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[期刊] 中国水产科学
[作者]
韩虎峰 代应贵
40尾光唇裂腹鱼(Schizothorax lissolabiatus)采自珠江水系可渡河,采用PCR扩增和直接测序技术对其mtDNA D-loop区481bp的序列进行了测定分析。该序列共计发现了10个变异位点,占分析总位点数的2.08%。定义了10种单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.733,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0051。核苷酸多样性(π)为0.0027,平均核苷酸差异数(K)为1.301。用单倍型间遗传距离构建的NJ树由2个支系组成。该研究显示光唇裂腹鱼可渡河种群mtDNA D-loop区多态性较低,表明光唇裂腹鱼可渡河种群遗传多样性贫乏,有必要采取综合措施开展光唇裂腹鱼可渡河...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
郑立 刘延鑫 赵绪永 靳双星 邓红雨 刘太宇
【目的】研究河南3个驴种(河南小毛驴、长垣驴、泌阳驴)的遗传多样性及其系统发育关系。【方法】采用PCR和测序技术,测定15头长垣驴、20头泌阳驴和14头河南小毛驴共49个个体的mtDNA D-loop区部分序列,采用DNAsp 4.90进行多态性分析,并利用MEGA4.1的邻接(NJ)法构建系统发育树。【结果】长垣驴、泌阳驴和河南小毛驴3个驴种共49个样本的PCR扩增产物长度均为444bp,mtDNA D-loop区的核苷酸多样度分别为2.295%,2.163%和2.799%;单倍型多样度结果分别为0.879,0.629和0.956,表明3个驴品种mtDNA D-loop区均具有较高的多态性,...
关键词：
驴 线粒体DNA D-loop区
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
梁宏伟 邹桂伟 罗相忠 王长忠 呼光富 李忠
【目的】探讨长江野生鲤、荷包红鲤和兴国红鲤3种中国鲤的遗传变异、亲缘关系及系统进化。【方法】对3种鲤的D-Loop序列进行扩增并测序,分析其遗传多样性,并与GenBank中获取的另外5种鲤鱼的D-Loop序列一起构建进化树。【结果】3种鲤的碱基组成中A+T含量均高于C+G含量;T碱基含量最高,平均为33.5%;C碱基最低,平均为13.7%。在检测的3种鲤上共发现37个突变位点,其中有2个插入,28个转换,7个颠换,碱基的替换有明显偏倚。单倍型多样性指数最高的是长江野生鲤(0.984±0.019),最低的是荷包红鲤(0.113±0.072);核苷酸多样性指数以长江野生鲤最高,为0.00623,荷...
[期刊] 水产学报
[作者]
彭珊 代应贵
采用PCR、克隆结合DNA测序技术对分布于贵州清水江的30尾稀有白甲鱼个体mtDNA D-loop 3′端共计478 bp的碱基序列进行了测定分析。该序列共发现了25个多态位点,约占其核苷酸总数的5.23%。其中23个为转换位点(A-G,C-T),2个为转换与颠换同时存在的位点。30尾个体分属18种单倍型。稀有白甲鱼mtDNA核苷酸多样性(π)为0.010 7,平均核苷酸差异数(K)为5.092。单倍型多样度(H)为0.940,单倍型间平均遗传距离(P)为0.014。用单倍型间遗传距离构建的NJ系统树由2个支系组成。稀有白甲鱼清水江种群mtDNA D-loop序列存在着丰富的多态性,表明该种群...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
杨慧荣 赵会宏 刘丽 陈彦珍 林权卓 黄宏辉
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共29个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)线粒体DNA D-loop基因片段,并测定其序列。对599 bp的D-loop基因序列进行分析,共检测到24个单倍型,25个单突变位点,39个简约信息位点。在81个突变位点中,转换位点50个,颠换位点14个,插入或缺失位点17个;A+T的含量(68.8%)明显高于C+G的含量(31.2%)。5个水域个体间的遗传变异率在0到6.03%之间。单倍型多样性(H)为0.977 8,平均核苷酸差异数(K±SD)为17.271 0,核苷酸多样性(π)为0.029 7。对5个群体D-loop序列进行分化指数...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
傅建军 张猛 沈玉帮 陈勇 李家乐
为了探索草鱼(Ctenopharyngodon idella)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mt DNA)多态性对生长性状的影响,鉴于mt DNA的母性遗传特征,本研究基于2011年繁殖用的20尾母本的D-loop序列信息,与通过亲子鉴定获得的853尾40日龄子代的体长、体质量进行关联分析。结果显示,草鱼6种D-loop单倍型对生长性状表型差异具有极显著影响(P<0.01);其中,单倍型为Hap16的子代的体长最大,并显著大于单倍型为Hap4的子代的体长(P<0.05);单倍型为Hap
[期刊] 中国水产科学
[作者]
姜艳艳 孔晓瑜 喻子牛 庄志猛 金显仕
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对山东半岛南岸水域的蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)群体(n=20)的mtDNA D-loop序列进行扩增,获得了大小约为500 bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了410bp的核苷酸片段(除去引物及部分端部序列)。用Genedoc软件进行排序比较,在这20个个体中,共检测到54个变异位点,包括2个碱基缺失、1个碱基插入、43个转换位点、7个颠换位点及2个转换与颠换同时存在的位点。运用MEGA软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA和NJ系统树。用DNASP软件计算出的多态位点数(S)为54、核苷酸多样性...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
彭敏 王大鹏 施军 韩耀全 雷建军 李育森 吴伟军 何安尤
为研究西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群的遗传变异情况，自广西境内6个江段采集了139尾样本，采用PCR与DNA测序技术分析其线粒体D-loop序列的遗传多样性及群体历史动态；139条D-loop序列长度均为725 bp，碱基组成A+T (65.7%)远远高于C+G (34.3%)，共检测到变异位点25个，转颠换比R值为11.5。139尾样本共定义23个单倍型。单倍型的NJ系统树以及网络结构图显示，23个单倍型间有2个明显分支，不同地理群体来源的单倍型混杂分布在2个分支中，未能观察到明显的地理聚群。6个群体遗传多样性较好，单倍型多样性H_(d)=0.71585～0.92063，核苷酸多样性P_(i)=0.00173～0.00668，遗传分化极其显著(遗传分化系数F_(st)=0.36737，P
[期刊] 中国水产科学
[作者]
单淇 董仕 吴海防 谷口顺彦
鳙鱼(Aristichthys nobilis)采自江西瑞昌、湖南长沙的天然群体以及天津宁河的人工繁殖群体共127尾,对其线粒体DNA的D-loop区段进行PCR扩增,使用12种核酸内切限制酶酶切。酶切结果显示,在12种内切酶中,8种有酶切位点,2种个体间有变异,为AfaⅠ和HinfⅠ,共得到7种单倍型。依据单倍型频率的组成情况,计算出瑞昌与长沙、宁河群体间的Rogers遗传距离分别为0.728 3和0.500 7,长沙和宁河群体间的Rogers遗传距离为0.813 5。AfaⅠ的酶切类型C和HinfⅠ的酶切类型B组成的单倍型,在长沙群体中占87.5%,而在瑞昌和宁河群体中均为零。由此可以认为...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
陆俊杰 何旭盟 李志力 张宵 胡文静 孙佳敏 刘其根
利用形态学测量方法和D-loop序列分析了解从江田鱼与都柳江野生鲤的形态和遗传差异分析。结果显示，体长/体宽特征存在极显著差异，野生鲤独有17个单倍型，其核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)较从江田鱼更高。野生鲤与从江田鱼的Fst值达到了0.15以上有较高的遗传分化。单倍型网络图显示，从江田鱼和野生鲤存在明显的遗传分化。分子方差(AMOVA)分析表明，从江田鱼群体的主要的遗传变异来自于群体内部个体间(80.66%)。基因流分析表明从江田鱼群体间基因交流水平不高但与野生鲤基因交流较频繁。研究表明，从江田鱼可能来源于野生鲤，其地理分布相对独立且有特定养殖模式，但受到自然和人工选择，其种群遗传多样性降低，种质资源存在退化风险需要保护。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马波 孙家贤 姜作发
基于茴鱼属(Thymallus)鱼类的线粒体D-loop片段全序列变异,对分布于黑龙江上游中国境内的呼玛河、额木尔河等水系中形态特征差异显著且同域分布的3种茴鱼共24个个体进行分子系统发育关系研究,以探讨其在属内的分类学地位。结果显示,分布于黑龙江上游的茴鱼群体在属内显著分为3个独立进化分支,平均序列分歧为0.048～0.062,已达到种间分化水平。经形态学鉴定,其中2个分支分别为黑龙江茴鱼(T.grubii)和下游黑龙江茴鱼(T.tugarinae),而另外1个分支应为1个新种;且该种与分布于勒拿河上游的勒拿河茴鱼(T.sp.)构成单系群,平均序列分歧仅为0.006,即黑龙江上游和勒拿河上游...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李潇轩 郑端端 罗明坤 杨志强 郭珺 王兰梅 董在杰
为探讨不同体色锦鲤和“福瑞鲤2号”遗传多样性及变异情况，基于mtDNA D-loop序列对6种颜色（全白、全红、红白、大正三色、白写、绯写）锦鲤、2个“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及2个杂交鲤群体（青灰♀×红白锦鲤♂、红白锦鲤♀×青灰♂），共150尾个体进行序列分析。结果发现，全长932bp的D-loop序列，A、T、G、C含量为33.2%、32.8%、14.2%和19.8%。所有个体共检测34个变异位点，呈18个单倍型。其中，红白和绯写存在2个优势单倍型，全白和青灰“福瑞鲤2号”均存在2个特有单倍型，青灰、红色“福瑞鲤2号”共享1个优势单倍型。10个鲤群体间遗传距离0.001～0.018，遗传分化指数（F_(st)）0.011～0.933。分子方差（AMOVA）分析群体间变异67.17%，群体内变异32.83%，呈极显著（P<0.01）分化水平。研究表明，绯写、全白和大正三色3个锦鲤群体具较高遗传多样性，白写、“福瑞鲤2号”（青灰和红色）及杂交鲤遗传纯度较高，结果丰富了不同体色鲤种质资源遗传数据，为后期种质资源利用和遗传选育提供参考。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
傅建军 朱文彬 罗明坤 王兰梅 董在杰
为了探究长江中下游鳙(Hypophthalmichthys nobilis)的种质遗传现状，该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR，219尾)，对其D-loop序列进行检测分析，并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR，213尾)和北美种群(NA，33尾)开展比较研究。结果显示，在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点，并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中，单倍型多样性(H_(d))介于0.798～0.897，核苷酸多样性(π)介于0.00338～0.00653。长江中下游5个鳙群体间，RC与ZJG (F_(ST)=0.012)和CS与YZ (F_(ST)=0.018)的遗传分化不显著(P>0.05)，其余群体间均存在显著遗传分化(F_(ST)介于0.031～0.125，P<0.05)；群体间检测到不同程度的基因流(N_(m)介于3.509～39.993)。基于单倍型网络分析，长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支，并在群体间存在明显的共享；YR和PR的中心单倍型存在广泛共享，PR的特有单倍型均为外围单倍型，并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果，推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明，长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性，可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
孙丽婷 赵峰 张涛 纪严 庄平
采用线粒体DNA控制区(D-loop)序列对2015年和2017年长江口中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼样本进行了遗传多样性分析。2015年的682个样本共检测出11个单倍型,2017年的158个样本共检测出8个单倍型。2015年和2017年长江口中华鲟幼鱼的平均单倍型多样性(h)为0. 857±0. 006,核苷酸多样性(π)为0. 010 2±0. 005 5,均低于截流前数据(h=0. 949±0. 010;π=0. 011±0. 006)。分子变异方差分析(AMOVA)显示,中华鲟幼鱼的遗传变异主要来自于群体内,但其年度样本之间出现了中等程度的遗传分化。
关键词：
中华鲟 遗传多样性 线粒体控制区 长江口
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
曹萍 梅萨 陈生梅 李鸿康 郭卫兴 李瑞哲 达桑 才加 莫延新 官却扎西 忠尕 李文浩 刘书杰 崔宏伟 马志杰
为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估，分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化，本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)Dloop区测序，并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列，对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明：1)221条牦牛mtDNA D-loop序列（636～638 bp）比对分析共检测出57个变异位点，包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型，其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014，表明其母系遗传多样性丰富。其中，甘德牦牛的单倍型多样度最高（Hd=0.951），久治牦牛的单倍型多样度最低（Hd=0.818）。3）遗传分化和基因流分析表明，除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平（0.05≤FST<0.15），基因交流相对贫乏外，其他牦牛群体间FST值较小（0
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