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[期刊] 水产学报
[作者]
胡吟胜 段泽林 黄勃 于淑楠 王婷
为研究野生琼枝与养殖琼枝的遗传差异,利用EST-SSR技术分析了海南东北部地区9株野生和9株养殖琼枝的遗传差异性。结果显示,用5对EST-SSR引物对18个个体的基因组进行扩增,扩增出的片段大小为250～2 500 bp,琼枝野生群体和养殖群体的多态性比例分别为74.29%和70.00%;野生群体之间的平均遗传距离为0.46,养殖琼枝群体之间的平均遗传距离为0.22。聚类分析图显示,在相似系数0.49处,18株群体按野生与养殖分为2大类,在相似系数0.66附近,野生群体分成3类,养殖琼枝群体分为2类,在相似系数0.73附近,野生琼枝群体分成5类,而养殖群体为3类,相似系数越高,野生群体比养殖群...
关键词：
琼枝 EST-SSR 野生 养殖
[期刊] 林业科学研究
[作者]
赵罕 郑勇奇 李斌 张川红 林富荣 于雪丹 程蓓蓓 黄平
为探讨白皮松群体间遗传变异规律,使用7对EST-SSR引物对分布区内21个白皮松天然群体的遗传多样性及遗传分化水平进行了研究。结果表明:7对引物在21个白皮松天然群体的663个单株中共检测到14个多态性位点。各群体间有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s期望杂合度(Nei’s)分别为1.156 5 1.601 9、0.133 5 0.492 5、0.138 4 0.397 3、0.0860 0.342 8、0.084 6 0.337 4。白皮松群体间遗传分化系数(Fst)平均为0.215 2,基因流(Nm)值平均为0.911...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
熊钢 王晓清 王佩 陈贞年 周先文 康骊 曾志南
本研究采用MISA软件分析泥东风螺(Babylonialutosa)转录组中微卫星信息。结果显示,从转录组中共获得16324个SSR,共有181种重复基元;泥东风螺转录组中不同类型微卫星的重复基元具有不同的分布特征,其中,二核苷酸重复基元中AC/GT(70.58%)重复基元以重复6次出现频率占优;长度为12～20bp的SSR占63.95%,长度为21～25bp的SSR占9.14%,总体的平均长度为18.4bp。随机选取其中50条序列设计引物,通过对福建野生泥东风螺群体(WP)DNA样本进行PCR扩增和分型,结果获得23个多态性位点,等位基因数目为2～7个不等,期望杂合度(Ne)为0.190～0.937,观察杂合度(No)为0.065～0.936,多态性信息含量(PIC)为0.061～0.777,有4个位点显著偏离哈迪温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE)(P
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于爱清 施永海 徐嘉波 陆根海 张海明 谢永德 刘永士
本研究利用MISA软件挖掘长江刀鲚(Coilia ectenes)肌肉和肝脏转录组中的微卫星标记,为刀鲚选育群体的种质资源评估和分子标记辅助育种奠定基础。结果显示,从71869条Unigenes中共获得33896条重复单元长度为1～6碱基的微卫星序列;刀鲚转录组中不同类型微卫星的重复基序具有不同的分布特征,其中,单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复为主要的微卫星重复类型,分别占总微卫星数目的 34.94%、49.47%和13.34%;不同微卫星重复类型的优势重复基序亦有所不同,其中,A/T为单核苷酸重复基序的优势重复基序占86.25%,AC/GT为二核苷酸重复基序的为优势重复基序占75.25%,AGG/CCT为三核苷酸重复基序的优势重复基序占28.57%;不同微卫星重复基序核苷酸的数量和重复次数亦有所不同,重复次数伴随着重复单元中核苷酸数量的增加而呈现降低的趋势;从100对四核苷酸重复的SSR引物中筛选获得了16对多态性微卫星标记,并以此为基础,对长江刀鲚选育群体(F_3)的遗传学特征进行了初步评估,结果显示,长江刀鲚选育群体F3的平均有效等位基因数(N_e)、平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和Shannon多样性指数I分别为1.7580、0.3414、0.3977和0.6278。以上结果表明,基于刀鲚转录组数据批量开发微卫星是切实可行的,所开发的多态性微卫星标记能够应用于长江刀鲚选育群体的遗传背景评估和进一步的遗传育种研究。
关键词：
刀鲚 转录组 微卫星 分子标记
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赫崇波 丛林林 葛陇利 刘卫东 周遵春 高祥刚
应用AFLP标记技术对辽宁和山东沿海文蛤(Meretrix meretrix)养殖群体和野生群体的遗传多样性进行分析。采用7对AFLP引物组合对5个群体(3个野生群体,2个养殖群体)150个个体进行扩增,共得到364个的位点。5个群体内的多态位点比例为84.3945%~87.6465%,总多态位点比例为99.6300%。群体的Nei’s基因多样性指数(H)为0.2301~0.2634;群体的Shannon多样性指数为0.3617~0.4248,群体间的遗传距离为0.0394~0.1609,群体内个体间的遗传距离为0.2592~0.5360。辽宁大洼野生群体和山东河口野生群体的多态位点比例、Sh...
关键词：
文蛤 AFLP 遗传多样性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙清明 马文朝 马帅鹏 赵俊生 白丽军 陈洁珍 蔡长河 向旭 欧良喜
【目的】明确荔枝EST序列中SSR的总体特点,开发荔枝EST-SSR引物,为利用EST-SSR分子标记进行荔枝种质资源遗传多样性、连锁图谱构建及亲缘关系研究奠定基础。【方法】应用SSRIT软件,按照设定标准从自行构建的一个荔枝果皮发育关键期的cDNA文库中的1 331条Unigene(惟一序列)中搜索SSR位点。利用软件Primer primer5.0设计EST-SSR引物。选用16份表型差异较大的荔枝种质资源检测引物的有效性及多态性,利用聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)进行片段分离。【结果】荔枝的1 331条EST序列中共搜索出220个SSR位点,分布于189条EST中,出现频率是16.53%。这...
关键词：
荔枝 EST SSR
[期刊] 海洋渔业
[作者]
曹奕 陈爱华 吴杨平 张雨 姚国兴
为探索人工增殖活动对本地大竹蛏(Solen grandis)种质资源带来的影响,采用SSR及ISSR分子标记手段对江苏大竹蛏野生群体与人工增殖群体的遗传多样性及遗传结构进行了联合分析。筛选的14对SSR引物扩增获得多态性位点150个(PPB=93.16%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.134 2和0.253 5;筛选的10条ISSR引物获得多态性位点85个(PPB=91.93%),Nei's基因多样性指数和平均Shannon信息指数分别为0.131 0和0.230 2。两
[期刊] 中国水产科学
[作者]
户国 程磊 马波 孙大江 王斌 刘晓勇 柳淑芳 张颖
达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
金玲 陈奕彬 李色东 刘萍 李健 吕建建
本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
武菲 王翠华 胡文革 郭飏 莫超
利用线粒体DNA细胞色素b基因的421bp部分序列对北屯、乌伦古湖、博斯腾湖3个野生河鲈(Perca fluviatilis)群体和北湖、五家渠2个养殖河鲈群体序列多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明:100个个体中检测到7个单倍型,变异位点10个,其中野生群体60个个体检测到9个变异位点和6个单倍型,养殖群体40个个体共检测到8个变异位点和4种单倍型;野生群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性(Hd=0.496±0.121,Pi=0.00253±0.00154)高于养殖群体(Hd=0.416±0.127,Pi=0.00123±0.00113),分子方差分析揭示,98.74%的遗传变异性出现...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
石耀华 王嫣 曲艳波 叶翚 顾志峰 王爱民
杂色鲍野生群体和养殖群体分别自交和杂交产生野生鲍自繁F1代(WW)、养殖鲍自繁子代(CC)、正交子一代(W♀×C♂,简称WC)和反交子一代(C♀×W♂,简称CW)4个群体,采用RAPD分析4个群体遗传特性。就多态位点比例、Nei基因多样性值和Shannon信息指数而言,WW群体比CC群体高;杂交群体WC的值分别为88.76%、0.3246和0.4811,比其余群体都要高,与群体WW最接近;另一杂交子代群体CW除多态位点比例比群体CC高外,其余参数均为最低。群体间的遗传距离分析表明,WW与各群体的遗传距离都较大,其中与CC群体的遗传距离最大,为0.0849,与两个杂交群体间的遗传距离分别为0.0...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
武菲 王翠华 胡文革 郭飏 莫超
利用线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因的４２１ ｂｐ部分序列对北屯、乌伦古湖、博斯腾湖３个野生河鲈（ｐｅｒｃＡ ｆｌｕｖｉＡｔｉｌｉｓ）群体和北湖、五家渠２个养殖河鲈群体序列多样性与种群遗传结构进行分析。结果表明：１００个个体中检测到７个单倍型，变异位点１０个，其中野生群体６０个个体检测到９个变异位点和６个单倍型，养殖群体４０个个体共检测到８个变异位点和４种单倍型；野生群体平均单倍型多样性和平均核苷酸多样性（ＨＤ＝０．４９６±０．１２１，ｐｉ＝０．００２ ５３±０．００１ ５４）高于养殖群体（ＨＤ＝０．４１６±０．１２７，ｐｉ＝０．００１ ２３±０．００１ １３），分子方差分析揭示，９８．７４％的遗传．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘红艳 熊飞 杨东 张繁荣 余来宁
为探讨鱇浪白鱼野生群体和养殖群体的遗传多样性,测定了野生群体和养殖群体共29尾鱇浪白鱼的线粒体DNA细胞色素b基因的全序列。结果显示:在所有个体1 140 bp序列中检测到31个变异位点,其中28个转换位点,3个颠换位点,发现21种单倍型。养殖群体的核苷酸多样性指数(0.003 38)和单倍型多样性指数(0.980 95)高于野生群体核苷酸多样性指数(0.003 21)和单倍型多样性指数(0.934 07)。野生群体和养殖群体内的遗传距离分别为0.003 39和0.003 43,群体间的遗传距离(0.003 64)略大于群体内遗传距离。分子变异分析(AMOVA)结果显示:Fst=0.064 1...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭敏 陈晓汉 陈秀荔 蒋伟明 杨春玲 李咏梅
利用AFLP技术对北部湾卵形鲳鲹野生群体和养殖群体进行遗传多样性分析和比较,可为卵形鲳鲹种质优化提供基础依据。研究采用10对引物组合在2个群体中共扩增出513个位点,其中多态位点数为133个,占总位点数的25.93%,两个群体平均多态位点比率为23.59%和18.32%,遗传多样性相对贫乏。养殖群体中低频位点明显减少而隐性纯合基因位点显著增加表明养殖群体丢失了低频基因。群体遗传结构分析表明,两群体间的遗传距离比较小,群体遗传结构相似。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王军 王清印 孔杰 孟宪红 曹家旺 王明珠 冯亚萍 吕丁
利用微卫星标记技术分析了中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体(Wild Population,WP)和‘黄海2号’第10代选育群体(Breeding Population,BP)的遗传多样性,以检测累代人工选育对中国对虾群体遗传结构的影响。结果显示,15个微卫星位点共检测到462个等位基因,微卫星位点等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为344个和229个,多态信息含量(PIC)为0.5180.964。野生群体和选育群体的平均观测杂合度分别为0.852和0.810
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