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[期刊] 海洋渔业
[作者]
杨旭 毕燕会 周志刚
采用锚定PCR技术,构建了瓦氏马尾藻(Sargassum vachellianum)微卫星富集文库。阳性克隆筛选、测序和序列分析结果表明,在筛选的523个白色菌落中,214个克隆(占筛选白色菌落数的41%)含有重复的微卫星序列,其中105个(20.1%)有随机侧翼区,可以进行引物设计,109个缺乏足够的侧翼序列。在获得的微卫星序列中,完全的占50%;不完全的占2.3%;复合的占47.7%。重复次数5以上的微卫星序列主要以二碱基重复为主,除引物中使用的CT、GT和CAC重复单元外,还观察到AC、GA、CG、AT、CTA、TAG和AGT的重复序列。微卫星重复次数主要集中在6~10次之间,占92%,...
关键词：
瓦氏马尾藻 锚定PCR 微卫星 多态性
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 孙效文 梁利群
采用常规方法从鳙鱼(Aristichthysnobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件PrimerPremier5 0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。
关键词：
鳙鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘金亮 常玉梅 徐丽华 刘春雷 梁利群 韩国苍 高玉奎 柳玉海
通过磁珠富集法筛选东北雅罗鱼的微卫星分子标记。采用限制性内切酶Sau 3AI对东北雅罗鱼基因组DNA进行酶切,选取400～900 bp的片段进行PCR全基因组扩增,并利用生物素标记的(CAG)8、(TGA)8、(AGAT)6、(GATT)6 4个探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中,然后以SaulA为引物对长出的菌落进行PCR扩增,挑取扩增后片段大小符合条件的菌落送生物公司测序。结果表明:1 416个阳性克隆中有1 047个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列,完美型占67.99%,非完美型为15.31%;混合性标记占16.70%。从中选出160个微卫星序...
关键词：
东北雅罗鱼 微卫星 磁珠富集
[期刊] 华北农学报
[作者]
郝卓然 梁利群 常玉梅 任波
通过磁珠富集法筛选扁吻鱼的微卫星分子标记。利用限制性内切酶Sau3AI对扁吻鱼的基因组DNA进行酶切,并选取片段大小在250～750 bp间的片段,利用PCR技术进行全基因组扩增,采用生物素标记的(CA)8探针对微卫星片段进行富集。富集后的片段与T载体连接后利用DH5α大肠杆菌进行转化,然后以Sau3AI为引物对菌落进行PCR扩增,扩增后选片段大小符合条件的菌落挑取至测序板,进行测序。结果表明:PCR筛选共获得563个阳性克隆,其中测序192个阳性克隆后发现有53个微卫星序列;序列分析表明,完美型占67.92%,非完美型为22.64%;混合性标记占9.43%。根据测序结果设计微卫星引物24对,...
关键词：
扁吻鱼 微卫星 分子标记
[期刊] 中国水产科学
[作者]
匡刚桥 刘臻 鲁双庆 刘红玉 张建社 唐建洲
通过FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)法构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组微卫星富集文库,分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后,选取200~800 bp的片段与MseⅠ接头连接,用生物素标记的寡核苷酸探针(AC)8、(CT)8、(AT)7、(GATA)8、(GATT)7与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集...
关键词：
鳜鱼 微卫星标记 富集文库
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
马海涛 鲁翠云 于冬梅 孙效文
采用新型的生物素-磁珠吸附微卫星富集法与传统的放射性同位素杂交法相结合的方式,研究了草鱼(Ctenopharyngodon idella)基因组中存在的微卫星资源。结果,从1 000个细菌中,挑出90个阳性克隆,把其中45个进行测序分析,在这些序列中共含有68个微卫星核心序列,有55个含有重复次数大于5次的微卫星核心序列。其中,单一型标记49个,占72%,包括CA重复单元共22个,GT重复单元共18个,其他重复单元为9个;在72%的单一型标记中,完美单一型微卫星标记为44个,占65%。另外,混合型标记共19个,13为完美混合型;在所有微卫星标记中,CA重复类型最普遍,依次为GT、GA等。在68...
关键词：
草鱼 生物素 磁珠 微卫星
[期刊] 中国水产科学
[作者]
龚小玲 李思发 蔡完其 杨琴玲 王浩
采用小片段克隆法构建了澳洲鳗鲡(Anguilla australis)的部分基因组文库,并用地高辛标记的(CA)15作探针筛选阳性克隆,共获得76条微卫星序列,其中10次以下CA连续重复序列占83.67%,没有检测到30次以上的连续重复序列。根据微卫星序列两端足够长的侧翼序列,设计引物55对,选择合成引物26对,用澳洲鳗鲡3个个体的混合基因组进行引物筛选,其中的18对具有清晰的扩增条带。将筛选出的18对引物对澳洲鳗鲡1个群体的40个个体进行了遗传多样性分析,其中1对引物扩增产物为单态,17对扩增产物呈现多态;17对扩增多态的引物在40个个体中扩增出等位基因数目为5～14,平均为9个。该澳洲鳗鲡...
关键词：
澳洲鳗鲡 微卫星 分子标记
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈叶雨 刘亚 杜军 宋明江 赖见生 林珏 龚全
【目的】由于达氏鲟缺乏第2性征,外部特征不足以判定其性别,所以通过筛选性别特异性的分子标记来进行性别鉴定将对达氏鲟养殖有着重要的意义。【方法】本研究从达氏鲟高通量测序获得的转录组数据库中,开发多态性的微卫星位点,并结合已报道的达氏鲟微卫星来进行性别相关位点的分析。【结果】根据转录组数据开发了15个具有多态性的微卫星位点,期望杂合度和Shannon-Wiener多样性指数分别在0.3831～0.8607和0.6541～1.9663。利用该15个微卫星位点和已报道的91个达氏鲟或鲟鱼通用的微卫星标记,在96尾(48♀,48♂)性成熟的达氏鲟个体中进行扩增并测序分型,结果显示1个位点ADX21的2个等位基因ADX21-144bp和ADX21-151 bp在雌雄个体间出现的频率差异达到了60%,分别为雄性优势条带和雌性优势条带,推测该位点可能与性别存在一定关联。【结论】本研究使用目前为止鲟鱼中使用数量最多的微卫星标记来进行大样本量的雌雄差异分析,为今后鲟鱼性别连锁标记的开发奠定了基础。
关键词：
达氏鲟 微卫星 多态性位点 性别相关标记
[期刊] 水产学报
[作者]
贾舒雯 刘萍 韩智科 李健 潘鲁青
采用人工合成的生物素标记(AG)15探针及磁珠富集法构建了脊尾白虾基因组微卫星富集文库。将脊尾白虾基因组DNA经HaeⅢ酶切后,收集400～1 200 bp片段,连接特定接头,与生物素标记(AG)15探针杂交并捕获含有微卫星的DNA片段,然后连接到pMD18-T载体中,构建脊尾白虾微卫星富集文库。随机挑取947个克隆,经菌落PCR检验,其中667个为阳性克隆。从阳性克隆中随机选取184个克隆进行测序,有150个克隆含有微卫星序列,共获得199个微卫星序列,其中完美型158个(79.4%),非完美型27个(13.6%),复合型14个(7.0%)。根据微卫星序列,设计了119对微卫星引物,64对扩...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张建伟 刘媛媛 吴海龙 霍元子 于克锋 何培民
研究不同温度(10、15、20、25、30℃,光照强度80μmol·m–2·s–1,盐度30)、光照强度(20、60、100、200、300μmol·m–2·s–1,培养温度20℃,培养液盐度30)和盐度(盐度10、20、30、40和50,培养温度20℃,光照强度80μmol·m–2·s–1)对瓦氏马尾藻(Sargassum vachellianum)生长、光合色素含量及光合放氧活性的影响。结果表明,3种环境因子对瓦氏马尾藻生长、光合色素含量及光合放氧活性影响显著(P<0.05)。其中,瓦氏马尾藻适宜生长条件为:温度15~20℃,最适温度为20℃;光照强度20~60μmol·m–2·s–1;盐...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
刘颖 张鹏 王铁杆 张敏 任鹏 钟晨辉 胡程睿
根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。
关键词：
铜藻 转录组 微卫星标记
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
陈跃进 张桂权 卢永根
为探明水稻品种的亲缘关系,合理利用水稻品种资源,选用55对微卫星标记引物对23个水稻品种的亲缘关系进行了研究,采用UPGMA构建系统树图进行聚类分析和计算遗传距离.结果表明:引物的扩增产物带型清晰,结果稳定;23个品种分为4种类型,其中籼型8个,粳型6个,偏籼型5个,偏粳型4个;籼型品种之间和粳型品种之间的亲缘关系均较近,偏籼型品种之间和偏粳型品种之间的亲缘关系均较远.为了提高籼稻或粳稻品种和杂交种的优势,应注意采用偏籼或偏粳材料作为亲本之一.
[期刊] 林业科学
[作者]
刘政捷 林源 周明兵 汤定钦
选用自行开发引物的、具有较高遗传多态性的8个微卫星位点,分析来自独立的3株开花毛竹半同胞家系各50个子代个体。结果表明:位于3个不同地点的开花植株都能够通过与外源花粉杂合产生具有不同的微卫星基因型特点的半同胞家系子代,各个家系子代内均存有一定的遗传多样性,估算的平均异交率约为0.089。这说明毛竹主要以自交为主,并兼顾有一定比例的异交以确保其后代种群的遗传多样性。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
鲁翠云 曹顶臣 孙效文 梁利群
用微卫星标记辅助进行镜鲤(Cyprinus carpio L.)家系的建立及选育,通过对亲本遗传结构及遗传差异的分析,预测产生优良家系的最佳配组。用28个微卫星分子标记评估松浦镜鲤亲本群体的遗传潜力,结果显示,群体的多态信息含量(PIC)达到0.5627,处于高度的遗传多样性水平,具备进一步繁育筛选优良群体的潜质。用x2检验和遗传偏离指数(d)估计Hardy-Weinberg平衡,结果表明群体处于平衡状态,但在16个位点表现出杂合子缺失,这可能跟长期的人工选择有关。依据个体间的遗传距离,连续2年共建立1对1亲本的繁育家系70个,用网箱分别养殖,2月龄家系体长均值为7.24～10.60cm,体质...
关键词：
微卫星 镜鲤 家系选育
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
贾超峰 马海涛 姜海滨 刘相全 薛蕊
采用磁珠富集法筛选具多态性的许氏平鲉微卫星标记,并用一个野生群体对其多态性进行了评价。三引物PCR法筛选出58个阳性克隆进行了测序,共得到47个含微卫星核心的DNA序列,筛选出15对具有多态性的微卫星引物。所有位点上共得到66个等位基因片段,每个位点的观测等位基因数(A)为2~14个,平均等位基因数为4.4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)范围分别为0.062 5~0.968 8、0.061 5~0.929 1。每个位点的多态信息含量(PIC)显示,有6个位点表现出高度或中度多态。经Bonferroni校正后,HJ2-32、HJ4-27、HJ4-45和HJ4-47四个位点的等位基因频率显...
关键词：
许氏平鲉 微卫星 磁珠富集
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