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[期刊] 华北农学报
[作者]
肖旦望 刘聪 胡学芳 邬克彬 官春云 熊兴华
为进一步研究油菜LPAT4基因,通过检索与拟南芥LPAT4序列相似度较高的油菜EST序列,拼接后与白菜和甘蓝的LPAT4序列进行同源比对,设计一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中扩增全长LPAT4 CDs序列。共获得2条CDs序列,它们的长度分别为1 143,1 140 bp,分别命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。BnLPAT4-1编码380个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.29 kDa和8.74;BnLPAT4-2编码379个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.16 kDa和8.93。他们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘少锋 汪慧慧 邬克彬 熊兴华
为了进一步研究甘蓝型油菜GPDH基因,通过从拟南芥GPDH基因与甘蓝型油菜的共线性分析发现:拟南芥GPDH基因(At2g41540)在甘蓝型油菜A基因组和C基因组中有4个拷贝,分别为:GSBRNA2T00132785001、GSBRNA2T00024258001、GSBRNA2T00058395001、GSBRNA2T00019118001。从Gen Bank分别下载了它们的DNA序列和c DNA序列,c DNA序列依次命名为GPDH1、GPDH2、GPDH3、GPDH4。根据序列信息设计了4对不同的引物
关键词：
GPDH 甘蓝型油菜 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
肖旦望 刘聪 陈社员 官春云 熊兴华
克隆并对溶血磷脂酸酰基转移酶时空表达和逆境表达进行分析,旨在为进一步研究其生物学功能奠定基础。结合同源克隆与半定量RT-PCR的方法,克隆得到甘蓝型油菜湘油15 LPAT5的1条全长1 041 bp的CDs序列,并命名为BnLPAT5。序列分析表明,它具有LPLAT_LCLAT1样结构域,属于LPLAT超基因家族。时空表达分析表明,BnLPAT5在根中的表达量最高,是茎和胚的2倍。逆境分析表明,BnLPAT5在NaCl、PEG4000、水渍、6BA和ABA的胁迫下呈现2种不同的表达模式,他们均对BnLPAT5基因的表达具有抑制作用。在NaCl、PEG4000及水渍处理下,BnLPAT5呈"骤降...
[期刊] 华北农学报
[作者]
葛风伟 江一 赵惠新
水孔蛋白是位于质膜和液泡膜等生物膜上主要负责水分跨膜运输的通道蛋白。为了分析甘蓝型油菜种子萌发过程水分调控的分子机制，采用ＲＴ－ＰＣＲ法从甘蓝型油菜种子中克隆了液泡膜内在蛋白（ＴｏｎｏＰ ｌａｓＴ ｉｎＴＲｉｎｓｉＣ ＰＲｏＴｅｉｎｓ，ＴｉＰｓ）ＴｉＰ４；１基因片段序列，并对甘蓝型油菜种子ＴｉＰ４；１基因在种子萌发过程及干旱、低温和盐胁迫下的表达进行了ｑＲＴ－ＰＣＲ（ｑｕａｎＴｉＴａＴｉｖｅ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲ）分析。结果表明，ＴｉＰ４；１基因在干种子中表达水平很低，但是在种子萌发过程中表达量增加。此外，在干旱、低温及盐的胁迫处理下，ＴｉＰ４；１基因的表达上调，结果暗示着该基因可能参与．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡尚连 曹颖 黄胜雄 孙霞 卢学琴 蒋瑶
【目的】克隆慈竹木质素生物合成酶4CL基因,研究其序列特征,为今后利用该基因调控慈竹木质素的生物合成研究奠定基础。【方法】参照其他物种4CL基因保守区,设计简并引物,以慈竹幼笋cDNA为模板,克隆到1条750 bp的4CL基因保守区片段。以这条保守区片段为模板,结合5′RACE和3′RACE克隆4CL基因全长序列,并对其进行了生物信息学分析。【结果】成功克隆了慈竹4CL基因全序列,该序列CDS区全长为1 674 bp,编码558个氨基酸;氨基酸序列中存在两大4CL氨基酸保守域(SSGTTGMPKGV和GEICIRG),其中前一个氨基酸保守域的第7个氨基酸位点变为M,与常见的L不同,表明慈竹的4...
关键词：
慈竹 4CL基因 克隆 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
贺慧 虢慧 官春云
ACP5基因是参与植物体中脂肪酸代谢的重要基因之一,在甘蓝型油菜中该基因还未被深入研究。为了弄清楚BnACP5基因在甘蓝型油菜中的螺旋结构及功能,以湘油15为试材,采用同源克隆法得到一个与脂肪酸合成相关的基因BnACP5。BnACP5基因CDs序列长417 bp,共编码138个氨基酸。生物信息分析表明,BnACP5蛋白的相对分子质量15.25 ku,理论等电点(p I)为5.94,其不稳定参数为43.03,属于不稳定蛋白;其总疏水平均系数(GRAVY)为-0.148,是一种亲水性蛋白;不含跨膜结构,也不含
[期刊] 西南农业学报
[作者]
俎峰 李霞 何晓莹 张国建 张建昆 董云松 王敬乔 束正齐 陈苇
【目的】克隆拟南芥籽粒大小发育母体效应基因EOD3在甘蓝型油菜籽粒中表达的同源基因拷贝,并在大、小籽粒材料间开展序列比较分析。【方法】以1份大籽粒与1份小籽粒种质发育中的籽粒为研究材料,利用RT-PCR克隆发育中籽粒表达的BnEOD3基因拷贝,结合生物信息学手段在大、小籽粒材料间进行差异比较分析。【结果】生物信息学分析发现BnEOD3基因在甘蓝型油菜中有4个同源拷贝(BnaC04g00760D,BnaA05g01200D,BnaC04g50960D,BnaA04g27100D)。其中BnaA04g27100D在大、小籽粒材料发育籽粒中均有表达,且在第114碱基处存在SNP变异(大籽粒为C,小籽粒为G),BnaC04g50960D则仅在小籽粒材料中检测到表达,BnaC04g00760D与BnaA05g01200D基因则在大、小籽粒中均未检测到表达。【结论】BnEOD3基因仅有2个拷贝(BnaA04g27100D和BnaC04g50960D)在发育籽粒中检测到表达,其中BnaA04g27100D在第114碱基处的SNP变异导致氨基酸序列甘氨酸(G)与丙氨酸(A)的氨基酸的差异,可能与大、小籽粒性状有关。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
施春霖 刘聪 肖旦望 陈社员 官春云 熊兴华
通过RT-PCR方法克隆了甘蓝型油菜湘油15号5个WRI1基因cDNA。测序结果显示,BnWRI1-1大小为1 248 bp,BnWRI1-2和BnWRI1-3大小为1 254 bp,BnWRI1-4、BnWRI1-5大小为1 242 bp;聚类分析结果显示,所克隆WRI1基因cDNA在进化关系上属于AP2/ERF转录因子家族,同拟南芥AtWRI1(At3G54320)同处1个分支,并且所克隆基因cDNA来自甘蓝型油菜不同的基因组;通过核苷酸序列比对分析,得到所克隆WRI1基因cDNA单核苷酸变异位点40个;特异性酶切位点分析显示,来源于A基因组的BnWRI1-1、BnWRI1-2、BnWRI...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李兵 刘志全 王璐琳 胡建军 唐铭霞 戴成 王克秀 马朝芝
【目的】在甘蓝型油菜中克隆拟南芥MYB-CC家族转录因子AtPHL12的同源基因BnPHL12并进行生物信息学、组织表达模式、亚细胞定位及转录活性研究，为BnPHL12的基因功能研究奠定基础。【方法】利用序列比对方法（blast）在甘蓝型油菜泛基因组数据库BnIR中鉴定AtPHL12的同源基因BnPHL12，在“Westar”品系中克隆AtPHL12的同源基因，进行生物信息学及进化分析。利用qRT-PCR及GUS染色方法检测AtPHL12同源基因在不同组织中的表达水平，利用原生质体转化的方法检测BnPHL12的亚细胞定位及转录活性。利用农杆菌侵染介导的转化方法，创建BnA01PHL12过量表达转化植株，并进行BnA01PHL12功能分析。【结果】在“Weatar”材料中克隆到4个AtPHL12的同源基因，命名为BnA01PHL12（705 bp），BnC01PHL12(705 bp)，BnA05PHL12(705 bp)和BnC05PHL12(696 bp)，分别编码234、234、234、231个氨基酸，与AtPHL12的序列相似性大于70%，均含有保守的MYB DNA结合结构域和Coiled-Coiled结构域。BnA01PHL12与BnC01PHL12分别来源于白菜的BraA01t04110Z、甘蓝的BolC01g050170.2J。BnPHL12的同源基因在根、茎、叶、花蕾中均有表达，在根和叶的表达水平更高；BnA01PHL12与BnC01PHL12在花药发育的早期和晚期均有较高的表达水平。BnA01PHL12定位在细胞核中并具有转录激活活性。在甘蓝型油菜和拟南芥中，利用绒毡层特异表达基因BnA9启动子驱动BnA01PHL12表达，导致转基因材料雄性不育。【结论】在甘蓝型油菜中，AtPHL12的4个同源基因具有保守的MYB 和CC结构域，在营养器官和生殖器官中均有表达。通过在绒毡层细胞中过量表达BnA01PHL12，创制了新的雄性不育材料，为研究花药发育提供良好基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戴晓峰 卢长明 吴刚 武玉花 肖玲
【目的】生物素羧基载体蛋白负责将羧基从生物素羧化酶转移到羧基转移酶上,对于长链脂肪酸的从头合成与种子含油量的形成具有十分重要的作用。本研究的目的是从甘蓝型油菜品种基因组DNA中分离生物素羧基载体蛋白(BCCP)基因的全长编码区序列,通过生物信息学分析揭示该基因的结构特征(包括内含子的数量、长度与分布,蛋白质保守区疏水性特征等)和功能关系。【方法】基因克隆采取同源序列法进行。【结果】分离得到的bccp基因全长均为1600bp左右,根据其结构特点可以分成3种类型,它们均包含5个内含子。bccp1基因编码的蛋白质具备完整的生物素化功能结构域,是唯一功能完整的基因序列;bccp2和bccp3由于移码突...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王政 谭小力 张志燕 顾守来 李冠英 陈宇
植物COP9(Constitutively photomorphogenic 9)信号体(CSN)是一个多亚基复合体,而CSN8是这个复合体必不可少的亚基。为了克隆油菜CSN8基因并分析其在各种环境信号下的表达变化,以甘蓝型油菜中双9号为材料,采用同源克隆法克隆油菜CSN8(BnCOP9)cDNA。序列分析表明,BnCOP9编码的蛋白含有197个氨基酸残基,在其蛋白质中部含有1个PCI结构域,与Arabidopsis thaliana CSN8(AtCOP9)有92%的相似性。定量RT-PCR分析显示,Scle-rotinia sclerotiorum、伤处理以及甲基茉莉酸快速激活BnCOP9...
关键词：
油菜 BnCOP9 基因克隆 诱导表达
[期刊] 西南农业学报
[作者]
包斌武 任倩倩 王晋鹏 李彦霞 冯芬 罗仍卓么 王兴平
【目的】旨在进行牛钙调蛋白依赖性蛋白激酶4（Calmodulin-dependent protein kinase 4，CAMK4）基因编码区（Coding sequence，CDS）的克隆、CAMK4蛋白的功能预测分析及CAMK4基因在西门塔尔牛各组织中的组织表达谱分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区，利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析，并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织中的表达量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp，编码一条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸（Ser）、苏氨酸（Thr）和酪氨酸（Tyr）残基的19个磷酸化位点，主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族（PKc＿like superfamily）结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶（PHA03201）结构域，同时，蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织中的表达量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织。结合生物信息学分析结果，提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应，并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张弢
根据GenBank已发表的PGIP基因序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从青花菜(Brassica oleraceavar.italicaP)中克隆了一个新的PGIP基因,命名为BoPGIP1。BoPGIP1基因序列全长为1102 bp,由2个外显子和1个内含子构成,外显子总长为993 bp,编码330个氨基酸序列,分子量为37 kDa。对推导的氨基酸序列进行分析,发现该序列包含5个N-糖基化位点,2个蛋白激酶C磷酸化位点,5个酪蛋白激酶II磷酸化位点,4个N-豆蔻酰化位点。将BoPGIP1氨基酸序列与数据库中的其他植物PGIP进行同源序列比对,构建系统进化树,发现所比对基因都含有LRR结...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王连荣 薛拥志 王宝地
CBF转录因子在多种植物的非生物逆境环境中起着重要的作用,可提高植物的抗逆性。为研究CBF基因在杏扁非生物逆境中的作用与功能,以杏扁品种围选1号为试验材料,利用RT-PCR技术克隆了1个CBF/DREB1转录因子基因CBF,命名为PaCBF1,Gen Bank登录号为MF491392。对其进行生物信息学分析,结果显示:该基因开放阅读框长度为723 bp,编码240个氨基酸,分子量为26.928 ku,等电点为6.35,亲水性平均值为-0.555;PaCBF1蛋白含有一个高度保守的AP2结构域,以及植物CBF蛋白的保守结构域PKKRAGRRVFKETRHP和DSAWR;二级结构预测显示该蛋白主要由38.75%的无规则卷曲、29.58%的α-螺旋、22.92%的延伸链和8.75%的β-转角组成;三级结构的预测结果显示含有α-螺旋、β-折叠和β-转角;该蛋白定位在细胞核,不存在信号肽序列,为非分泌性亲水蛋白,共含有13个磷酸化位点。结果为今后进一步深入研究杏扁CBF转录因子的功能以及对逆境环境的抵抗机制提供了理论基础。
关键词：
杏扁 PaCBF1 基因克隆 生物信息学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姜勇 胡尚连 曹颖 卢学琴 徐刚 龙治坚 黄艳
４ＣＬ是木质素合成途径中的关键酶，对其进行生物信息学分析，为深入研究４ＣＬ的作用奠定基础并为进一步改良青杨提供理论支撑。以青杨嫩茎为试材，采用ＲＴ－ＰＣＲ方法克隆青杨４ＣＬ基因，使用ＮＣＢＩ、ＤＮＡＭＡＮ及Ｅｘ ＰＡＳｙ等一系列在线软件及工具，对青杨４ＣＬ基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析。克隆了青杨４ＣＬ基因，命名为ＰＣ４ＣＬ（ＧＥＮ ＢＡＮｋ注册号：ｋＪ４９０６３６）。该基因全长１６２３ ＢＰ，开放阅读框为１～１６１１ ＢＰ，编码５３６个氨基酸，含有４ＣＬ的保守域ＳＳＧＴＴＧＬＰｋＧＶ和ＧＥＩＣＩＲＧ及催化活性残基ＨＩＳ－２３４。ＰＣ４ＣＬ与ＰＴ Ｃ４ＣＬ同源性．．．
关键词：
青杨 4CL基因 克隆 生物信息学分析
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