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[期刊] 华北农学报
[作者]
窦新杰 常玉梅 唐然 孙效文 陶然 王楠 梁利群 张丽霞
利用mt DNA COⅠ基因片段(有效长度635 bp)对来自达里湖(DL)、岗更湖(GG)、呼伦湖(HL)、黑龙江(HLJ)、松花江(SHJ)和乌苏里江(WSL)6个地理群体共72个样品进行了遗传多样性和遗传结构分析。从碱基组成来看,6个地理群体在COⅠ区段上的A+T含量(52.37%)明显高于G+C含量(47.67%),符合脊椎动物的碱基组成特点;从各项遗传参数来看,达里湖流域2个群体(DL和GG)的遗传多样性低于黑龙江流域4个群体(HL、HLJ、SHJ、WSL);6个群体共检测到20个单倍型,并共享1个单倍型,达里湖流域群体共享1个单倍型,黑龙江流域群体共享1个单倍型。虽然达里湖流域和黑...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
李玉龙 刘修泽 李轶平 王爱勇 王小林 董婧
细纹子鱼（Ｌｉｐａｒｉｓ ｔａｎａｋａｅ）主要分布于西北太平洋海域的朝鲜半岛、日本和我国渤海、黄海和东海，已成为黄渤海渔业资源的优势种类之一，并在黄渤海生态系统中的扮演着越来越重要的角色。因此，有必要对这一生态优势种的种群状况及遗传背景进行了解。根据线粒体ＣＯⅠ基因序列对辽宁沿海不同体色花纹的细纹子鱼辽东湾群体（ｎ＝２０）和黄海北部群体（ｎ＝３４）的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。结果表明，长度为６２３ ｂｐ的ＣＯⅠ基因片段，其ａ、ｔ、Ｇ、Ｃ碱基的平均含量分别为２２．３％，３２．４％，２６．９％，１８．４％。在２个群体５４ ｉｎｄ个体中共检测得到８个单倍型，其单倍型间遗传差异为０．２％．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
孔杰 刘伟 李世凯 周洲 赵凤
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
郑小壮 陈清华 陈文坚 郭照良
采用DNA条形码技术,对采自广东清远、惠州、韶关、广州与广西河池、南宁、崇左的7个掌肢新米虾(Neocaridinapalmata)野生群体的97个样本的线粒体COⅠ基因片段进行PCR扩增和测序分析,研究掌肢新米虾自然群体的遗传多样性及遗传结构。结果表明:掌肢新米虾在624 bp的COⅠ基因序列中A、T、C、G碱基的平均含量分别为26.98%、33.17%、20.99%、18.85%,AT含量(60.15%)高于CG含量(39.84%),表现出较强的AT偏倚性;基于COⅠ基因序列的总群体中共检测到4个核苷酸变异位点,定义了5种单倍型,平均核苷酸差异数(K)、单倍型多样性指数(Hd)以及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.611、(0.557±0.025)、(0.00098±0.00007),呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性;7个自然群体的群体内遗传距离为0.000～0.001,群体间的遗传距离为0.000～0.002;分子方差分析(AMOVA)和遗传分化系数(F_(st))结果揭示,掌肢新米虾的遗传变异主要来自于群体间;中性检验和核苷酸错配分布表明,掌肢新米虾7个自然群体遵循群体扩张模式,发生了历史扩张事件;系统发育分析显示,广东4群体与广西3群体形成姐妹支,表明不同地理区域具有一定的种群特征,可作为单独的管理单位进行保护,Hap1与Hap4分别是广东4群体与广西3群体和惠州群体的共享单倍型,其余单倍型为各群体所独享。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王景 张凤英 蒋科技 马春艳 宋炜 林楠 姜亚洲 李圣法 程家骅 马凌波
通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体...
[期刊] 海洋渔业
[作者]
柯宏基 李向民 陈傅晓 樊佳伟 王永波 谭围
使用线粒体COⅠ基因部分序列作为遗传标记,分析了中国海南岛8个弹涂鱼(Periophthalmus modestus)地理群体的遗传多样性、遗传分化、种群历史动态,以为更好的保护弹涂鱼种质资源提供依据。采集的236尾弹涂鱼样本的COⅠ基因片段序列共检测到59种单倍型,总体单倍型多样性较高(0.861±0.019),核苷酸多样性偏低(0.004 39±0.000 24);基于单倍型的邻接关系树没有呈现与地理群体成谱系的结构;分子方差分析表明,遗传变异主要来自群体内(99.36%);遗传分化指数(F_(st))显示,三亚与临高、东方两个群体存在中等程度遗传分化;群体间基因交流频繁,核苷酸不配对分布和中性检验表明,部分地方群体曾经发生过扩张。海南岛弹涂鱼整体遗传分化程度不高(F_(st)=0.006 37),是一个随机交配的群体,遗传多样性较低,建议加强弹涂鱼资源的保护。
关键词：
海南岛 弹涂鱼 COⅠ基因 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
黄镇宇 章群 卢丽锋 周琪 唐楚林
前鳞(鱼夋)(Liza affinis)是分布于西北太平洋的日本南部及中国台湾海域等的经济鱼类。为了解中国前鳞(鱼夋)的遗传背景,该研究分析了采自中国4省82尾样本COⅠ基因5’端712 bp序列,共发现21个单倍型,遗传多样性(H_d=0.4840±0.0700,π=0.0010±0.0002)较低。根据群体所属的地区、海域、海峡进行分组,通过AMOVA分析,得出组间的Fst值皆小于0.05,P值皆大于0.05,组间变异的比例极低(–0.6%～0.46%),表明中国前鳞(鱼夋)群体间无明显分化,其原因可能是:1)频繁的基因交流。前鳞(鱼夋)的洄游范围较大,且受海流影响,导致不同地区的群体间有着密切的基因交流;2)近期种群扩张事件。中国前鳞(鱼夋)整体的Fu’s F_s值为显著性负值(F_S=–20.3900,P=0),核苷酸错配峰图为明显单峰,单倍型网络图呈星状结构,均表明中国前鳞(鱼夋)群体经历过种群扩张,估算扩张大约发生在13.4199～1.4911万年前,可能是冰期和间冰期的交替中海平面的变化所致。此外,洞头群体的遗传多样性(H_d=0.8080±0.1130,π=0.0021±0.0006)明显高于其他地理群体,建议将其作为优先保护的对象。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
岳丽佳 熊良伟 王帅兵 王权 王米雪 陈浩然
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P<0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。
关键词：
宽体金线蛭 Cytb 遗传多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
彭银辉 周于娜 刘旭佳 黄国强 蔡小辉 潘英
为了解光裸方格星虫的群体遗传结构和种质资源状况,对北部湾海域光裸方格星虫6个地理野生群体(广西北海、湛江、钦州、防城港、海南儋州,以及越南海防)共93个个体的线粒体DNA(mtDNA)控制区序列进行分析。共检测到107个变异位点,定义了85个单倍型,序列对AT有明显的偏倚性,群体总的单倍体多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.998和0.018 89。单倍型邻接聚类树分析6个群体无明显分支,各单倍型分布于单倍型网络中介图中亦没有明显的地理分支。各群体间的遗传分化系数Fst值为–0.018 130.
[期刊] 中国水产科学
[作者]
沙航 罗相忠 李忠 邹桂伟 梁宏伟
为了对长江中上游鲢(Hypophthalmichthys molitrix)种质资源现状进行监测和评价,本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶I(cytochrome c oxidase subunit I)基因(COI)对长江中上游宜宾、忠县、万州、石首、监利、湘江6个鲢群体进行了遗传多样性分析。结果表明,在648 bp的COI序列中共检测到42个变异位点,其中单变异位点14个,简约信息位点28个。6个群体123个个体共定义了26个单倍型,单倍型多样性为0.0476~0.0945,核苷酸多样性为0.00196~0.00982。6个鲢群体总体遗传多样性丰富,万州群体单倍型多样性和核苷酸多样性均最高,忠县群体单倍型多样性最低,核苷酸多样性最低的为石首群体。遗传变异主要来自群体内个体间,单倍型网络图和系统进化树显示各群体的单倍型没有形成明显的地理格局。此外,上游宜宾群体和万州群体与中游的石首、监利和湘江群体具有明显的遗传分化,中游的监利群体与石首群体和湘江群体也有一定的遗传分化,上游群体和中游群体应该分属于长江水系两个不同的种群。
关键词：
鲢 COI 遗传结构 遗传多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（ＣＯⅠ）分子标记对洪泽湖河蚬（ＣＯｒｂｉＣｕｌａ ｆｌｕｍｉｎｅａ）野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬５０个个体，对ＣＯⅠ基因序列片段进行ＰＣｒ扩增和序列测定。结果显示，长度为６１４ ｂＰ的ＣＯⅠ基因片段中，碱基ａ、Ｔ、Ｇ和Ｃ的平均含量分别为２２．６％、４２．４％、２１．０％和１４．０％，ａ＋Ｔ的含量（６５．０％）显著高于Ｇ＋Ｃ的含量（３５．０％）。ＣＯⅠ基因序列中有６７个核苷酸变异位点，总变异率为１０．９％，其中简约信息位点６３个，单一信息位点４个。５０条ＣＯⅠ基因序列共定义了１５个单倍型，单倍型多样性指数（ｈ）和核苷酸多样性指数（π）分别为．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李大命 张彤晴 唐晟凯 钟立强 刘小维
利用线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)分子标记对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)野生种群的遗传多样性水平进行分析。采集洪泽湖野生河蚬50个个体,对COⅠ基因序列片段进行PCR扩增和序列测定。结果显示,长度为614 bp的COⅠ基因片段中,碱基A、T、G和C的平均含量分别为22.6%、42.4%、21.0%和14.0%,A+T的含量(65.0%)显著高于G+C的含量(35.0%)。COⅠ基因序列中有67个核苷酸变异位点,总变异率为10.9%,其中简约信息位点63个,单一信息位点4个。50条COⅠ基因序列共定义了15个单倍型,单倍型多样性指数(h)和核苷酸多样性指数(π)分别为...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
刘意秋 冯毅楠 周丹银 龚雪阳 赵文正 董坤 和绍禹
以线粒体DNA COⅠ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了陕甘宁青晋地区5个省15个采样点共443群东方蜜蜂的遗传分化状况.所得序列全长625 bp,共定义了21个线粒体单倍型,总单倍型多样度为0.536±0.029,总核苷酸多样度为:0.001 16±0.000 08.单倍型网络关系图、系统发育树以及分子方差分析数据显示,这些种群总体遗传分化不显著,所采集样本的变异主要存在于组内群体间和群体内,组间变异不显著.
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谌微 张凤英 王景 魏鸿擎 姜亚洲 张辉 凌建忠 程家骅 马凌波
为研究野生与养殖大黄鱼（Ｌａｒｉｍｉｃｈｔｈｙｓ ｃｒｏｃｅａ）群体的遗传多样性，对大黄鱼８个野生群体及６个养殖群体共３３６个样本的线粒体ｃｏⅠ基因部分序列进行了扩增和测序分析。实验最终获得序列片段长６２１ ｂｐ，总变异位点３８个，简约信息位点２３个，单变异位点１５个，其中野生群体包含３８个变异位点，占总变异的１００％，养殖群体包含８个变异位点，占总变异的２１．０５％。在所有样本中共检测出单倍型３４个，单倍型多样性为０．５８７，核苷酸多样性为０．００１９４，野生及养殖群体单倍型多样性指数分别为０．７１４～０．９５２、０．０００～０．５８１。大黄鱼养殖与野生两个组群间的遗传分化指数为０．０４９８．．．
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