析,与拟南芥来源PHOT的相似性达到58%,与莱茵衣藻来源PHOT的相似性达到68%。通过序列比对和结构域分析,PHO
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
娄延岳 杜晓华 罗玉柱 刘霞 张磊
【目的】探讨甘南牦牛CYGB基因的分子结构特征及生理功能。【方法】提取甘南牦牛血样基因组DNA,以其为模板PCR分段扩增后拼接得到CYGB基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出甘南牦牛CYGB基因,其长度为8 484bp,含有4个外显子和3个内含子,外显子长度分别为143,232,164和34bp,内含子长度分别为5 175,280和2 379bp,可编码190个氨基酸残基,氨基酸编码存在明显的密码子偏倚现象。与普通牛相比较,甘南牦牛CYGB基因存在73处核苷酸变异位点,其中2处发生在外显子2区域,氨基酸序列未发生改变;71处发生在内含子区域。甘南牦牛CYGB拥有"three-over...
关键词：
甘南牦牛 胞红蛋白 基因 生物信息学
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李象松 魏丽华 李炫丽 汪艳杰 王冰 吴江生 龙鸿
以人工合成的萝卜-芥蓝异源四倍体的F4和F10世代为材料,用MSAP法检测2种材料DNA甲基化变异情况,以期为远缘杂交后不同世代间基因组DNA甲基化遗传和变异规律提供实验依据。结果表明:F4代和F10代甲基化程度分别为30.61%和33.10%,共检测12种甲基化变异模式,可以分为5种类型,甲基化变异位点占所有甲基化位点的41.71%。用甲基化抑制剂5-氮胞苷处理F4代,F10代材料,检测到甲基化程度分别为20.67%和25.75%,F代比F代受到了更大冲击,说明不稳定世代对环境的影响更加敏感。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈文胜 崔志新 杨长举
在室温下观察了六斑月瓢虫各虫态及不同温度下对萝卜蚜的捕食量,并对Holling-Ⅱ型和Holling-Ⅲ型功能反应模型分别进行拟合。结果表明,六斑月瓢虫的发现率和最大捕食量随龄期的增大而增大;成虫对萝卜蚜的平均处理时间随温度的升高而缩短,发现率和最大捕食量随温度的升高而增大,表明高温有利于六斑月瓢虫的捕食。
关键词：
六斑月瓢虫 萝卜蚜 功能反应
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